အကိုးအကားမဟုတ်သော mRNA Sequencing-NGS
အင်္ဂါရပ်များ
● စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမပြုမီ poly mRNA ကို ဖမ်းယူပါ။
● မည်သည့်ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်၏ အမှီအခိုကင်းသည်- ဒေတာဘေ့စ်များစွာဖြင့် အမှတ်အသားပြုထားသည့် unigenes စာရင်းကို ဖန်တီးခြင်း (NR၊ Swiss-Prot၊ COG၊ KOG၊ eggNOG၊ Pfam၊ GO၊ KEGG)
● မျိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် စာသားဖွဲ့စည်းပုံဆိုင်ရာ ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: BMKGENE တွင် နမူနာပေါင်း 600,000 ကျော်ကို လုပ်ဆောင်ခြင်း၏ မှတ်တမ်းတစ်ခုနှင့်အတူ၊ ဆဲလ်ယဉ်ကျေးမှု၊ တစ်ရှူးများနှင့် ခန္ဓာကိုယ်အရည်များကဲ့သို့သော ကွဲပြားသောနမူနာအမျိုးအစားများကို ဖြန့်ကျက်ခြင်းဖြင့် ကျွန်ုပ်တို့အဖွဲ့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပါသည်။ သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ mRNA-Seq ပရောဂျက်ပေါင်း 100,000 ကျော်ကို ကျွန်ုပ်တို့ အောင်မြင်စွာ ပိတ်လိုက်ပါပြီ။
●တင်းကျပ်သောအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု: ကျွန်ုပ်တို့သည် နမူနာနှင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမှ စီစစ်ခြင်းနှင့် ဇီဝအချက်အလက်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအထိ အဆင့်အားလုံးတွင် အဓိကထိန်းချုပ်မှုအချက်များကို အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။ ဤစေ့စပ်သေချာစွာ စောင့်ကြည့်စစ်ဆေးခြင်းသည် အရည်အသွေးမြင့် ရလဒ်များကို တသမတ်တည်း ပေးဆောင်ရန် သေချာစေသည်။
● ပြည့်စုံသော မှတ်ချက်: ကျွန်ုပ်တို့သည် မတူညီသောဖော်ပြသောမျိုးရိုးဗီဇများ (DEGs) ကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေရန်အတွက် ဒေတာဘေ့စ်အများအပြားကို အသုံးပြုပြီး စာသားမှတ်တမ်းတုံ့ပြန်မှုကို အခြေခံထားသော ဆဲလ်လူလာနှင့် မော်လီကျူးဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းစဉ်များဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများကို ပေးဆောင်ကာ သက်ဆိုင်ရာ ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်သည်။
●အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့၏ ကတိကဝတ်သည် 3-လ-ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးမြောက်ခြင်းထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | Sequence ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| Poly A ကြွယ်ဝသည်။ | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ |
| ≥ ၁၀ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များအတွက် RIN≥4.0; တိရစ္ဆာန်များအတွက် RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
● အပင်များ
အမြစ်၊ ပင်စည် သို့မဟုတ် ပန်းပွင့်: 450 မီလီဂရမ်
အရွက် သို့မဟုတ် အစေ့: 300 မီလီဂရမ်
အသီး: 1.2 ဂရမ်
● တိရစ္ဆာန်
နှလုံး သို့မဟုတ် အူ- 300 မီလီဂရမ်
ကလီစာ သို့မဟုတ် ဦးနှောက်: 240 မီလီဂရမ်
ကြွက်သား: 450 မီလီဂရမ်
အရိုး၊ ဆံပင် သို့မဟုတ် အရေပြား- 1g
● Arthropods-
အင်းဆက်များ : 6g
Crustacea: 300 မီလီဂရမ်
● သွေးတစ်ခုလုံး: 1 ပြွန်
● ဆဲလ်များ- 106 ဆဲလ်များ
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊ B1, B2, B3 ။
တင်ပို့မှု-
1. ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2. RNAstable tubes- RNA နမူနာများကို RNA stabilization tube (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝအချက်အလက်
စာသားစုစည်းမှု နှင့် unigene ရွေးချယ်မှု
Unigene မှတ်ချက်
နမူနာဆက်စပ်မှုနှင့် ဇီဝပုံတူပွားမှုများကို အကဲဖြတ်ခြင်း။
ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးရိုးဗီဇ (DEGs)
DEG များ၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်
DEGs များ၏ လုပ်ဆောင်ချက် ကြွယ်ဝမှု
BMKGene ၏ eukaryotic NGS mRNA စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုများမှ ပံ့ပိုးပေးထားသော တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ။
Shen, F. et al. (2020) 'Amur ငါးခူ (Silurus asotus)'၊ Genomics၊ 112(3)၊ စ. doi- 10.1016/J.YGENO.2020.01.026။
Zhang, C. et al ။ (2016) 'ကြက်သွန်နီ (Allium cepa L.) တွင် မီးသီးရောင်ရမ်းခြင်းနှင့် ကြီးထွားလာစဉ်အတွင်း sucrose ဇီဝြဖစ်ပျက်မှုဆိုင်ရာ စာသားမှတ်တမ်းကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း'၊ Plant Science in Frontiers၊ 7(စက်တင်ဘာ)၊ စ. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX။
Zhu, C. et al. (2017) 'Sarcocheilichthys sinensis အတွက် De novo စည်းဝေးပွဲ၊ အသွင်အပြင်နှင့် မှတ်ချက်'၊ PLoS ONE၊ 12(2)။ doi- 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966။
Zou, L. et al. (2021) 'De novo transcriptome ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်သည် ဆားငန်ဖိစီးမှုအောက်တွင် Podocarpus macrophyllus ၏ဆားခံနိုင်ရည်အား ထိုးထွင်းသိမြင်မှုပေးသည်'၊ BMC Plant Biology၊ 21(1)၊ စ. 1-17။ doi- 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9။
