Genome-wide အသင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
အလုပ်အသွားအလာ
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●ကျယ်ပြန့်သော ကျွမ်းကျင်မှုနှင့် ထုတ်ဝေမှုမှတ်တမ်းများ: GWAS တွင် စုဆောင်းထားသော အတွေ့အကြုံဖြင့် BMKGene သည် လူဦးရေ GWAS သုတေသနတွင် ရာနှင့်ချီသော မျိုးစိတ်ပရောဂျက်များကို ပြီးမြောက်ခဲ့ပြီး၊ သုတေသီများအား ဆောင်းပါး 100 ကျော်ကို ထုတ်ဝေရန် ကူညီပေးခဲ့ပြီး တိုးပွားလာသော သက်ရောက်မှုအချက် 500 သို့ ရောက်ရှိခဲ့သည်။
● ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု: အလုပ်အသွားအလာတွင် SNP-trait ပေါင်းစည်းမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါ၀င်သည်၊ ကိုယ်စားလှယ်လောင်း မျိုးဗီဇအစုံနှင့် ၎င်းတို့၏ သက်ဆိုင်ရာ လုပ်ငန်းဆိုင်ရာ မှတ်ချက်များကို ပေးပို့ပါသည်။
●အလွန်ကျွမ်းကျင်သော ဇီဝနည်းပညာအဖွဲ့နှင့် တိုတောင်းသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု စက်ဝန်း: အဆင့်မြင့် မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အတွေ့အကြုံကောင်းဖြင့် BMKGene ၏အဖွဲ့သည် လျင်မြန်သောပြောင်းလဲမှုအချိန်နှင့်အတူ ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို ပေးဆောင်သည်။
●အရောင်းအပြီး ပံ့ပိုးမှု-ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လရောင်းပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များနှင့် လိုအပ်ချက်များ
| Sequence အမျိုးအစား | အကြံပြုထားသော လူဦးရေအတိုင်းအတာ | Sequence ဗျူဟာ | Nucleotide လိုအပ်ချက်များ |
| Genome Sequence တစ်ခုလုံး | နမူနာ ၂၀၀ | 10x | အာရုံစူးစိုက်မှု- ≥ 1 ng/ µL စုစုပေါင်းပမာဏ≥ 30ng အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် ပျက်စီးယိုယွင်းမှု သို့မဟုတ် ညစ်ညမ်းမှု မရှိပါ။ |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | Tag အတိမ်အနက်- 10x တဂ်အရေအတွက်- < 400 Mb- WGS ကို အကြံပြုထားသည်။ < 1Gb: 100K တဂ်များ 1Gb > 2Gb- 300K တဂ်များ အများဆုံး 500k တဂ် | အာရုံစူးစိုက်မှု ≥ 5 ng/µL စုစုပေါင်းပမာဏ ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose ဂျယ်- လုံးဝပျက်စီးခြင်း သို့မဟုတ် ညစ်ညမ်းခြင်း မရှိပါ။
|
ပစ္စည်းရွေးချယ်မှု
မတူညီသောမျိုးကွဲများ၊ မျိုးစိတ်ခွဲများ၊ မြေအမျိုးအစားများ/ မျိုးရိုးဗီဇဘဏ်များ/ ရောနှောထားသော မိသားစုများ/ တောရိုင်းအရင်းအမြစ်များ
ကွဲပြားခြားနားသောမျိုးကွဲများ၊ မျိုးစိတ်ခွဲများ၊ ကုန်းမြေများ
ညီအမတစ်ဝက် မိသားစု/ ညီအကို အပြည့် မိသားစု/ တောရိုင်း အရင်းအမြစ်များ
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါဝင်သည်-
- Genome-wide ဆက်စပ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု- LM၊ LMM၊ EMMAX၊ FASTLMM မော်ဒယ်
- ကိုယ်စားလှယ်လောင်း ဗီဇ၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်
SNP-trait ဆက်စပ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု - မန်ဟက်တန်ကြံစည်မှု
SNP-trait ဆက်စပ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု - QQ ကြံစည်မှု
BMKGene ၏ de GWAS ဝန်ဆောင်မှုများက စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတဆင့် ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ-
Lv, L. et al. (2023) ' genome-wide ပေါင်းသင်းလေ့လာမှုဖြင့် razor clam Sinonovacula constricta in ammonia tolerance ၏ မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်ခြင်း'ငါးပုစွန်, 569, p ။ 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351။
Li, X. et al. (2022) ' foxtail millet ပေါင်း 398 ခု၏ မျိုးစုံသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်များသည် အိမ်တွင်းဖြစ်ခြင်း၊ ဇီဝဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ စရိုက်လက္ခဏာများနှင့် ရောင်ရမ်းမှု ဆန့်ကျင်သော အာနိသင်များနှင့် ဆက်စပ်နေသော မျိုးရိုးဗီဇဒေသများကို ဖော်ပြသည်'၊မော်လီကျူးစက်ရုံ၊ 15(8)၊ စ၊ ၁၃၆၇–၁၃၈၃။ doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003။
Li, J. et al. (2022) 'မိုးခေါင်ရေရှားပတ်ဝန်းကျင်ရှိ အချည်းနှီးသော အသွင်အပြင်များဆိုင်ရာ ဂျီနိုမီကျယ်ပြန့်သောအသင်းမြေပုံဆွဲခြင်း'၊အပင်သိပ္ပံရှိ နယ်နိမိတ်များ, 13, p ။ 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX။
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1၊ sulfotransferase ကို ကုဒ်လုပ်သည့် G2 နှင့် G3'၊အပင်၊ ဆဲလ်နှင့် ပတ်ဝန်းကျင်၊ ၄၄(၈)၊ စ၊ ၂၇၇၇–၂၇၉၂။ doi- 10.1111/PCE.14066။
