မျိုးရိုးဗီဇ Bisul fi te sequencing (WGBS)
မျိုးရိုးဗီဇ Bisfulmite အစီအစဉ် (WGBS) သည် DNA Methylation ကိုအသေးစိတ်ရှာဖွေခြင်းအတွက်ရွှေစံနည်းစနစ်များ, အထူးသဖြင့် cytosine တွင်ပဉ္စမအနေအထား (5-MC) ၏အဓိကရည်ရွယ်ချက်နှင့်တနင်္ဂနွေ၏အရေးပါမှုကိုပြုလုပ်သည်။ WGBS ၏အခြေခံနိယာမသည် bisflofite ကုသမှုကို Uracil (C သို့) သို့မပြောင်းလဲဘဲမပြောင်းလဲဘဲနေသည့် Methylated cytosines များကိုထွက်ခွာသွားစဉ်ကမညီမျှသော cytosesines များကိုပြောင်းလဲခြင်းကိုဖြစ်ပေါ်စေသည်။ ဤနည်းစနစ်သည်တစ်ခုတည်းသောအခြေအနေသို့ဆုံးဖြတ်ချက်ချပြီးသုတေသီများအား methymome ကိုပြည့်စုံစွာစုံစမ်းစစ်ဆေးရန်နှင့်အခြေအနေအမျိုးမျိုးနှင့်ဆက်စပ်သောကင်ဆာရောဂါနှင့်သက်ဆိုင်သောပုံမှန်မဟုတ်သော methylation ပုံစံများကိုဖော်ထုတ်ရန်ခွင့်ပြုသည်။ WGBS ကိုအသုံးပြုခြင်းအားဖြင့်သိပ္ပံပညာရှင်များသည်မတူကွဲပြားသောဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလုပ်ငန်းစဉ်များနှင့်ရောဂါများကိုအခြေခံသည့် epigenetic ယန္တရားများကိုနားလည်သဘောပေါက်သောမျိုးရိုးဗီဇကျယ်ပြန့်သော methylation methylation landscapes များသို့မတူနိုင်သည့်ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကိုရရှိနိုင်ပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
# ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇလိုအပ်တယ်။
● Lambda DNA ကို Bisfultite ကူးပြောင်းခြင်းထိရောက်မှုကိုစောင့်ကြည့်ရန်ထည့်သွင်းထားသည်။
● Illumina Novasq တွင်အစီအစဉ်။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●DNA Methylation သုတေသနအတွက်ရွှေစံဖြေ - ဒီရင့်ကျက်တဲ့ methylation ပြောင်းလဲခြင်းနည်းပညာဟာတိတိကျကျနဲ့ကောင်းသောမျိုးပွားနိုင်မှုမြင့်မားခြင်း,
●ကျယ်ပြန့်လွှမ်းခြုံမှုနှင့်တစ်ခုတည်းသောအခြေစိုက်စခန်း resolution:မျိုးရိုးဗီဇ - ကျယ်ပြန့်အဆင့်မှာ methylation ဆိုဒ်များကိုထောက်လှမ်း။
●ပြည့်စုံသောပလက်ဖောင်း:နမူနာအပြောင်းအလဲနဲ့စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေးအတွက်နမူနာထုတ်လုပ်ခြင်း, စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေးအတွက်အဆင့်မြင့်အကောင်းဆုံး 0 န်ဆောင်မှုပေးပါ။
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှုဖြေ - WGBS အစီအစဉ်များနှင့်မတူကွဲပြားသောမျိုးစိတ်များကိုအောင်မြင်စွာပြီးစီးခဲ့သည်။ BMKGENENE သည်ဆယ်စုနှစ်တစ်ခုကျော်အတွေ့အကြုံ, ကျွမ်းကျင်သောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာအဖွဲ့များ,
●transcriptomics ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာနှင့်အတူပူးပေါင်းရန်ဖြစ်နိုင်ခြေဖြေ - WGBS ကို rins-seq ကဲ့သို့သောအခြားအိုမင်းကြီးများနှင့်ပေါင်းစပ်ထားသော WGBS ကိုပေါင်းစည်းရန်ခွင့်ပြုခြင်း။
နမူနာသတ်မှတ်ချက်များ
| စာကြည့်တိုက် | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုဒေတာ output ကို | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| bisfulfite ကုသ | illumina pe150 | 30x အတိမ်အနက် | Q30 ≥ 85% Bisfulfite ကူးပြောင်းခြင်း> 99% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| အာရုံစူးစိုက်မှု (NG / μl) | စုစုပေါင်းပမာဏ (μg) | အပိုဆောင်းလိုအပ်ချက်များ | |
| Genomic DNA | ≥ 5 | ≥ 400 NG | ကန့်သတ်သောယုတ်ညံ့ခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု |
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
DNA ထုတ်ယူခြင်း
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ဒေတာပေးပို့
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
●အရည်အသွေးဆိုင်ရာထိန်းချုပ်မှုကိုသတ်မှတ်ခြင်း,
●ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇကိုမြေပုံဆွဲခြင်း,
● 5MC Methylated Seeds ကိုရှာဖွေခြင်း,
● methylation ဖြန့်ဖြူးခြင်းနှင့်မှတ်စုများကိုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း,
●ကွဲပြားခြားနားသော methyisment ဒေသများ (DMRS) ကိုလေ့လာခြင်း (DMRS),
● DMRs နှင့်ဆက်စပ်သောမျိုးရိုးဗီဇ၏လုပ်ဆောင်မှုကိုမှတ်သားထားသောမှတ်စုများ။
5MC methylation detection: methylated ဆိုဒ်များအမျိုးအစားများ
methylation မြေပုံ။ 5Mc methylum ကိုမျိုးရိုးဗီဇ - ကျယ်ပြန့်ဖြန့်ဖြူး
မြင့်မားသော methylated ဒေသများ၏မှတ်စုများ
ကွဲပြားခြားနား methylated ဒေသများ: ဆက်စပ်ဗီဇ
ကွဲပြားခြားနားသော methylated တိုင်းဒေသကြီးများ - ဆက်စပ်မျိုးဗီဇ၏မှတ်စုများ (Gene Ontology)
BMKGENE ၏မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးဆက်ဆိုင်ရာပဇာတပင်ကိုကုသပေးသည့်စာပေများစုဆောင်းခြင်းဖြင့်ပြုလုပ်သောသုတေသနတိုးတက်မှုများကိုလေ့လာပါ။
ပန်ကာ, y. et al ။ (2020) 'Skeletal Muscle Development တွင် Genomain BisULUSTS Sequencing ကို သုံး. ' 2020 DNA Methylation Profiles များကိုဆန်းစစ်ခြင်း ",BMC Genomics21 (1), စစ။ 1-15 ။ DOI: 10.1186 / S12864-020-20-51-5 ။
ZHAO, X. ET al ။ (2022) '0 တ်ထုဆိုင်ရာဒိုနိုရီယိုဗက်ခရိုနီလီယန်အက်ဆစ်သည်ဗီနိုင်းကလိုရိုက်နှင့်ထိတွေ့မိသောအလုပ်သမားများတွင်အဆင်ပြေစွာပြဌာန်းထားသည်။အဆိပ်အတောက်နှင့်စက်မှုကျန်းမာရေး377-388, 38 (7), 3), PP ။ DOI: 10.1177 / 07482337221098600
Zuo, ဂျေ et al ။ (2020) 'မျိုးရိုးဗီဇ methylation, coding non-coding rnas, mrnas နှင့် mrnas နှင့် metabolites's',အပင်ဂျာနယ်103 (3), PP ။ 980-994 ။ DOI: 10.1111 / tpj.147778 ။
