prokaryotic rna အစီအစဉ်များ
အင်္ဂါရပ်များ
● RNA နမူနာထုတ်ယူခြင်းတွင် RRNA ကုန်ခမ်းမှုနှင့်ပတ်သက်သော RRNA ကုန်ခမ်းမှုတွင် directed rri စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုဖြင့်ပြုလုပ်ခဲ့သည်။
●ရည်ညွှန်းချက်မျိုးစပ်မျိုးတွင် alignment ကို အခြေခံ. ဇီဝဖစ်ဘ 0 ကိုလေ့လာခြင်း
●သုံးသပ်ချက်တွင်မျိုးရိုးဗီဇစကားရပ်နှင့် Degs များပါ 0 င်သည်
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●တိကျခိုင်မာသည့်အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုဖြေ - နမူနာနှင့်စာကြည့်တိုက်ကြိုတင်ပြင်ဆင်မှုများအနေဖြင့်အဆင့်ဆင့်နှင့်ဇီဝလောင်စာဆီမှအဆင့်ဆင့်တွင်အဓိကထိန်းချုပ်မှုများကိုကျွန်ုပ်တို့အကောင်အထည်ဖော်သည်။ ဤစေ့စပ်စောင့်ကြည့်လေ့လာခြင်းသည်အရည်အသွေးမြင့်မားသောရလဒ်များကိုပေးပို့ခြင်းကိုသေချာစေသည်။
●Strand-Pocaltion sequencing ဒေတာ: RNA စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုသည် directional directional ကိုဖြစ်သည့်အတွက်,
●ပြီးပြည့်စုံသောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ prokaryotic transcriptomes မှလိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင်- ဇီဝဖ်ပိုက်လိုင်းသည်မျိုးရိုးဗီဇထုတ်ဖော်ပြောဆိုခြင်းအားခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသာမက operars များ, ၎င်းတွင် Srnas ၏ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း, မှတ်စုများနှင့်အလယ်ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံနှင့်ပစ်မှတ်များ၏ခန့်မှန်းချက်များပါဝင်သည်။
●အရောင်းအ 0 ယ်ဖြေ - ကျွန်တော်တို့ရဲ့ကတိကဝတ်တွေကစီမံကိန်းပြီးစီးခဲ့တယ်။ ဤအချိန်အတောအတွင်းရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သောမေးမြန်းချက်များကိုဖြေရှင်းရန်စီမံကိန်းနောက်ဆက်တွဲ, မေးခွန်းများနှင့်မေးခွန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများပြုလုပ်ရန်,
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့်ပေးပို့
| စာကြည့်တိုက် | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုဒေတာအကြံပြုချက် | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| rrna deptleted direpleted directed စာကြည့်တိုက် | illumina pe150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ:
| အံဝင်။ (Ng / μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းြရဲ | ပြည့်စုံခြင်း |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260 / 280 = 1.8-2.0 od260 / 230 = 1.0-2.5 ဂယ်လ်တွင်ပြသသည့်ကန့်သတ်ချက်သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှုကိုပြသသည်။ | rin≥6.5 |
အကြံပြုနမူနာပေးပို့
ကွန်တိန်နာ - 2 ML Centrifuge Tube (Tin Fouls ကိုမထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း - Group + Group + Supplicate ဥပမာ A1, A2, A3; B1, B2, B3 ။
တင်ပို့ခြင်း
1 ။ ခြောက်သွေ့သောရေခဲ - နမူနာများကိုအိတ်များဖြင့်ထုပ်ပိုးပြီးခြောက်သွေ့သောရေခဲများဖြင့်မြှုပ်နှံရန်လိုအပ်သည်။
2 ။ rnastable tubes: RNA နမူနာများကို RNA နမူနာများ (ဥပမာRnastable®) တွင်ခြောက်သွေ့စေပြီးအခန်းအပူချိန်တွင်တင်ပို့နိုင်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
Bioinformatic ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာလုပ်ငန်းလည်ပတ်
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
●ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
●ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇကို alignment
●စာကြည့်တိုက်အရည်အသွေးအကဲဖြတ်ချက် - RNA အပိုင်းအစများ, အရွယ်အစားနှင့် sequencing sequencing otion
●ခန့်မှန်းသော coding မျိုးဗီဇ၏အလုပ်လုပ်တဲ့မှတ်စု
●ဖော်ပြချက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း - ဆက်နွယ်မှုနှင့်အဓိကအစိတ်အပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း (PCA)
●ကွဲပြားခြားနားသောမျိုးရိုးဗီဇစကားရပ် (DEGS)
● DEGS ၏လုပ်ဆောင်မှုနှင့်ပြည့်စုံခြင်းနှင့်ကြွယ်ဝမှု
● SRNA ဆန်းစစ်ခြင်း - ခန့်မှန်းခြင်း, မှတ်ချက်များ, မှတ်ချက်များနှင့်အလယ်တန်းဖွဲ့စည်းပုံခန့်မှန်းချက်
●ကူးယူရေးအဖွဲ့ဖွဲ့စည်းပုံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း - Opercs များသည်ရာထူးများ, ရာထူးများစတင်ခြင်း, အဆုံးသတ်ခြင်း,
sequencation sequencing
coding မျိုးဗီဇ၏ functional မှတ်စု
နမူနာအကြားဆက်စပ်မှု
differential ကိုထုတ်ဖော်ပြောဆိုဗီဇများ (Degs) ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
အလုပ်လုပ်တဲ့သန့်စင်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
SRNA
BMKGENEN ၏ Nanopore ၏ Nanopore မှ Nanopore အပြည့်အ 0 full-length mrna sequencing 0 န်ဆောင်မှုများဖြင့်ပြုလုပ်ထားသောတိုးတက်မှုများကိုလေ့လာပါ။
Guan, CP et al ။ (2018) 'Global Transcriptome Thiscriptome staphylococococus Epidermidis သည် sophorea alopeculoides စုစုပေါင်း alkaloids ကိုတုံ့ပြန်ခြင်းကိုတုံ့ပြန်ခြင်းPolish Microbiology ဂျာနယ်, 67 (2), စ။ 223 ။ DOI: 10.21307 / PJM-2018-024 ။
