-
Metagenomic Sequencing -NGS
metagenome ဆိုသည်မှာ ပတ်ဝန်းကျင်နှင့် လူသားတို့၏ ဇီဝမျိုးကွဲများကဲ့သို့ ရောနှောထားသော သက်ရှိအသိုင်းအဝိုင်း၏ စုစုပေါင်းမျိုးရိုးဗီဇပစ္စည်း အစုအဝေးတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုး၍မရသော ဇီဝသက်ရှိများ နှင့် မျိုးရိုးဗီဇ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။ NGS နှင့် Shotgun metagenomic sequencing သည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှု၊ များပြားလှသော ဒိုင်းနမစ်များနှင့် ရှုပ်ထွေးသော လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံများကို အသေးစိတ်အချက်အလက်များပေးခြင်းဖြင့် ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် ထည့်သွင်းထားသော ဤရှုပ်ထွေးသောမျိုးရိုးဗီဇရှုခင်းများကို လေ့လာနိုင်စေပါသည်။ အကောက်ခွန်ဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများအပြင်၊ သေနတ်ပစ်ဂွန် မက်တေဂနိုမစ်များသည် ကုဒ်ဝှက်ထားသော မျိုးဗီဇများကို စူးစမ်းရှာဖွေခြင်းနှင့် ဂေဟစနစ်ဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ၎င်းတို့၏ ထည့်ဝင်မှုဆိုင်ရာ အခန်းကဏ္ဍများကို လုပ်ဆောင်နိုင်သည့် မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုထောင့်ကိုလည်း ပေးပါသည်။ နောက်ဆုံးတွင်၊ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာဒြပ်စင်များနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များကြား ဆက်စပ်ကွန်ရက်များ တည်ထောင်ခြင်းသည် အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများနှင့် ၎င်းတို့၏ဂေဟစနစ်ဆိုင်ရာ နောက်ခံများကြား ရှုပ်ထွေးနက်နဲသော အပြန်အလှန်ဆက်စပ်မှုကို အလုံးစုံနားလည်သဘောပေါက်စေပါသည်။ နိဂုံးချုပ်အားဖြင့်၊ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် မတူကွဲပြားသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုပ်ထွေးမှုများကို ဖော်ထုတ်ရန် အဓိကကိရိယာအဖြစ် ရပ်တည်ပြီး ဤရှုပ်ထွေးသော ဂေဟစနစ်အတွင်း မျိုးရိုးဗီဇနှင့် ဂေဟဗေဒအကြား ဘက်စုံဆက်ဆံရေးများကို တောက်ပစေသည်။
ပလပ်ဖောင်းများ- Illumina NovaSeq နှင့် DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
metagenome ဆိုသည်မှာ ပတ်ဝန်းကျင်နှင့် လူသားတို့၏ ဇီဝမျိုးကွဲများကဲ့သို့ ရောနှောသော သက်ရှိအသိုင်းအဝိုင်း၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အစုအဝေးတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းတွင် စိုက်ပျိုး၍မရသော ဇီဝသက်ရှိများ နှင့် မျိုးရိုးဗီဇ နှစ်မျိုးလုံး ပါရှိသည်။ Metagenomic sequencing သည် ဂေဟဗေဒနမူနာများတွင် မြှုပ်ထားသော ဤရှုပ်ထွေးသော မျိုးရိုးဗီဇရှုခင်းများကို လေ့လာခြင်းအား အခွန်ဆိုင်ရာ ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းထက် ပိုမိုပံ့ပိုးပေးခြင်းဖြင့် ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ ၎င်းသည် ကုဒ်လုပ်ထားသော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင် လုပ်ငန်းစဉ်များတွင် ၎င်းတို့၏ အကျုံးဝင်သော အခန်းကဏ္ဍများကို ရှာဖွေခြင်းဖြင့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇဆိုင်ရာ ရှုထောင့်ကိုလည်း ပေးဆောင်ပါသည်။ Illumina sequencing နှင့် ရိုးရာသေနတ်ပစ်နည်းများကို ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာလေ့လာမှုများတွင် တွင်ကျယ်စွာအသုံးပြုခဲ့သော်လည်း၊ Nanopore နှင့် PacBio long-read sequencing တို့သည် နယ်ပယ်ကို ပြောင်းလဲစေခဲ့သည်။ Nanopore နှင့် PacBio နည်းပညာသည် ရေစုန်အောက်ပိုင်း ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို မြှင့်တင်ပေးသည်၊ အထူးသဖြင့် ဇီဝမျိုးကွဲစုပေါင်းခြင်းအား ပိုမိုကောင်းမွန်စေပြီး စဉ်ဆက်မပြတ် စုဝေးမှုများကို ပိုမိုသေချာစေသည်။ Nanopore-based နှင့် PacBio-based metagenomics တို့သည် ရှုပ်ထွေးသော microbiomes များမှ ပြီးပြည့်စုံသော နှင့် ပိတ်ထားသော ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ်များကို အောင်မြင်စွာ ထုတ်လုပ်နိုင်ခဲ့ကြောင်း အစီရင်ခံစာများက ဖော်ပြသည် (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020)။ Nanopore reads များကို Illumina reads နှင့် ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် Nanopore ၏ မွေးရာပါ တိကျမှု နိမ့်ကျမှုကို လျော့ပါးသက်သာစေမည့် ဗျူဟာမြောက် ချဉ်းကပ်မှုတစ်ခု ဖြစ်သည် ။ ဤပေါင်းစပ်ပေါင်းစပ်မှုသည် စီတန်းခြင်းပလပ်ဖောင်းတစ်ခုစီ၏ အားသာချက်များကို အသုံးချပြီး ဖြစ်နိုင်ချေရှိသော ကန့်သတ်ချက်များကို ကျော်လွှားကာ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ တိကျမှုနှင့် ယုံကြည်စိတ်ချရမှုကို မြှင့်တင်ရန် ခိုင်မာသောအဖြေကို ပေးဆောင်သည်။
ပလပ်ဖောင်း- Nanopore PromethION 48၊ Illumia နှင့် PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S နှင့် 18S rRNA ဗီဇများသည် Internal Transcribed Spacer (ITS) ဒေသနှင့်အတူ ၎င်းတို့၏ အလွန်ထိန်းသိမ်းထားသော နှင့် hyper-variable ဒေသများကို ပေါင်းစပ်ထားသောကြောင့် ၎င်းတို့၏ အဓိက မော်လီကျူးလက်ဗွေရာ အမှတ်အသားများအဖြစ် ဆောင်ရွက်ကြပြီး ၎င်းတို့သည် prokaryotic နှင့် eukaryotic သက်ရှိများကို ပုံဖော်ရန်အတွက် အဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ကိရိယာများဖြစ်သည်။ ဤဒေသများကို ချဲ့ထွင်ခြင်းနှင့် စီစစ်ခြင်းသည် ဂေဟစနစ်အမျိုးမျိုးရှိ အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုနှင့် ကွဲပြားမှုကို စုံစမ်းစစ်ဆေးရန်အတွက် သီးခြားကင်းလွတ်သော ချဉ်းကပ်မှုကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။ Illumina sequencing သည် 16S နှင့် ITS1 ၏ V3-V4 ကဲ့သို့ တိုတောင်းသော hypervariable ဒေသများကို ပစ်မှတ်ထားသော်လည်း၊ 16S၊ 18S နှင့် ITS ၏ အရှည်ကို စီတန်းခြင်းဖြင့် သာလွန်ကောင်းမွန်သော အခွန်ဆိုင်ရာမှတ်ချက်များကို ရရှိနိုင်ကြောင်း သရုပ်ပြထားပါသည်။ ဤကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ချဉ်းကပ်မှုသည် မျိုးစိတ်ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းအထိ ချဲ့ထွင်သည့် ပြတ်သားမှုအဆင့်ကို ရရှိစေသည့် တိကျစွာ ခွဲခြားထားသော အတွဲလိုက်များ၏ ရာခိုင်နှုန်းပိုများသည်။ PacBio ၏ Single-Molecule Real-Time (SMRT) sequencing platform သည် Illumina sequencing ၏ တိကျမှုကို ပြိုင်ဆိုင်ပြီး အရှည်ပြည့် amplicons များကို ဖုံးအုပ်ပေးသည့် အလွန်တိကျသော ရှည်လျားသော ဖတ်ရှုခြင်း (HiFi) ကို ပံ့ပိုးပေးခြင်းဖြင့် ထင်ရှားသည်။ ဤစွမ်းရည်သည် သုတေသီများအား မျိုးရိုးဗီဇရှုခင်း၏ မြင်ကွင်းကျယ်မြင်ကွင်းကို တုနှိုင်းမရတဲ့ အားသာချက်ကို ရရှိစေပါသည်။ တိုးချဲ့ထားသော လွှမ်းခြုံမှုသည် မျိုးစိတ်မှတ်ချက်များတွင် အထူးသဖြင့် ဘက်တီးရီးယား သို့မဟုတ် မှိုတက်နေသော အသိုင်းအဝိုင်းများအတွင်း ပြတ်သားမှုကို သိသိသာသာ မြင့်တင်စေပြီး အဏုဇီဝမျိုးစိတ်များ၏ ရှုပ်ထွေးရှုပ်ထွေးမှုများကို ပိုမိုနားလည်သဘောပေါက်နိုင်စေပါသည်။
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S၊ 18S၊ နှင့် ITS မျိုးရိုးဗီဇ အမှတ်အသားများကို ရည်မှန်းပြီး အထူးသဖြင့် Illumina နည်းပညာဖြင့် Amplicon ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများအတွင်း ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ၊ အမျိုးအစားခွဲခြားမှုနှင့် မျိုးစိတ်များ ပေါများခြင်းကို ဖော်ထုတ်ရန် အစွမ်းထက်သောနည်းလမ်းဖြစ်သည်။ ဤချဉ်းကပ်မှုတွင် အိမ်တွင်းမှုထိန်းသိမ်းခြင်းမျိုးရိုးဗီဇအမှတ်အသားများ၏ ကွဲပြားနိုင်သော ကွဲပြားနိုင်သော ဒေသများကို စီတန်းခြင်းပါဝင်သည်။ မူလက မော်လီကျူးလက်ဗွေရာအဖြစ် မိတ်ဆက်ခဲ့သည်။Woeses et al1977 ခုနှစ်တွင်၊ ဤနည်းပညာသည် အထီးကျန်မှုကင်းသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို ဖွင့်ပေးခြင်းဖြင့် microbiome profileing ကို တော်လှန်ခဲ့သည်။ 16S (ဘက်တီးရီးယား)၊ 18S (မှို) နှင့် Internal Transcribed Spacer (ITS၊ မှို) တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် သုတေသီများသည် ပေါများသောမျိုးစိတ်များသာမက ရှားပါးပြီး အမည်မသိသော မျိုးစိတ်များကိုပါ ခွဲခြားသတ်မှတ်နိုင်သည်။ အဓိက ကိရိယာတစ်ခုအဖြစ် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် လက်ခံကျင့်သုံးသော၊ amplicon sequencing သည် လူ့ပါးစပ်၊ အူများ၊ မစင်များနှင့် အခြားပတ်ဝန်းကျင်များအပါအဝင် မတူညီကွဲပြားသော ပတ်ဝန်းကျင်များတွင် ကွဲပြားသော အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုများကို ပိုင်းခြားသိမြင်နိုင်စေရန်အတွက် အရေးပါလာပါသည်။
-
ဘက်တီးရီးယားနှင့် ဖန်းဂတ်စ် တကိုယ်လုံး ဂျီနိုမ် ပြန်လည် စီစစ်ခြင်း။
ဘက်တီးရီးယားနှင့် မှိုများ ဂျီနိုမ် တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည် စီစစ်ခြင်း ပရောဂျက်များသည် အဏုဇီဝ ဂျီနိုမ်များ ပြီးစီးမှုနှင့် နှိုင်းယှဉ်မှုကို ဖွင့်ပေးခြင်းဖြင့် အဏုဇီဝ မျိုးဗီဇများ တိုးတက်လာစေရန်အတွက် အဓိက အချက်ဖြစ်သည်။ ၎င်းသည် ကစော်ဖောက်ခြင်း အင်ဂျင်နီယာ၊ စက်မှုလုပ်ငန်း စဉ်များကို ပိုမိုကောင်းမွန်အောင် ပြုလုပ်ခြင်းနှင့် ဒုတိယ ဇီဝြဖစ်ပျက်မှု လမ်းကြောင်းများကို ရှာဖွေရေးတို့ကို ပံ့ပိုးပေးသည်။ ထို့အပြင်၊ မှိုနှင့် ဘက်တီးရီးယားများကို ပြန်လည်ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ကို လိုက်လျောညီထွေဖြစ်အောင် နားလည်ရန်၊ မျိုးကွဲများကို ပိုမိုကောင်းမွန်အောင်ပြုလုပ်ရန်နှင့် ဆေးပညာ၊ စိုက်ပျိုးရေးနှင့် သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာ သိပ္ပံပညာတို့တွင် ကျယ်ပြန့်သောသက်ရောက်မှုများနှင့်အတူ မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်များကို ဖော်ထုတ်ရန် အရေးကြီးပါသည်။
-
Prokaryotic RNA Sequencing
RNA စီစစ်ခြင်းသည် သီးခြားအခြေအနေများအောက်တွင် ဆဲလ်များအတွင်း RNA မှတ်တမ်းများအားလုံးကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ပရိုဖိုင်ပြုလုပ်ခြင်းကို အားကောင်းစေသည်။ ဤခေတ်မီနည်းပညာသည် အစွမ်းထက်သောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်ပြီး ရှုပ်ထွေးရှုပ်ထွေးသော ဗီဇဖော်ပြချက်ပရိုဖိုင်များ၊ မျိုးရိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံများနှင့် ကွဲပြားသောဇီဝဖြစ်စဉ်များနှင့်ဆက်စပ်နေသော မော်လီကျူးယန္တရားများကို ထုတ်ဖော်ပြသပေးပါသည်။ အခြေခံသုတေသန၊ ဆေးခန်းဆိုင်ရာရောဂါရှာဖွေခြင်းနှင့် ဆေးဝါးဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုတွင် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် လက်ခံကျင့်သုံးသော RNA သည် ဆယ်လူလာဒိုင်းနမစ်နှင့် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ စည်းမျဥ်းများဆိုင်ရာ ရှုပ်ထွေးနက်နဲသော ထိုးထွင်းအမြင်များကို ပေးဆောင်သည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ prokaryotic RNAနမူနာလုပ်ဆောင်ခြင်းကို rRNA လျော့နည်းသွားခြင်းနှင့် လမ်းညွှန်စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုတို့ပါ၀င်သော prokaryotic စာသားမှတ်တမ်းများအတွက် အံဝင်ခွင်ကျဖြစ်စေပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome Sequencing
Illumina sequencing နည်းပညာကို အသုံးချခြင်း၊ BMKGENE ၏ metatranscriptome sequencing ဝန်ဆောင်မှုသည် မြေဆီလွှာ၊ ရေ၊ ပင်လယ်၊ မစင်နှင့် အစာအိမ်ကဲ့သို့သော သဘာဝပတ်၀န်းကျင်အတွင်း eukaryotes နှင့် ဗိုင်းရပ်စ်များဆီသို့ eukaryotes နှင့် ဗိုင်းရပ်စ်များအထိ ပျံ့နှံ့သွားသော ဇီဝကမ္မဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ပေါင်းစပ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုကို ထုတ်ဖော်ပြသသည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ ပြည့်စုံသောဝန်ဆောင်မှုသည် ရှုပ်ထွေးသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ပြီးပြည့်စုံသော မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုပရိုဖိုင်များကို စူးစမ်းလေ့လာရန် သုတေသီများအား အခွင့်အာဏာပေးပါသည်။ အခွန်ဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအပြင်၊ ကျွန်ုပ်တို့၏ metatranscriptome စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုသည် လုပ်ငန်းဆောင်တာများ ကြွယ်ဝလာစေရန် စူးစမ်းရှာဖွေမှုကို လွယ်ကူချောမွေ့စေပြီး ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးဗီဇများနှင့် ၎င်းတို့၏ အခန်းကဏ္ဍများကို အလင်းပေးပါသည်။ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှု၊ ကွဲပြားကွဲပြားမှုနှင့် ဤမတူကွဲပြားသော ပတ်ဝန်းကျင်နယ်ပယ်များအတွင်း လုပ်ဆောင်နိုင်သော ရှုပ်ထွေးသော ရှုခင်းများကို သင်ရှာဖွေသည့်အခါ ဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများစွာကို ဖော်ထုတ်လိုက်ပါ။
-
De novo Fungal Genome ညီလာခံ
BMKGENE သည် ကွဲပြားသော သုတေသနလိုအပ်ချက်များနှင့် လိုချင်သော ဂျီနိုမ်ပြည့်စုံမှုကို ဖြည့်ဆည်းပေးသည့် မှိုဂျီနိုမ်များအတွက် စွယ်စုံရဖြေရှင်းချက်များကို ပေးဆောင်ပါသည်။ အတိုဖတ်ထားသော Illumina sequencing တစ်ခုတည်းကို အသုံးပြုခြင်းဖြင့် မူကြမ်း genome ၏ မျိုးဆက်ကို ခွင့်ပြုသည်။ Nanopore သို့မဟုတ် Pacbio ကို အသုံးပြု၍ အတိုချုံးဖတ်ခြင်း နှင့် ရှည်လျားသော စီစစ်ခြင်းကို ရှည်လျားသော contigs ရှိသော ပိုသန့်စင်သော မှိုဂျီနိုမ်အတွက် ပေါင်းစပ်ထားသည်။ ထို့အပြင်၊ Hi-C sequencing ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းသည် ပြီးပြည့်စုံသော ခရိုမိုဆုန်းအဆင့် ဂျီနိုမ်ကို ရရှိနိုင်စေရန် လုပ်ဆောင်နိုင်စွမ်းများကို ပိုမိုတိုးတက်စေသည်။
-
De novo ဘက်တီးရီးယားမျိုးရိုးဗီဇညီလာခံ
ကျွန်ုပ်တို့သည် ဘက်တီးရီးယား ဂျီနိုမ် တပ်ဆင်ခြင်း ၀န်ဆောင်မှုကို အပြည့်အ၀ အာမခံချက်ပေးပါသည်။ စုစည်းမှုနှင့် ONT ၏အမှားပြင်ဆင်မှုတို့အတွက် Nanopore နှင့် PacBio ကဲ့သို့သော long-read sequencing နည်းပညာများကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် Illumina နှင့် short-read sequencing ပြုလုပ်ခြင်းဖြင့် ဖြစ်နိုင်သည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ဝန်ဆောင်မှုသည် အစုအဝေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မှတ်စာများနှင့် အဆင့်မြင့် bioinformatic ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုမှ ပြီးပြည့်စုံသော bioinformatic workflow ကို ထောက်ပံ့ပေးပြီး တိကျသောသုတေသနပန်းတိုင်များကို ဖြည့်ဆည်းပေးပါသည်။ ဤဝန်ဆောင်မှုသည် မျိုးရိုးဗီဇနှင့် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာလေ့လာမှုအမျိုးမျိုးအတွက် တိကျသောရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်များကို ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်စေပါသည်။ ထို့အပြင်၊ ၎င်းသည် သိပ္ပံနည်းကျ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုနှင့် ဇီဝနည်းပညာဆန်းသစ်တီထွင်မှုအတွက် ယုံကြည်စိတ်ချရပြီး ကွာဟမှုမရှိသော မျိုးရိုးဗီဇဒေတာကို သေချာစေမည့် strain optimization၊ မျိုးရိုးဗီဇအင်ဂျင်နီယာနှင့် အဏုဇီဝနည်းပညာများ ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုကဲ့သို့သော အသုံးချပရိုဂရမ်များအတွက် အခြေခံဖြစ်လာပါသည်။
