ကိုယ်စားပြုမှုကိုကိုယ်စားပြုမှု Bisflite အစီအစဉ် (RRBS)
DNA Methylation သုတေသနအတွက်မျိုးရိုးဗီဇ bisfloy sequencing (WGBS) အတွက်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာဘိသဖင်အစီအစဉ်များအတွက်ကုန်ကျစရိတ်သက်သာပြီးထိရောက်သောအခြားရွေးချယ်စရာတစ်ခုအဖြစ်ပေါ်ထွက်လာခဲ့သည်။ WGBS သည်မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံးကိုအခြေခံဆုံးဖြတ်ချက်ဖြင့်မျိုးရိုးဗီဇတစ်ခုလုံးကိုဆန်းစစ်ခြင်းအားဖြင့်ပြည့်စုံသောထိုးထွင်းသိမြင်မှုကိုပေးသော်လည်းကုန်ကျစရိတ်သည်ကန့်သတ်ချက်တစ်ခုဖြစ်နိုင်သည်။ RRRS သည်ဤစိန်ခေါ်မှုကိုမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာကိုယ်စားလှယ်တစ် ဦး ကိုရွေးချယ်ခြင်းအားဖြင့်ဤစိန်ခေါ်မှုကိုပြုလုပ်သည်။ ဤနည်းစနစ်သည် CPG ကျွန်းစုကြွယ်ဝသောဒေသများအား MSPI cleavage အားဖြင့် MSPI CLEEVATES ၏ကြွယ်ဝမှုအပေါ်တွင် မူတည်. MSPI cleavage ကိုရွေးချယ်ခြင်းသည် 200-500 / 600 BPS အပိုင်းအစများဖြစ်သည်။ အကျိုးဆက်အားဖြင့် CPG ကျွန်းများနှင့်ပြည်ပရှိတိုင်းဒေသကြီးများသည်ဝေးလံသော CPG ကျွန်းများရှိသူများသည်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းမှဖယ်ထုတ်ထားသည်။ ဤလုပ်ငန်းစဉ်သည် BisULULTION အစီအစဉ်များနှင့်ပေါင်းစပ်ပြီး DNA Methylation ကိုရှာဖွေတွေ့ရှိရန်အမြင့်ဆုံးဆုံးဖြတ်ချက်ချနိုင်ရန်အတွက် DNA Methylation ကိုရှာဖွေတွေ့ရှိရန်ခွင့်ပြုသည်။ RRBS သည်ကုန်ကျစရိတ်သက်သာသည့် DNA methylation သုတေသနများကိုအထောက်အကူပြုပြီး engigenetic ယန္တရားဆိုင်ရာဗဟုသုတများကိုအထောက်အကူပြုသောတန်ဖိုးမဖြတ်နိုင်သောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
# ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇလိုအပ်တယ်။
● Lambda DNA ကို BisULULLOLON ကူးပြောင်းခြင်းထိရောက်မှုကိုစစ်ဆေးရန်အသုံးပြုသည်။
● MSPI အစာကြေခွင့်ကိုလည်းစောင့်ကြည့်သည်။
●အပင်များနမူနာများအတွက်နှစ်ဆအင်ဇိုင်းအစာခြေ။
● Illumina Novasq တွင်အစီအစဉ်။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●WGBS အတွက်ကုန်ကျစရိတ် - ထိရောက်သောနှင့်ထိရောက်သောအခြားရွေးချယ်စရာ- ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းကိုကုန်ကျစရိတ်သက်သာစေပြီးနမူနာလိုအပ်ချက်များဖြင့်ပြုလုပ်သည်။
●ပြည့်စုံသောပလက်ဖောင်း:နမူနာထုတ်ယူခြင်း, စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေးနှင့်ဇီဝလောင်စာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းမှတစ် ဦး တည်းအစုအဝေးကိုရပ်တန့်ရန်အဆင့်မြင့် 0 န်ဆောင်မှုပေးပါ။
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှု- RRRBs အစီအစဉ်များနှင့်အတူမတူကွဲပြားသောမျိုးစိတ်များကိုအောင်မြင်စွာပြီးစီးခဲ့သည်။ BMKGENENE သည်ဆယ်စုနှစ်တစ်ခုကြာအတွေ့အကြုံတစ်ခုဖြစ်ပြီးကျွမ်းကျင်စွာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာသောအဖွဲ့,
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| စာကြည့်တိုက် | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုဒေတာ output ကို | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| MSPI Digested နှင့် Bisulfite ကုသစာကြည့်တိုက် | illumina pe150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Bisfulfite ကူးပြောင်းခြင်း> 99% MSPI ဖြတ်တောက်မှုထိရောက်မှု> 95% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| အာရုံစူးစိုက်မှု (NG / μl) | စုစုပေါင်းပမာဏ (μg) |
| |
| Genomic DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | ကန့်သတ်သောယုတ်ညံ့ခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု |
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
●အရည်အသွေးဆိုင်ရာထိန်းချုပ်မှုကိုသတ်မှတ်ခြင်း,
●ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇကိုမြေပုံဆွဲခြင်း,
● 5MC methylated bases နှင့် Motif ဖော်ထုတ်ခြင်းကိုရှာဖွေခြင်း,
● methylation ဖြန့်ဖြူးခြင်းနှင့်နမူနာနှိုင်းယှဉ်မှုများကိုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း,
●ကွဲပြားခြားနားသော methyisment ဒေသများ (DMRS) ကိုလေ့လာခြင်း (DMRS),
● DMRs နှင့်ဆက်စပ်သောမျိုးရိုးဗီဇ၏လုပ်ဆောင်မှုကိုမှတ်သားထားသောမှတ်စုများ။
အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု - အစာခြေခြင်းထိရောက်မှု (မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံရေးဆွဲခြင်း)
အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု - Bisflite ပြောင်းလဲခြင်း (Methylation Info Extraction တွင်)
Methylation Map: 5MC methylation မျိုးမောက်ဂိတ် - ကျယ်ပြန့်ဖြန့်ဖြူး
နမူနာနှိုင်းယှဉ်: အဓိကအစိတ်အပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း
ကွဲပြားခြားနားသော methylated တိုင်းဒေသကြီးများ (DMRS) ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ: Heatmap
BMKGENE ၏မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးဆက်ဆိုင်ရာပဇာတပင်ကိုကုသပေးသည့်စာပေများစုဆောင်းခြင်းဖြင့်ပြုလုပ်သောသုတေသနတိုးတက်မှုများကိုလေ့လာပါ။
Li, Z. et al ။ (2022) Crisp activation နှင့် paracrine အချက်များဖြင့် Leydig ကဲ့သို့သောဆဲလ်များသို့ High-Fidelity High-Fidelity ကိုခုခံတွန်းလှန်ခြင်း ',pnas nexus1 (4) ။ DOI: 10.1093 / pnasnexus / pgac179 ။
Tian, H. et al ။ (2023) 'Genomo-Wide DNA DNA Metyymation ူမန်မိာိုံင်ငံစ်ဂျင်ဇီစ်ဂျီဂျီဂျီဂျီလာဂျင်စေးအမွှာ)လက်တွေ့စုံစမ်းစစ်ဆေးရေးဥရောပဂျာနယ်53 (11), စ။ e14055 ။ DOI: 10.1111 / eci.14055 ။
Wu, y. et al ။ (2022) 'DNA methylation နှင့်ခါး -to-hts အချိုး - တရုတ် Monozygotic အမွှာများတွင် epigenome ကျယ်ပြန့်သောလေ့လာမှုလေ့လာမှုတစ်ခု,endocrinical စုံစမ်းစစ်ဆေးရေးဂျာနယ်, 45 (12), PP ။ 2365-2376 ။ DOI: 10.1007 / s4061818-022-01878-4 ။
