ကုန်ပစ္စည်းထုတ်လုပ်သူများနှင့် ပေးသွင်းသူများ - တရုတ်ထုတ်ကုန်စက်ရုံ

Metagenomic Sequencing -NGS

metagenome ဆိုသည်မှာ ပတ်ဝန်းကျင်နှင့် လူသားတို့၏ ဇီဝမျိုးကွဲများကဲ့သို့ ရောနှောထားသော သက်ရှိအသိုင်းအဝိုင်း၏ စုစုပေါင်းမျိုးရိုးဗီဇပစ္စည်း အစုအဝေးတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုး၍မရသော ဇီဝသက်ရှိများ နှင့် မျိုးရိုးဗီဇ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။ NGS နှင့် Shotgun metagenomic sequencing သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှု၊ များပြားလှသော ဒိုင်းနမစ်များနှင့် ရှုပ်ထွေးသော လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံများကို အသေးစိတ်အချက်အလက်များပေးခြင်းဖြင့် ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် ထည့်သွင်းထားသော ဤရှုပ်ထွေးသောမျိုးရိုးဗီဇရှုခင်းများကို လေ့လာနိုင်စေပါသည်။ အကောက်ခွန်ဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများအပြင်၊ သေနတ်ပစ်ဂွန် မက်တေဂနိုမစ်များသည် ကုဒ်ဝှက်ထားသော မျိုးဗီဇများကို စူးစမ်းရှာဖွေခြင်းနှင့် ဂေဟစနစ်ဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ၎င်းတို့၏ ထည့်ဝင်မှုဆိုင်ရာ အခန်းကဏ္ဍများကို လုပ်ဆောင်နိုင်သည့် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုထောင့်ကိုလည်း ပေးပါသည်။ နောက်ဆုံးတွင်၊ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာဒြပ်စင်များနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များကြား ဆက်စပ်ကွန်ရက်များ တည်ထောင်ခြင်းသည် အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများနှင့် ၎င်းတို့၏ဂေဟစနစ်ဆိုင်ရာ နောက်ခံများကြား ရှုပ်ထွေးနက်နဲသော အပြန်အလှန်ဆက်စပ်မှုကို အလုံးစုံနားလည်သဘောပေါက်စေပါသည်။ နိဂုံးချုပ်အားဖြင့်၊ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် မတူကွဲပြားသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုပ်ထွေးမှုများကို ဖော်ထုတ်ရန် အဓိကကိရိယာအဖြစ် ရပ်တည်ပြီး ဤရှုပ်ထွေးသော ဂေဟစနစ်အတွင်း မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဂေဟဗေဒအကြား ဘက်စုံဆက်ဆံရေးများကို တောက်ပစေသည်။

ပလပ်ဖောင်းများ- Illumina NovaSeq နှင့် DNBSEQ-T7

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
Metagenomic Sequencing-TGS

metagenome ဆိုသည်မှာ ပတ်ဝန်းကျင်နှင့် လူသားတို့၏ ဇီဝမျိုးကွဲများကဲ့သို့ ရောနှောသော သက်ရှိအသိုင်းအဝိုင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အစုအဝေးတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုး၍မရသော ဇီဝသက်ရှိများ နှင့် မျိုးရိုးဗီဇ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။ Metagenomic sequencing သည် ဂေဟဗေဒနမူနာများတွင် မြှုပ်ထားသော ဤရှုပ်ထွေးသော မျိုးရိုးဗီဇရှုခင်းများကို လေ့လာခြင်းအား အခွန်ဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းထက် ပိုမိုပံ့ပိုးပေးခြင်းဖြင့် ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ ၎င်းသည် ကုဒ်လုပ်ထားသော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင် လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ၎င်းတို့၏ အကျုံးဝင်သော အခန်းကဏ္ဍများကို ရှာဖွေခြင်းဖြင့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုထောင့်ကိုလည်း ပေးဆောင်ပါသည်။ Illumina sequencing နှင့် ရိုးရာသေနတ်ပစ်နည်းများကို ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလေ့လာမှုများတွင် တွင်ကျယ်စွာအသုံးပြုခဲ့သော်လည်း၊ Nanopore နှင့် PacBio long-read sequencing တို့သည် နယ်ပယ်ကို ပြောင်းလဲစေခဲ့သည်။ Nanopore နှင့် PacBio နည်းပညာသည် ရေစုန်အောက်ပိုင်း ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို မြှင့်တင်ပေးသည်၊ အထူးသဖြင့် ဇီဝမျိုးကွဲစုပေါင်းခြင်းအား ပိုမိုကောင်းမွန်စေပြီး စဉ်ဆက်မပြတ် စုဝေးမှုများကို ပိုမိုသေချာစေသည်။ Nanopore-based နှင့် PacBio-based metagenomics တို့သည် ရှုပ်ထွေးသော microbiomes များမှ ပြီးပြည့်စုံသော နှင့် ပိတ်ထားသော ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်များကို အောင်မြင်စွာ ထုတ်လုပ်နိုင်ခဲ့ကြောင်း အစီရင်ခံစာများက ဖော်ပြသည် (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020)။ Nanopore reads များကို Illumina reads နှင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် Nanopore ၏ မွေးရာပါ တိကျမှု နိမ့်ကျမှုကို လျော့ပါးသက်သာစေမည့် ဗျူဟာမြောက် ချဉ်းကပ်မှုတစ်ခု ဖြစ်သည် ။ ဤပေါင်းစပ်ပေါင်းစပ်မှုသည် စီတန်းခြင်းပလပ်ဖောင်းတစ်ခုစီ၏ အားသာချက်များကို အသုံးချပြီး ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော ကန့်သတ်ချက်များကို ကျော်လွှားကာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ တိကျမှုနှင့် ယုံကြည်စိတ်ချရမှုကို မြှင့်တင်ရန် ခိုင်မာသောအဖြေကို ပေးဆောင်သည်။

ပလပ်ဖောင်း- Nanopore PromethION 48၊ Illumia နှင့် PacBio Revio

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
ဂျီနိုမ် ဘီဆူလ်ဖိုက်စ် တစ်ခုလုံး (WGBS)

Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) သည် DNA methylation ကို အတွင်းကျကျ စူးစမ်းရှာဖွေရန်အတွက် ရွှေစံစံနစ်ဖြစ်ပြီး အထူးသဖြင့် cytosine (5-mC) တွင် ပဉ္စမမြောက် အနေအထား၊ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဆဲလ်လူလာလုပ်ဆောင်မှု၏ အဓိကကျသော ထိန်းညှိမှုဖြစ်သည်။ WGBS ၏အခြေခံမူတွင် methylated cytosines မပြောင်းလဲဘဲ methylated cytosines များကို unmethylated cytosine အဖြစ်သို့ပြောင်းလဲခြင်း (C to U) ကို လှုံ့ဆော်ပေးသည့် bisulfite ကုသမှုတွင် ပါဝင်ပါသည်။ ဤနည်းပညာသည် သုတေသီများအား methylome ကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် စုံစမ်းစစ်ဆေးရန်နှင့် အထူးသဖြင့် ကင်ဆာအခြေအနေအမျိုးမျိုးနှင့် ဆက်စပ်နေသည့် ပုံမှန်မဟုတ်သော methylation ပုံစံများကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေမည့် single-base resolution ကို ပေးစွမ်းသည်။ WGBS ကို အသုံးချခြင်းဖြင့် သိပ္ပံပညာရှင်များသည် မတူကွဲပြားသော ဇီဝဖြစ်စဉ်များနှင့် ရောဂါများကို နောက်ခံပြုသည့် epigenetic ယန္တရားများကို နားလည်မှုပေးစွမ်းနိုင်ပြီး ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော methylation ရှုခင်းများဆီသို့ တုနှိုင်းမယှဉ်နိုင်သော ထိုးထွင်းဥာဏ်များကို ရရှိနိုင်ပါသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
High Throughput Sequencing (ATAC-seq) ဖြင့် Transposase-Accessible Chromatin အတွက် စစ်ဆေးမှု

ATAC-seq သည် genome-wide chromatin သုံးစွဲနိုင်မှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် အသုံးပြုသည့် မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲမှုနည်းစနစ်တစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုအပေါ် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ epigenetic ထိန်းချုပ်မှု၏ ရှုပ်ထွေးသော ယန္တရားများကို နက်ရှိုင်းစွာ နားလည်သဘောပေါက်စေသည်။ နည်းလမ်းသည် အဒက်တာများကို ထည့်သွင်းခြင်းဖြင့် တစ်ပြိုင်နက် ဖွင့်ထားသော chromatin ဧရိယာများကို တစ်ပြိုင်နက် အပိုင်းပိုင်းခွဲကာ တဂ်လုပ်ရန်အတွက် hyperactive Tn5 transposase ကို အသုံးပြုသည်။ နောက်ဆက်တွဲ PCR ချဲ့ထွင်ခြင်းသည် သီးခြားနေရာ-အချိန်အခြေအနေများအောက်တွင် open chromatin ဒေသများကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ဖော်ထုတ်နိုင်စေသည့် sequencing စာကြည့်တိုက်တစ်ခု ဖန်တီးခြင်းကို ဖြစ်ပေါ်စေသည်။ ATAC-seq သည် စာသားကူးယူဖော်ပြသည့်အချက်တွဲဆိုဒ်များ သို့မဟုတ် တိကျသော histone-မွမ်းမံထားသော ဒေသများကိုသာ အာရုံစိုက်သည့်နည်းလမ်းများကဲ့သို့မဟုတ်ဘဲ၊ ဝင်ရောက်နိုင်သော chromatin ရှုခင်းများကို လုံး၀အမြင်ကို ပေးပါသည်။ ဤဖွင့်ထားသော chromatin ဒေသများကို စီစစ်ခြင်းဖြင့်၊ ATAC-seq သည် တက်ကြွသော စည်းမျဉ်းစည်းမျဥ်းများ နှင့် အလားအလာရှိသော ကူးယူဖော်ပြမှုဆိုင်ရာ အချက်အချာကျသည့်နေရာများ ဖြစ်နိုင်ခြေပိုများသော ဒေသများကို ဖော်ပြသည်၊၊ ဂျီနိုမ်တစ်ဝှမ်းရှိ gene expression ၏ တန်ဖိုးရှိသော ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ပေးဆောင်သည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

16S နှင့် 18S rRNA ဗီဇများသည် Internal Transcribed Spacer (ITS) ဒေသနှင့်အတူ ၎င်းတို့၏ အလွန်ထိန်းသိမ်းထားသော နှင့် hyper-variable ဒေသများကို ပေါင်းစပ်ထားသောကြောင့် ၎င်းတို့၏ အဓိက မော်လီကျူးလက်ဗွေရာ အမှတ်အသားများအဖြစ် ဆောင်ရွက်ကြပြီး ၎င်းတို့သည် prokaryotic နှင့် eukaryotic သက်ရှိများကို ပုံဖော်ရန်အတွက် အဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ကိရိယာများဖြစ်သည်။ ဤဒေသများကို ချဲ့ထွင်ခြင်းနှင့် စီစစ်ခြင်းသည် ဂေဟစနစ်အမျိုးမျိုးရှိ အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုနှင့် ကွဲပြားမှုကို စုံစမ်းစစ်ဆေးရန်အတွက် သီးခြားကင်းလွတ်သော ချဉ်းကပ်မှုကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ Illumina sequencing သည် 16S နှင့် ITS1 ၏ V3-V4 ကဲ့သို့ တိုတောင်းသော hypervariable ဒေသများကို ပစ်မှတ်ထားသော်လည်း၊ 16S၊ 18S နှင့် ITS ၏ အရှည်ကို စီတန်းခြင်းဖြင့် သာလွန်ကောင်းမွန်သော အခွန်ဆိုင်ရာမှတ်ချက်များကို ရရှိနိုင်ကြောင်း သရုပ်ပြထားပါသည်။ ဤကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ချဉ်းကပ်မှုသည် မျိုးစိတ်ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းအထိ ချဲ့ထွင်သည့် ပြတ်သားမှုအဆင့်ကို ရရှိစေသည့် တိကျစွာ ခွဲခြားထားသော အတွဲလိုက်များ၏ ရာခိုင်နှုန်းပိုများသည်။ PacBio ၏ Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform သည် Illumina sequencing ၏ တိကျမှုကို ပြိုင်ဆိုင်ပြီး အရှည်ပြည့် amplicons များကို ဖုံးအုပ်ပေးသည့် အလွန်တိကျသော ရှည်လျားသော ဖတ်ရှုခြင်း (HiFi) ကို ပံ့ပိုးပေးခြင်းဖြင့် ထင်ရှားသည်။ ဤစွမ်းရည်သည် သုတေသီများအား မျိုးရိုးဗီဇရှုခင်း၏ မြင်ကွင်းကျယ်မြင်ကွင်းကို တုနှိုင်းမရတဲ့ အားသာချက်ကို ရရှိစေပါသည်။ တိုးချဲ့ထားသော လွှမ်းခြုံမှုသည် မျိုးစိတ်မှတ်ချက်များတွင် အထူးသဖြင့် ဘက်တီးရီးယား သို့မဟုတ် မှိုတက်နေသော အသိုင်းအဝိုင်းများအတွင်း ပြတ်သားမှုကို သိသိသာသာ မြင့်တင်စေပြီး အဏုဇီဝမျိုးစိတ်များ၏ ရှုပ်ထွေးရှုပ်ထွေးမှုများကို ပိုမိုနားလည်သဘောပေါက်နိုင်စေပါသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

16S၊ 18S၊ နှင့် ITS မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများကို ရည်မှန်းပြီး အထူးသဖြင့် Illumina နည်းပညာဖြင့် Amplicon ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများအတွင်း ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ၊ အမျိုးအစားခွဲခြားမှုနှင့် မျိုးစိတ်များ ပေါများခြင်းကို ဖော်ထုတ်ရန် အစွမ်းထက်သောနည်းလမ်းဖြစ်သည်။ ဤချဉ်းကပ်မှုတွင် အိမ်တွင်းမှုထိန်းသိမ်းခြင်းမျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများ၏ ကွဲပြားနိုင်သော ကွဲပြားနိုင်သော ဒေသများကို စီတန်းခြင်းပါဝင်သည်။ မူလက မော်လီကျူးလက်ဗွေရာအဖြစ် မိတ်ဆက်ခဲ့သည်။Woeses et al1977 ခုနှစ်တွင်၊ ဤနည်းပညာသည် အထီးကျန်မှုကင်းသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို ဖွင့်ပေးခြင်းဖြင့် microbiome profileing ကို တော်လှန်ခဲ့သည်။ 16S (ဘက်တီးရီးယား)၊ 18S (မှို) နှင့် Internal Transcribed Spacer (ITS၊ မှို) တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် သုတေသီများသည် ပေါများသောမျိုးစိတ်များသာမက ရှားပါးပြီး အမည်မသိသော မျိုးစိတ်များကိုပါ ခွဲခြားသတ်မှတ်နိုင်သည်။ အဓိက ကိရိယာတစ်ခုအဖြစ် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် လက်ခံကျင့်သုံးသော၊ amplicon sequencing သည် လူ့ပါးစပ်၊ အူများ၊ မစင်များနှင့် အခြားပတ်ဝန်းကျင်များအပါအဝင် မတူညီကွဲပြားသော ပတ်ဝန်းကျင်များတွင် ကွဲပြားသော အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုများကို ပိုင်းခြားသိမြင်နိုင်စေရန်အတွက် အရေးပါလာပါသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
ဘက်တီးရီးယားနှင့် ဖန်းဂတ်စ် တကိုယ်လုံး ဂျီနိုမ် ပြန်လည် စီစစ်ခြင်း။

ဘက်တီးရီးယားနှင့် မှိုများ ဂျီနိုမ် တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည် စီစစ်ခြင်း ပရောဂျက်များသည် အဏုဇီဝ ဂျီနိုမ်များ ပြီးစီးမှုနှင့် နှိုင်းယှဉ်မှုကို ဖွင့်ပေးခြင်းဖြင့် အဏုဇီဝ မျိုးဗီဇများ တိုးတက်လာစေရန်အတွက် အဓိက အချက်ဖြစ်သည်။ ၎င်းသည် ကစော်ဖောက်ခြင်း အင်ဂျင်နီယာ၊ စက်မှုလုပ်ငန်း စဉ်များကို ပိုမိုကောင်းမွန်အောင် ပြုလုပ်ခြင်းနှင့် ဒုတိယ ဇီဝြဖစ်ပျက်မှု လမ်းကြောင်းများကို ရှာဖွေရေးတို့ကို ပံ့ပိုးပေးသည်။ ထို့အပြင်၊ မှိုနှင့် ဘက်တီးရီးယားများကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် နားလည်ရန်၊ မျိုးကွဲများကို ပိုမိုကောင်းမွန်အောင်ပြုလုပ်ရန်နှင့် ဆေးပညာ၊ စိုက်ပျိုးရေးနှင့် သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာ သိပ္ပံပညာတို့တွင် ကျယ်ပြန့်သောသက်ရောက်မှုများနှင့်အတူ မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်များကို ဖော်ထုတ်ရန် အရေးကြီးပါသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
PacBio-အရှည် 16S/18S/ITS အမ်ပလီကွန် စီစစ်ခြင်း

Amplicon (16S/18S/ITS) ပလပ်ဖောင်းသည် စံပြုအခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပါ၀င်သည့် အဏုဇီဝကွဲပြားမှုဆိုင်ရာ ပရောဂျက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အတွေ့အကြုံနှစ်ပေါင်းများစွာဖြင့် တီထွင်ထားခြင်းဖြစ်သည်- အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် လက်ရှိအဏုဇီဝသုတေသန၏ ပင်မခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာကို အကျုံးဝင်သည်၊ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာသည် ကြွယ်ဝပြီး ပြည့်စုံသည်၊ နှင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုရလဒ်များကို စီမံကိန်းအစီရင်ခံစာပုံစံဖြင့် တင်ပြပါသည်။ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ အကြောင်းအရာသည် ကွဲပြားသည်။ နမူနာများကို ရွေးချယ်နိုင်ပြီး ကန့်သတ်ချက်များကို အခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်အစီရင်ခံစာနှင့် သုတေသနရည်ရွယ်ချက်အရ၊ ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်လိုအပ်ချက်များကို သိရှိနိုင်ရန် ဘောင်များကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေနိုင်သည်။ Windows လည်ပတ်မှုစနစ်သည် ရိုးရှင်းပြီး မြန်ဆန်သည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
PacBio-အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်း (အကိုးအကားမဟုတ်)

Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sequencing data ကို ထည့်သွင်းခြင်းဖြင့်၊ ဤအက်ပ်သည် အပြည့်အစုံ စာသားမှတ်တမ်းများ (စုပေါင်းခြင်းမရှိဘဲ) ကို ရှာဖွေဖော်ထုတ်နိုင်သည်။ ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်နှင့် ပတ်သက်သည့် အစအဆုံး အစီအစဥ်များကို ပုံဖော်ခြင်းဖြင့်၊ မှတ်သားထားသော ဗီဇများ၊ စာသားမှတ်တမ်းများ၊ ကုဒ်နံပါတ်များ စသည်တို့ဖြင့် အကောင်းဆုံးဖြစ်အောင် ပြုလုပ်နိုင်ပါသည်။ ဤကိစ္စတွင်၊ အခြားရွေးချယ်စရာ ပေါင်းစပ်ခြင်းကဲ့သို့သော mRNA ဖွဲ့စည်းပုံများကို ပိုမိုတိကျစွာ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း စသည်ဖြင့် အောင်မြင်နိုင်ပါသည်။ NGS စာသားမှတ်တမ်း စီစစ်ခြင်းဒေတာနှင့်အတူ ပူးတွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် ရေစုန်းခြားနားသောအသုံးအနှုန်းနှင့် လုပ်ငန်းဆိုင်ရာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ဖော်ပြချက်တွင် ပိုမိုပြည့်စုံသောမှတ်ချက်များနှင့် ပိုမိုတိကျသောအရေအတွက်ကို ထုတ်ပေးပါသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြု Bisulfite Sequencing (RRBS)

DNA methylation သုတေသနတွင် Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ၏ ကုန်ကျစရိတ်သက်သာပြီး ထိရောက်သော အစားထိုးရွေးချယ်မှုအဖြစ် လျှော့ချထားသည်။ WGBS သည် အခြေခံ resolution တစ်ခုတည်းဖြင့် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ဆန်းစစ်ခြင်းဖြင့် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပံ့ပိုးပေးသော်လည်း ၎င်း၏ ကုန်ကျစရိတ် မြင့်မားမှုသည် ကန့်သတ်ချက်တစ်ခု ဖြစ်လာနိုင်သည်။ RRBS သည် ဂျီနိုမ်၏ ကိုယ်စားလှယ်အပိုင်းကို ရွေးချယ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် ဤစိန်ခေါ်မှုကို မဟာဗျူဟာကျကျ လျော့ပါးစေသည်။ ဤနည်းစနစ်သည် MspI အကွဲအပြဲဖြင့် CpG ကြွယ်ဝသော ကျွန်းဒေသများ ကြွယ်ဝလာမှုအပေါ် မူတည်ပြီး အရွယ်အစား ရွေးချယ်မှု 200-500/600 bps အပိုင်းအစများ။ ထို့ကြောင့် CpG ကျွန်းများနှင့် နီးစပ်သော ဒေသများကိုသာ စီစစ်ပြီး ဝေးကွာသော CpG ကျွန်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းမှ ဖယ်ထုတ်ထားသည်။ bisulfite sequencing နှင့် ပေါင်းစပ်ထားသော ဤလုပ်ငန်းစဉ်သည် DNA methylation ၏ ပုံရိပ်ပြတ်သားမှုမြင့်မားမှုကို ထောက်လှမ်းနိုင်စေပြီး PE150 သည် sequencing ချဉ်းကပ်မှုအား အလယ်ထက်တွင် အထူးအာရုံစိုက်ကာ မီသိုင်းရှင်းပရိုဖိုင်း၏ ထိရောက်မှုကို တိုးမြှင့်စေသည်။ RRBS သည် တန်ဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ကိရိယာတစ်ခုဖြစ်ပြီး ကုန်ကျစရိတ်သက်သာသော DNA methylation သုတေသနကို လုပ်ဆောင်နိုင်ပြီး epigenetic ယန္တရားများ၏ အသိပညာကို တိုးတက်စေသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
Prokaryotic RNA Sequencing

RNA စီစစ်ခြင်းသည် သီးခြားအခြေအနေများအောက်တွင် ဆဲလ်များအတွင်း RNA မှတ်တမ်းများအားလုံးကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းကို အားကောင်းစေသည်။ ဤခေတ်မီနည်းပညာသည် အစွမ်းထက်သောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်ပြီး ရှုပ်ထွေးရှုပ်ထွေးသော ဗီဇဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်များ၊ မျိုးရိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံများနှင့် ကွဲပြားသောဇီဝဖြစ်စဉ်များနှင့်ဆက်စပ်နေသော မော်လီကျူးယန္တရားများကို ထုတ်ဖော်ပြသပေးပါသည်။ အခြေခံသုတေသန၊ ဆေးခန်းဆိုင်ရာရောဂါရှာဖွေခြင်းနှင့် ဆေးဝါးဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် လက်ခံကျင့်သုံးသော RNA သည် ဆယ်လူလာဒိုင်းနမစ်နှင့် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ စည်းမျဥ်းများဆိုင်ရာ ရှုပ်ထွေးနက်နဲသော ထိုးထွင်းအမြင်များကို ပေးဆောင်သည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ prokaryotic RNAနမူနာလုပ်ဆောင်ခြင်းကို rRNA လျော့နည်းသွားခြင်းနှင့် လမ်းညွှန်စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုတို့ပါ၀င်သော prokaryotic စာသားမှတ်တမ်းများအတွက် အံဝင်ခွင်ကျဖြစ်စေပါသည်။

ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
Metatranscriptome Sequencing

Illumina sequencing နည်းပညာကို အသုံးချခြင်း၊ BMKGENE ၏ metatranscriptome sequencing ဝန်ဆောင်မှုသည် မြေဆီလွှာ၊ ရေ၊ ပင်လယ်၊ မစင်နှင့် အစာအိမ်ကဲ့သို့သော သဘာဝပတ်၀န်းကျင်အတွင်း eukaryotes နှင့် ဗိုင်းရပ်စ်များဆီသို့ eukaryotes နှင့် ဗိုင်းရပ်စ်များအထိ ပျံ့နှံ့သွားသော ဇီဝကမ္မဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုကို ထုတ်ဖော်ပြသသည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ ပြည့်စုံသောဝန်ဆောင်မှုသည် ရှုပ်ထွေးသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ပြီးပြည့်စုံသော မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်များကို စူးစမ်းလေ့လာရန် သုတေသီများအား အခွင့်အာဏာပေးပါသည်။ အခွန်ဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအပြင်၊ ကျွန်ုပ်တို့၏ metatranscriptome စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုသည် လုပ်ငန်းဆောင်တာများ ကြွယ်ဝလာစေရန် စူးစမ်းရှာဖွေမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေပြီး ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများနှင့် ၎င်းတို့၏ အခန်းကဏ္ဍများကို အလင်းပေးပါသည်။ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှု၊ ကွဲပြားကွဲပြားမှုနှင့် ဤမတူကွဲပြားသော ပတ်ဝန်းကျင်နယ်ပယ်များအတွင်း လုပ်ဆောင်နိုင်သော ရှုပ်ထွေးသော ရှုခင်းများကို သင်ရှာဖွေသည့်အခါ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများစွာကို ဖော်ထုတ်လိုက်ပါ။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်
De novo Fungal Genome ညီလာခံ

BMKGENE သည် ကွဲပြားသော သုတေသနလိုအပ်ချက်များနှင့် လိုချင်သော ဂျီနိုမ်ပြည့်စုံမှုကို ဖြည့်ဆည်းပေးသည့် မှိုဂျီနိုမ်များအတွက် စွယ်စုံရဖြေရှင်းချက်များကို ပေးဆောင်ပါသည်။ အတိုဖတ်ထားသော Illumina sequencing တစ်ခုတည်းကို အသုံးပြုခြင်းဖြင့် မူကြမ်း genome ၏ မျိုးဆက်ကို ခွင့်ပြုသည်။ Nanopore သို့မဟုတ် Pacbio ကို အသုံးပြု၍ အတိုချုံးဖတ်ခြင်း နှင့် ရှည်လျားသော စီစစ်ခြင်းကို ရှည်လျားသော contigs ရှိသော ပိုသန့်စင်သော မှိုဂျီနိုမ်အတွက် ပေါင်းစပ်ထားသည်။ ထို့အပြင်၊ Hi-C sequencing ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် ပြီးပြည့်စုံသော ခရိုမိုဆုန်းအဆင့် ဂျီနိုမ်ကို ရရှိနိုင်စေရန် လုပ်ဆောင်နိုင်စွမ်းများကို ပိုမိုတိုးတက်စေသည်။

စုံစမ်းရေး အသေးစိတ်