De Novo ဖန်းဂိုးမျိုးရိုးဗီဇအစည်းအဝေး
BMKGENENE သည်ဖန်းဂတ်စ်မျိုးစုံမျိုးစုံမျိုးစုံအတွက်စွယ်စုံသောဖြေရှင်းနည်းများကိုပြုလုပ်ပေးသည်။ အတိုချုပ် - ဖတ်ရှုခြင်း Filla Sequencening တစ်ခုတည်းသည်မျိုးဆက်သစ်မျိုးဆက်သစ်များကိုခွင့်ပြုသည်။ တိုတောင်းသောဖတ်ခြင်းနှင့်ကြာမြင့်စွာဖတ်ရှုခြင်း tanopore သို့မဟုတ် pacbio ကို အသုံးပြု. ပိုမိုကြာမြင့်စွာဆိုသောတိုဂါးမျိုးနွယ်စုများနှင့်ပိုမိုကြာမြင့်စွာဆိုသောမျိုးရိုးဗီဇမျိုးကိုပေါင်းစပ်ထားသည်။ ထို့အပြင် hi-c sequencencing ကိုပေါင်းစည်းခြင်းကစွမ်းဆောင်ရည်ကိုပိုမိုကောင်းမွန်စေသည်။
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
ဖြစ်နိုင်သောမျိုးရိုးဗီဇမျိုးရိုးဗီဇလက်လှမ်းမီမှုအပေါ် မူတည်. ရွေးချယ်ရန်ဖြစ်နိုင်ချေရှိသောရွေးချယ်စရာသုံးခုနှင့်အတူ -
●မျိုးရိုးဗီဇရွေးချယ်မှုမူကြမ်း - DIMBINANQ PE150 နှင့်အတူတိုတောင်းသောဖတ်ပါ။
●ဖန်းဂတ်အရည်အသွေးမျိုးရိုးဗီဇရွေးချယ်မှု -
မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း: LIove Novaseq pe150 ။
မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ - Pacboio Revio (HIFI ဖတ်ရှုခြင်း) သို့မဟုတ် nanopore otherion 48 ။
●ခရိုမိုဆုန်း - အဆင့်မှိုမှိုမျိုးမောက် -
မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း: LIove Novaseq pe150 ။
မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ - Pacboio Revio (HIFI ဖတ်ရှုခြင်း) သို့မဟုတ် nanopore otherion 48 ။
contig ည့်သည် hi-c တပ်ဆင်ထားနှင့်အတူကျောက်ချရပ်နား။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●မျိုးစုံ sequencing မဟာဗျူဟာများရရှိနိုင်ပါသည်: ကွဲပြားခြားနားသောသုတေသနရည်မှန်းချက်များနှင့်မျိုးရိုးဗီဇစုံပြည့်စုံ၏လိုအပ်ချက်များအတွက်
●bioinformatics finish ကိုဖြည့်စွက်:၎င်းတွင်မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲနှင့်မျိုးစုံသောမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမျိုးရိုးဗီဇမှတ်စုအသင်းမျိုးစုံ,
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှု- ပိုးမွှားပံ့ပိုးမှုစင်တာ, ကျွမ်းကျင်သောဆန်းစစ်ခြင်းအဖွဲ့, ပြည့်စုံသောအကြောင်းအရာများနှင့်အလွန်အမင်းသောအကြောင်းအရာများနှင့်အလွန်ကောင်းသောအပိုဆောင်းအကြောင်းအရာနှင့်အလွန်ကောင်းသော Post-Sale Support ၏ဆယ်စုနှစ်တစ်ခုတွေ့ကြုံခံစားခဲ့ရသည်။
●အရောင်းအ 0 င် Post ပံ့ပိုးမှု -ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိက 0 တ်သည်စီမံကိန်းပြီးစီးခြင်းထက် 3 လအကြာရောင်း 0 ယ်သည့် 0 န်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူစီမံကိန်းပြီးဆုံးသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်းရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သောမေးမြန်းချက်များကိုဖြေရှင်းရန်စီမံကိန်းနောက်ဆက်တွဲ, မေးခွန်းများနှင့်မေးခွန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများပြုလုပ်ရန်,
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ဓမ္မသီချင်း | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| မျိုးရိုးဗီဇမူကြမ်း | illumina pe150 100x | Q30≥85% |
| ကောင်းတဲ့မျိုးရိုးဗီဇ | မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း: LIFICAINA PE150 50 x စည်းဝေးပွဲ - Pacboio HiFi 30x သို့မဟုတ် Nanopore 100x | contig n50 ≥1MB (Pacbio Unicellular) contig n50 ≥2mb (ont unicellular) contig n50 ≥500kb (အခြားသူများ) |
| ခရိုမိုဆုန်း - အဆင့်မျိုးရိုးဗီဇ | မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း: LIFICAINA PE150 50 x စည်းဝေးပွဲ - Pacboio HiFi 30x သို့မဟုတ် Nanopore 100x hi-c တပ်ဆင်ထား 100x | contig contig rio> 90%
|
ဝန်ဆောင်မှုလိုအပ်ချက်များကို
| အာရုံစူးစိုက်မှု (NG / μl) | စုစုပေါင်းပမာဏ (μg) | Volume (μl) | OD260 / 280 | OD260 / 230 | |
| pacboio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ကိန်းနာ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| လီဂူနီးယား | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Unicellular မှို: ≥3.5x1010 ဆဲလ်
macro fungus: ≥10ဂရမ်
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း:
- ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု sequencing
- မျိုးရိုးဗီဇလေးစားမှု: အရွယ်အစား, heterozygosity, ထပ်တလဲလဲဒြပ်စင်
မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲကောင်း
- ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု sequencing
- de novoအစည်းအဝေး
- မျိုးရိုးဗီဇအစိတ်အပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း - စီဒီများခန့်မှန်းခြင်းနှင့်မျိုးစုံဂရုတစိုက်ဒြပ်စင်များစွာ
- အများအပြားအထွေထွေဒေတာဘေ့စ်များ (GEGG, Kegg, စသည်တို့) နှင့်အဆင့်မြင့်ဒေတာဘေ့စ် (ကဒ်, vfdb စသဖြင့်) နှင့်အတူအလုပ်လုပ်တဲ့မှတ်ချက်ချသည်။
hi-c တပ်ဆင်ထား
- Hi-C စာကြည့်တိုက်အကဲဖြတ်။
- contigs များသည်အုတ်မြစ်ချခြင်း,
- hi-c တပ်ဆင်ခြင်း၏အကဲဖြတ်ခြင်း - ရည်ညွှန်းမျိုးရိုးဗီဇနှင့်အပူမြေပုံပေါ်တွင်အခြေခံသည်
မျိုးရိုးဗီဇစစ်တမ်း: k-mer ဖြန့်ဖြူး
မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ - Gene homologous annotation (NR Database)
မျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ: အလုပ်လုပ်တဲ့မျိုးရိုးဗီဇမှတ်ချက် (သွား)
BMKGENE ၏ဖန်းဂတ်စ်မျိုးနွယ်စုမျိုးမျိုးနွယ်မှုမျိုးရိုးဗီဇစည်းရုံးရေးမှူးများကစာပေများစုဆောင်းခြင်းမှတစ်ဆင့်ကူညီပံ့ပိုးပေးသည့်အစီအစဉ်များကိုလေ့လာပါ။
Hao, J. ET al ။ (2023) 'Medical Mustinal Mushroom Inonotus Obliotus Options's of Messiquus Offline's Obliquus' ',BMC Genomics, 24 (1), စစ။ 1-12 ။ DOI: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / z / z / 3 ။
Lu, L. et al ။ (2023) 'Genome Equencencing ကဂျုံရူးရူးရူးခရိုင်းတ္တုသား Rhizoctonia Colizis ၏ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့်ရောဂါဖြစ်ပွားမှုနှင့်ရောဂါဖြစ်ပွားမှုယန္တရားများကိုဖော်ပြသည်။သီးနှံဂျာနယ်11 (2), PP ။ 405-416 ။ DOI: 10.1016 / j.cj.2022.07.024 ။
Zhang, H. et al ။ (2023) 'Clarrereedia မျိုးစိတ်လေးကောင်အတွက်မျိုးရိုးဗီဇအရင်းအမြစ်များသည်မတူကွဲပြားသော turfgrgrasses တွင်အစက်အပြောက်ဖြစ်စေသောမျိုးစိတ်များအတွက်မျိုးရိုးဗီဇအရင်းအမြစ်များဖြစ်သည်။အပင်ရောဂါ107 (3), PP ။ 929-934 ။ DOI: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Zhang, အက်စ် et al ။ (2023) 'မျိုးရိုးဗီဇနှင့်မော်လီကျူး၏မော်လီကျူးသက်သေအထောက်အထားများကိုစားသုံးနိုင်သောမှိုဂရီဆိုဖဖီဆော့ဒိုဒါများရှိ TetraPolar မိတ်လိုက်ခြင်းစနစ်၏မျိုးရိုးဗီဇနှင့်မော်လီကျူးသက်သေအထောက်အထားများ,မှို၏ဂျာနယ်9 (10), စ။ 959 ။ DOI: 10.3390 / Jof9100959 / S1 ။
