အသေးစား RNA Sequencing-Illumina
အင်္ဂါရပ်များ
● စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုတွင် အရွယ်အစားရွေးချယ်မှုအဆင့်တစ်ခု ပါဝင်သည်။
● miRNA ခန့်မှန်းချက်နှင့် ၎င်းတို့၏ ပစ်မှတ်များကို ဗဟိုပြု၍ ဇီဝအချက်အလက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●ပြည့်စုံသော bioinformatics ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း-လူသိများပြီး ဆန်းသစ်သော miRNAs နှစ်မျိုးလုံးကို ဖော်ထုတ်နိုင်ခြင်း၊ miRNA ပစ်မှတ်များကို ဖော်ထုတ်ခြင်းနှင့် ဒေတာဘေ့စ်များစွာဖြင့် ဆက်စပ်လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်ချက်များနှင့် ကြွယ်ဝစေခြင်း (KEGG, GO)
●တင်းကျပ်သောအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုနမူနာနှင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမှ စီစစ်ခြင်းနှင့် ဇီဝအချက်အလက်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအထိ အဆင့်အားလုံးတွင် ကျွန်ုပ်တို့သည် အဓိကထိန်းချုပ်မှုအမှတ်များကို အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။ ဤစေ့စပ်သေချာစွာ စောင့်ကြည့်စစ်ဆေးခြင်းသည် အရည်အသွေးမြင့် ရလဒ်များကို တသမတ်တည်း ပေးဆောင်ရန် သေချာစေသည်။
●အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လ-ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ မျိုးစိတ်ပေါင်း 300 ကျော်ကို လွှမ်းခြုံထားသည့် sRNA ပရောဂျက်များစွာကို အောင်မြင်စွာပိတ်သိမ်းနိုင်ခဲ့သော မှတ်တမ်းတစ်ခုနှင့်အတူ၊ ကျွန်ုပ်တို့အဖွဲ့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | ပလပ်ဖောင်း | အကြံပြုထားသော အချက်အလက် | ဒေတာ QC |
| အရွယ်အစားကို ရွေးချယ်ထားသည်။ | Illumina SE50 | 10M-20M ဖတ်တယ်။ | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
● အပင်များ
အမြစ်၊ ပင်စည် သို့မဟုတ် ပန်းပွင့်: 450 မီလီဂရမ်
အရွက် သို့မဟုတ် အစေ့: 300 မီလီဂရမ်
အသီး: 1.2 ဂရမ်
● တိရစ္ဆာန်
နှလုံး သို့မဟုတ် အူလမ်းကြောင်း: 450 မီလီဂရမ်
ကလီစာ သို့မဟုတ် ဦးနှောက်: 240 မီလီဂရမ်
ကြွက်သား: 600 မီလီဂရမ်
အရိုး၊ ဆံပင် သို့မဟုတ် အရေပြား- 1.5g
● Arthropods-
အင်းဆက်များ : 9g
Crustacea: 450 မီလီဂရမ်
● သွေးတစ်ခုလုံး: 2 ပြွန်
● ဆဲလ်များ- 106 ဆဲလ်များ
● သွေးရည်ကြည်နှင့် ပလာစမာ-6 mL
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊ B1, B2, B3 ။
တင်ပို့မှု-
1. ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2. RNAstable tubes- RNA နမူနာများကို RNA stabilization tube (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝအချက်အလက်
● ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● sRNA အမျိုးအစားခွဲခြားခြင်း။
● ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်သို့ ချိန်ညှိခြင်း။
● လူသိများပြီး ဆန်းသစ်သော miRNA ကို ဖော်ထုတ်ခြင်း။
● Differential miRNA စကားရပ် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
● miRNA ပစ်မှတ်များ၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်
miRNA ကို ဖော်ထုတ်ခြင်း- ဖွဲ့စည်းပုံနှင့် အနက်
miRNA ၏ ကွဲပြားသောအသုံးအနှုန်း - အထက်အောက်အစုအဝေး
ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော miRNA များ၏ ပစ်မှတ်၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်
BMKGene ၏ sRNA စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုများမှ ပံ့ပိုးပေးထားသော သုတေသနဆိုင်ရာတိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ။
Chen, H. et al. (2023) 'ဗိုင်းရပ်စ်ကူးစက်မှုများသည် Panax notoginseng ရှိ saponin ဇီဝပေါင်းစပ်မှုနှင့် အလင်းပြန်မှုပေါင်းစပ်ခြင်းကို တားစီးသည်'၊ Plant Physiology and Biochemistry, 203, p. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038။
Li, H. et al. (2023) 'အပင် FYVE ဒိုမိန်းပါဝင်သော ပရိုတင်း FREE1 သည် miRNA biogenesis ကိုဖိနှိပ်ရန် မိုက်ခရိုပရိုဆက်ဆာ အစိတ်အပိုင်းများနှင့် ဆက်စပ်နေသည်'၊ EMBO အစီရင်ခံစာများ၊ 24(1)။ doi- 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF။
Yu, J. et al ။ (2023) 'MicroRNA Ame-Bantam-3p သည် Honeybee၊ Apis mellifera ရှိ ပျားရည်ရှိ ဗီဇ 8 ဗီဇ (megf8) မျိုးစုံကို Epidermal Growth Factor-like Domains 8 မျိုး (megf8) ကို ပစ်မှတ်ထားခြင်းဖြင့် Larval Pupal ဖွံ့ဖြိုးမှုကို ထိန်းချုပ်ပေးသည်'၊ International Journal of Molecular Sciences, 24(6), p . 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1။
Zhang, အမ် et al ။ (2018) 'အသားအရည်အသွေးနှင့်ဆက်စပ်နေသော MiRNA နှင့် မျိုးဗီဇများကို ပေါင်းစပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း Gga-MiR-140-5p သည် ကြက်များတွင် ကြွက်သားတွင်းအဆီထွက်ခြင်းကို သက်ရောက်စေသည်'၊ ဆဲလ်လူလာဇီဝကမ္မဗေဒနှင့် ဇီဝဓာတုဗေဒ၊ 46(6)၊ စ. 2421-2433။ doi: 10.1159/000489649။
