-
Hi-C အခြေခံ Chromatin အပြန်အလှန်တုံ့ပြန်မှု
Hi-C သည် probing proximity-based interactions နှင့် high-throughput sequencing တို့ကို ပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့် genomic configuration ကိုဖမ်းယူရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသော နည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။ ဤနည်းလမ်းသည် ဖော်မယ်လ်ဒီဟိုက်နှင့် ခရိုမိန်ကို ကူးဆက်ခြင်းအပေါ် အခြေခံကာ အစာခြေခြင်းနှင့် ပြန်လည်ပေါင်းစည်းခြင်းတို့ဖြင့် ဆက်စပ်နေသော အပိုင်းအစများသာ ligation ထုတ်ကုန်များ ဖြစ်လာစေမည့် နည်းလမ်းဖြစ်သည်။ ဤ ligation ထုတ်ကုန်များကို စီစစ်ခြင်းဖြင့်၊ ဂျီနိုမ်၏ 3D အဖွဲ့အစည်းကို လေ့လာနိုင်သည်။ Hi-C သည် ပေါ့ပေါ့ပါးပါး ထုပ်ပိုးထားသော ဂျီနိုမ်၏ အစိတ်အပိုင်းများ (A compartments၊ euchromatin) နှင့် ကူးယူဖော်ပြမှုတွင် ပိုမိုတက်ကြွဖွယ်ရှိပြီး ပိုမိုတင်းကျပ်စွာ ထုပ်ပိုးထားသော ဒေသများ (B compartments၊ Heterochromatin) ကို လေ့လာနိုင်စေပါသည်။ Hi-C သည် ခေါက်ထားသောဖွဲ့စည်းပုံများနှင့် ဆင်တူသောအသုံးအနှုန်းများဖြစ်နိုင်ခြေရှိသော ဂျီနိုမ်၏ Topologically Associated Domains (TADs) တို့ကို ရှာဖွေဖော်ထုတ်ရန်၊ နှင့် ခရိုမာတင်ကွင်းများ၊ ပရိုတိန်းများနှင့် ယင်းတို့သည် ပေါင်းစပ်ထားသော DNA ဒေသများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန်လည်း အသုံးပြုနိုင်သည်။ စည်းမျဥ်းစည်းကမ်းများ ကြွယ်ဝတတ်သည်။ BMKGene ၏ Hi-C sequencing ဝန်ဆောင်မှုသည် သုတေသီများအား မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ spatial dimensions များကို စူးစမ်းလေ့လာရန်၊ ဂျီနိုမ်စည်းမျဉ်းနှင့် ကျန်းမာရေးနှင့် ရောဂါများတွင် ၎င်း၏သက်ရောက်မှုများကို နားလည်ရန် လမ်းကြောင်းအသစ်များကို ဖွင့်လှစ်ပေးပါသည်။
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) သည် DNA-binding ပရိုတိန်းများနှင့် ၎င်းတို့၏သက်ဆိုင်ရာ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပစ်မှတ်များကို ရွေးချယ်ကြွယ်ဝစေရန် ပဋိပစ္စည်းများကို မြှင့်တင်ပေးသည့် နည်းပညာတစ်ခုဖြစ်သည်။ NGS နှင့် ပေါင်းစည်းခြင်းသည် histone ပြုပြင်မွမ်းမံမှု၊ စာသားမှတ်တမ်းအချက်များနှင့် အခြား DNA-binding ပရိုတိန်းများနှင့် ဆက်စပ်နေသော DNA ပစ်မှတ်များ၏ ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော ပရိုဖိုင်ကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေပါသည်။ ဤပြောင်းလဲနေသောချဉ်းကပ်နည်းသည် ကွဲပြားသောဆဲလ်အမျိုးအစားများ၊ တစ်ရှူးများ သို့မဟုတ် အခြေအနေများတစ်လျှောက် ချိတ်တွယ်ထားသောဆိုဒ်များကို နှိုင်းယှဉ်မှုများကို လုပ်ဆောင်ပေးပါသည်။ ChiP-Seq ၏ အသုံးချပရိုဂရမ်များသည် ကူးယူဖော်ပြခြင်းဆိုင်ရာ စည်းမျဉ်းများနှင့် ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုလမ်းကြောင်းများကို လေ့လာခြင်းမှ ကျယ်ပြန့်သော ရောဂါယန္တရားများအထိ၊ ၎င်းသည် မျိုးဗီဇစည်းမျဉ်းဆိုင်ရာ ရှုခင်းများကို နားလည်ရန်နှင့် ကုထုံးဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို မြှင့်တင်ရန်အတွက် မရှိမဖြစ်လိုအပ်သောကိရိယာတစ်ခုဖြစ်လာသည်။
ပလပ်ဖောင်း- Illumina NovaSeq
-
ဂျီနိုမ် ဘီဆူလ်ဖိုက်စ် တစ်ခုလုံး (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) သည် DNA methylation ကို အတွင်းကျကျ စူးစမ်းရှာဖွေရန်အတွက် ရွှေစံစံနစ်ဖြစ်ပြီး အထူးသဖြင့် cytosine (5-mC) တွင် ပဉ္စမမြောက် အနေအထား၊ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် ဆဲလ်လူလာလုပ်ဆောင်မှု၏ အဓိကကျသော ထိန်းညှိမှုဖြစ်သည်။ WGBS ၏အခြေခံမူတွင် methylated cytosines မပြောင်းလဲဘဲ methylated cytosines များကို unmethylated cytosine အဖြစ်သို့ပြောင်းလဲခြင်း (C to U) ကို လှုံ့ဆော်ပေးသည့် bisulfite ကုသမှုတွင် ပါဝင်ပါသည်။ ဤနည်းပညာသည် သုတေသီများအား methylome ကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် စုံစမ်းစစ်ဆေးရန်နှင့် အထူးသဖြင့် ကင်ဆာအခြေအနေအမျိုးမျိုးနှင့် ဆက်စပ်နေသည့် ပုံမှန်မဟုတ်သော methylation ပုံစံများကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေမည့် single-base resolution ကို ပေးစွမ်းသည်။ WGBS ကို အသုံးချခြင်းဖြင့် သိပ္ပံပညာရှင်များသည် မတူကွဲပြားသော ဇီဝဖြစ်စဉ်များနှင့် ရောဂါများကို နောက်ခံပြုသည့် epigenetic ယန္တရားများကို နားလည်မှုပေးစွမ်းနိုင်ပြီး ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော methylation ရှုခင်းများဆီသို့ တုနှိုင်းမယှဉ်နိုင်သော ထိုးထွင်းဥာဏ်များကို ရရှိနိုင်ပါသည်။
-
High Throughput Sequencing (ATAC-seq) ဖြင့် Transposase-Accessible Chromatin အတွက် စစ်ဆေးမှု
ATAC-seq သည် genome-wide chromatin သုံးစွဲနိုင်မှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက် အသုံးပြုသည့် မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲမှုနည်းစနစ်တစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်းသည် မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုအပေါ် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ epigenetic ထိန်းချုပ်မှု၏ ရှုပ်ထွေးသော ယန္တရားများကို နက်ရှိုင်းစွာ နားလည်သဘောပေါက်စေသည်။ နည်းလမ်းသည် အဒက်တာများကို ထည့်သွင်းခြင်းဖြင့် တစ်ပြိုင်နက် ဖွင့်ထားသော chromatin ဧရိယာများကို တစ်ပြိုင်နက် အပိုင်းပိုင်းခွဲကာ တဂ်လုပ်ရန်အတွက် hyperactive Tn5 transposase ကို အသုံးပြုသည်။ နောက်ဆက်တွဲ PCR ချဲ့ထွင်ခြင်းသည် သီးခြားနေရာ-အချိန်အခြေအနေများအောက်တွင် open chromatin ဒေသများကို ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ဖော်ထုတ်နိုင်စေသည့် sequencing စာကြည့်တိုက်တစ်ခု ဖန်တီးခြင်းကို ဖြစ်ပေါ်စေသည်။ ATAC-seq သည် စာသားကူးယူဖော်ပြသည့်အချက်တွဲဆိုဒ်များ သို့မဟုတ် တိကျသော histone-မွမ်းမံထားသော ဒေသများကိုသာ အာရုံစိုက်သည့်နည်းလမ်းများကဲ့သို့မဟုတ်ဘဲ၊ ဝင်ရောက်နိုင်သော chromatin ရှုခင်းများကို လုံး၀အမြင်ကို ပေးပါသည်။ ဤဖွင့်ထားသော chromatin ဒေသများကို စီစစ်ခြင်းဖြင့်၊ ATAC-seq သည် တက်ကြွသော စည်းမျဉ်းစည်းမျဥ်းများ နှင့် အလားအလာရှိသော ကူးယူဖော်ပြမှုဆိုင်ရာ အချက်အချာကျသည့်နေရာများ ဖြစ်နိုင်ခြေပိုများသော ဒေသများကို ဖော်ပြသည်၊၊ ဂျီနိုမ်တစ်ဝှမ်းရှိ gene expression ၏ တန်ဖိုးရှိသော ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ပေးဆောင်သည်။
-
လျှော့ချထားသော ကိုယ်စားပြု Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA methylation သုတေသနတွင် Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) ၏ ကုန်ကျစရိတ်သက်သာပြီး ထိရောက်သော အစားထိုးရွေးချယ်မှုအဖြစ် လျှော့ချထားသည်။ WGBS သည် အခြေခံ resolution တစ်ခုတည်းဖြင့် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ဆန်းစစ်ခြင်းဖြင့် ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကို ပံ့ပိုးပေးသော်လည်း ၎င်း၏ ကုန်ကျစရိတ် မြင့်မားမှုသည် ကန့်သတ်ချက်တစ်ခု ဖြစ်လာနိုင်သည်။ RRBS သည် ဂျီနိုမ်၏ ကိုယ်စားလှယ်အပိုင်းကို ရွေးချယ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြင့် ဤစိန်ခေါ်မှုကို မဟာဗျူဟာကျကျ လျော့ပါးစေသည်။ ဤနည်းစနစ်သည် MspI အကွဲအပြဲဖြင့် CpG ကြွယ်ဝသော ကျွန်းဒေသများ ကြွယ်ဝလာမှုအပေါ် မူတည်ပြီး အရွယ်အစား ရွေးချယ်မှု 200-500/600 bps အပိုင်းအစများ။ ထို့ကြောင့် CpG ကျွန်းများနှင့် နီးစပ်သော ဒေသများကိုသာ စီစစ်ပြီး ဝေးကွာသော CpG ကျွန်းများကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းမှ ဖယ်ထုတ်ထားသည်။ bisulfite sequencing နှင့် ပေါင်းစပ်ထားသော ဤလုပ်ငန်းစဉ်သည် DNA methylation ၏ ပုံရိပ်ပြတ်သားမှုမြင့်မားမှုကို ထောက်လှမ်းနိုင်စေပြီး PE150 သည် sequencing ချဉ်းကပ်မှုအား အလယ်ထက်တွင် အထူးအာရုံစိုက်ကာ မီသိုင်းရှင်းပရိုဖိုင်း၏ ထိရောက်မှုကို တိုးမြှင့်စေသည်။ RRBS သည် တန်ဖိုးမဖြတ်နိုင်သော ကိရိယာတစ်ခုဖြစ်ပြီး ကုန်ကျစရိတ်သက်သာသော DNA methylation သုတေသနကို လုပ်ဆောင်နိုင်ပြီး epigenetic ယန္တရားများ၏ အသိပညာကို တိုးတက်စေသည်။
