GENOME Evolution၊ PANGENOME
Pan-genome ဆိုတာ ဘာလဲ။
စုဆောင်းထားသော အထောက်အထားများသည် မျိုးစိတ်တစ်ခု၏ မတူညီသောမျိုးကွဲများကြား ကွဲလွဲမှုသည် ကြီးမားနိုင်ကြောင်း ပြသနေသည်။ မျိုးစိတ်တစ်ခုတည်း၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ အချက်အလက်တစ်ခုလုံးကို ရရှိရန် တစ်ခုတည်းသော ဂျီနိုအာနှင့် ဝေးကွာသည်။ Pan-genome လေ့လာမှု၏ ရည်ရွယ်ချက်မှာ မျိုးစိတ်တစ်ခု၏ ပိုမိုပြည့်စုံသော မျိုးရိုးဗီဇဂရပ်ဖစ်ကို ရရှိရန်နှင့် မျိုးကွဲများစွာ၏ genome de novo စုစည်းမှုကို ပြုလုပ်ခြင်းဖြင့် စရိုက်များနှင့် မျိုးရိုးဗီဇကုဒ်များကြား ဆက်ဆံရေးကို ကုဒ်ကုဒ်လုပ်ရန်ဖြစ်ပြီး ကွဲပြားမှုများ၏ ပိုမိုနက်နဲပြီး ပိုမိုကျယ်ပြန့်သော သတ္တုတူးဖော်မှုကို ခွင့်ပြုပေးပါသည်။
ပန်ဂျီနိုလေ့လာမှု၏ခေတ်ရေစီးကြောင်း
ပုံ 1 Pan-genome သုတေသနစာတမ်းများ၏ လမ်းကြောင်းများ။
မှတ်ချက်။
a နမူနာများစွာမှဖတ်ချက်များကို အကိုးအကားတစ်ခုသို့ လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေပြီး မညီညွတ်သောအရာများကို ဝတ္ထုဆက်နွယ်မှုအဖြစ် စုစည်းထားသည်။ မူရင်းကိုးကားမှုအစီအစဥ်တွင် ဤဝတ္ထုဆက်တွဲများကို ပေါင်းထည့်ခြင်းဖြင့်၊ pangenome ရည်ညွှန်းချက်ကို တည်ဆောက်နိုင်သည်။ Pangenome သို့ ပြန်ဖတ်သည့် အားလုံးကို မြေပုံဆွဲခြင်းအပေါ် အခြေခံ၍ သုံးစွဲနိုင်သော ဒေသများကို ဆုံးဖြတ်သည်။
ခ မျိုးစုံသော ဆက်စပ်မှုများ၏ ဂျီနိုမိုများ စုဝေးမှုသည် ဂျီနိုမ် ညှိယူမှု ချဉ်းကပ်မှုများကို သုံးစွဲနိုင်သော မျိုးဗီဇဒေသများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် ခွင့်ပြုသည်။
ဂ။ pan-genome ဂရပ်ကို ဂရပ်မှတစ်မူထူးခြားသောလမ်းကြောင်းများအဖြစ် dispensable regions ၏ကွဲပြားသောအချက်အလက်များကို ထိရောက်စွာသိမ်းဆည်းပေးသည့် genome alignments တစ်ခုလုံးမှ သို့မဟုတ် de novo ဂရပ်များစုစည်းမှုဖြင့် တည်ဆောက်နိုင်ပါသည်။
Pan-genome ကို ဘယ်လိုတည်ဆောက်မလဲ။
ပုံ 2 pan-genome ချဉ်းကပ်မှုများကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်း။၁
a နမူနာများစွာမှဖတ်ချက်များကို အကိုးအကားတစ်ခုသို့ လိုက်လျောညီထွေဖြစ်စေပြီး မညီညွတ်သောအရာများကို ဝတ္ထုဆက်နွယ်မှုအဖြစ် စုစည်းထားသည်။ မူရင်းကိုးကားမှုအစီအစဥ်တွင် ဤဝတ္ထုဆက်တွဲများကို ပေါင်းထည့်ခြင်းဖြင့်၊ pangenome ရည်ညွှန်းချက်ကို တည်ဆောက်နိုင်သည်။ Pangenome သို့ ပြန်ဖတ်သည့် အားလုံးကို မြေပုံဆွဲခြင်းအပေါ် အခြေခံ၍ သုံးစွဲနိုင်သော ဒေသများကို ဆုံးဖြတ်သည်။
ခ မျိုးစုံသော ဆက်စပ်မှုများ၏ ဂျီနိုမိုများ စုဝေးမှုသည် ဂျီနိုမ် ညှိယူမှု ချဉ်းကပ်မှုများကို သုံးစွဲနိုင်သော မျိုးဗီဇဒေသများကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် ခွင့်ပြုသည်။
ဂ။ pan-genome ဂရပ်ကို ဂရပ်မှတစ်မူထူးခြားသောလမ်းကြောင်းများအဖြစ် dispensable regions ၏ကွဲပြားသောအချက်အလက်များကို ထိရောက်စွာသိမ်းဆည်းပေးသည့် genome alignments တစ်ခုလုံးမှ သို့မဟုတ် de novo ဂရပ်များစုစည်းမှုဖြင့် တည်ဆောက်နိုင်ပါသည်။
မကြာသေးမီက ထုတ်ဝေခဲ့သော Pan-genomes
● မုဒိမ်းမှုဝေ့ဂျီနိုမ်၂
● ခရမ်းချဉ်သီးဝေ့ဂျီနို 3
● ဆန်ပန်-ဂျီနိုမ်၄
● နေကြာပန်-ဂျီနို၅
● ပဲပုပ်ပန်ဂျီနို 6
● ဆန်ပန်ဂျီနို၇
● မုယောပန်-ဂျီနိုအာ၈
● ဂျုံပန်ဂျီနို၉
● Sorghum Pan-genome၁၀
● Phytoplankton ပန်ဂျီနို၁၁
အကိုးအကား
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes များသည် ရည်ညွှန်းချက်အသစ်များဖြစ်သည်။ နတ်အပင်များ။ 2020; 6(8):914-920။ doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. သီချင်း JM၊ Guan Z၊ Hu J၊ et al။ အရည်အသွေးမြင့် ဂျီနိုမ်ရှစ်မျိုးသည် Brassica napus ၏ ပန်ဂျီနိုဗိသုကာနှင့် ဂေဟစနစ်ကွဲပြားမှုကို ဖော်ပြသည်။ နတ်အပင်များ။ 2020;၆(၁):၃၄-၄၅။ doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L၊ Gonda I၊ Sun H၊ et al။ ခရမ်းချဉ်သီး pan-genome သည် မျိုးဗီဇအသစ်များနှင့် သစ်သီးအရသာကိုထိန်းညှိပေးသည့် ရှားပါး allele ကို တွေ့ရှိသည်။ နတ် Genet။ 2019;51(6):1044-1051။ doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q၊ Feng Q၊ Lu H၊ et al။ Pan-genome ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် စိုက်ပျိုးထားသော နှင့် တောရိုင်းဆန်များတွင် မျိုးဗီဇကွဲလွဲမှု၏ အတိုင်းအတာကို မီးမောင်းထိုးပြသည် [ထုတ်ဝေသော ပြင်ဆင်ချက်ကို Nat Genet တွင် တွေ့ရပါသည်။ 2018 သြဂုတ်;50(8):1196]။ နတ် Genet။ 2018;50(2):278-284။ doi-10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S၊ Bercovich N၊ Todesco M၊ et al။ နေကြာပန်း-ဂျီနိုမ် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် မျိုးစပ်ခြင်းမှ မျိုးဗီဇပါဝင်မှုနှင့် ရောဂါခံနိုင်ရည်ကို ပြောင်းလဲစေကြောင်း ပြသသည်။ နတ်အပင်များ။ 2019;5(1:54-62)။ doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. တောရိုင်းနှင့် စိုက်ပျိုးထားသော ပဲပိစပ်၏ ပန်ဂျီနိုမီ။ ဆဲလ်။ 2020;182(1):162-176.e13။ doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားသော စပါးဝင်ရောက်မှု 33 ခု၏ ပန်ဂျီနိုမ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် လျှို့ဝှက်မျိုးရိုးဗီဇကွဲလွဲချက်များကို ဖော်ပြသည် [ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေသည့်အွန်လိုင်း၊ 2021 မေလ 25 ရက်မတိုင်မီ]။ ဆဲလ်။ 2021;S0092-8674(21)00581-X။ doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. မုယောစပါး-ဂျီနိုမီသည် မျိုးပွားခြင်း၏ လျှို့ဝှက်ထားသော အမွေအနှစ်များကို ဖော်ပြသည်။ သဘာဝတရား။ 2020;588(7837):284-289။ doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S၊ Gao L၊ Monat C၊ et al။ ဂျုံမျိုးရိုးဗီဇအများအပြားသည် ခေတ်မီမျိုးပွားမှုတွင် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာကွဲပြားမှုကို ဖော်ပြသည်။ သဘာဝတရား။ 2020;588(7837):277-283။ doi-10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y၊ Luo H၊ Xu J၊ et al။ စိုက်ပျိုးထားသော စပါးမျိုးနှင့် အရိုင်းဆန်စပါး၏ ပန်ဂျီနိုမိုအတွင်း ကျယ်ပြန့်သော ကွဲပြားမှု [ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေခြင်းမတိုင်မီ အွန်လိုင်း၊ 2021 မေလ 20]။ နတ်အပင်များ။ 2021;10.1038/s41477-021-00925-x။ doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X၊ Qiu H၊ Han W၊ et al။ Phytoplankton pangenome သည် ကျယ်ပြန့်သော prokaryotic horizontal gene လွှဲပြောင်းခြင်းကို ဖော်ပြသည်။ Sci Adv. 2020;6(18):eaba0111။ ထုတ်ဝေသည့် 2020 ခုနှစ် ဧပြီလ 29 ရက်။ doi:10.1126/sciadv.aba0111
စာတိုက်အချိန်- Jan-04-2022