युकेरियोटिक mRNA विश्लेषण (सन्दर्भ आधारित र डे नोवो विकल्प उपलब्ध)
यो पाइपलाइनले NGS RNA-Seq डाटालाई इनपुटको रूपमा प्रयोग गर्दछ र बहु डाउनस्ट्रीम विश्लेषणहरूबाट परिणामहरू उत्पादन गर्दछ जसमा समावेश छ तर सीमित छैन: डेटा गुणस्तर मूल्याङ्कन, अनुक्रमणिका,नयाँट्रान्सक्रिप्शन साइट एनोटेशन, चर स्प्लिसिङ विश्लेषण, विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण, प्रकार्य एनोटेशन र संवर्धन विश्लेषण।
लामो गैर-कोडिङ आरएनए विश्लेषण
लामो गैर-कोडिङ RNAs (lncRNA) 200 nt भन्दा लामो लम्बाइ भएका गैर-कोडिङ ट्रान्सक्रिप्टहरू हुन् र क्रोमाटिन संगठन र नियमनमा भूमिका खेल्न जानिन्छ। हाई-थ्रुपुट सिक्वेन्सिङ टेक्नोलोजीहरू र बायोइन्फर्मेटिकले महत्त्वपूर्ण नियामक कार्यहरूसँग lncRNA हरू पहिचान गर्न lncRNA अनुक्रमहरू र स्थिति जानकारीलाई बुझाउन सशक्त बनाएको छ। यो पाइपलाइनले युकेरियोटिक mRNA विश्लेषण पाइपलाइनमा उल्लेख गरिएका विश्लेषणहरूको अतिरिक्त lncRNA विश्लेषण प्रदान गर्दछ।
16S/18S/ITS एम्प्लिकन अनुक्रमण
एम्प्लिकन सिक्वेन्सिङ माइक्रोबियल डाइभर्सिटी एनालिसिस पाइपलाइन माइक्रोबियल डाइभर्सिटी प्रोजेक्ट एनालिसिसमा वर्षौंको अनुभवको आधारमा विकसित गरिएको थियो। पाइपलाइनले मानकीकृत आधारभूत विश्लेषण समावेश गर्दछ, जसले वर्तमान माइक्रोबियल अनुसन्धान र व्यक्तिगत विश्लेषणको मुख्यधारा विश्लेषण सामग्री समावेश गर्दछ। विश्लेषण रिपोर्ट धनी र व्यापक छ, विविध व्यक्तिगत विश्लेषण गर्न विकल्प संग। थप रूपमा, नमूनाहरू र समूहहरू अतिरिक्त अनुकूलन र नियन्त्रणको लागि उडानमा परिमार्जन गर्न सकिन्छ।
शटगन मेटाजेनोमिक्स विश्लेषण
शटगन मेटाजेनोमिक विश्लेषण पाइपलाइनले वातावरणीय नमूनाहरूबाट निकालिएको मिश्रित जीनोमिक सामग्रीबाट NGS डेटा प्रयोग गर्दछ। समावेश गरिएका विश्लेषणहरूले प्रजाति विविधता र प्रचुरता, जनसंख्या संरचना, फाइलोजेनेटिक सम्बन्ध, कार्यात्मक जीनहरू, र वातावरणीय कारकहरूसँग सहसंबंध नेटवर्कहरूमा विस्तृत जानकारी प्रदान गर्दछ।
NGS-WGS संस्करण विश्लेषण
NGS-WGS भेरियन्ट विश्लेषण एक एकीकृत भेरियन्ट पत्ता लगाउने पाइपलाइन हो जसले डेटा गुणस्तर नियन्त्रण, अनुक्रम पङ्क्तिबद्धता, एनोटेसन, र जीन उत्परिवर्तन विश्लेषण गर्दछ। पाइपलाइनले SNP र InDel पत्ता लगाउनका लागि GATK उत्कृष्ट अभ्यासहरू पछ्याउँछ र संरचनात्मक भेरियन्ट कलिङका लागि Manta प्रयोग गर्दछ।
जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडी (GWAS)
GWAS पाइपलाइन एक डाउनस्ट्रीम विश्लेषण हो जसले पहिले उत्पन्न गरिएका VCF फाइलहरू र व्यक्तिहरूको समूहका लागि सम्बन्धित फेनोटाइप डेटा इनपुटको रूपमा लिन्छ। विशिष्ट सांख्यिकीय विधिहरू प्रयोग गरेर, GWAS ले फिनोटाइपिक भिन्नताहरूसँग सम्बन्धित जीनोम-वाइड न्यूक्लियोटाइड भिन्नताहरू उजागर गर्ने लक्ष्य राख्छ। यसले जटिल मानव रोगहरू र बोटबिरुवा र जनावरहरूमा जटिल लक्षणहरूसँग सम्बन्धित कार्यात्मक जीनहरू अन्वेषण गर्न महत्त्वपूर्ण भूमिका खेल्छ।
बल्क पृथकीकरण विश्लेषण (BSA)
BSA विश्लेषणले पृथक जनसंख्याबाट चरम फेनोटाइपिक लक्षण भएका व्यक्तिहरूलाई जम्मा गर्ने समावेश गर्दछ। पोल गरिएको नमूनाहरू बीचको भिन्नता लोकी तुलना गरेर, यो दृष्टिकोणले लक्ष्य जीनहरूसँग सम्बन्धित नजिकबाट जोडिएका आणविक मार्करहरूलाई द्रुत रूपमा पहिचान गर्दछ। बिरुवा र जनावरहरूको आनुवंशिक म्यापिङमा व्यापक रूपमा प्रयोग गरिन्छ, यो मार्कर-सहायता प्रजननको लागि एक बहुमूल्य उपकरण हो।
इभोलुसनरी जेनेटिक्स विश्लेषण
इभोलुसनरी जेनेटिक्स एनालिसिस कार्यप्रवाहले आनुवंशिक विकास परियोजनाहरूमा BMKGENE को व्यापक अनुभवको लाभ उठाउँछ र यसमा फाइलोजेनेटिक रूख निर्माण, लिङ्केज असमानता विश्लेषण, आनुवंशिक विविधता मूल्याङ्कन, चयनात्मक स्वीप पहिचान, नाता विश्लेषण, प्रमुख घटक र जनसंख्या संरचनाको विश्लेषण समावेश छ।
