Evolutionary မျိုးရိုးဗီဇ
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
Takagi et al.၊အပင်ဂျာနယ်၊ 2013
●ပြည့်စုံသော ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု-မျိုးစိတ်များ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် အလားအလာကို ထင်ဟပ်စေသည့် မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုကို ခန့်မှန်းနိုင်စေကာ မျိုးစိတ်များကြားတွင် ပေါင်းစပ်ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်နှင့် အပြိုင် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၏ လွှမ်းမိုးမှုအနည်းဆုံးဖြင့် ယုံကြည်စိတ်ချရသော ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ဆက်နွယ်မှုကို ထုတ်ဖော်ပြသခြင်း
●ရွေးချယ်နိုင်သော စိတ်ကြိုက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု: nucleotide နှင့် အမိုင်နိုအက်ဆစ်အဆင့်ရှိ ကွဲပြားမှုများအပေါ်အခြေခံ၍ ကွဲပြားသောအချိန်နှင့် အမြန်နှုန်းကို ခန့်မှန်းခြင်းကဲ့သို့သော။
●ကျယ်ပြန့်သော ကျွမ်းကျင်မှုနှင့် ထုတ်ဝေမှုမှတ်တမ်းများ: BMKGene သည် 15 နှစ်ကျော် လူဦးရေနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာ ပရောဂျက်များတွင် အတွေ့အကြုံများစွာ စုဆောင်းထားပြီး မျိုးစိတ်ထောင်ပေါင်းများစွာ စသည်တို့ကို လွှမ်းခြုံထားပြီး Nature Communications၊ Molecular Plants၊ Plant Biotechnology Journal စသည်တို့တွင် ထုတ်ဝေသည့် အဆင့်မြင့် ပရောဂျက် 1000 ကျော်အတွက် ပံ့ပိုးပေးခဲ့ပါသည်။
● အလွန်ကျွမ်းကျင်သော ဇီဝနည်းပညာအဖွဲ့နှင့် တိုတောင်းသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု စက်ဝန်း: အဆင့်မြင့် မျိုးရိုးဗီဇခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် အတွေ့အကြုံကောင်းဖြင့် BMKGene ၏အဖွဲ့သည် လျင်မြန်သောပြောင်းလဲမှုအချိန်နှင့်အတူ ကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို ပေးဆောင်သည်။
● အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု-ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လရောင်းပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များနှင့် လိုအပ်ချက်များ
| Sequence အမျိုးအစား | အကြံပြုထားသော လူဦးရေအတိုင်းအတာ | Sequence ဗျူဟာ | Nucleotide လိုအပ်ချက်များ |
| Genome Sequence တစ်ခုလုံး | အဖွဲ့ခွဲတစ်ခုစီမှ ≥ 10 ဦးစီနှင့် လူ 30 ဦးစီ
| 10x | အာရုံစူးစိုက်မှု- ≥ 1 ng/ µL စုစုပေါင်းပမာဏ≥ 30ng အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် ပျက်စီးယိုယွင်းမှု သို့မဟုတ် ညစ်ညမ်းမှု မရှိပါ။ |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) | တဂ်အနက်- 10x တဂ်အရေအတွက်- <400 Mb- WGS ကို အကြံပြုထားသည်။ <1Gb: 100K တဂ်များ 1Gb >2Gb- 300K တဂ်များ အများဆုံး 500k တဂ် | အာရုံစူးစိုက်မှု ≥ 5 ng/µL စုစုပေါင်းပမာဏ ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose ဂျယ်- လုံးဝပျက်စီးခြင်း သို့မဟုတ် ညစ်ညမ်းခြင်း မရှိပါ။
|
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဝန်ဆောင်မှုတွင် လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံ (phylogenetic tree၊ PCA၊ လူဦးရေ stratification chart)၊ လူဦးရေ ကွဲပြားမှုနှင့် လူဦးရေရွေးချယ်မှု (linkage မျှခြေမညီခြင်း၊ အားသာချက်ရှိသော ဆိုက်များကို ရွေးချယ်ခြင်း ရွေးချယ်ခြင်း) တို့ ပါဝင်ပါသည်။ ဝန်ဆောင်မှုတွင် စိတ်ကြိုက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု (ဥပမာ ကွဲပြားချိန်၊ မျိုးရိုးဗီဇစီးဆင်းမှု) ကိုလည်း ထည့်သွင်းနိုင်သည်။
*ဤတွင်ပြသထားသည့် သရုပ်ပြရလဒ်များသည် BMKGENE ဖြင့်ထုတ်ဝေထားသော ဂျီနိုမ်များမှဖြစ်သည်။
1.Evolution ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် မျိုးရိုးဗီဇကွဲပြားမှုများအပေါ်အခြေခံ၍ ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်၊ လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံနှင့် PCA တည်ဆောက်မှုပါရှိသည်။
ဇီဝမျိုးရိုးဗီဇသစ်ပင်သည် ဘုံဘိုးဘေးများနှင့် မျိုးစိတ်များကြားတွင် အခွန်စည်းကြပ်မှုနှင့် ဆင့်ကဲပြောင်းလဲမှုဆိုင်ရာ ဆက်နွယ်မှုကို ကိုယ်စားပြုသည်။
PCA သည် လူဦးရေခွဲများကြား နီးကပ်မှုကို မြင်သာစေရန် ရည်ရွယ်သည်။
လူဦးရေဖွဲ့စည်းပုံသည် allele frequencies အရ မျိုးဗီဇကွဲပြားသော လူဦးရေခွဲများ ရှိနေခြင်းကို ပြသသည်။
Chen, et အယ်လ်။၊PNAS၊ 2020
2.Selective sweep
Selective sweep ဆိုသည်မှာ အားသာချက်ရှိသော ဆိုက်တစ်ခုကို ရွေးချယ်ပြီး ချိတ်ဆက်ထားသော ကြားနေဆိုက်များ၏ ကြိမ်နှုန်းများ တိုးလာကာ လင့်ခ်မချိတ်ထားသော ဆိုက်များ လျော့နည်းသွားကာ ဒေသဆိုင်ရာ လျှော့ချမှုကို ဖြစ်ပေါ်စေသည်။
ရွေးချယ်ထားသော တံမြက်လှည်းဒေသများရှိ ဂျီနိုမိုကျယ်ပြန့်မှုကို ထောက်လှမ်းခြင်းသည် အချို့သောအဆင့် (10 Kb) ရှိ SNPs အားလုံး၏ မျိုးရိုးဗီဇအညွှန်းကိန်း (π,Fst, Tajima's D) ကို တွက်ချက်ခြင်းဖြင့် လုပ်ဆောင်ပါသည်။
Nucleotide ကွဲပြားမှု(π)
Tajima ၏ D
ပြုပြင်မှုအညွှန်းကိန်း(Fst)
Wu, et အယ်လ်။၊မော်လီကျူးစက်ရုံ2018 ခုနှစ်
3.Gene Flow
Wu, et အယ်လ်။၊မော်လီကျူးစက်ရုံ2018 ခုနှစ်
၄။လူဦးရေစာရင်း
Zhang, et ။ အယ်လ်။၊သဘာဝဂေဟဗေဒနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၊ 2021
5.Divergence အချိန်
Zhang, et ။ အယ်လ်။၊သဘာဝဂေဟဗေဒနှင့် ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်၊ 2021
BMKGene ၏ ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ် မျိုးရိုးဗီဇ ဝန်ဆောင်မှုများမှ ပံ့ပိုးပေးထားသော တိုးတက်မှုများကို စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတဆင့် ရှာဖွေပါ-
Hassanyar၊ AK et al။ (2023) 'Apis cerana cerana Larvae တစ်ခုလုံးကို ဂျီနိုမ်ပြန်ဆက်ခြင်းမှ Sacbrood Virus Resistance နှင့် ဆက်စပ်နေသော SNP Molecular Markers များနှင့် Candidate Genes များကို ရှာဖွေတွေ့ရှိခြင်း'၊နိုင်ငံတကာမော်လီကျူးသိပ္ပံဂျာနယ်၊ ၂၄(၇)။ doi- 10.3390/IJMS24076238။
ချိုင်, ဂျေ et al. (2022) 'မျိုးရိုးဗီဇသန့်စင်သော တရုတ်ပုတ်သင်ရိုင်းကို ရှာဖွေတွေ့ရှိခြင်းသည် ထိန်းသိမ်းရေး အခွင့်အလမ်းသစ်များ ဖန်တီးပေးသည်'၊သတ္တဗေဒသုတေသန2022, Vol. 43၊ စာစောင် 3၊ စာမျက်နှာများ- 469-480၊ 43(3)၊ စ. 469-480။ doi- 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101။
ဟန်၊ အမ် et al ။ (2022) 'ချင်းဟိုင်း-တိဘက်ကုန်းပြင်မြင့်ပေါ်ရှိ ဌာနေ Elymus sibiricus L. ၏ ဇီဝကမ္မပုံစံနှင့် လူဦးရေဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်သမိုင်း'၊အပင်သိပ္ပံရှိ နယ်နိမိတ်များ, 13, p ။ 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX။
Wang, J. et al. (2022) 'ခရိုမိုဆုန်းအဆင့် ဂျီနိုစုစုစည်းမှုမှ longan ဆင့်ကဲဖြစ်စဉ်ဆိုင်ရာ ဂျီနိုမစ်ဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှုများ'၊ပန်းမာန်သုတေသန, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021။
