-
BMKMANU S3000_Spatial စာသားမှတ်တမ်း
Spatial transcriptomics သည် သိပ္ပံနည်းကျ ဆန်းသစ်တီထွင်မှု၏ ရှေ့တန်းမှ ရပ်တည်နေပြီး ၎င်းတို့၏ spatial context ကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ် တစ်ရှူးများအတွင်း ရှုပ်ထွေးသော မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုပုံစံများကို သုတေသီများအား စူးစမ်းလေ့လာရန် စွမ်းဆောင်နိုင်စေပါသည်။ အမျိုးမျိုးသောပလပ်ဖောင်းများကြားတွင် BMKGene သည် BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip ကို 3.5µm ပိုမိုကောင်းမွန်အောင်ပြုလုပ်ထားပြီး၊ ဆဲလ်ခွဲအကွာအဝေးသို့ရောက်ရှိကာ အဆင့်များစွာသော ရုပ်ထွက်အရည်အသွေးဆက်တင်များကို ဖွင့်ပေးထားသည်။ S3000 ချစ်ပ်သည် အစက်အပြောက် 4 သန်းခန့်ပါရှိသော နေရာအလိုက် ဘားကုဒ်ဖြင့် ဖမ်းယူစစ်ဆေးသည့် ပစ္စတင်များ တင်ဆောင်ထားသော ပုတီးစေ့များပါရှိသော မိုက်ခရိုဝဲလ်များကို အသုံးပြုထားသည်။ spatial barcodes များဖြင့် ကြွယ်ဝသော cDNA စာကြည့်တိုက်ကို S3000 ချစ်ပ်မှ ပြင်ဆင်ပြီး နောက်ပိုင်းတွင် Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်းပေါ်တွင် စီစစ်ထားသည်။ နေရာဒေသအလိုက် ဘားကုဒ်လုပ်ထားသော နမူနာများနှင့် UMI များ ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် ထုတ်လုပ်လိုက်သော ဒေတာများ၏ တိကျမှုနှင့် တိကျမှုကို သေချာစေသည်။ BMKManu S3000 ချစ်ပ်သည် အလွန်စွယ်စုံရသောကြောင့် မတူညီသောတစ်ရှူးများနှင့် လိုချင်သောအသေးစိတ်အဆင့်များကို ကောင်းစွာချိန်ညှိနိုင်သည့် အဆင့်ပေါင်းများစွာသော ကြည်လင်ပြတ်သားမှုဆက်တင်များကို ပေးဆောင်သည်။ ဤလိုက်လျောညီထွေရှိမှုသည် ချစ်ပ်အား ကွဲပြားသော spatial transcriptomics လေ့လာမှုများအတွက် ထူးထူးခြားခြားရွေးချယ်မှုတစ်ခုအဖြစ် သတ်မှတ်ပေးထားပြီး တိကျသော spatial clustering ကို ဆူညံသံအနည်းငယ်ဖြင့် သေချာစေသည်။ BMKManu S3000 ဖြင့် ဆဲလ် ပိုင်းခြားခြင်းနည်းပညာကို အသုံးပြုခြင်းသည် ဆဲလ်များ၏ နယ်နိမိတ်များဆီသို့ ကူးယူခြင်းဆိုင်ရာ အချက်အလက်များကို ပိုင်းခြားသတ်မှတ်နိုင်စေပြီး တိုက်ရိုက်ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ဖြစ်ပေါ်စေသည်။ ထို့အပြင်၊ S3000 ၏ ပိုမိုကောင်းမွန်သော ကြည်လင်ပြတ်သားမှုသည် ဆဲလ်တစ်ခုလျှင် တွေ့ရှိသည့် ဗီဇနှင့် UMI အရေအတွက် ပိုများစေပြီး spatial transcription ပုံစံများနှင့် ဆဲလ်များစုပုံခြင်းတို့ကို ပိုမိုတိကျစွာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာနိုင်စေပါသည်။
-
Single- nuclei RNA Sequencing
ဆဲလ်တစ်ခုတည်း ဖမ်းယူခြင်းနှင့် စိတ်ကြိုက်စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်မှုနည်းပညာများ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်လာမှုနှင့်အတူ မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲလုပ်ဆောင်ခြင်းနှင့်အတူ ဆဲလ်အဆင့်တွင် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုလေ့လာမှုများကို တော်လှန်ပြောင်းလဲခဲ့သည်။ ဤအောင်မြင်မှုသည် ဆဲလ်အားလုံးအပေါ် ပျမ်းမျှမျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဆက်စပ်နေသော ကန့်သတ်ချက်များကို ကျော်လွှားပြီး ဤလူဦးရေများအတွင်း စစ်မှန်သော မျိုးရိုးဗီဇကို ထိန်းသိမ်းထားနိုင်စေမည့် နက်နဲပြီး ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပြုလုပ်နိုင်စေပါသည်။ single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) တွင် မငြင်းနိုင်သော အားသာချက်များ ရှိသော်လည်း၊ ဆဲလ်တစ်ခုတည်း ဆိုင်းထိန်းစနစ် ဖန်တီးမှုသည် ခက်ခဲပြီး လတ်ဆတ်သော နမူနာများ လိုအပ်သည့် အချို့သော တစ်ရှူးများတွင် စိန်ခေါ်မှုများနှင့် ကြုံတွေ့ရသည်။ BMKGene တွင်၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ခေတ်မီသော 10X Genomics Chromium နည်းပညာကို အသုံးပြု၍ single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) ကို ပေးဆောင်ခြင်းဖြင့် ဤအခက်အခဲကို ဖြေရှင်းပေးပါသည်။ ဤချဉ်းကပ်မှုသည် ဆဲလ်တစ်ခုတည်းအဆင့်တွင် စာသားမှတ်တမ်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် ပြင်ဆင်နိုင်သော နမူနာများ၏ ရောင်စဉ်ကို ကျယ်ပြန့်စေသည်။
နျူကလိယ၏အထီးကျန်မှုကို ဆန်းသစ်တီထွင်ထားသော 10X Genomics Chromium ချစ်ပ်ဖြင့် ပြီးမြောက်အောင်မြင်ပြီး ရှစ်လိုင်းခွဲမိုက်ခရိုဖလူးဒစ်စနစ်ပါ၀င်သည်။ ဤစနစ်အတွင်း၊ ဘားကုဒ်များ၊ primers၊ အင်ဇိုင်းများနှင့် နျူကလိယတစ်ခုစီပါ၀င်သော ဂျယ်ပုတီးစေ့များကို နာနိုလီတာအရွယ် အဆီအစက်များတွင် ဖုံးအုပ်ထားပြီး Gel Bead-in-Emulsion (GEM) အဖြစ်ဖွဲ့စည်းထားသည်။ GEM ဖွဲ့စည်းပြီးနောက်၊ ဆဲလ် lysis နှင့် ဘားကုဒ်ထုတ်လွှတ်မှုသည် GEM တစ်ခုစီအတွင်း ဖြစ်ပေါ်သည်။ နောက်ပိုင်းတွင်၊ mRNA မော်လီကျူးများသည် 10X ဘားကုဒ်များနှင့် သီးသန့် Molecular Identifiers (UMIs) တို့ကို ပေါင်းစပ်ပြီး cDNAs သို့ ပြောင်းပြန်ကူးယူခြင်းကို လုပ်ဆောင်သည်။ ထို့နောက် အဆိုပါ cDNA များသည် ဆဲလ်တစ်ခုတည်းအဆင့်ရှိ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်များကို ခိုင်မာပြီး ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ရှာဖွေရေးတွင် အထောက်အကူဖြစ်စေသော စံချိန်စံညွှန်းစာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်မှုတွင် ပေါင်းစပ်ထားသည်။
ပလပ်ဖောင်း- 10× Genomics Chromium နှင့် Illumina NovaSeq ပလပ်ဖောင်း
-
10x Genomics Visium Spatial စာသားမှတ်တမ်း
Spatial transcriptomics သည် သုတေသီများအား ၎င်းတို့၏ spatial context ကို ထိန်းသိမ်းထားစဉ် တစ်ရှူးများအတွင်း မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုပုံစံများကို စုံစမ်းစစ်ဆေးရန် ခွင့်ပြုသည့် နောက်ဆုံးပေါ်နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။ ဤဒိုမိန်းရှိ အားကောင်းသည့် ပလပ်ဖောင်းတစ်ခုသည် Illumina စီစစ်ခြင်းနှင့် 10x Genomics Visium ဖြစ်သည်။ 10X Visium ၏ နိယာမသည် တစ်ရှူးအပိုင်းများ ထားရှိရာ သတ်မှတ်ထားသော ဖမ်းယူဧရိယာပါသော အထူးပြု ချစ်ပ်ပေါ်တွင် တည်ရှိသည်။ ဤဖမ်းယူမှုဧရိယာတွင် တစ်ရှူးအတွင်း ထူးခြားသော အာကာသတည်နေရာတစ်ခုစီနှင့် သက်ဆိုင်သည့် ဘားကုဒ်လုပ်ထားသော အစက်အပြောက်များ ပါဝင်ပါသည်။ ထို့နောက် တစ်ရှူးမှ ဖမ်းယူထားသော RNA မော်လီကျူးများကို ပြောင်းပြန် ကူးယူခြင်း လုပ်ငန်းစဉ်အတွင်း ထူးခြားသော မော်လီကျူး အမှတ်အသားများ (UMIs) ဖြင့် တံဆိပ်တပ်ထားသည်။ ဤဘားကုဒ်လုပ်ထားသော အစက်အပြောက်များနှင့် UMI များသည် ဆဲလ်တစ်ခုတည်းရှိ ကြည်လင်ပြတ်သားမှုတွင် မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှု၏ တိကျသော spatial mapping နှင့် quantification တို့ကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။ နေရာဒေသအလိုက် ဘားကုဒ်လုပ်ထားသော နမူနာများနှင့် UMI များ ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် ထုတ်လုပ်လိုက်သော ဒေတာများ၏ တိကျမှုနှင့် တိကျမှုကို သေချာစေသည်။ ဤ Spatial Transcriptomics နည်းပညာကို အသုံးပြုခြင်းဖြင့် သုတေသီများသည် ကင်ဆာဗေဒ၊ အာရုံကြောသိပ္ပံ၊ ဖွံ့ဖြိုးမှုဆိုင်ရာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ နယ်ပယ်ပေါင်းစုံမှ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ယန္တရားများအကြောင်း တန်ဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ပေးစွမ်းနိုင်သည် နှင့် ရုက္ခဗေဒလေ့လာမှုများ။
ပလပ်ဖောင်း- 10X Genomics Visium နှင့် Illumina NovaSeq
