Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
အလုပ်အသွားအလာ
နည်းပညာပိုင်းဆိုင်ရာအစီအစဉ်
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
● NovaSeq တွင် PE150 ဖြင့် စီစစ်ခြင်း။
● နမူနာပေါင်း 1000 ကျော်ကို ဘားကုဒ်နှစ်ထပ်ဖြင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု။
● ဤနည်းပညာကို ကိစ္စတစ်ခုစီအတွက် မတူညီသော bioinformatic pipelines များဖြင့် အကိုးအကားဂျီနိုမ်တစ်ခုနှင့် သို့မဟုတ် မပါဘဲ အသုံးပြုနိုင်ပါသည်။
ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်- SNP နှင့် InDel ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု
အကိုးအကားမရှိသော ဂျီနိုမ်- နမူနာအစုအဝေးနှင့် SNP ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု
● မြန်မာလိုဆီလီကိုဒီဇိုင်းအကြိုအဆင့်တွင် ကန့်သတ်အင်ဇိုင်းအများအပြားပေါင်းစပ်မှုများကို ဂျီနိုမ်တစ်လျှောက် SLAF တက်ဂ်များ တစ်ပြေးညီ ဖြန့်ကျက်ထုတ်လုပ်မည့်သူများကို ရှာဖွေရန် စိစစ်ထားသည်။
● စမ်းသပ်မှုအကြိုကာလအတွင်း၊ SLAF စာကြည့်တိုက် 9 ခုကိုထုတ်လုပ်ရန်အတွက် နမူနာ 3 ခုတွင် အင်ဇိုင်းပေါင်းစပ်သုံးခုကို စမ်းသပ်ပြီး ၎င်းအချက်အလက်များကို ပရောဂျက်အတွက် အကောင်းဆုံးကန့်သတ်အင်ဇိုင်းပေါင်းစပ်မှုကို ရွေးချယ်ရန် ဤအချက်အလက်ကို အသုံးပြုပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●မြင့်မားသော မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသား ရှာဖွေမှု: high-throughput double barcode system ကို ပေါင်းစည်းခြင်းသည် ကြီးမားသောလူဦးရေကို တပြိုင်နက်တည်း စီစစ်နိုင်စေပြီး၊ နေရာဒေသအလိုက် ချဲ့ထွင်ခြင်းအား ထိရောက်မှု တိုးမြင့်စေပြီး tag နံပါတ်များသည် အမျိုးမျိုးသော သုတေသနမေးခွန်းများ၏ ကွဲပြားသော လိုအပ်ချက်များနှင့် ပြည့်မီကြောင်း သေချာစေပါသည်။
● Genome အပေါ်မှီခိုမှုနည်းပါးသည်။: ၎င်းကို ရည်ညွှန်းထားသော ဂျီနိုမ် သို့မဟုတ် မပါဘဲ မျိုးစိတ်များတွင် အသုံးချနိုင်သည်။
●Flexible Scheme ဒီဇိုင်း: Single-enzyme၊ dual-enzyme၊ multi-enzyme အစာခြေခြင်းနှင့် ကွဲပြားသော သုတေသနပန်းတိုင်များ သို့မဟုတ် မျိုးစိတ်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးရန်အတွက် အင်ဇိုင်းအမျိုးအစားအမျိုးမျိုးကို ရွေးချယ်နိုင်သည်။ ဟိဆီလီကိုအကောင်းမွန်ဆုံး အင်ဇိုင်းဒီဇိုင်းကို သေချာစေရန်အတွက် ကြိုတင် ဒီဇိုင်းကို လုပ်ဆောင်ပါသည်။
● Enzymatic Digestion အတွက် မြင့်မားသော စွမ်းဆောင်ရည်: တစ်ခု၏ လုပ်ဆောင်မှုဆီလီကိုအကြိုဒီဇိုင်းနှင့် အကြိုစမ်းသပ်မှုတစ်ခုသည် ခရိုမိုဆုန်းပေါ်တွင် SLAF တဂ်များကိုပင် ဖြန့်ချီပြီး အထပ်ထပ်အစီအစဥ် (<5%) ကို လျှော့ချပေးခြင်းဖြင့် အကောင်းဆုံးဒီဇိုင်းကို အာမခံပါသည်။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: ကျွန်ုပ်တို့၏အဖွဲ့သည် အပင်များ၊ နို့တိုက်သတ္တဝါများ၊ ငှက်များ၊ အင်းဆက်များနှင့် ရေနေသတ္တဝါများအပါအဝင် မျိုးစိတ်ပေါင်း ရာနှင့်ချီရှိ SLAF-Seq ပရောဂျက်ပေါင်း 5000 ကျော်ကို ပိတ်ပစ်သည့် မှတ်တမ်းတစ်ခုနှင့်အတူ ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။
● ကိုယ်တိုင်တီထွင်ထားသော Bioinformatic Workflow: BMKGENE သည် နောက်ဆုံးထွက်ရှိမှု၏ ယုံကြည်စိတ်ချရမှုနှင့် တိကျမှုကို သေချာစေရန် SLAF-Seq အတွက် ပေါင်းစပ်ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ အလုပ်အသွားအလာကို တီထွင်ခဲ့သည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအမျိုးအစား | အကြံပြုထားသော လူဦးရေအတိုင်းအတာ | Sequence ဗျူဟာ | |
| tag sequence ၏အတိမ်အနက် | တက်ဂ်နံပါတ် | ||
| မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံများ | မိဘ ၂ ပါးနှင့် အမျိုးအနွယ် ၁၅၀ ကျော် | မိဘများ- 20x WGS မျိုးပွားခြင်း- 10x | Genome အရွယ်အစား- <400 Mb- WGS ကို အကြံပြုထားသည်။ <1Gb: 100K တဂ်များ 1-2Gb:: 200K တဂ်များ >2Gb- 300K တဂ်များ အများဆုံး 500k တဂ် |
| Genome-Wide Association Studies (GWAS) | နမူနာ ≥200 | 10x | |
| မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် | ≥30 နမူနာများ၊ အုပ်စုတစ်ခုစီမှ နမူနာ 10 ခု ပါရှိသည်။ | 10x | |
ဝန်ဆောင်မှုလိုအပ်ချက်များ
အာရုံစူးစိုက်မှု ≥ 5 ng/µL
စုစုပေါင်းပမာဏ ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose ဂျယ်- လုံးဝပျက်စီးခြင်း သို့မဟုတ် ညစ်ညမ်းခြင်း မရှိပါ။
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge ပြွန်
(နမူနာအများစုအတွက်၊ အီသနောကို မထိန်းသိမ်းဖို့ အကြံပြုထားပါတယ်။)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- နမူနာများကို တင်ပြသည့်နမူနာအချက်အလက်ဖောင်အတွက် ရှင်းရှင်းလင်းလင်း တံဆိပ်တပ်ထားရန် လိုအပ်ပါသည်။
ပို့ဆောင်မှု- ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင် ဦးစွာထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်၌ မြှုပ်နှံရန် လိုအပ်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းအသွားအလာ
နမူနာ QC
စမ်းသပ်မှု
SLAF- စမ်းသပ်မှု
စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်ခြင်း။
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါဝင်သည်-
- အချက်အလက် QC စီစစ်ခြင်း။
- SLAF တက်ဂ်ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု
ဂျီနိုမ်ကိုရည်ညွှန်းရန် မြေပုံဆွဲခြင်း။
ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်မပါပဲ- အစုလိုက်အပြုံလိုက်
- SLAF တဂ်များကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။- စာရင်းဇယားများ၊ ဂျီနိုမ်တစ်လျှောက် ဖြန့်ဖြူးခြင်း။
- အမှတ်အသားရှာဖွေတွေ့ရှိမှု- SNP၊ InDel၊ SNV၊ CV ခေါ်ဆိုမှုနှင့် မှတ်ချက်
ခရိုမိုဆုန်းများပေါ်တွင် SLAF တဂ်များ ဖြန့်ဝေခြင်း-
ခရိုမိုဆုန်းများပေါ်တွင် SNPs ဖြန့်ဝေခြင်း-
SNP မှတ်ချက်
| တစ်နှစ် | ဂျာနယ် | IF | ခေါင်းစဉ် | အသုံးချမှု |
| ၂၀၂၂ | သဘာဝဆက်သွယ်ရေး | ၁၇,၆၉၄ | သစ်ပင် peony ၏ giga-chromosomes နှင့် Giga-genome တို့၏ မျိုးရိုးဗီဇအခြေခံ Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | ဇီဝဗေဒပညာရှင်အသစ် | ၇.၄၃၃ | အိမ်တွင်းမှုခြေရာများသည် စိုက်ပျိုးရေးအတွက် အရေးပါသော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ကျောက်ချထားသည်။ ပဲပိစပ် | SLAF-GWAS |
| ၂၀၂၂ | အဆင့်မြင့်သုတေသနဂျာနယ် | ၁၂,၈၂၂ | G. hirsutum သို့ Gossypium barbadense ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော အတုအယောင် ကျူးကျော်ဝင်ရောက်မှုများ ဝါဂွမ်းမျှင်များ၏ အရည်အသွေးနှင့် အထွက်နှုန်းကို တစ်ပြိုင်နက်တည်း တိုးတက်စေရန်အတွက် သာလွန်ကောင်းမွန်သော နေရာတစ်ခုကို ဖော်ထုတ်ပါ။ စရိုက်များ | SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ |
| 2019 ခုနှစ် | မော်လီကျူးစက်ရုံ | ၁၀.၈၁ | လူဦးရေမျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် De Novo ညီလာခံ Weedy ၏မူလအစကိုဖော်ပြသည်။ Evolutionary Game အဖြစ် ဆန် | SLAF-ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်မျိုးဗီဇ |
| 2019 ခုနှစ် | သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ | ၃၁၊၆၁၆ | ဘုံငါးကြင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇ ကွဲပြားမှုနှင့် Cyprinus carpio | SLAF-Linkage မြေပုံ |
| ၂၀၁၄ | သဘာဝမျိုးရိုးဗီဇ | ၂၅,၄၅၅ | စိုက်ပျိုးမြေပဲ၏ ဂျီနိုမီသည် ပဲပင် karyotypes၊ polyploid တို့ကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် သီးနှံစိုက်ပျိုးရေး။ | SLAF-Linkage မြေပုံ |
| ၂၀၂၂ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | ၉.၈၀၃ | ST1 ကို ဖော်ထုတ်ခြင်းသည် မျိုးစေ့ပုံသဏ္ဍာန်ကို အထွတ်အထိပ်တက်ခြင်း ပါ၀င်သည့် ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်။ ပဲပိစပ်မွေးချိန်တွင် ဆီပါဝင်မှု | SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု |
| ၂၀၂၂ | နိုင်ငံတကာ မော်လီကျူးသိပ္ပံဂျာနယ် | ၆။၂၀၈ | Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) အတွက် ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် DNA အမှတ်အသား ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု Disomic Chromosome အစားထိုးခြင်း။ | SLAF-Marker ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု |
| တစ်နှစ် | ဂျာနယ် | IF | ခေါင်းစဉ် | အသုံးချမှု |
| ၂၀၂၃ | အပင်သိပ္ပံနယ်နိမိတ် | ၆.၇၃၅ | Pyrus pyrifolia အသီးရင့်မှည့်ချိန်တွင် သကြားပါဝင်မှုကို QTL မြေပုံဆွဲခြင်းနှင့် စာသားမှတ်တမ်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း | မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံ |
| ၂၀၂၂ | အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် | ၈။၁၅၄ | ST1 ကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းသည် ပဲပိစပ်အမွေးပေါက်စဉ် အစေ့၏ ပုံသဏ္ဍာန်နှင့် ဆီပါဝင်မှု အတက်အဆင်း ပါဝင်သည့် ရွေးချယ်မှုကို ဖော်ပြသည်
| SNP ခေါ်ဆိုခြင်း။ |
| ၂၀၂၂ | အပင်သိပ္ပံနယ်နိမိတ် | ၆.၆၂၃ | မိုးခေါင်ရေရှားပတ်ဝန်းကျင်ရှိ အချည်းနှီးသောမျိုးရိုးဗီဇများကို ဂျီနိုမီကျယ်ပြန့်သောအဖွဲ့အစည်းမြေပုံဆွဲခြင်း။
| GWAS |
