MICROBIAL ECOLOGY
စိုက်ပျိုးရေး ပြင်းထန်မှု သည် အဏုဇီဝ ကွန်ရက် ရှုပ်ထွေးမှုကို လျော့နည်းစေပြီး အမြစ်များ တွင် သော့ကျောက်ခွန် ကြွယ်ဝမှု ကို လျော့နည်းစေသည် ။
Amplicon Sequencing (ITS) | အစအဆုံး PacBio HIFI
ပေါ်လွင်သည်။
Aအာဟာရ သုံးစွဲမှု ထိရောက်မှု အားနည်းခြင်း၊ မြေအောက်ရေ ယိုယွင်းခြင်း၊ မြေဆီလွှာ အရည်အသွေး ကျဆင်းခြင်း စသည် တို့ အပါအဝင် ၎င်း၏ ဆိုးရွားသော သဘာဝပတ်ဝန်းကျင် ထိခိုက်မှုများကြောင့် စိုက်ပျိုးရေး ပြင်းထန်မှုမှာ ပြဿနာ ပိုများလာသည်။ အဏုဇီဝအသိုက်အဝန်းသည် စိုက်ပျိုးရေးဂေဟစနစ်၏ ကုန်ထုတ်စွမ်းအားနှင့် ရေရှည်တည်တံ့ခိုင်မြဲရေးတွင် မရှိမဖြစ်လိုအပ်သော အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်ပါသည်။ သို့ရာတွင်၊ မတူညီသော မွေးမြူရေးစနစ်များသည် အမြစ် microbiota ကို မည်ကဲ့သို့ အကျိုးသက်ရောက်သည်ကို မရှင်းလင်းပါ။
စမ်းသပ်ဒီဇိုင်း
စမ်းသပ်မှုများ
Sဆီနှင့် အမြစ်(DNA)နမူနာများသည် စိုက်ပျိုးရေး လယ်မြေ ၆၀ (၂၀ ခုစီ) မှ ဂျုံခင်းများမှ ဖြစ်သည်၊
Gကောက်ညှင်းပေါင်း- 1. ကွန်ဗင်းရှင်း (ထွန်ယက်ခြင်းနှင့်အတူ); 2. ကွန်ဗင်းရှင်း (ထွန်ယက်ခြင်းမပြုရ); ၃။ သဘာဝမြေသြဇာ
Sequencing နည်းဗျူဟာ- အစအဆုံး amplicon sequencing (ITS)
Primers- ITS1F-ITS4 (ITS ဒေသတစ်ခုလုံးကို ပစ်မှတ်ထားပြီး ~630 bp)
Sညီမျှခြင်း ပလပ်ဖောင်း- PacBio RS II
Bioinformatic Analysis
ရလဒ်များ
On ဆိုက်တစ်ခုလျှင် ပျမ်းမျှ OTU 357 ခုနှင့် ဆိုက် 60 လုံး၏ စုစုပေါင်း 837 OTUs ကို ဖော်ထုတ်ခဲ့သည်။ အမြစ်မှိုရွာများ၏ အယ်လ်ဖာ ကွဲပြားမှုသည် မွေးမြူရေးစနစ်သုံးမျိုးကြားတွင် သိသာထင်ရှားသော ခြားနားမှုကို ပြသခြင်းမရှိပေ။ သို့သော်၊ ဘီတာ ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် ကွဲပြားသောအစုသုံးစုကို ဖွဲ့စည်းခဲ့ပြီး အမြစ်မှိုရွာဖွဲ့စည်းပုံအပေါ် စိုက်ပျိုးမှုစနစ်၏ ပြင်းထန်သော အကျိုးသက်ရောက်မှုများကို ညွှန်ပြခဲ့သည်။
ပုံ 1. Alpha diversity (Shannon အညွှန်းကိန်းနှင့် အသိုင်းအဝိုင်းဖွဲ့စည်းမှု) နှင့် beta ကွဲပြားမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု (ပင်ရင်းမှိုဆိပ်များ၏ အရင်းခံဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု)
Ten keystone taxa သည် မွေးမြူရေးစနစ်သုံးမျိုးရှိ မှိုအသိုင်းအဝိုင်းများ၏ ကွန်ရက်တစ်ခုလုံးအပေါ် အခြေခံ၍ သတ်မှတ်သတ်မှတ်ထားသည်- အမြင့်ဆုံးဒီဂရီရှိသော ထိပ်တန်း 10 ခု၊ အနီးကပ်ဆုံးဗဟိုချက်နှင့် အနိမ့်ဆုံးကြားနေဗဟိုပြုတို့ကို ရွေးချယ်ထားသည်။ ၎င်းတို့ထဲမှ ခုနစ်ဦးသည် mycorrhizal အမိန့်များနှင့် သက်ဆိုင်သည်။
ပုံ 2။ စိုက်ပျိုးမှုစနစ်သုံးမျိုး၏ အမြစ်မှိုပိုးအသိုက်အဝန်းအပေါ် အလုံးစုံကွန်ရက်
Fလက်နက်တပ်ဆင်ရေးစနစ် သီးသန့်ကွန်ရက်များသည် အစွန်းနှစ်ဆပို၍ အစွန်းနှစ်ဆပိုကာ သမရိုးကျကွန်ရက်နှင့် သမရိုးကျကွန်ရက်တို့ထက် ချိတ်ဆက်မှု မျဉ်းများထက် နှစ်ဆပိုမိုမြင့်မားသော ချိတ်ဆက်မှုကို ညွှန်ပြသည်။ ထို့အပြင်၊ အော်ဂဲနစ်စိုက်ပျိုးရေးကွန်ရက်သည် အခြားအရာများနှင့် နှိုင်းယှဉ်ပါက ၎င်း၏ရှုပ်ထွေးမှုနှင့် ချိတ်ဆက်မှုကို ပံ့ပိုးပေးသည့် သော့ကျောက်ခွန် (စိန်) များကို စုဆောင်းထားခြင်းဖြစ်သည်။
ပုံ 3. စိုက်ပျိုးမှုစနစ်- သီးခြားအမြစ်မှိုပိုးကွန်ရက်များ
Aစိုက်ပျိုးရေး ပြင်းထန်မှုနှင့် အမြစ်မှိုပိုး ကွန်ရက်ချိတ်ဆက်မှုအကြား ခိုင်မာသော အနုတ်လက္ခဏာ ဆက်စပ်မှုကို လေ့လာတွေ့ရှိခဲ့သည်။ ကျပန်းသစ်တောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းသည် သော့စတုန်းကျောက်ခွန်၏ အဓိကမောင်းနှင်အားများဖြစ်သည်- မြေဆီလွှာ ဖော့စဖရပ်စ်၊ အစုလိုက်သိပ်သည်းမှု၊ pH နှင့် mycorrhizal ကိုလိုနီပြုခြင်းကို ဖော်ပြခဲ့သည်။
ပုံ 4။ လယ်ယာစိုက်ပျိုးရေး ပြင်းထန်မှုနှင့် မွေးမြူရေးစနစ်သုံးမျိုး (A နှင့် B) တစ်လျှောက် ချိတ်ဆက်မှု၊ ကျပန်းသစ်တောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း(C) နှင့် စိုက်ပျိုးရေးပြင်းထန်မှုနှင့် AMF ကိုလိုနီပြုခြင်းကြား ဆက်နွယ်မှု (D)
နည်းပညာ
အရှည်ပြည့် amplicon sequencing
A၏ "တတိယမျိုးဆက် စီစစ်ခြင်း" စင်မြင့်ပေါ်သို့ ရောက်ရှိလာတော့သည်၊ ပစ်မှတ်ထားသော ဒေသများရှိ ကန့်သတ်ချက်များနှင့် de novo စည်းဝေးပွဲရှိ ပြဿနာများကို ကျော်လွှားနိုင်ခဲ့သည်။ Pacific Bioscience (PacBio) သည် ကျွန်ုပ်တို့အား ဘက်တီးရီးယားရှိ 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) သို့မဟုတ် 18S rRNA (1,500 bp-2,000) နှင့် 18S rRNA (1,500 bp-2,000) နှင့် 1500 rRNA (1,500 bp-2,000) နှင့် ဒေသ (၄၀၀) eukaryotics တွင် bp-900 bp)။ မျိုးရိုးဗီဇနယ်ပယ်၏ ကျယ်ပြန့်သောအမြင်သည် မျိုးစိတ်မှတ်ချက်များနှင့် လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများ၏ ပြတ်သားမှုကို ပိုမိုကောင်းမွန်စေသည်။ အခြေခံတိကျမှုအပေါ် ရှည်လျားသောစိုးရိမ်ပူပန်မှုပြဿနာကို PacBio CCS ကိုယ်တိုင်ပြင်ဆင်မှုဖြင့် ဖြေရှင်းထားပြီး၊ HIFI reads များကို 99% ကျော်ဖြင့် ဖတ်ရှုနိုင်မည်ဖြစ်သည်။
OTU မှတ်စာတွင် စွမ်းဆောင်ရည်
Tရှည်လျားစွာဖတ်ခြင်းနှင့် မြင့်မားသော ရလဒ်နှစ်ခုလုံး၏ အားသာချက်များကို ရယူခြင်းဖြင့် မှတ်စာ၏တိကျမှုသည် သိသိသာသာတိုးမြင့်လာပြီး ရောဂါပိုးမွှားခွဲခြားခြင်းတွင် "မျိုးစိတ်အဆင့်" ပြတ်သားမှုကို ရရှိနိုင်သည်။
အကိုးအကား
Banerjee၊ Samiran et al. "စိုက်ပျိုးရေး ပြင်းထန်မှုသည် microbial network ရှုပ်ထွေးမှုနှင့် အမြစ်များတွင် keystone taxa များပြားမှုကို လျော့နည်းစေသည်။" ISME ဂျာနယ် (2019)။
နည်းပညာနှင့် ပေါ်လွင်ချက်များ သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးရှိ မတူညီသောအဆင့်မြင့်ဆင့်ကဲနည်းပညာများ၏ လတ်တလောအောင်မြင်သောအသုံးချပလီကေးရှင်းများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပြီး စမ်းသပ်ဒီဇိုင်းနှင့် ဒေတာတူးဖော်ခြင်းတွင် ထက်မြက်သောစိတ်ကူးများကို မျှဝေရန် ရည်ရွယ်ပါသည်။
စာတိုက်အချိန်- Jan-08-2022