ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇနှင့်အတူ MRNA-seq (NGS)

ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇနှင့်အတူ MRNA-seq (NGS)

RNA-SEQ သည်ဘဝနှင့်သီးနှံသိပ္ပံပညာကို ဖြတ်. စံပြကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။ ၎င်း၏အစွမ်းသတ္တိသည်မှတ်တမ်းအသစ်များကိုရှာဖွေတွေ့ရှိခြင်းနှင့်သူတို့၏စကားရပ်ကို assay တစ်ခုတွင်ရှာဖွေခြင်းအတွက်ဖြစ်သည်။ ၎င်းသည်နှိုင်းယှဉ်သော transcriptom လေ့လာမှုများအတွက်ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် transcription လေ့လာမှုများအတွက်အသုံးပြုသောကြောင့်မျိုးရိုးဗီဇများနှင့်ဆက်စပ်သောမျိုးရိုးဗီဇများနှင့်သက်ဆိုင်သောမျိုးရိုးဗီဇများကိုအလင်းသွန်းလောင်းခြင်း, BMKCLOUL MRNA (ရည်ညွှန်းချက်) အက်ပလီကေးရှင်းသည် Expressional Expressionisys (DEG) နှင့် sequence ဖွဲ့စည်းပုံနှင့်အစီအစဉ်ဖွဲ့စည်းပုံနှင့် sequence ဖွဲ့စည်းပုံသည် MRNA-SEQ (NGS) ကိုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့်အလားတူဆော့ဖ်ဝဲ၏အားသာချက်များ, အသုံးပြုသူများသည် RNA-SEQ အချက်အလက်များကို cloud သို့ upload ပြုလုပ်နိုင်သည်, အက်ပလီကေးရှင်းသည်ပြည့်စုံသော, ထို့အပြင်၎င်းသည်သုံးစွဲသူများ၏အတွေ့အကြုံများကို ဦး စားပေးပြီးသုံးစွဲသူများ၏လိုအပ်ချက်များကိုဖြည့်ဆည်းပေးသည်။ အသုံးပြုသူများသည် parameters တွေကိုသတ်မှတ်ပြီးပိုက်လိုင်းမစ်ရှင်ကိုသူတို့ကိုယ်တိုင်ကိုင်တွယ်နိုင်, Interactive reports ကိုစစ်ဆေးရန်,

သရုပ်ပြရလဒ်များ

ဒေတာတူးဖော်ခြင်း

သွင်းကုန်လိုအပ်ချက်

အဓိကခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

တိုးကားခြင်း

သရုပ်ပြရလဒ်များ

ဒေတာတူးဖော်ခြင်း

သွင်းကုန်လိုအပ်ချက်

ပလက်ဖောင်း:MGI illumina
နည်းဗျူဟာ:RNA-SEQ
စီမန်ကိန်း: Paried, သန့်ရှင်း - ဒေတာ။
စာကြည့်တိုက်အမျိုးအစား:fr-un- unstrandanded, fr-firststrand သို့မဟုတ် fr-fredstrandrandrandrandrandrand
ဖတ်ပါ150 BP
ဖိုင်အမျိုးအစား:* .fastq, * .fq, * .fQ.gz သို့မဟုတ် * .fq.gz ။ စနစ်အလိုရှိသည်Thier ဖိုင်အမည်များအရ .fastq ဖိုင်များကိုအလိုအလျောက်အတွဲလိုက်,ဥပမာ * _1.1.fastq * ._ 2.fastq ။
နမူနာအရေအတွက်နံပါတ်ပေါ်တွင်ကန့်သတ်ချက်များမရှိပါနမူနာများ၏ဒါပေမယ့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာအချိန်အရေအတွက်ကတိုးမြှင့်ပါလိမ့်မယ်နမူနာကြီးထွားလာသည်။
အကြံပြုဒေတာပမာဏ:နမူနာတစ်ခုလျှင် 6g

အဓိကခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ

MRNA-seq ၏အဓိကခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းနှင့်ဇီဝလောင်စာများ (ရည်ညွှန်း)ပိုက်လိုင်းသည်အောက်ပါအတိုင်းဖြစ်သည် -

1 ။ RAWDATA အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု:

•အရည်အသွေးနိမ့်အစီအစဉ်များကိုဖယ်ရှားခြင်း, adapter sequencesetc;

•ကိရိယာများ - အိမ်တွင်းတွင်ပိုက်လိုင်းကိုတီထွင်ခဲ့သည်။

2 ။ ဒေတာကိုရည်ညွှန်းသည့်မျိုးရိုးဗီဇသို့ alignment:

•ဆန့်ကျင်သော splice- သတိထားမိ algorithm နှင့်အတူ aligns ဖတ်ရှုခြင်းများရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇ။

•ကိရိယာများ:herat2, ဆမ်တို

3 ။ စာကြည့်တိုက်အရည်အသွေးခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း:

•အရှည်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း, sequence saturation analysis စသည်တို့ကိုထည့်သွင်းခြင်း,

•ကိရိယာများ:ဆမ်တို;

4 ။ အစီအစဉ်ဖွဲ့စည်းပုံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း:

•အခြားရွေးချယ်စရာ splicing ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း, မျိုးရိုးဗီဇဖွဲ့စည်းပုံ optimization,ဝတ်ထုမျိုးဗီဇဟောကိန်းထုတ်စသည်တို့,

•ကိရိယာများ:stringtie, gffcompare, မေှာင်ကလေး,စိန်, စကားများကိုကြည့်ပါနှင့်ချစ်သူ.

5 ။ differential အသုံးအနှုန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ:

• DEG စစ်ဆေးခြင်း, CO-Gualth ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း, အလုပ်လုပ်တဲ့သန့်ရှင်းခြင်း,

•အမျိုးမျိုးသော visualization ရလဒ်များ;

•Rနှင့်Segseq, deseq2, ggplot2, dexseq

တိုးကားခြင်း

1 ။ Kim, Daehwan et al ။ "Graph-based မျိုးရိုးဗီဇ alignmention နှင့်hutat2 နှင့် hutat-genotype နှင့်အတူ genotyping ။ "သဘာဝဇီဝနည်းပညာ37 (2019): 907 - 915 ။

2 ။ McKenna, aaron et al ။ "မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းဆိုင်ရာကိရိယာတန်ဆာပလာ - ကလာမယ့်မျိုးဆက် DNA ကိုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာရန် Mapreduce မူဘောင်ဒေတာအစီအစဉ်။ "မျိုးရိုးဗီဇသုတေသန20 (2010): 1297-303: 1297-303 ။

3 ။ Li, Heng El al ။ "sequence ကို alignment / map format နဲ့Samtools ။ "ဇီဝလောင်စာ25 (2009): 2078 - 2079 ။

4 ။ Perţea, Mihaela et al ။ "stringtie တိုးတက်လာသည်RNA-SEQ မှကူးသွင်းထားသည့်မှတ်တမ်းပြန်လည်တည်ဆောက်ခြင်းကိုဖတ်ရှုသည်။ "သဘာဝဇီဝနည်းပညာ33 (2015): 290-295: 290-295 ။

5 ။ ချစ်ခြင်းမေတ္တာ Michael I. et al ။ "ခေါက်အပြောင်းအလဲနှင့်စပ်လျဉ်း။ ခန့်မှန်းခြင်းနှင့်Deseq2 နှင့်အတူ RNA-SEQ ဒေတာများအတွက်နေရာချထား။ "မျိုးမေြာက်ဇီဝဗေဒ15 (2014): n ။ ပုဂ်မြင်

6 ။ Eddy, Sean R. မြန်ဆန်သောပရိုဖိုင်းကို Hmm ရှာဖွေခြင်း။ "ငြင်မောပန်း ကွန်ပျူတာဇီဝဗေဒ7 (2011): n ။ ပုဂ်မြင်

ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇနှင့်အတူ MRNA-seq (NGS)

ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇနှင့်အတူ MRNA-seq (NGS)

ကိုးကားပါ

သင်၏စာကိုကျွန်ုပ်တို့ထံပေးပို့ပါ။