Eukaryotic mRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း (ကိုးကားမှုအခြေခံနှင့် de novo ရွေးချယ်စရာများရရှိနိုင်သည်)
ဤပိုက်လိုင်းသည် NGS RNA-Seq ဒေတာကို သွင်းသွင်းအဖြစ် အသုံးပြုပြီး အကန့်အသတ်မရှိ အပါအဝင် ရေအောက်ပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများစွာမှ ရလဒ်များကို ထုတ်ပေးသည်- ဒေတာအရည်အသွေး အကဲဖြတ်ခြင်း၊ဒီနိုဗိုစာသားမှတ်တမ်း ဆိုက်မှတ်စာ၊ ကွဲပြားနိုင်သော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ ကွဲပြားသော ဖော်ပြချက် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ လုပ်ဆောင်ချက် မှတ်ချက်နှင့် ကြွယ်ဝမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု။
ရှည်လျားသော coding မဟုတ်သော RNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Long-coding မဟုတ်သော RNAs (lncRNA) များသည် 200 nt ထက် ပိုရှည်သော ကုဒ်မဟုတ်သော စာသားမှတ်တမ်းများဖြစ်ပြီး chromatin အဖွဲ့အစည်းနှင့် စည်းမျဥ်းများတွင် အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်ကြောင်း သိရှိထားသည်။ မြင့်မားသော ဆင့်ကဲဆင့်ကဲနည်းပညာများနှင့် ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာများသည် ကျွန်ုပ်တို့၏နားလည်သဘောပေါက်သော lncRNA စည်းမျဥ်းများနှင့် နေရာချထားခြင်းဆိုင်ရာ အချက်အလက်များကို ခိုင်မာစေပါသည်။ ဤပိုက်လိုင်းသည် Eukaryotic mRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုပိုက်လိုင်းတွင် ဖော်ပြထားသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများအပြင် lncRNA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို ပေးပါသည်။
16S/18S/ITS amplicon sequencing
Amplicon Sequencing microbial diversity analysis pipeline ကို microbial diversity ပရောဂျက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် နှစ်ပေါင်းများစွာ အတွေ့အကြုံများအပေါ် အခြေခံ၍ တီထွင်ခဲ့ခြင်းဖြစ်သည်။ ပိုက်လိုင်းတွင် လက်ရှိအဏုဇီဝသုတေသနနှင့် ပုဂ္ဂိုလ်ရေးသီးသန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၏ ပင်မရေစီးကြောင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအကြောင်းအရာကို အကျုံးဝင်သည့် စံပြုအခြေခံခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများပါရှိသည်။ ကွဲပြားသော ကိုယ်ရေးကိုယ်တာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုကို လုပ်ဆောင်ရန် ရွေးချယ်မှုဖြင့် ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု အစီရင်ခံစာသည် ကြွယ်ဝပြီး ပြည့်စုံပါသည်။ ထို့အပြင်၊ နမူနာများနှင့် အုပ်စုများကို အပိုစိတ်ကြိုက်ပြင်ဆင်ခြင်းနှင့် ထိန်းချုပ်ရန်အတွက် ပျံသန်းနိုင်သည်။
Shotgun Metagenomics ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Shotgun Metagenomic Analysis ပိုက်လိုင်းသည် ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများမှ ထုတ်ယူထားသော မျိုးဗီဇရောစပ်ထားသော ပစ္စည်းများမှ NGS အချက်အလက်ကို အသုံးပြုသည်။ ပါဝင်သော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်များသည် မျိုးစိတ်ကွဲပြားမှုနှင့် များပြားမှု၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ၊ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်ဆံရေး၊ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများနှင့် ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် ဆက်နွယ်မှုကွန်ရက်များဆိုင်ရာ အသေးစိတ်အချက်အလက်များကို ပေးပါသည်။
NGS-WGS မူကွဲ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
NGS-WGS မျိုးကွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက်သည် ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု၊ စည်းမျဥ်းချိန်ညှိမှု၊ မှတ်ချက်များနှင့် မျိုးရိုးဗီဇပြောင်းလဲမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို လုပ်ဆောင်ပေးသည့် ပေါင်းစပ်မူကွဲထောက်လှမ်းမှုပိုက်လိုင်းတစ်ခုဖြစ်သည်။ ပိုက်လိုင်းသည် SNP နှင့် InDel ထောက်လှမ်းမှုအတွက် GATK အကောင်းဆုံးအလေ့အကျင့်များကို လိုက်နာပြီး ဖွဲ့စည်းတည်ဆောက်ပုံပုံစံကွဲခေါ်ဆိုမှုအတွက် Manta ကို အသုံးပြုသည်။
Genome Wide အသင်းလေ့လာမှု (GWAS)
GWAS ပိုက်လိုင်းသည် ယခင်က ထုတ်လုပ်ထားသော VCF ဖိုင်များနှင့် ဆက်စပ်ထည့်သွင်းမှုအဖြစ် တစ်ဦးချင်းအုပ်စုတစ်စုအတွက် သက်ဆိုင်သည့် ဖီနိုအမျိုးအစားဒေတာကို ယူဆောင်သည့် ရေအောက်ပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတစ်ခုဖြစ်သည်။ တိကျသောစာရင်းအင်းနည်းစနစ်များကိုအသုံးပြု၍ GWAS သည် phenotypic ကွဲပြားမှုများနှင့် ဆက်စပ်နေသော ဂျီနိုမ်ကျယ်ပြန့်သော နူကလီးအိုတိုက်မျိုးကွဲများကို ဖော်ထုတ်ရန် ရည်ရွယ်သည်။ ၎င်းသည် ရှုပ်ထွေးသော လူသားရောဂါများနှင့် အပင်များနှင့် တိရိစ္ဆာန်များတွင် ရှုပ်ထွေးသော လက္ခဏာများနှင့် ဆက်စပ်သော လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇများကို ရှာဖွေရာတွင် အရေးပါသော အခန်းကဏ္ဍမှ ပါဝင်ပါသည်။
အစုလိုက် ခွဲခြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း (BSA)
BSA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် လူတစ်ဦးချင်းစီအား ခွဲခြားထားသော လူဦးရေမှ လွန်ကဲသော အသွင်အပြင်လက္ခဏာများပါ၀င်သည်။ ပေါင်းစပ်ထားသောနမူနာများအကြား ကွဲပြားသောတည်နေရာကို နှိုင်းယှဉ်ခြင်းဖြင့်၊ ဤချဉ်းကပ်မှုသည် ပစ်မှတ်မျိုးဗီဇနှင့်ဆက်စပ်နေသော အနီးကပ်ချိတ်ဆက်ထားသော မော်လီကျူးအမှတ်အသားများကို လျင်မြန်စွာဖော်ထုတ်ပေးပါသည်။ အပင်နှင့် တိရိစ္ဆာန်များ၏ မျိုးရိုးဗီဇမြေပုံဆွဲခြင်းတွင် တွင်ကျယ်စွာအသုံးပြုထားပြီး ၎င်းသည် အမှတ်အသားပြုသော မျိုးပွားမှုအတွက် အဖိုးတန်ကိရိယာတစ်ခုဖြစ်သည်။
Evolutionary Genetics ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Evolutionary Genetics Analysis workflow သည် BMKGENE ၏ မျိုးရိုးဗီဇဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် ပရောဂျက်များတွင် ကျယ်ပြန့်သော အတွေ့အကြုံကို လွှမ်းမိုးထားပြီး ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်တည်ဆောက်မှု၊ ချိတ်ဆက်မှုမညီမျှမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှု အကဲဖြတ်မှု၊ ရွေးချယ်မှု ခွဲခြားသတ်မှတ်မှု၊ ဆွေမျိုးခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု၊ အဓိကအစိတ်အပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့် လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ စရိုက်လက္ခဏာတို့ ပါဝင်သည်။
