အပင် / တိရိစ္ဆာန် de novo မျိုးရိုးဗီဇအစီအစဉ်များ
de novoအလေ့အကျင့်မျိုးနွယ်စုများမရှိခြင်းကြောင့်နည်းပညာအစီအစဉ်များကို အသုံးပြု. မျိုးစိတ်များမျိုးမျိုးမျိုးမျိုးကိုအသုံးပြုသည်။ ပိုမိုကြာရှည်ဖတ်ရှုခြင်းနှင့်တတိယမျိုးဆက်အစီအစဉ်များကိုနိဒါန်းနှင့်ကျယ်ပြန့်စွာတားမြစ်ခြင်း, ဖတ်ခြင်းများအကြားထပ်တိုးလာခြင်းဖြင့်မျိုးရိုးဗီဇစည်းရုံးရေးကိုသိသိသာသာတိုးပွားစေခဲ့သည်။ ထပ်ခါတလဲလဲသောဒေသများ, polyploids နှင့်ပုံမှန်မဟုတ်သော gC contents များနှင့်ပုံမှန်အားဖြင့် စုစည်း. များသောအားဖြင့်စည်းဝေးပွဲများနှင့်ပုံမှန်အားဖြင့်စုစည်းထားသောများသောအားဖြင့်ရှုပ်ထွေးသော actions များနှင့်ပုံမှန်အားဖြင့်စုစည်းထားသောအလွန်ရှုပ်ထွေးသောအရာများနှင့်ရှုပ်ထွေးသောမြင့်မားသောရှုပ်ထွေးမှုများကဲ့သို့သောစိန်ခေါ်မှုမရှိတဲ့မျိုးရိုးဗီဇများနှင့်ရင်ဆိုင်နေရသည့်စိန်ခေါ်မှုမများများနှင့်ဆက်ဆံရာတွင်ဤတိုးမြှင့်မှုသည်အထူးသဖြင့်သက်ဆိုင်သည် တစ်ယောက်တည်း။
ကျွန်ုပ်တို့၏ရပ်တန့်မှုဖြေရှင်းချက်သည်အရည်အသွေးမြင့် de novo ကိုတပ်ဆင်ထားသည့်အထူးအစီအစဉ်များနှင့်ဇီဝလောင်စာဆန်းစစ်ခြင်းများကိုထောက်ပံ့ပေးသည်။ Illumina နှင့်ကန ဦး မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်းတစ်ခုသည်မျိုးရိုးဗီဇအရွယ်အစားနှင့်ရှုပ်ထွေးမှုများကိုခန့်မှန်းတွက်ချက်မှုများပေးပြီး Pacbio HiFi နှင့်အတူကြာမြင့်စွာဖတ်ရှုသည့်နောက်အဆင့်ကိုလမ်းညွှန်ရန်အသုံးပြုသည်de novoတွဲဖက်ညှိနှိုင်းမှု၏စုဝေး။ HIC ညီလာခံ၏နောက်ဆက်တွဲအသုံးပြုမှုသည် chromosome-level တပ်ဆင်ခြင်းကိုမျိုးရိုးဗီဇတွင်ပါ 0 င်သည့်မျိုးဆက်များကိုကျောက်ချရပ်နားနိုင်သည်။ နောက်ဆုံးအနေဖြင့်မျိုးရိုးဗီဇကိုမျိုးရိုးဗီဇခန့်မှန်းချက်ဖြင့်မှတ်သားထားပြီးထုတ်ဖော်ပြောဆိုနိုင်သည့်ဗီဇများကတိုတောင်းသော transcriptions များကိုဖတ်ရှုခြင်းနှင့်ကြာရှည်စွာဖတ်ရှုခြင်းများပြုလုပ်ခဲ့သည်။
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
# sequencing နှင့် bioinformatic 0 န်ဆောင်မှုများပေါင်းစပ်မှုများကိုရပ်တန့်မှုတစ်ခုဖြင့်ပေါင်းစည်းခြင်း။
မျိုးရိုးဗီဇအရွယ်အစားနှင့်လမ်းညွှန်နောက်ဆက်တွဲခန့်မှန်းရန် LIMBINA နှင့်မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း,
ရှည်လျားသောဖတ်ပါde novoဆင်နစ်များစုရုံးခြင်း,
Chromosome ကျောက်ဆူးအတွက် hi-c sequencence;
မျိုးဗီဇနှင့်မစ္စတာအစီအစဉ်များ,
စည်းဝေးပွဲ၏အတည်ပြုချက်။
●စိတ်ဝင်စားမှုမျိုးစိတ်များအတွက်တည်ဆောက်မှုအသစ်များဖြစ်ပေါ်လာသောမျိုးရိုးမယားများသို့မဟုတ်တည်ဆဲရည်ညွှန်းခြင်းမျိုးအတွက်သင့်တော်သောဝန်ဆောင်မှု။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
အတွက် sequencing ပလက်ဖောင်းများနှင့် bioinformatics ၏ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုde novoမျိုးရိုးဗီဇအစည်းအဝေး
(Amarasinghe Sl ET al ။ ,မျိုးရိုးဗီဇဇီဝဗေဒ2020)
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှုနှင့်ထုတ်ဝေစံချိန်ဖြေ - BMKGENENENEN သည်မတူကွဲပြားသောမျိုးစိတ်များနှင့်အလွန်ရှုပ်ထွေးသောမျိုးစိတ်များကိုမတူကွဲပြားသောမတူကွဲပြားသောမျိုးစိတ်များနှင့်အလွန်ရှုပ်ထွေးသောမျိုးစိတ်များနှင့် allopolyploid မျိုးစိတ်များအပါအ 0 င်ကြီးမားသောမျိုးရိုးဗီဇအစည်းအဝေးများတွင်အကြီးအကျယ်အတွေ့အကြုံများစွာရရှိခဲ့သည်။ 2018 ခုနှစ်မှစ. ကျွန်ုပ်တို့သည်လှူဒါန်းခဲ့သည်မြင့်မားသောသက်ရောက်မှုစာပေ 300 နှင့်၎င်းတို့အနက် 20 ကျော်ကို NUBNES NESTENTIC တွင်ဖော်ပြထားသည်။
●တစ်ကြိမ်တည်းသောဖြေရှင်းချက်ဖြေ - ကျွန်တော်တို့ရဲ့ဘက်ပေါင်းစုံချဉ်းကပ်မှုက sequencing technologies နဲ့ Bioinformatic ဆန်းစစ်ခြင်းတွေကိုပေါင်းစပ်ထားတဲ့မျိုးရိုးဗီဇမျိုးစုံကိုပေါင်းစပ်ထားပြီးအရည်အသွေးမြင့်တဲ့မျိုးရိုးဗီဇကိုပေါင်းစပ်ထားတယ်။
●သင့်ရဲ့လိုအပ်ချက်များကိုဖြည့်စွက်ဖြေ - ကျွန်ုပ်တို့၏ 0 န်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းခွင် 0 န်ဆောင်မှုပေးခြင်းသည်စိတ်ကြိုက်ပြုလုပ်နိုင်သည်။ ၎င်းတွင် Goth ရာမမျိုးမစပ်စု, မွန်းတမ်းနီမြားများ,
●မြင့်မားသောကျွမ်းကျင်သော Bioinformatics နှင့်ဓာတ်ခွဲခန်းအသင်း- ရှုပ်ထွေးသောမျိုးရိုးဗီဇအသင်းများ,
●အရောင်းအ 0 င် Post ပံ့ပိုးမှု -ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိက 0 တ်သည်စီမံကိန်းပြီးစီးခြင်းထက် 3 လအကြာရောင်း 0 ယ်သည့် 0 န်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူစီမံကိန်းပြီးဆုံးသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်းရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သောမေးမြန်းချက်များကိုဖြေရှင်းရန်စီမံကိန်းနောက်ဆက်တွဲ, မေးခွန်းများနှင့်မေးခွန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများပြုလုပ်ရန်,
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း | မျိုးရိုးဗီဇအစည်းအဝေး | ခရိုမိုဆုန်း - အဆင့် | မျိုးရိုးဗီဇ |
| 50x illumina novaseq pe150
| 30x pacbio ccs hifi ဖတ်သည် | 100x hi-c | RNA-SEQ Ill150 10 GB + (optional ကို) အပြည့်အဝအရှည် RNA-seq pacbio 40 GB သို့မဟုတ် Nanopore 12 GB |
ဝန်ဆောင်မှုလိုအပ်ချက်များ
မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်းအတွက်မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲနှင့် Hi-C တပ်ဆင်ထားသည်။
| တစ်သျှူးသို့မဟုတ်ထုတ်ယူ nucleic acids | မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း | PACBIO နှင့်အတူမျိုးစပ်ပရိသတ် | Hi-C တပ်ဆင်ထား |
| တိရိစ္ဆာန် viscera | 0.5-1 ဂရမ်
| ≥ 3.5 ဂရမ် | ≥2ဂရမ် |
| တိရိစ္ဆာန်ကြွက်သား | ≥ 5 ဂရမ် | ||
| နို့တိုက်သတ္တဝါများ | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| ကြက်, ငါးသွေး | ≥ 0.5 ml | ||
| အပင် - လတ်ဆတ်သောအရွက် | 1-2 ဂရမ် | ≥ 5 ဂရမ် | ≥ 4 ဂရမ် |
| ယဉ်ကျေးမှုဆဲလ်များ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ပိုးကောင် | 0.5-1 ဂရမ် | ≥ 3 ဂရမ် | ≥ 2 ဂရမ် |
| DNA ကိုထုတ်ယူ | အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥1 ng / μl 30 NGN ငွေပမာဏ ကန့်သတ်သို့မဟုတ်အဘယ်သူမျှမပျက်စီးခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု | အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥ 50 NG / μl ပမာဏ - 10 μg / flow cell / နမူနာ OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 ကန့်သတ်သို့မဟုတ်အဘယ်သူမျှမပျက်စီးခြင်းသို့မဟုတ်ညစ်ညမ်းမှု |
-
|
transcriptomics နှင့်အတူမျိုးရိုးဗီဇမှတ်စုအတွက်:
| တစ်သျှူးသို့မဟုတ်ထုတ်ယူ nucleic acids | Transcriptome illumina | pacbio transcriptome | nanopore transriptome |
| အပင် - အမြစ် / stem / petal | 450 မီလီဂရမ် | 600 မီလီဂရမ် | |
| အပင် - အရွက် / မျိုးစေ့ | 300 မီလီဂရမ် | 300 မီလီဂရမ် | |
| အပင် - အသီး | 1.2 ဂရမ် | 1.2 ဂရမ် | |
| တိရိစ္ဆာန်နှလုံး / အူ | 300 မီလီဂရမ် | 300 မီလီဂရမ် | |
| တိရိစ္ဆာန် viscera / ဦး နှောက် | 240 မီလီဂရမ် 240 မီလီဂရမ် | 240 မီလီဂရမ် 240 မီလီဂရမ် | |
| တိရိစ္ဆာန်ကြွက်သား | 450 မီလီဂရမ် | 450 မီလီဂရမ် | |
| တိရိစ္ဆာန်အရိုး / ဆံပင် / အရေပြား | 1 ဂရမ် | 1 ဂရမ် | |
| arthropod - အင်းဆက်ပိုးမွှား | 6 | 6 | |
| Arthropod -Crustacea | 300 မီလီဂရမ် | 300 မီလီဂရမ် | |
| အသွေးလုံး | 1 ပြွန် | 1 ပြွန် | |
| RNA ထုတ်ယူ | အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥ 20 NG / μl ≥ 0.3 μgပမာဏ OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 ထါး≥ 6 5≥28s / 18S≥1 | အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥ 100 NG / μl ≥ 0.75 μgပမာဏ OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 ထါး≥ 8 5≥28s / 18S≥1 | အာရုံစူးစိုက်မှု: ≥ 100 NG / μl ≥ 0.75 μgပမာဏ OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 ထါး≥ 7.5 5≥28s / 18S≥1 |
အကြံပြုနမူနာပေးပို့
ကွန်တိန်နာ - 2 ML Centrifuge Tube (Tin Fouls ကိုမထောက်ခံပါ)
(နမူနာအများစုအတွက်အီသနောတွင်မထိန်းသိမ်းရန်ကျွန်ုပ်တို့အကြံပြုပါသည်။ )
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း - နမူနာများကိုလက်အောက်ခံသောနမူနာသတင်းအချက်အလက်ပုံစံနှင့်တူညီစွာတံဆိပ်ကပ်ရမည်။
တင်ပို့ခြင်း - ခြောက်သွေ့သောရေခဲ - နမူနာများကိုအိတ်များ၌ထုပ်ပိုးထားရန်နှင့်ခြောက်သွေ့သောရေခဲဖြင့်သင်္ဂြိုဟ်ရန်လိုအပ်သည်။
အလုပ်ထွက်
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
စမ်းသပ်မှုဒီဇိုင်း
နမူနာပေးပို့
DNA ထုတ်ယူခြင်း
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
အဆင့် 4 ဆင့်တွင်ခွဲထုတ်ထားသော Bioiformatic Analysis ကိုဖြည့်စွက်ပါ။
1. NGS နှင့် K-Mer ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအပေါ် အခြေခံ. မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း -
မျိုးရိုးဗီဇအရွယ်အစားခန့်မှန်းချက်
heterozygity ၏ခန့်မှန်းချက်
ထပ်တလဲလဲဒေသများ၏ခန့်မှန်းချက်
2) Pacboio HiFi နှင့်မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ -
de novoအစည်းအဝေး
စည်းဝေးပွဲအကဲဖြတ်ခြင်း - မျိုးရိုးဗီဇလက်လှမ်းမီခြင်းနှင့် NGS နှင့် Pacbio HiFi တို့၏ back ကိုမြေပုံရေးဆွဲခြင်းအတွက် Busco လေ့လာဆန်းစစ်ခြင်းများအပါအ 0 င်
3) Hi-C တပ်ဆင်ထားခြင်း -
Hi-C စာကြည့်တိုက် QC: Right Hi-C Interactions ၏ခန့်မှန်းချက်
Hi-C တပ်ဆင်ထားခြင်း - အုပ်စုများတွင်ပါ 0 င်သောအရာများကိုစုစည်းပြီးအုပ်စုတစ်ခုစီတိုင်းတွင်အမိန့်ထုတ်ခြင်းနှင့်စီဂ်ဂောင်လူမျိုးများကိုသတ်မှတ်ခြင်း
hi-c အကဲဖြတ်ခြင်း
4) မျိုးရိုးဗီဇမှတ်စု:
Non-coding rna ခန့်မှန်း
ထပ်ခါတလဲလဲပာမှတ်ပုံတင် (transposons နှင့်တွဲဖက်ထပ်ခါတလဲလဲ)
မျိုးရိုးဗီဇ
§de novo: ab initio algorithms
§ homology အပေါ်အခြေခံသည်
§ transcriptome ကို အခြေခံ. ရှည်လျားပြီးတိုတောင်းသောဖတ်ခြင်းဖြင့်ဖတ်ပါde novoစည်းဝေးသို့မဟုတ်မငြိမ်မသက်မျိုးပါမှမြေပုံ
မျိုးစုံဒေတာဘေ့စ်များနှင့်အတူခန့်မှန်းဗီဇနှင့်အတူခန့်မှန်းမျိုးဗီဇ၏§
1) မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း - k-mer ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း
2) မျိုးရိုးဗီဇအစည်းအဝေး
2) မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ - Pacboio HiFi သည်စည်းဝေးပွဲမူကြမ်းသို့မြေပုံရေးဆွဲထားသည်
2) Hi-C တပ်ဆင်ထားခြင်း - Hi-C Right Interaction အတွဲများအကြောင်းခန့်မှန်းချက်
3) Hi-C Post- တပ်ဆင်ပြီးအကဲဖြတ်
4) မျိုးရိုးဗီဇမှတ်စု - ကြိုတင်ဟောကိန်းထုတ်ဗီဇများပေါင်းစပ်ခြင်း
4) မျိုးရိုးဗီဇမှတ်စု - မျိုးဗီဇမှတ်ချက်ချသည်
BMKGENE ၏ de novo မျိုးနွယ်စုမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာစုရုံးမှု 0 န်ဆောင်မှုများကပံ့ပိုးပေးသောစာစောင်များကိုစာနယ်ဇင်းများမှတစ်ဆင့် BMKGENENE ၏ Novo Genome Assistred 0 န်ဆောင်မှုပေးသည့်အစီအစဉ်များကိုလေ့လာပါ။
Li, C. et al ။ (2021) 'မျိုးနွယ်စုများပရိဘောဂများသည်ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာလူစုခွဲရန်လမ်းကြောင်းများနှင့်ပင်လယ်ကမ်းခြေဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်တွင်မျိုးရိုးဗီဇလိုက်လျောညီထွေဖြစ်မှု, DOI: 10.1038 / s414677-021-21-21-2139-x ။
Li, y. et al ။ (2023) 'အကြီးစားခရိုမိုဆုန်းပြောင်းလဲမှုများသည်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာဖော်ပြချက်များ, DOI: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006 ။
Tian, T. ET al ။ (2023) 'မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲနှင့်ထင်ရှားသောမိုးခေါင်ရေရှားသည့်ပြောင်းရွှေ့နိုင်သည့်အပြောင်းဖ်အတုအယောင်များ, Doi: 10.1038 / s415888-023-01297-y ။
zhang, f. et al ။ (2023) '' Tropane Alkaloid Biosynthesis ကို solanaceae မိသားစုတွင်မျိုးစပ်နှစ်ဆခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအားဖြင့် Tropane Alkaloid Biosynthesis ကိုထုတ်ဖော်ပြောဆိုခြင်း, သဘာဝဆက်သွယ်မှု 2023 14: 1, 14 (1), စစ။ DOI: 10.1038 / S414677-02333-3333-3333-3333-3733
စိန်ခေါ်မှုအမှုလေ့လာမှုများ:
Telomere-to-telomere စည်းဝေးပွဲ:Fu, အေ et al ။ (2023) 'The-Teelere-Teelomere Genomere L. Var) (Momordica Charantia L. var) (Momordica Charantia L. Var) (202)) အသီးများဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု, ဖွဲ့စည်းမှုနှင့်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာလက္ခဏာများ, 10 (1) တွင်ဖော်ပြထားသည်။ DOI: 10.1093 / uhac2228 ။
Haplotype စည်းဝေးပွဲ:ဟွမ်, ဒဗလျူ et al ။ (2021) 'Allelle-Defined Genome တို့သည်ပီလောပီနံဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကာလအတွင်းဘည်ဘောင်မျိုးကွဲခွဲခြားမှုကိုဖော်ပြသည်။ DOI: 10.1016 / j.molp.2021.09.09 ။
Giant မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ:ယွမ်, J. အက်စ်အယ်လ်။ (2022) 'Giga-Chromosomes နှင့် Giga-Choononia Ostii ၏ Giga-Giga-Genome ၏ Giga-Genome ၏ Giga-Genome ၏မျိုးရိုးဗီဇမျိုးဆက်များ, သဘာဝဆက်သွယ်မှု 2022 13: 1, 13 (1), စစ။ DOI: 10.1038 / S414677-022-35063-1 ။
PolyPlotoid မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ:zhang, ate et al ။ (2022) '' မကြာသေးမီက autopolyploid sugcharrane saccharanum spontanum spontaneum 'spromosome လျှော့ချရေး scromosome လျှော့ချရေး scromosome လျှော့ချရေးအတွက် Genomic Insights, Nature Genetics 2022 54: 64 (64 (6), PP ။ 885-896, PP ။ DOI: 10.1038 / S415888-022-01084-1 ။
