အပင် / တိရိစ္ဆာန်တစ်ခုလုံးမျိုးရိုးဗီဇအစီအစဉ်များ
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
●စာကြည့်တိုက်ကြိုတင်ပြင်ဆင်မှုသည်စံသို့မဟုတ် pcr-free ဖြစ်နိုင်သည်
# ●အစီအစဉ် 4 ခုတွင်ဖလား 4 ခုတွင်ရနိုင်သည်။ Illumina Novasq, MGI T7, Nanopore P48 သို့မဟုတ် Pacbio Revio ။
# SNP, Indel, SV နှင့် CNV ကိုရှာဖွေတွေ့ရှိမှုကိုရှာဖွေတွေ့ရှိခြင်းအပေါ်ဇီဝဖာဂိုဖ်ပီခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှုနှင့်ထုတ်ဝေမှတ်တမ်းများ- မျိုးစိတ် 1000 ကျော်အတွက်မျိုးရိုးဗီဇအစီအစဉ်များတွင်မျိုးရိုးဗီဇအစီအစဉ်များတွင်စုဆောင်းထားသည့်အတွေ့အကြုံသည် 5000 ကျော်၏တဖြည်းဖြည်းသက်ရောက်မှုဆိုင်ရာအချက်များနှင့်ထုတ်ဝေမှုဖြစ်ပွားမှု 1000 ကျော်ကိုထုတ်ဝေခဲ့သည်။
●ပြည့်စုံသောဇီဝလောင်စာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း: အပြောင်းအလဲများခေါ်ဆိုခြင်းနှင့် function ကိုမှတ်စုအပါအဝငျ။
●အရောင်းအ 0 ယ် Post Support:ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိက 0 တ်သည်စီမံကိန်းပြီးစီးခြင်းထက် 3 လအကြာရောင်း 0 ယ်သည့် 0 န်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူစီမံကိန်းပြီးဆုံးသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်းရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သောမေးမြန်းချက်များကိုဖြေရှင်းရန်စီမံကိန်းနောက်ဆက်တွဲ, မေးခွန်းများနှင့်မေးခွန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများပြုလုပ်ရန်,
●ဘက်စုံမှတ်ချက်များဖြေ - မျိုးရိုးဗီဇကိုခွဲခြားသတ်မှတ်ထားတဲ့ကွဲပြားခြားနားမှုတွေနဲ့ပတ်သက်ပြီးမျိုးရိုးဗီဇကိုဖော်ထုတ်နိုင်ဖို့အတွက်ဒေတာဘေ့စ်မျိုးစုံကိုသုံးတယ်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ဖော်ထုတ်ခံရဖို့မျိုးကွဲ variants | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုအတိမ်အနက် |
| SNP နှင့်အဒယ်လ် | Novaseq pe150 illumina သို့မဟုတ် mgi t7 | 10x |
| SV နှင့် CNV (တန်ဖိုးနည်းခြင်း) | 30x | |
| SV နှင့် CNV (ပိုမိုတိကျသော) | Nanopore Prom P48 | 20X |
| SNPS, အဒယ်လ်, SV နှင့် CNV | PACBIO Revio | 10x |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| တစ်သျှူးသို့မဟုတ်ထုတ်ယူ nucleic acids | illumina / mgi | ကိန်းနာ | pacboio
| ||
| တိရိစ္ဆာန် viscera | 0.5-1 ဂရမ် | ≥ 3.5 ဂရမ်
| ≥ 3.5 ဂရမ်
| ||
| တိရိစ္ဆာန်ကြွက်သား | ≥ 5 ဂရမ်
| ≥ 5 ဂရမ်
| |||
| နို့တိုက်သတ္တဝါများ | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| ကြက်, ငါးသွေး | ≥ 0.1 ml ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| အပင် - လတ်ဆတ်သောအရွက် | 1-2 ဂရမ် | ≥ 2 ဂရမ်
| ≥ 5 ဂရမ်
| ||
| ယဉ်ကျေးမှုဆဲလ်များ |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| အင်းဆက်ပိုးပျော့တစ်သျှူး / တစ် ဦး ချင်းစီ | 0.5-1 ဂရမ် | ≥ 1 ဂရမ်
| ≥ 3 ဂရမ်
| ||
| DNA ကိုထုတ်ယူ
| အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥ 1 NG / μl ပမာဏ - ≥ 30 NGN ကန့်သတ်သို့မဟုတ်အဘယ်သူမျှမပျက်စီးခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု
| စုခြင်း စုပေါင်း
OD260 / 280
OD260 / 230
ကန့်သတ်သို့မဟုတ်အဘယ်သူမျှမပျက်စီးခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု
| ≥ 40 NG / μl 4 μg / စီးဆင်းဆဲလ် / နမူနာ
1.7-2.2
≥1.5 | စုခြင်း စုပေါင်း
OD260 / 280
OD260 / 230
ကန့်သတ်သို့မဟုတ်အဘယ်သူမျှမပျက်စီးခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု | ≥ 50 NG / μl 10 μg / စီးဆင်းဆဲလ် / နမူနာ
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-Free Library ပြင်ဆင်မှု: အာရုံစူးစိုက်မှု 40 NG / μl ငွေပမာဏ 500 NG | |||||
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
DNA ထုတ်ယူခြင်း
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ဒေတာပေးပို့
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
- ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုကုန်ကြမ်း
- ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇမှ alignments ၏စာရင်းအင်း
- Variant ဖော်ထုတ်ခြင်း: SNP, အမိန့်, SV နှင့် CNV
- variants ၏အလုပ်လုပ်တဲ့မှတ်ချက်
ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇ - အသေးစိတ်ဖြန့်ဖြူးခြင်းအတွက် alignments ၏စာရင်းအင်းများ - အသေးစိတ်ဖြန့်ဖြူးခြင်း
မျိုးစုံနမူနာအကြား SNP ခေါ်
Indel ဖော်ထုတ်ခြင်း - CDS ဒေသများရှိအဒယ်လ်အရှည်နှင့်မျိုးရိုးဗီဇဒေသများတွင်ဖြစ်သည်
မျိုးရိုးဗီဇကိုဖြတ်ပြီး Variant ဖြန့်ဝေ - Circos ကြံစည်မှု
ဖော်ထုတ် variants - မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇ - မျိုးရိုးဗီဇ၏ functional မှတ်စုများ
Chai, et al ။ (2023) 'Glutathione S-Transfrase Ghtt19 သည် anchocyanin စုဆောင်းခြင်းဖြင့်ပုဂံလူမျိုးများစုဆောင်းခြင်း, 433 ။ DOI: 10.1111 / PBI.13965 ။
Cheng, H. et al ။ (2023) 'Chromosome-level Wild Heveeneensis Genromic ကူညီခြင်းနှင့်တန်ဖိုးရှိသောဒေသဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇသည်ရော်ဘာအထွက်နှုန်းမြှင့်တင်ရန်, 1058-1072, PP ။ DOI: 10.1111 / PBI.14018 ။
လီ, အေ et al ။ (2021) 'Estuarine Oyster ၏မျိုးရိုးဗီဇသည်ရာသီဥတုအကျိုးသက်ရောက်မှုနှင့်လိုက်လျောညီထွေကြွယ်ဝသောပလပ်စတစ်များသို့ထိုးထွင်းသိမြင်မှုကိုပေးသည်။ ဆက်သွယ်ရေးဇီဝဗေဒ 2021 4: 1, 4 (1), စစ။ DOI: 10.1038 / s42003-021-028233-0333-0333-028233-028233 ။
zeng, t. et al ။ (2022) 'မျိုးရိုးဗီဇနှင့် Methyslation of of Methys) ကိုအချိန်ကြာလာသည်နှင့်အမျှမျိုးရိုးဗီဇကြက်ပေါက်များကိုအချိန်ယူလေ့လာခြင်းသည်မျိုးစိတ်များထိန်းသိမ်းစောင့်ရှောက်ရေး, ဆက်သွယ်ရေးဇီဝဗေဒ, 5 (1), PP တို့တွင်ထိုးထွင်းသိမြင်စေသည်။ DOI: 10.1038 / S42003-022-03907-7-7-7-7 ။
