အပူမြေပုံ
Heatmap ကိရိယာသည် မက်ထရစ်ဒေတာဖိုင်ကို ထည့်သွင်းမှုအဖြစ် လက်ခံပြီး အသုံးပြုသူများအား ဒေတာကို စစ်ထုတ်ခြင်း၊ ပုံမှန်ပြုလုပ်ခြင်းနှင့် အစုအဝေးပြုလုပ်ရန် ခွင့်ပြုသည်။ အပူမြေပုံများအတွက် အဓိကအသုံးပြုသည့်ကိစ္စမှာ မတူညီသောနမူနာများကြားရှိ မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုအဆင့်ကို အစုလိုက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဖြစ်သည်။
ဗီဇ မှတ်ချက်
Gene Annotation tool သည် ဒေတာဘေ့စ်အမျိုးမျိုးနှင့် FASTA ဖိုင်များ၏ စီတန်းချိန်ညှိမှုကို အခြေခံ၍ gene မှတ်ချက်များကို လုပ်ဆောင်သည်။
အခြေခံ Local Alignment Search Tool (BLAST)
BLAST ကိရိယာသည် NCBI BLAST ၏ BMKCloud ပေါင်းစပ်ဗားရှင်းဖြစ်ပြီး BMKCloud အကောင့်သို့ အပ်လုဒ်လုပ်ထားသောဒေတာကို အသုံးပြု၍ အလားတူလုပ်ဆောင်ချက်များကို လုပ်ဆောင်ရန် အသုံးပြုနိုင်သည်။
CDS_UTR ခန့်မှန်းချက်
CDS_UTR Prediction tool သည် လူသိများသော ပရိုတိန်းဒေတာဘေ့စ်များနှင့် ORF ခန့်မှန်းရလဒ်များကို ဆန့်ကျင်သည့် BLAST ရလဒ်များအပေါ် အခြေခံ၍ ပေးထားသော စာသားမှတ်တမ်းအစီအမံများတွင် ကုဒ်နံပါတ်များ (CDS) နှင့် မဟုတ်သော ဒေသများ (UTR) ကို ခန့်မှန်းရန် ဒီဇိုင်းထုတ်ထားသည်။
Manhattan Plot
Manhattan Plot tool သည် မြင့်မားသောနမူနာစမ်းသပ်မှုများကို ပြသနိုင်စေပြီး ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သောအသင်းအဖွဲ့လေ့လာမှု (GWAS) တွင် အသုံးများသည်။
Circos ပုံကြမ်း
CIRCOS Diagram တူးလ်သည် ဂျီနိုမ်တစ်ဝှမ်းရှိ မျိုးရိုးဗီဇအင်္ဂါရပ်များကို မည်ကဲ့သို့ ဖြန့်ဝေသည်ကို ထိရောက်သောအမြင်ဖြင့် ပုံဖော်ပေးပါသည်။ ဘုံအင်္ဂါရပ်များတွင် အရေအတွက် loci၊ SNPs၊ InDels၊ ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံနှင့် ကော်ပီနံပါတ်မျိုးကွဲများ ပါဝင်သည်။
Gene Ontology (GO) Enrichment
GO Enrichment ကိရိယာသည် လုပ်ငန်းဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ပံ့ပိုးပေးသည်။ ဤကိရိယာရှိ အဓိကဆော့ဖ်ဝဲလ်သည် ကွဲပြားသောဖော်ပြချက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ GO ကြွယ်ဝမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့် ရလဒ်များကို ပုံဖော်ခြင်းတို့ပါ၀င်သည့် TopGO-Bioconductor အထုပ်ဖြစ်သည်။
Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)
WGCNA သည် gene co-expression modules များကို ရှာဖွေတွေ့ရှိရန်အတွက် အသုံးများသော ဒေတာတူးဖော်ရေးနည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။ microarray နှင့် NGS gene expression data အပါအဝင် အမျိုးမျိုးသော expression dataset နှင့် သက်ဆိုင်ပါသည်။
InterProScan
InterProScan ကိရိယာသည် InterPro ပရိုတိန်းအစီအစဥ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့် အမျိုးအစားခွဲခြားခြင်းကို ပံ့ပိုးပေးသည်။
KEGG Enrichment ကိုသွားပါ။
GO KEGG Enrichment tool သည် ထောက်ပံ့ပေးထားသော gene set နှင့် သက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်အပေါ် အခြေခံ၍ GO enrichment histogram၊ KEGG enrichment histogram နှင့် KEGG enrichment pathway ကို ထုတ်ပေးရန် ဒီဇိုင်းရေးဆွဲထားသည်။