Hi-C အခြေပြုမျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ
Hi-C သည် Proximity-based interaction နှင့်အဆင့်မြင့်အစီအစဉ်များကိုပေါင်းစပ်ခြင်းဖြင့်ခရိုမိုဆုန်းဖွဲ့စည်းမှုကိုဖမ်းယူရန်ဒီဇိုင်းပြုလုပ်ထားသောနည်းလမ်းတစ်ခုဖြစ်သည်။ ဤအပြန်အလှန်ဆက်သွယ်မှုများ၏ပြင်းထန်မှုကိုခရိုမိုဆုန်းခြင်းဖြင့်ရုပ်ပိုင်းဆိုင်ရာအကွာအဝေးနှင့်ဆိုးကျိုးသက်ရောက်ကြောင်းယုံကြည်ရသည်။ ထို့ကြောင့် GetoMome မူကြမ်းတွင်တပ်ဆင်ခြင်း, အမိန့်ပေးခြင်း, ဤနည်းပညာသည်လူ ဦး ရေအခြေစိုက်မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံမရှိခြင်း၌ခရိုမိုဆုန်းမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာစုရုံးမှုကိုပြုလုပ်သည်။ မျိုးရိုးဗီဇမျိုးမျိုးမျိုးဗီဇသည် hi-c လိုအပ်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
● Illumina Novasq ကို pe 150 နှင့်အတူ sequencing ။
● 0 န်ဆောင်မှုသည်သျှူးနမူနာများ, ပုံမှန်အားဖြင့်အနမ်းယူထားသောအက်ဆစ်များအစားပုံမှန် dina-protein နှင့်ဆက်နွယ်မှုကိုထိန်းသိမ်းရန်နှင့် DNA-protein interaction များကိုထိန်းသိမ်းရန်နှင့် DNA-protein interaction များကိုထိန်းသိမ်းရန်အတွက်တစ်သျှူးနမူနာများလိုအပ်သည်။
● Hi-C စမ်းသပ်မှုမှာ Biotin နှင့်အတူစေးကပ်၏ကန့်သတ်ခြင်းနှင့်အဆုံးပြုပြင်ခြင်းတို့ပါဝင်သည်။ ထို့နောက် DNA ကို cheptavidin ပုတီးနှင့်အတူဆွဲထုတ်ခြင်းနှင့်နောက်ဆက်တွဲစာကြည့်တိုက်ကြိုတင်ပြင်ဆင်မှုများအတွက်သန့်စင်။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
Hi-C အကျဉ်းချုပ်
(Lieberman-Aiden E ET al ။ ,အသိပညာ2009 ခုနှစ်)
●မျိုးရိုးဗီဇလူ ဦး ရေအချက်အလက်များလိုအပ်ချက်ကိုဖယ်ရှားခြင်းcontig ကျောက်ချစခန်းအတွက်လိုအပ်သောလိုအပ်သောသတင်းအချက်အလက်များကို Hi-C အစားထိုးသည်။
●မြင့်မားသောအမှတ်အသားများ:90% အထက်တွင်မြင့်မားသော contig ကျောက်ချစခန်းအချိုးမှ ဦး ဆောင်။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှုနှင့်ထုတ်ဝေမှတ်တမ်းများ:BMKGENENENE သည်မျိုးစိတ် 1000 နှင့်မူပိုင်ခွင့်အမျိုးမျိုးမှ Hi-C မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ 2000 ကျော်နှင့်အတွေ့အကြုံများစွာရှိသည်။ ထုတ်ဝေမှု 200 ကျော် 7000 ကျော်၏စုဆောင်းမှုသက်ရောက်မှုအချက်ရှိသည်။
●အလွန်ကျွမ်းကျင်သောဇီဝလောင်စာအဖွဲ့ -Hi-C စမ်းသပ်ချက်များနှင့်ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအတွက်ကိုယ်ပိုင်အိမ်တွင်းမူပိုင်ခွင့်များနှင့်ဆော့ဖ်ဝဲများနှင့်အတူကိုယ်ပိုင်တီထွင်ထားသော visualization data software သည်လက်စွဲပိတ်ပင်တားဆီးမှုကိုရွေ့လျားစေပြီးပြောင်းပြန်, ပြန်လည်ရုပ်သိမ်းခြင်း,
●အရောင်းအ 0 င် Post ပံ့ပိုးမှု -ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိက 0 တ်သည်စီမံကိန်းပြီးစီးခြင်းထက် 3 လအကြာရောင်း 0 ယ်သည့် 0 န်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူစီမံကိန်းပြီးဆုံးသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်းရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သောမေးမြန်းချက်များကိုဖြေရှင်းရန်စီမံကိန်းနောက်ဆက်တွဲ, မေးခွန်းများနှင့်မေးခွန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများပြုလုပ်ရန်,
●ဘက်စုံမှတ်ချက်များဖြေ - မျိုးရိုးဗီဇကိုခွဲခြားသတ်မှတ်ထားတဲ့ကွဲပြားခြားနားမှုတွေနဲ့ပတ်သက်ပြီးမျိုးရိုးဗီဇကိုဖော်ထုတ်နိုင်ဖို့အတွက်ဒေတာဘေ့စ်မျိုးစုံကိုသုံးတယ်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| စာကြည့်တိုက်ကြိုတင်ပြင်ဆင်မှု | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုဒေတာ output ကို | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| Hi-C စာကြည့်တိုက် | Novaseq pe150 illumina | 100X | Q30 ≥ 85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| ရေစက်ဏူ | လိုအပ်သောပမာဏ |
| တိရိစ္ဆာန် viscera | ≥ 2 ဂရမ် |
| တိရိစ္ဆာန်ကြွက်သား | |
| နို့တိုက်သတ္တဝါများ | ≥ 2 ml |
| ကြက်, ငါးသွေး | |
| အပင် - လတ်ဆတ်သောအရွက် | ≥ 3 ဂရမ် |
| ယဉ်ကျေးမှုဆဲလ်များ | ≥ 1x107 |
| ပိုးကောင် | ≥ 2 ဂရမ် |
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
စမ်းသပ်မှုဒီဇိုင်း
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
1) RAW ဒေတာ qc
2) Hi-C စာကြည့်တိုက် QC: Right Hi-C Interactions ၏ခန့်မှန်းချက်
3) Hi-C တပ်ဆင်ထားခြင်း - အုပ်စုများတွင်ပါ 0 င်ပါ။
4) Hi-C အကဲဖြတ်ခြင်း
Hi-C စာကြည့်တိုက် QC - Hi-C Right Interaction အတွဲများအကြောင်းခန့်မှန်းချက်
hi-c တပ်ဆင်ထား - စာရင်းဇယား
Post- တပ်ဆင်ပြီးအကဲဖြတ်ခြင်း - bins အကြား signal ကိုပြင်းထန်မှု၏အပူပေးမှု
BMKGENENE'S-C-c တပ်ဆင်ထားသည့် 0 န်ဆောင်မှုများကိုဆေးကုသမှုခံယူခြင်းဖြင့်ပံ့ပိုးပေးသည့်တိုးတက်မှုများကိုလေ့လာပါ။
Tian, T. ET al ။ (2023) 'မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲနှင့်ထင်ရှားသောမိုးခေါင်ရေရှားသည့်ပြောင်းရွှေ့နိုင်သည့်အပြောင်းဖ်အတုအယောင်များ, Doi: 10.1038 / s415888-023-01297-y ။
ဝမ်, zl et al ။ (2020) 'Asian Honeybee APIS Cerana Genome's Chisosome-Scale စည်းဝေးပွဲ, နယ်စပ်ရှိနယ်စပ်ဒေသ, 11, p 524140 ။ Doi: 10.3389 / fgene.2020202020202020202020202020279 / bibtex ။
zhang, f. et al ။ (2023) '' Tropane Alkaloid Biosynthesis ကို solanaceae မိသားစုတွင်မျိုးစပ်နှစ်ဆခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းအားဖြင့် Tropane Alkaloid Biosynthesis ကိုထုတ်ဖော်ပြောဆိုခြင်း, သဘာဝဆက်သွယ်မှု 2023 14: 1, 14 (1), စစ။ DOI: 10.1038 / S414677-02333-3333-3333-3333-3733
Zhang, X. ET al ။ (2020) 'Banyan Tree နှင့် Pollinator Wasp ၏ Genomes သည်ဂျန်နင်ဖိုး coevolution', 183 (4), စစ။ Doi: 10.1016 / j.cell.2020.09.043
