हाई-सी आधारित जीनोम असेंबली
हाई-सी प्रोबिङ प्रोक्सिमिटी-आधारित अन्तरक्रिया र उच्च-थ्रुपुट अनुक्रम संयोजन गरेर क्रोमोजोम कन्फिगरेसन क्याप्चर गर्न डिजाइन गरिएको विधि हो। यी अन्तरक्रियाहरूको तीव्रता क्रोमोजोमहरूमा भौतिक दूरीसँग नकारात्मक रूपमा सहसंबद्ध मानिन्छ। तसर्थ, हाइ-सी डाटा ड्राफ्ट जीनोममा जम्मा गरिएका अनुक्रमहरूको क्लस्टरिङ, क्रमबद्ध र अभिमुखीकरण गर्न र क्रोमोजोमहरूको निश्चित संख्यामा एंकरिङ गर्न प्रयोग गरिन्छ। यो प्रविधिले जनसंख्या-आधारित आनुवंशिक नक्साको अभावमा क्रोमोजोम-स्तरको जीनोम एसेम्बलीलाई सशक्त बनाउँछ। प्रत्येक एकल जीनोमलाई हाई-सी चाहिन्छ।
सेवा सुविधाहरू
● PE150 सँग Illumina NovaSeq मा अनुक्रमण।
● सेवालाई निकासी गरिएको न्यूक्लिक एसिडको सट्टा, फर्माल्डिहाइडसँग क्रस-लिङ्क गर्न र DNA-प्रोटिन अन्तरक्रियाहरू संरक्षण गर्न टिश्यू नमूनाहरू आवश्यक पर्दछ।
● हाई-सी प्रयोगमा बायोटिनको साथ टाँसिने छेउहरूको प्रतिबन्ध र अन्त्य मर्मत समावेश छ, त्यसपछि अन्तरक्रियाहरू सुरक्षित गर्दै परिणामस्वरूप ब्लन्ट छेउहरूको सर्कुलराइजेशन। त्यसपछि डिएनएलाई स्ट्रेप्टाभिडिन मोतीले तल तानिन्छ र त्यसपछिको पुस्तकालयको तयारीको लागि शुद्ध गरिन्छ।
सेवा लाभहरू
Hi-C को अवलोकन
(लाइबरम्यान-एडेन ई एट अल।,विज्ञान, 2009)
●आनुवंशिक जनसंख्या डेटाको आवश्यकतालाई हटाउने:हाई-सीले कन्टिग एन्करिङका लागि आवश्यक जानकारीलाई प्रतिस्थापन गर्छ।
●उच्च मार्कर घनत्व:90% माथि उच्च कन्टिग एन्करिङ अनुपातमा अग्रणी।
●विस्तृत विशेषज्ञता र प्रकाशन रेकर्ड:BMKGene सँग 1000 विभिन्न प्रजातिहरू र विभिन्न पेटेन्टहरूबाट हाइ-सी जेनोम एसेम्ब्लीका 2000 भन्दा बढी केसहरूसँग ठूलो अनुभव छ। 200 भन्दा बढी प्रकाशित केसहरूमा 2000 भन्दा बढीको संचयी प्रभाव कारक छ।
●उच्च दक्ष बायोइन्फर्मेटिक्स टोली:Hi-C प्रयोगहरू र डेटा विश्लेषणका लागि इन-हाउस प्याटेन्टहरू र सफ्टवेयर प्रतिलिपि अधिकारहरूसँग, स्व-विकसित भिजुअलाइजेशन डेटा सफ्टवेयरले म्यानुअल ब्लक सार्न, रिभर्सिङ, रिभोकिङ, र रिडू गर्ने सक्षम बनाउँछ।
●पोस्ट-बिक्री समर्थन:हाम्रो प्रतिबद्धता 3-महिना पछि-बिक्री सेवा अवधि संग परियोजना समाप्ति बाहिर विस्तार छ। यस समयमा, हामी परिणामहरूसँग सम्बन्धित कुनै पनि प्रश्नहरू सम्बोधन गर्न परियोजना फलो-अप, समस्या निवारण सहायता, र प्रश्नोत्तर सत्रहरू प्रस्ताव गर्दछौं।
●व्यापक एनोटेशन: हामी पहिचान गरिएका भिन्नताहरूका साथ जीनहरूलाई कार्यात्मक रूपमा एनोटेट गर्न र सम्बन्धित संवर्धन विश्लेषण गर्न, बहुविध अनुसन्धान परियोजनाहरूमा अन्तर्दृष्टि प्रदान गर्न धेरै डाटाबेसहरू प्रयोग गर्छौं।
सेवा विशिष्टताहरू
| पुस्तकालय तयारी | अनुक्रम रणनीति | सिफारिस गरिएको डाटा आउटपुट | गुणस्तर नियन्त्रण |
| हाई-सी पुस्तकालय | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q३० ≥ ८५% |
नमूना आवश्यकताहरू
| टिस्यु | आवश्यक रकम |
| पशु भिसेरा | ≥ 2 ग्राम |
| पशु मांसपेशी | |
| स्तनधारी रगत | ≥ 2 एमएल |
| कुखुरा/माछाको रगत | |
| बिरुवा - ताजा पात | ≥ 3 ग्राम |
| सुसंस्कृत कोशिकाहरू | ≥ 1x107 |
| कीरा | ≥ 2 ग्राम |
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रम
डाटा विश्लेषण
बिक्री पछि सेवाहरू
1) कच्चा डाटा QC
2) हाई-सी लाइब्रेरी QC: मान्य हाई-सी अन्तरक्रियाहरूको अनुमान
3) हाई-सी असेम्ब्ली: समूहहरूमा कन्टिगहरूको क्लस्टरिंग, त्यसपछि प्रत्येक समूह भित्र कन्टिग क्रमबद्ध गरेर र कन्टिग अभिमुखीकरण तोक्ने।
4) हाई-सी मूल्याङ्कन
हाई-सी लाइब्रेरी QC - हाई-सी मान्य अन्तरक्रिया जोडीहरूको अनुमान
हाई-सी विधानसभा - तथ्याङ्क
पोस्ट-एसेम्बली मूल्याङ्कन - डिब्बाहरू बीच सिग्नल तीव्रताको तापम्याप
प्रकाशनहरूको क्युरेट गरिएको संग्रह मार्फत BMKGene को Hi-C असेम्ब्ली सेवाहरूद्वारा सहजीकरण गरिएका प्रगतिहरू अन्वेषण गर्नुहोस्।
Tian, T. et al। (2023) 'जिनोम एसेम्बली एण्ड जेनेटिक डिसेक्शन अफ ए प्रॉमिनेन्ट ड्राउट रेसिस्टेन्ट मकै जर्मप्लाज्म', नेचर जेनेटिक्स २०२३ ५५:३, ५५(३), पीपी ४९६–५०६। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y।
वाङ, ZL et al। (२०२०) 'ए क्रोमोजोम-स्केल एसेम्बली अफ द एशियन हनीबी एपिस सेराना जेनोम', फ्रन्टियर्स इन जेनेटिक्स, ११, पृ। 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX।
Zhang, F. et al। (2023) 'Solanaceae परिवारमा दुई जीनोमहरू विश्लेषण गरेर ट्रोपेन अल्कालोइड बायोसिन्थेसिसको विकासको खुलासा', नेचर कम्युनिकेशन्स 2023 14:1, 14(1), pp. 1-18। doi: 10.1038/s41467-023-37133-4।
Zhang, X. et al। (2020) 'Benyan Tree र Pollinator Wasp को Genomes Provided Insights into Fig-wasp Coevolution', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17। doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
