PacBio 2+3 पूर्ण-लम्बाइ mRNA समाधान
सुविधाहरू
● अध्ययन डिजाइन:
ट्रान्सक्रिप्ट आइसोफर्महरू पहिचान गर्न PacBio सँग क्रमबद्ध गरिएको नमूना
अलग नमूनाहरू (नक्कल र परीक्षण गर्न सर्तहरू) संग अनुक्रमट्रान्सक्रिप्ट अभिव्यक्ति परिमाण गर्न NGS
● CCS मोडमा PacBio अनुक्रमण, HiFi रिडहरू उत्पन्न गर्दै
● पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टहरूको अनुक्रमण
● विश्लेषणलाई सन्दर्भ जीनोम आवश्यक पर्दैन; यद्यपि, यो काम गर्न सकिन्छ
● जैव सूचनात्मक विश्लेषणले जीन र आइसोफर्म-स्तरमा अभिव्यक्ति मात्र समावेश गर्दैन तर lncRNA, जीन फ्युजन, पोली-एडेनिलेसन, र जीन संरचनाको विश्लेषण पनि समावेश गर्दछ।
फाइदाहरू
● उच्च शुद्धता: HiFi शुद्धता संग पढ्छ > 99.9% (Q30), NGS संग तुलना
● वैकल्पिक विभाजन विश्लेषण: सबै ट्रान्सक्रिप्टहरू क्रमबद्ध गर्नाले आइसोफर्म पहिचान र विशेषतालाई सक्षम बनाउँछ।
● PacBio र NGS शक्तिहरूको संयोजन: isoform स्तरमा अभिव्यक्तिको मात्रालाई सक्षम पार्दै, सम्पूर्ण जीन अभिव्यक्तिको विश्लेषण गर्दा मास्क हुन सक्ने परिवर्तनको अनावरण गर्दै
● व्यापक विशेषज्ञता: 1100 PacBio पूर्ण-लम्बाइ ट्रान्सक्रिप्टम परियोजनाहरू पूरा गर्ने र 2300 भन्दा बढी नमूनाहरू प्रशोधन गर्ने ट्र्याक रेकर्डको साथ, हाम्रो टोलीले प्रत्येक परियोजनामा अनुभवको धनी ल्याउँछ।
● बिक्री पछि समर्थन: हाम्रो प्रतिबद्धता 3-महिना पछि-बिक्री सेवा अवधि संग परियोजना समाप्ति बाहिर विस्तार हुन्छ। यस समयमा, हामी नतिजाहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरूलाई सम्बोधन गर्न परियोजना फलो-अप, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रस्ताव गर्दछौं।
नमूना आवश्यकताहरू र डेलिभरी
| पुस्तकालय | अनुक्रम रणनीति | Data सिफारिस गर्नुभयो | गुणस्तर नियन्त्रण |
| PolyA समृद्ध mRNA CCS पुस्तकालय | PacBio सिक्वेल II PacBio Revio | २०/४० जीबी 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| पोली ए समृद्ध | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
न्यूक्लियोटाइड्स
|
| Conc.(ng/μl) | रकम (μg) | शुद्धता | निष्ठा |
| Illumina पुस्तकालय | ≥ १० | ≥ ०.२ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | बिरुवाहरूको लागि: RIN≥4.0; जनावरहरूको लागि: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित वा कुनै आधार रेखा उचाइ |
| PacBio पुस्तकालय | ≥ १०० | ≥ १.० | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेलमा देखाइएको सीमित वा कुनै प्रोटीन वा डीएनए प्रदूषण। | बिरुवा: RIN≥7.5 जनावरहरू: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित वा कुनै आधार रेखा उचाइ |
सिफारिस गरिएको नमूना वितरण
कन्टेनर: 2 एमएल सेन्ट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन पन्नी सिफारिस गरिएको छैन)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जस्तै A1, A2, A3; B1, B2, B3।
ढुवानी:
1. सुख्खा बर्फ:नमूनाहरू झोलाहरूमा प्याक गरि ड्राई-बरफमा गाडिनु पर्छ।
2. RNAstable ट्यूबहरू: RNA नमूनाहरू RNA स्थिरीकरण ट्यूब (जस्तै RNAstable®) मा सुकाउन सकिन्छ र कोठाको तापक्रममा पठाउन सकिन्छ।
निम्न विश्लेषण समावेश:
कच्चा डाटा गुणस्तर नियन्त्रण
वैकल्पिक Polyadenylation विश्लेषण (APA)
फ्यूजन ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण
वैकल्पिक विभाजन विश्लेषण
बेन्चमार्किङ युनिभर्सल एकल-प्रतिलिपि अर्थोलग्स (BUSCO) विश्लेषण
उपन्यास ट्रान्सक्रिप्ट विश्लेषण: कोडिङ अनुक्रम (CDS) र कार्यात्मक एनोटेशन को भविष्यवाणी
lncRNA विश्लेषण: lncRNA र लक्ष्यहरूको भविष्यवाणी
MicroSatelight Identification (SSR)
भिन्नता व्यक्त गरिएको ट्रान्सक्रिप्ट (DETs) विश्लेषण
विभेदित जीन (DEGs) विश्लेषण
DEGs र DETs को कार्यात्मक एनोटेशन
BUSCO विश्लेषण
वैकल्पिक विभाजन विश्लेषण
वैकल्पिक Polyadenylation विश्लेषण (APA)
विभेदित जीन (DEGs) र ट्रान्सक्रिप्ट (DETs9 विश्लेषण
DETs र DEGs को प्रोटीन-प्रोटिन अन्तरक्रिया सञ्जाल
BMKGene को PacBio 2+3 पूर्ण-लम्बाइ mRNA अनुक्रमणिका प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत उपलब्ध गराइएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्।
चाओ, Q. et al। (2019) 'पपुलस स्टेम ट्रान्सक्रिप्टोमको विकासात्मक गतिशीलता', प्लान्ट बायोटेक्नोलोजी जर्नल, 17(1), pp. 206-219। doi: 10.1111/PBI.12958।
देङ, एच एट अल। (2022) 'एक्टिनिडिया ल्याटिफोलिया (एस्कॉर्बेट-रिच फ्रुट क्रप) र एसोसिएटेड मोलिक्युलर मेकानिज्म, इन्टरनेशनल जर्नल अफ मोलिक्युलर साइन्सेस, २३(१०), पृ। 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1।
Hua, X. et al। (2022) 'पेरिस पोलिफिलामा बायोएक्टिभ पोलिफिलिनमा संलग्न बायोसिंथेटिक मार्ग जीनहरूको प्रभावकारी भविष्यवाणी', संचार जीवविज्ञान 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10। doi: 10.1038/s42003-022-03000-z।
लिउ, एम एट अल। (2023) 'कम्बाइन्ड PacBio Iso-Seq and Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) Transscriptome and Cytochrome P450 Genes', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1।
वाङ, लिजुन आदि। (2019) 'रिसिनस कम्युनिसमा रिसिनोलिक एसिड बायोसिंथेसिसको राम्रो बुझाइको लागि Illumina RNA अनुक्रमसँग संयुक्त PacBio एकल-अणु वास्तविक-समय विश्लेषण प्रयोग गरेर ट्रान्सक्रिप्टोम जटिलताको सर्वेक्षण', BMC जेनोमिक्स, 20(1), pp. 1-17। doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7।
