မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်
pnas
ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကိုမူလအစနှင့်မွေးမြူရေးသမိုင်းကြောင်း (Carassius Auratus)
pacboio | LIKINA | Bionano မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံ Hi-C အမျိုးအစားမျိုးရိုးဗီဇ မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံ | Gwas | RNA-SEQ
ပေါ်လွင်
1.Goldfish Genoman သည်အရည်အသွေးမြင့်တပ်ဆင်မှုဗားရှင်းနှင့်အံဝင်ခွင်ကျဖြစ်သည့် 95.75% ကို Pseudochromosomes (scoffold n5ff = 31.84 MB) တွင်ကျောက်ချရပ်နားထားသည်။ နှစ်ခု subgenomes snessangled ခဲ့ကြသည်။
2. Genomic Sweeps ၏နေရာချထားစဉ်အတွင်းရွေးချယ်ထားသည့်ဆန္ဒပြပွဲများကိုလူကြိုက်များသောအချက်အလက်များကိုပြန်လည်သတ်မှတ်ခြင်းမှလွတ်မြောက်ခြင်း,
အိမ်မွေးတိရိစ္ဆာန်တွင် Dorsal Fin နှင့်အတူ 3.GWAs မှကိုယ်စားလှယ်လောင်း 378 မျိုးဗီဇ 278 ဦး ကိုဖော်ထုတ်နိုင်ခဲ့သည်။ Tyrosine-protein Kinase သတင်းထောက်သည်ပွင့်လင်းမြင်သာမှုနှင့်ဆက်စပ်သောကိုယ်စားလှယ်လောင်းဇုဇာအေးသတစ်ခုဖြစ်သည့်ကိုယ်စားလှယ်လောင်းမျိုးရိုးဗီဇအဖြစ်ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်
နောက်ဘက်မေြ
Goldfish (Carassius Auratus) သည်ရှေးဟောင်းတရုတ်နိုင်ငံရှိ Crucian Carp မှမွေးမြူခဲ့သည့်အရေးအကြီးဆုံးလယ်ယာမြေငါးဖြစ်သည်။ Charles Darwin က "အဆုံးမဲ့မတူကွဲပြားတဲ့အရောင်တွေကိုကျော်ဖြတ်နိုင်တဲ့အရောင်တွေကိုဖြတ်ကျော်ပြီးဖွဲ့စည်းပုံမှာအထင်ရှားဆုံးပြုပြင်မွမ်းမံမှုတွေနဲ့တွေ့ရတာပါ။ အလွန်ကွဲပြားခြားနားသောအင်္ဂါရပ်များနှင့်ရှည်လျားသောအိမ်မွေးတိရိစ္ဆာန်မွေးမြူရေးနှင့်မွေးမြူရေးသမိုင်းကြောင်းသည်ငါးဇီဝကမ္မဗေဒနှင့်ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်များအတွက် Goldish Gen Generician မျိုးရိုးဗီဇမော်ဒယ်စနစ်ကိုပြုလုပ်သည်။
အောင်မြင်မှုများ
ရွှေငါးမျိုးရိုးဗီဇ
JPacbio နှင့် Illumina Pairs-end sequencing data သည်ကန ဦး 1.657 ဂရမ်မူကြမ်းမူကြမ်း (contig n50 = 474 kb) ကိုလျာထားသည်။ Bionano optical မြေပုံကိုထုတ်လုပ်ပြီး 1.73 GB ကို 1.73 GB သို့တည့်မတ်ပေးခဲ့သည် (ခန့်မှန်းခြေမျိုးရိုးဗီဇအရွယ်အစား - 1.8 GB) ။ Hi-C အခြေခံစည်းဝေးပွဲကို 606 KB မှ 31.84 MB မှအရှက်ရသည့် N50 (1.65 GB) မှ 95.75% (1.65 GB) သည် Oriented နှင့် Oriented နှင့် Oriented နှင့် Oriented နှင့် Oriented နှင့် Oreiented နှင့် Oriented နှင့် Oriented နှင့် Oriented နှင့် Aoriented နှင့် Oriented နှင့် Oriented နှင့်အမိန့်ထုတ်ခဲ့သည်။ မျိုးရိုးဗီဇမျိုးဗီဇတွင် 56,251 ပုဇွန်များနှင့် 10,098 ရှည်လျားသော coding transcript ပါဝင်သည်။ ထို့အပြင်အထူးသဖြင့်ဗဟိုဌာန 38 ခုကိုခရိုမိုဆုန်း 50 အနက်မှကြိုတင်ဟောကိန်းထုတ်ခဲ့သည်။
Fig.1 ရွှေငါးမျိုးရိုးဗီဇ
TWo ၏ရှင်းလင်းသော subgenomes များကိုရွှေငါးဖမ်းခရိုမိုဆုန်း 50 တွင်ရရှိခဲ့ပြီးရှေးခေတ် hybridization ဖြစ်ရပ်တစ်ခုမှဖြစ်ပေါ်လာသောရွှေငါးခရိုမိုဆုန်း 50 တွင်ဖော်ပြထားသည်။ ရွှေငါးနှင့် Barbinae တို့အကြား aliggenome aligenome (Chra01 ~ A25) နှင့်အတူ chromosomes ၏ set ကို subgenome a (chra01 ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~),
အိမ်မွေးနှင့်ရွေးချယ်လှည်း
Aစုစုပေါင်းတောရိုင်းအမျိုးအစား CUNCAN CACFAN CARITS နှင့် 185 ကိုယ်စားလှယ် 185 ဦး သည်ပျမ်းမျှအားဖြင့်ကြိုတင်တွက်ချက်မှုအတိမ်အနက်ကိုပြန်လည်ရရှိခဲ့ပြီး 4.3 terabase 4.3 ခုကိုထုတ်လုပ်သည်။ Phylogenetic ပြန်လည်တည်ဆောက်ရေးနှင့် PCA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည်ဘုံငါးနှင့် CRUCAAN CARNATE CALLATAL တို့အကြားရွှေငါးနှင့် Crucian Carp နှင့်ပိုမိုနီးကပ်စွာဆက်စပ်မှုကိုအတည်ပြုခဲ့သည်။
LDyne Summpould 4 ခုအပေါ်တွင်ဆန်းစစ်ခြင်းဆန်းစစ်ခြင်းသည်မွေးမြူရေးလုပ်ငန်းတွင်မွေးမြူရေးနှင့်ခိုင်ခံ့သောအတုရွေးချယ်ရေးတွင်လူ ဦး ရေဗီဇဆိုင်ရာပိတ်ဆို့မှုတည်ရှိမှုကိုထောက်ခံခဲ့သည်။ Crucian Carp မှ Crucian Carp နှင့် Genear Goldfish Goldfish နှင့် Goldfish Goldfish တို့အတွက်ဘုံရွှေငါးများသို့ Gen မျိုးရိုးဗီဇမျိုးစုံမျိုးစုံတိုးမြှင့်ခြင်း (π) ကိုတိုးမြှင့်ခြင်းကသူတို့၏အိမ်မွေးတိရိစ္ဆာန်နှင့်ကြက်သွန်ဖြူမျိုးဆက်များကိုသိသိသာသာစုဆောင်းခြင်းကိုဖော်ပြခဲ့သည်။ 25.2 MB နှင့် 946 မျိုးဗီဇကိုရွေးချယ်သောရွေးချယ်မှုမျိုးဗီဇဒေသများ (946 မျိုးဗီဇ) ကိုကိုယ်စားပြုသောအချက်အလက်များ (ရွှေငါး 33 ခုနှင့် CRUCAS နှင့် CRUCAN CRAP) တွင်ရွေးချယ်သည်။ 2010 ကိုလေ့လာခြင်းအားဖြင့်ဆန်းစစ်ခြင်းကိုတိုးချဲ့ခြင်းသည်ဗီဇ 393 မျိုးဗီဇ 393 ခုသည်ပြီးစီးခဲ့သည့်ရွေးချယ်မှုများပြုလုပ်သောနေရာများကိုညွှန်ပြသည်။ ဤမျိုးဗီဇများကိုမတူကွဲပြားမှုများကိုတွေ့ရှိခဲ့ရပြီး,
ပုံပန်းပွင့် -to
အိမ်မွေးတိရိစ္ဆာန်အပေါ် Gwas
DOssal Fin သည်အဓိကလက်ခဏာတစ်ခုဖြစ်သည်။ ကွကျဥရွှေငါးမှ Wen Goldfish ကိုခွဲခြားထားသည်။ Wen Goldfish နှင့်ကွကျဥရွှေငါး (87) တွင် Gwas မှ Gwas မှကိုယ်စားလှယ်လောင်း 87 ဦး အားခရိုမိုဆုန်း 13 ခုနှင့်လက်အောက်ခံများအကြားဤမျိုးရိုးဗီဇများမဖြန့်ဖြူးခြင်းကိုဖြန့်ဖြူးခဲ့သည်။ ဤကိုယ်စားလှယ်လောင်းမျိုးဗီဇဆိုင်ရာလုပ်ဆောင်မှုမျိုးဗီဇသည် "Cell Surface Reptor Signaling Signaling", "အရိုးစနစ်ဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှု",
မွေးကင်းစ်၏ Goldfish တွင် Dorsal Fin ၏ပုံပန်းဂိုး
Iပွင့်လင်းမြင်သာသောစကေးနှင့်သက်ဆိုင်သောစရိုက်များကို Gwas တစ် ဦး တည်းသောခိုင်ခံ့သောအသင်းအထွက်ကိုရှာဖွေတွေ့ရှိခဲ့သည်။ ကိုယ်စားလှယ်လောင်းဒေသတစ်ခုတွင် tyrosine-protein kinase receptor ကို enrosine-protein kinase receptor encoding မျိုးရိုးဗီဇကိုဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။
ပွင့်လင်းစကေး - ဆက်စပ်စရိုက်များ၏ပုံပန်းဂိုးပုံ
တိုးကားခြင်း
CHen D et al ။ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ကိုမူလအစနှင့်မွေးမြူရေးသမိုင်းကြောင်း (Carassius Auratus) ။ PNAS (2020)
သတင်း Biomarker Technololies နှင့်နောက်ဆုံးအကြိမ်အောင်မြင်သောကိစ္စများကိုမျှဝေရန်ရည်ရွယ်သည်။ သိပ္ပံနည်းကျအောင်မြင်မှုများနှင့်လေ့လာမှုအတွင်းအသုံးချသည့်ထင်ရှားသောနည်းစနစ်များကိုဖမ်းယူခြင်းနှင့်ထင်ရှားသောနည်းစနစ်များကိုဖမ်းယူခြင်း။
Post Time: Jan-04-2022