प्लान्ट/एनिमल डे नोवो जीनोम सिक्वेन्सिङ
डे नोवोअनुक्रमणले सन्दर्भ जीनोमको अनुपस्थितिमा अनुक्रमण प्रविधिहरू प्रयोग गरेर प्रजातिको सम्पूर्ण जीनोमको निर्माणलाई जनाउँछ। तेस्रो-पुस्ताको अनुक्रमणको परिचय र व्यापक रूपमा अपनाउने, लामो पढाइको विशेषताले, पढाइहरू बीचको ओभरल्याप बढाएर जीनोम असेंबलीलाई उल्लेखनीय रूपमा बढाएको छ। यो वृद्धि विशेष गरी सान्दर्भिक हुन्छ जब चुनौतीपूर्ण जीनोमहरू, जस्तै उच्च हेटरोजाइगोसिटी प्रदर्शन गर्ने, दोहोरिने क्षेत्रहरूको उच्च अनुपात, पोलिप्लोइडहरू, र दोहोरिने तत्वहरू भएका क्षेत्रहरू, असामान्य GC सामग्रीहरू, वा उच्च जटिलता जुन सामान्यतया छोटो-पढ्ने अनुक्रम प्रयोग गरेर खराब रूपमा भेला हुन्छन्। एक्लै।
हाम्रो एक-स्टप समाधानले एकीकृत अनुक्रमण सेवाहरू र जैव सूचनात्मक विश्लेषण प्रदान गर्दछ जसले उच्च-गुणस्तरको डे नोवो एसेम्बल जीनोम प्रदान गर्दछ। Illumina को साथ एक प्रारम्भिक जीनोम सर्वेक्षणले जीनोम आकार र जटिलता को अनुमान प्रदान गर्दछ, र यो जानकारी PacBio HiFi संग लामो-पढ्ने अनुक्रम को अर्को चरण मार्गदर्शन गर्न को लागी प्रयोग गरिन्छ, पछिनयाँcontigs को विधानसभा। HiC असेंबलीको पछिल्ला प्रयोगले क्रोमोजोम-स्तर असेंबली प्राप्त गर्दै, जीनोममा कन्टिग्सको एङ्करिङलाई सक्षम बनाउँछ। अन्तमा, जीनोम जीन भविष्यवाणी द्वारा एनोटेट गरिएको छ र व्यक्त जीनहरू क्रमबद्ध गरेर, छोटो र लामो पढाइको साथ ट्रान्सक्रिप्टोमहरूको सहारा लिएर।
सेवा सुविधाहरू
● एक-स्टप समाधानमा बहु अनुक्रमिक र जैव सूचनात्मक सेवाहरूको एकीकरण:
जीनोम साइज अनुमान गर्न र त्यसपछिका चरणहरू मार्गदर्शन गर्न इलुमिनासँग जीनोम सर्वेक्षण;
को लागी लामो पढिएको अनुक्रमनयाँcontigs को विधानसभा;
क्रोमोजोम एङ्करिङको लागि हाई-सी अनुक्रम;
जीनको एनोटेशनको लागि mRNA अनुक्रमण;
सभा को प्रमाणीकरण।
● उपन्यास जीनोमहरू निर्माण गर्न वा रुचिका प्रजातिहरूका लागि अवस्थित सन्दर्भ जीनोमहरूको सुधारको लागि उपयुक्त सेवा।
सेवा लाभहरू
अनुक्रमणिका प्लेटफर्महरू र बायोइन्फर्मेटिक्सको विकासनयाँजीनोम विधानसभा
(अमरसिङ्गे एसएल एट अल।,जीनोम जीवविज्ञान, २०२०)
●विस्तृत विशेषज्ञता र प्रकाशन रेकर्ड: BMKGene ले डिप्लोइड जीनोमहरू र पोलिप्लोइड र एलोपोलिप्लोइड प्रजातिहरूको उच्च जटिल जीनोमहरू सहित विभिन्न प्रजातिहरूको उच्च-गुणस्तरको जीनोम एसेम्बलीमा ठूलो अनुभव संकलन गरेको छ। 2018 देखि, हामीले धेरै योगदान गरेका छौं300 उच्च-प्रभाव प्रकाशनहरू, र ती मध्ये 20+ प्रकृति जेनेटिक्समा प्रकाशित छन्।
● एक-स्टप समाधान: हाम्रो एकीकृत दृष्टिकोणले उच्च-गुणस्तरको एसेम्बल गरिएको जीनोम डेलिभर गर्दै एकजुट कार्यप्रवाहमा बहु अनुक्रमिक प्रविधिहरू र जैव सूचनात्मक विश्लेषणहरूलाई संयोजन गर्दछ।
●तपाईंको आवश्यकता अनुरूप: हाम्रो सेवा कार्यप्रवाह अनुकूलन योग्य छ, विभिन्न सुविधाहरू र विशिष्ट अनुसन्धान आवश्यकताहरू भएका जीनोमहरूको लागि अनुकूलनलाई अनुमति दिँदै। यसमा विशाल जीनोमहरू, पोलिप्लोइड जीनोमहरू, अत्यधिक हेटरोजाइगस जीनोमहरू, र थप कुराहरू समावेश छन्।
●उच्च दक्ष जैव सूचना विज्ञान र प्रयोगशाला टोली: जटिल जीनोम एसेम्ब्लीहरू र प्याटेन्टहरू र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारहरूको श्रृंखलाको अगाडि प्रयोगात्मक र बायोइन्फर्मेटिक्स दुवैमा उत्कृष्ट अनुभवको साथ।
●पोस्ट-बिक्री समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता 3-महिना पछि-बिक्री सेवा अवधि संग परियोजना समाप्ति बाहिर विस्तार छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरू सम्बोधन गर्न परियोजना फलो-अप, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रस्ताव गर्दछौं।
सेवा विशिष्टताहरू
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम विधानसभा | क्रोमोजोम स्तर | जीनोम एनोटेसन |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi पढ्छ | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (वैकल्पिक) पूर्ण लम्बाई RNA-seq PacBio 40 Gb वा नानोपोर १२ जीबी |
सेवा आवश्यकताहरू
जीनोम सर्वेक्षण, जीनोम असेंबली र हाई-सी असेंबलीका लागि:
| ऊतक वा निकालिएको न्यूक्लिक एसिड | जीनोम सर्वेक्षण | PacBio संग जीनोम विधानसभा | हाई-सी विधानसभा |
| पशु भिसेरा | ०.५-१ ग्राम
| ≥ 3.5 ग्राम | ≥2 ग्राम |
| पशु मांसपेशी | ≥ ५ ग्राम | ||
| स्तनधारी रगत | १.५ एमएल
| ≥ 5 एमएल | ≥2 एमएल |
| कुखुरा/माछाको रगत | ≥ ०.५ एमएल | ||
| बिरुवा - ताजा पात | 1-2 ग्राम | ≥ ५ ग्राम | ≥ 4 ग्राम |
| सुसंस्कृत कोशिकाहरू |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| कीरा | ०.५-१ ग्राम | ≥ 3 ग्राम | ≥ 2 ग्राम |
| डिएनए निकालियो | एकाग्रता: ≥1 ng/µL रकम ≥ 30 एनजी सीमित वा कुनै गिरावट वा प्रदूषण | एकाग्रता: ≥ 50 एनजी / μL मात्रा: 10 μg/प्रवाह सेल/नमूना OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 सीमित वा कुनै गिरावट वा प्रदूषण |
-
|
ट्रान्सक्रिप्टोमिक्सको साथ जीनोम एनोटेसनको लागि:
| ऊतक वा निकालिएको न्यूक्लिक एसिड | इलुमिना ट्रान्सक्रिप्टोम | PacBio ट्रान्सक्रिप्टोम | नानोपोर ट्रान्सक्रिप्टोम |
| बिरुवा - जरा / काण्ड / पंखुडी | 450 मिलीग्राम | 600 मिलीग्राम | |
| बिरुवा - पात/बीउ | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| बिरुवा - फल | १.२ ग्राम | १.२ ग्राम | |
| जनावरको मुटु/आन्द्रा | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| पशु भिसेरा/ब्रेन | 240 मिलीग्राम | 240 मिलीग्राम | |
| पशु मांसपेशी | 450 मिलीग्राम | 450 मिलीग्राम | |
| जनावरको हड्डी/कपाल/छाला | १ ग्राम | १ ग्राम | |
| आर्थ्रोपड - कीट | 6 | 6 | |
| आर्थ्रोपोड - क्रस्टेसिया | 300 मिलीग्राम | 300 मिलीग्राम | |
| सम्पूर्ण रगत | 1 ट्यूब | 1 ट्यूब | |
| आरएनए निकालियो | एकाग्रता: ≥ 20 एनजी / μL मात्रा ≥ ०.३ µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ ६ 5≥28S/18S≥1 | एकाग्रता: ≥ 100 ng/ µL मात्रा ≥ ०.७५ µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ ८ 5≥28S/18S≥1 | एकाग्रता: ≥ 100 ng/ µL मात्रा ≥ ०.७५ µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ ७.५ 5≥28S/18S≥1 |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
(धेरै नमूनाहरूको लागि, हामी इथानोलमा संरक्षण नगर्न सिफारिस गर्छौं।)
नमूना लेबलिङ: नमूनाहरू स्पष्ट रूपमा लेबल गरिएको हुनुपर्छ र पेश गरिएको नमूना जानकारी फारमसँग मिल्दोजुल्दो हुनुपर्छ।
ढुवानी: ड्राई-बरफ: नमूनाहरू पहिले झोलामा प्याक गर्न आवश्यक छ र ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
कार्यप्रवाह
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
डीएनए निकासी
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
पूरा जैव सूचनात्मक विश्लेषण, 4 चरणहरूमा विभाजित:
1) जीनोम सर्वेक्षण, NGS को साथ k-mer विश्लेषणमा आधारित पढ्छ:
जीनोम आकार को अनुमान
heterozygosity का अनुमान
दोहोरिने क्षेत्रहरूको अनुमान
2) PacBio HiFi को साथ जीनोम असेंबली:
नयाँसभा
एसेम्बली मूल्याङ्कन: जीनोम पूर्णताको लागि BUSCO विश्लेषण र NGS र PacBio HiFi पढ्ने म्यापिङ सहित
3) हाई-सी असेंबली:
हाई-सी लाइब्रेरी QC: मान्य हाई-सी अन्तरक्रियाहरूको अनुमान
हाई-सी असेंबली: समूहहरूमा कन्टिगहरूको क्लस्टरिंग, त्यसपछि प्रत्येक समूह भित्र कन्टिग अर्डर र कन्टिग अभिमुखीकरण तोक्ने
हाई-सी मूल्याङ्कन
4) जीनोम एनोटेसन:
गैर-कोडिङ RNA भविष्यवाणी
दोहोरिने अनुक्रम पहिचान (ट्रान्सपोसन र ट्यान्डम दोहोरिने)
जीन भविष्यवाणी
§नयाँ: सुरुमा एल्गोरिदमहरू
§ समानतामा आधारित
§ ट्रान्सक्रिप्टोममा आधारित, लामो र छोटो पढाइको साथ: पढाइहरू छन्नयाँमस्यौदा जीनोममा भेला वा म्याप गरिएको
§ बहुविध डाटाबेसहरूको साथ भविष्यवाणी गरिएको जीनको एनोटेसन
1) जीनोम सर्वेक्षण- के-मेर विश्लेषण
2) जीनोम असेंबली
2) जीनोम असेंबली - PacBio HiFi ले ड्राफ्ट असेंबलीमा म्यापिङ पढ्छ
2) हाई-सी असेंबली - हाई-सी मान्य अन्तरक्रिया जोडीहरूको अनुमान
3) हाई-सी पोस्ट-विधानसभा मूल्याङ्कन
4) जीनोम एनोटेसन - भविष्यवाणी गरिएको जीन को एकीकरण
4) जीनोम एनोटेसन - भविष्यवाणी गरिएको जीन एनोटेशन
प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत BMKGene को डे नोवो जीनोम एसेम्ब्ली सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्:
ली, सी. एट अल। (2021) 'जीनोम अनुक्रमहरूले विश्वव्यापी फैलावट मार्गहरू प्रकट गर्दछ र समुद्री घोडा विकासमा अभिसरण आनुवंशिक अनुकूलन सुझाव दिन्छ', प्रकृति संचार, 12(1)। doi: 10.1038/S41467-021-21379-X।
ली, वाई आदि। (2023) 'ठूलो स्केल क्रोमोसोमल परिवर्तनहरू जेनोम-स्तर अभिव्यक्ति परिवर्तनहरू, वातावरणीय अनुकूलन, र ग्याल (बोस फ्रन्टालिस) मा विशिष्टताको नेतृत्व गर्छन्', आणविक जीवविज्ञान र विकास, 40(1)। doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006।
Tian, T. et al। (2023) 'जिनोम एसेम्बली एण्ड जेनेटिक डिसेक्शन अफ ए प्रॉमिनेन्ट ड्राउट रेसिस्टेन्ट मकै जर्मप्लाज्म', नेचर जेनेटिक्स २०२३ ५५:३, ५५(३), पीपी ४९६–५०६। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y।
Zhang, F. et al। (2023) 'Solanaceae परिवारमा दुई जीनोमहरू विश्लेषण गरेर ट्रोपेन अल्कालोइड बायोसिन्थेसिसको विकासको खुलासा', नेचर कम्युनिकेशन्स 2023 14:1, 14(1), pp. 1-18। doi: 10.1038/s41467-023-37133-4।
चुनौतीपूर्ण केस स्टडीहरू:
Telomere-to-telomere असेंबली:फु, ए एट अल। (2023) 'तेलो खरबुजाको टेलोमेरे-टू-टेलोमेरे जीनोम एसेम्बली (मोमोर्डिका चरेन्टिया एल। संक्षिप्त सेर।) फल विकास, संरचना र पकाउने आनुवंशिक विशेषताहरू प्रकट गर्दछ', बागवानी अनुसन्धान, 10(1)। doi: 10.1093/HR/UHAC228।
Haplotype असेंबली:Hu, W. et al। (2021) 'एलेल-परिभाषित जीनोमले कासावा इभोलुसनको क्रममा बायलेलिक भिन्नता प्रकट गर्दछ', आणविक प्लान्ट, 14(6), pp. 851-854। doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009।
विशाल जीनोम असेंबली:युआन, जे एट अल। (2022) 'गीगा-क्रोमोसोमको जीनोमिक आधार र ट्री पेओनी पेओनिया ओस्टिको गिगा-जीनोम', नेचर कम्युनिकेशन्स 2022 13:1, 13(1), pp. 1-16। doi: 10.1038/s41467-022-35063-1।
Polyploid जीनोम असेंबली:Zhang, Q. et al। (2022) 'जीनोमिक इनसाइट्स इन द भर्खरको क्रोमोजोम रिडक्सन अफ अटोपोलिप्लोइड सुगरकेन सैकरम स्पोन्टेनियम', नेचर जेनेटिक्स २०२२ ५४:६, ५४(६), पीपी ८८५–८९६। doi: 10.1038/s41588-022-01084-1।
