စာသားမှတ်တမ်းများ
သဘာဝ
ဆက်သွယ်မှု
နာတာရှည် lymphocytic leukemia တွင် SF3B1 ဗီဇပြောင်းလဲမှု၏ အရှည်ဆုံး စာသားမှတ်တမ်းဖော်ပြချက်သည် သိမ်းဆည်းထားသော introns များ၏ ထိန်းညှိမှုကို လျှော့ချပေးသည်
စာသားအပြည့်အစုံ| နာနိုပရီ စီစစ်ခြင်း| အစားထိုး isoform ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
နောက်ခံ
Ssplicing factor SF3B1 ရှိ omatic ဗီဇပြောင်းလဲမှုများသည် နာတာရှည် lymphocytic leukemia (CLL)၊ uveal melanoma၊ ရင်သားကင်ဆာစသည်ဖြင့် ကင်ဆာအမျိုးမျိုးနှင့် ဆက်စပ်နေကြောင်း ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့် အစီရင်ခံထားပါသည်။ ထို့အပြင်၊ တိုတောင်းသော ဖတ်ရှုခြင်းဆိုင်ရာ လေ့လာမှုများက SF3B1 ဗီဇပြောင်းလဲမှုများကြောင့် ဖြစ်ပေါ်လာသော ကွဲလွဲမှုပုံစံများကို ဖော်ထုတ်ပြသထားသည်။ သို့ရာတွင်၊ တိုတောင်းသော စုစည်းထားသော စာသားများကို ကန့်သတ်ထားသောကြောင့် ဤအခြားရွေးချယ်စရာ ခွဲထွက်မှုပုံစံများကို လေ့လာမှုများသည် အဖြစ်အပျက်အဆင့်နှင့် isoform-level ဆိုင်ရာ အသိပညာနည်းပါးခြင်းတို့ကို ကာလကြာရှည်စွာ ကန့်သတ်ထားသည်။ ဤတွင်၊ AS isoforms များအပေါ် စုံစမ်းစစ် ဆေးမှုအား အားကောင်းစေသည့် အစအဆုံး စာသားမှတ်တမ်းများ ထုတ်ပေးရန်အတွက် နာနိုပရီဆက်ခြင်းပလပ်ဖောင်းကို မိတ်ဆက်ခဲ့သည်။
စမ်းသပ်ဒီဇိုင်း
စမ်းသပ်မှုများ
အုပ်စုဖွဲ့ခြင်း-1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E ပြောင်းလဲမှု); 3. ပုံမှန် B-ဆဲလ်များ
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-MinION 2D စာကြည့်တိုက် စီစစ်ခြင်း၊ PromethION 1D စာကြည့်တိုက် စီစီခြင်း၊ တူညီသောနမူနာများမှ အတိုချုံးဖတ်ခြင်းဒေတာ
Sequence ပလပ်ဖောင်း-ONT MinION; ONT PromethION;
Bioinformatic Analysis
ရလဒ်များ
တစ်စုစုပေါင်းဖတ်ရှုမှု 257 သန်းကို CLL နမူနာ 6 ခုနှင့် B-cell 3 ခုမှထုတ်ပေးခဲ့သည်။ ပျမ်းမျှအားဖြင့် ဤဖတ်ရှုမှုများ၏ 30.5% ကို အစအဆုံး စာသားမှတ်တမ်းများအဖြစ် သတ်မှတ်ခဲ့သည်။
FRNA(FLAIR) ၏ အလျားအလျား အစားထိုး isoform ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအား ယုံကြည်မှုမြင့်မားသော isoforms အစုတစ်ခုအား ထုတ်လုပ်ရန် တီထွင်ခဲ့သည်။ FLAIR ကို အောက်ပါအတိုင်း အကျဉ်းချုံးနိုင်သည်။
Nanopore သည် alignment ကိုဖတ်သည်- ရည်ညွှန်းဂျီနိုမ်အပေါ်အခြေခံ၍ ယေဘုယျ စာသားဖွဲ့စည်းပုံကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ပါ။
Splic junction correction- အမှတ်အသားပြုထားသော introns၊ short-read data မှ introns သို့မဟုတ် နှစ်ခုလုံးမှ splice site ဖြင့် မှန်ကန်သော sequence အမှားများ(အနီရောင်)
Collapse- splice လမ်းဆုံကြိုးများ (ပထမ-ဖြတ်သန်းမှုအစုံ) ကို အခြေခံ၍ ကိုယ်စားလှယ် isoform များကို အကျဉ်းချုံ့ပါ။ ပံ့ပိုးပေးထားသော ဖတ်ရှုမှုအရေအတွက်အပေါ် အခြေခံ၍ ယုံကြည်မှုမြင့်မားသော isofrom ကို ရွေးပါ (အဆင့်- ၃)။
ပုံ 1. CLL တွင် SF3B1 ဗီဇပြောင်းလဲမှုနှင့် ဆက်စပ်သော အရှည်လျားဆုံး isoforms များကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် FLAIR ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု
FLAIR သည် ယုံကြည်စိတ်ချရသော ပေါင်းစပ်ထားသော အိုင်ဆိုဖမ်ပေါင်း 326,699 ကို ဖော်ထုတ်ခဲ့ပြီး 90% သည် ဆန်းသစ်သော isoforms များဖြစ်သည်။ ဤအမည်မဖော်ထားသော isoform အများစုသည် လူသိများသော splice junctions (142,971) ၏ ဆန်းသစ်သောပေါင်းစပ်မှုများဖြစ်ကြောင်း တွေ့ရှိရပြီး ကျန်ဝတ္ထု isoform များတွင် intron (21,700) သို့မဟုတ် novel exon (3594) ပါရှိသည်။
Lအဆက်မပြတ် ဖတ်ရှုထားသော အတွဲများသည် isoform-level တွင် ပြောင်းလဲထားသော SF3B1-K700E -altered splice sites များကို ဖော်ထုတ်နိုင်စေပါသည်။ 35 အစားထိုး 3'SSs နှင့် 10 အစားထိုး 5'SS တို့ကို SF3B1-K700E နှင့် SF3B1-WT အကြား သိသိသာသာ ကွဲပြားစွာ ခွဲထားသည်ကို တွေ့ရှိခဲ့သည်။ ပြောင်းလဲမှု ၃၅ ခုအနက် ၃၃ ခုကို ရှည်လျားစွာဖတ်ထားသော အတွဲများဖြင့် အသစ်တွေ့ရှိခဲ့သည်။ Nanopore ဒေတာတွင်၊ ပြောင်းလဲထားသော SF3B1-K700E-ပြောင်းလဲထားသော 3'SSs အကြား အကွာအဝေးကို canonical sites peaks များသို့ ဖြန့်ဝေမှုသည် -20 bp ဝန်းကျင်ဖြစ်ပြီး၊ CLL short-read sequences တွင်ဖော်ပြထားသော အစီရင်ခံထားသည်နှင့်ဆင်တူသော control distribution နှင့် သိသိသာသာကွာခြားပါသည်။ SF3B1-K700E တွင် ပိုမိုပေါများသော အနီးအနားရှိ ဆက်စပ်ဆိုဒ်ပါရှိသော ဆန်းသစ်သော isoform များကို ERGIC3 ဗီဇကို ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခဲ့သည်။ proximal နှင့် distal 3'SS နှစ်ခုစလုံးသည် isoforms များစွာကိုထုတ်ပေးသည့် ထူးခြားသော AS ပုံစံများနှင့် ဆက်စပ်နေသည်။
ပုံ 2။ အစားထိုး 3′ နာနိုပရီဆက်ခြင်းဒေတာဖြင့် ခွဲခြားသတ်မှတ်ထားသော ခွဲထွက်မှုပုံစံများ
IR ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်းနှင့် အရေအတွက်ကို ယုံကြည်စိတ်ချမှုကြောင့် IR ဖြစ်ရပ်အသုံးပြုမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုသည် တိုတောင်းသောအခြေခံပိုင်းခြားစိတ်ဖြာမှုတွင် ကာလကြာရှည်စွာ ကန့်သတ်ထားသည်။ SF3B1-K700E နှင့် SF3B1-WT ရှိ IR isoforms များ၏ဖော်ပြမှုကို နာနိုပရီဆက်စ်များပေါ်တွင် အခြေခံ၍ အရေအတွက် တိုင်းတာခဲ့ပြီး SF3B1-K700E တွင် ကမ္ဘာလုံးဆိုင်ရာ IR isoforms များ၏ ထိန်းညှိမှုကို ထုတ်ဖော်ပြသခဲ့သည်။
ပုံ 4။ လယ်ယာစိုက်ပျိုးရေး ပြင်းထန်မှုနှင့် မွေးမြူရေးစနစ်သုံးမျိုး (A နှင့် B) တစ်လျှောက် ချိတ်ဆက်မှု၊ ကျပန်းသစ်တောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း(C) နှင့် စိုက်ပျိုးရေးပြင်းထန်မှုနှင့် AMF ကိုလိုနီပြုခြင်းကြား ဆက်နွယ်မှု (D)
ပုံ 3. Intron ငှားရမ်းခြင်းဖြစ်ရပ်များကို CLL SF3B1-K700E တွင် ပိုမိုပြင်းထန်စွာ ကန့်သတ်ထားပါသည်။
နည်းပညာ
Nanopore Long-read Sequencing
Nanopore sequencing သည် တစ်ခုတည်းသော မော်လီကျူးများကို အချိန်နှင့်တပြေးညီ လျှပ်စစ်အချက်ပြမှု စီစစ်ခြင်းနည်းပညာဖြစ်သည်။
Double-stranded DNA သို့မဟုတ် RNA သည် biofilm တွင် မြှုပ်ထားသော နာနိုပိုလို ပရိုတင်းများနှင့် ချည်နှောင်ပြီး မော်တာပရိုတင်း၏ ဦးဆောင်မှုအောက်တွင် ဖြည်သွားပါမည်။
DNA/RNA ကြိုးများသည် ဗို့အားကွာခြားမှု၏လုပ်ဆောင်ချက်အောက်တွင် အချို့သောနှုန်းဖြင့် နာနိုပရီချန်နယ်ပရိုတင်းမှတဆင့် ဖြတ်သန်းသွားပါသည်။
Molecules များသည် ဓာတုဖွဲ့စည်းပုံအရ မတူညီသော လျှပ်စစ်အချက်ပြမှုများကို ထုတ်ပေးသည်။
Rအစီအစဥ်များကို အချိန်နှင့်တစ်ပြေးညီ သိရှိခြင်းအား အခြေခံခေါ်ဆိုခြင်းဖြင့် အောင်မြင်သည်။
အစအဆုံး ရေးသွင်းခြင်း၏ စွမ်းဆောင်ရည်
√ Data Saturation
နှိုင်းယှဉ်နိုင်သော ဒေတာ ပြည့်ဝမှုသို့ ရောက်ရှိရန် 7-ဆလောက် လျှော့ဖတ်ရန် လိုအပ်သည်။
√ စာသားဖွဲ့စည်းပုံ ခွဲခြားသတ်မှတ်ခြင်း။
စာသားမှတ်တမ်းတစ်ခုစီ၏ အဆုံးအစအဆုံးကို အများသဘောတူဆန္ဒဖြင့် ကွဲပြားသောဖွဲ့စည်းပုံမူကွဲများကို ဖော်ထုတ်ခြင်း
√ Transcript အဆင့်ကွဲပြားမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု - တိုတောင်းသောဖတ်မှုများဖြင့်ဖုံးကွယ်ထားသောအပြောင်းအလဲများကိုဖော်ပြပါ။
အကိုးအကား
Tang AD ၊ Soulette CM ၊ Baren MJV ၊ et al. နာတာရှည် lymphocytic leukemia တွင် SF3B1 ဗီဇပြောင်းလဲမှု၏ အရှည်ဆုံး စာသားမှတ်တမ်းဖော်ပြချက်သည် သိမ်းဆည်းထားသော introns[J] ၏ စည်းမျဉ်းများကို လျှော့ချပေးသည်ကို ဖော်ပြသည်။ သဘာဝဆက်သွယ်ရေး။
နည်းပညာနှင့် ပေါ်လွင်ချက်များ သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ မတူညီသောအဆင့်မြင့်ဆင့်ကဲနည်းပညာများ၏ လတ်တလောအောင်မြင်သောအသုံးချပလီကေးရှင်းများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပြီး စမ်းသပ်ဒီဇိုင်းနှင့် ဒေတာတူးဖော်ခြင်းတွင် ထက်မြက်သောစိတ်ကူးများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပါသည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-08-2022