Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
အင်္ဂါရပ်များ
● စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမပြုမီ poly mRNA ကို ဖမ်းယူပါ။
● strand-specific sequencing data ကိုရရှိရန် ရွေးချယ်နိုင်သော လမ်းကြောင်းမှန် mRNA စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှု
● မျိုးရိုးဗီဇဖော်ပြမှုနှင့် စာသားဖွဲ့စည်းပုံဆိုင်ရာ ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
အားသာချက်များ
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: ကျွန်ုပ်တို့၏အဖွဲ့သည် BMKgene တွင်နမူနာ 600,000 ကျော်ကို ဆဲလ်ယဉ်ကျေးမှု၊ တစ်ရှူးများနှင့် ခန္ဓာကိုယ်အရည်များကဲ့သို့ ကွဲပြားသောနမူနာအမျိုးအစားများကို ဖြန့်ကျက်ထားသည်။ ကျွန်ုပ်တို့သည် ပရောဂျက်တိုင်းအတွက် အတွေ့အကြုံများစွာကို ယူဆောင်လာပြီး သုတေသနနယ်ပယ်အသီးသီးတွင် mRNA-Seq ပရောဂျက်ပေါင်း 100,000 ကျော်ကို အောင်မြင်စွာ ပြီးမြောက်အောင်မြင်ခဲ့ပါသည်။
●တင်းကျပ်သောအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုနမူနာနှင့် စာကြည့်တိုက်ပြင်ဆင်မှုမှ စီစစ်ခြင်းနှင့် ဇီဝအချက်အလက်ဆိုင်ရာ အချက်အလက်များအထိ အဆင့်အားလုံးတွင် ကျွန်ုပ်တို့သည် အဓိကထိန်းချုပ်မှုအမှတ်များကို အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။ ဤစေ့စေ့စပ်စပ် စောင့်ကြည့်စစ်ဆေးမှုသည် သင့်ပရောဂျက်သည် ယုံကြည်စိတ်ချရသော လက်ထဲတွင်ရှိကြောင်း သေချာစေကာ တသမတ်တည်း အရည်အသွေးမြင့် ရလဒ်များကို ပေးပို့နိုင်စေပါသည်။
●ပြည့်စုံသောမှတ်ချက်: ကျွန်ုပ်တို့သည် မတူညီသောဖော်ပြသောမျိုးရိုးဗီဇများ (DEGs) များကို လုပ်ဆောင်နိုင်စေရန်အတွက် ဒေတာဘေ့စ်များစွာကို အသုံးပြုပြီး ဆက်စပ်သော ကြွယ်ဝမှုဆိုင်ရာ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများကို လုပ်ဆောင်ပါသည်။ ဤပြည့်စုံသောချဉ်းကပ်မှုသည် စာသားမှတ်တမ်းတုံ့ပြန်မှုကို အခြေခံထားသော ဆယ်လူလာနှင့် မော်လီကျူးလုပ်ငန်းစဉ်များကို ထိုးထွင်းသိမြင်စေကာ၊ သင့်ပရောဂျက်၏ရလဒ်များအကြောင်း အပြည့်အဝအသိပေးကြောင်း သေချာစေပါသည်။
●အရောင်းလွန်မှု ပံ့ပိုးမှု: ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိကဝတ်သည် 3-လ-ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူ ပရောဂျက်ပြီးစီးမှုထက် ကျော်လွန်ပါသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်း၊ ကျွန်ုပ်တို့သည် ရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သည့် မည်သည့်မေးခွန်းများကိုမဆို ဖြေရှင်းရန်အတွက် ပရောဂျက်နောက်ဆက်တွဲ၊ ပြဿနာဖြေရှင်းခြင်းအကူအညီနှင့် အမေးအဖြေကဏ္ဍများကို ပေးဆောင်ပါသည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
| စာကြည့်တိုက် | Sequence ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ | အရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု |
| Poly A ကြွယ်ဝသည်။ | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| Conc.(ng/μl) | ပမာဏ (μg) | သန့်ရှင်းစင်ကြယ်ခြင်း။ | သမာဓိ | |
| စံပြစာကြည့်တိုက် | ≥ ၁၀ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များအတွက် RIN≥4.0; တိရစ္ဆာန်များအတွက် RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
| လမ်းညွှန်စာကြည့်တိုက် | ≥ ၁၀ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ဂျယ်တွင်ပြသထားသော ပရိုတင်း သို့မဟုတ် DNA ညစ်ညမ်းမှု အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် မရှိပါ။ | အပင်များအတွက် RIN≥4.0; တိရစ္ဆာန်များအတွက် RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; အကန့်အသတ် သို့မဟုတ် အခြေခံအဆင့်မြင့်ခြင်း |
● အပင်များ
အမြစ်၊ ပင်စည် သို့မဟုတ် ပန်းပွင့်: 450 မီလီဂရမ်
အရွက် သို့မဟုတ် အစေ့: 300 မီလီဂရမ်
အသီး: 1.2 ဂရမ်
●တိရစ္ဆာန်
နှလုံး သို့မဟုတ် အူ- 300 မီလီဂရမ်
ကလီစာ သို့မဟုတ် ဦးနှောက်: 240 မီလီဂရမ်
ကြွက်သား: 450 မီလီဂရမ်
အရိုး၊ ဆံပင် သို့မဟုတ် အရေပြား- 1g
● Arthropods-
အင်းဆက်များ : 6g
Crustacea: 300 မီလီဂရမ်
● သွေးတစ်ခုလုံး: 1 ပြွန်
● ဆဲလ်များ: ၁၀6 ဆဲလ်များ
နမူနာပေးပို့မှု အကြံပြုထားသည်။
ကွန်တိန်နာ- 2 ml centrifuge tube (Tin foil ကို မထောက်ခံပါ)
နမူနာတံဆိပ်ကပ်ခြင်း- အုပ်စု+ဥပမာ A1၊ A2၊ A3၊ B1၊ B2၊ B3 ......
တင်ပို့မှု-
1. ရေခဲခြောက်- နမူနာများကို အိတ်များတွင်ထုပ်ပိုးပြီး ရေခဲခြောက်ထဲတွင် မြှုပ်ထားရန် လိုအပ်သည်။
2. RNAs ဇယားပြွန်များ- RNA နမူနာများကို RNA တည်ငြိမ်စေသောပြွန် (ဥပမာ RNAstable®) တွင် အခြောက်ခံပြီး အခန်းအပူချိန်တွင် တင်ပို့နိုင်ပါသည်။
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
ဇီဝအချက်အလက်
Eukaryotic mRNA sequencing ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်းလုပ်ငန်းအသွားအလာ
ဇီဝအချက်အလက်
Øကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
Øဂျီနိုမ် ချိန်ညှိမှုကို အကိုးအကား
Øစာသားဖွဲ့စည်းပုံ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
Øဖော်ပြမှု ပမာဏ
Øကွဲပြားသောအသုံးအနှုန်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
Øလုပ်ဆောင်ချက် မှတ်ချက်များနှင့် ကြွယ်ဝမှု
Genome Alignment အကိုးအကား
Data Saturation
နမူနာဆက်စပ်မှုနှင့် ဇီဝပုံတူပွားမှုများကို အကဲဖြတ်ခြင်း။
ကွဲပြားစွာဖော်ပြသော မျိုးရိုးဗီဇ (DEGs)
DEG များ၏ လုပ်ဆောင်ချက်ဆိုင်ရာ မှတ်ချက်
DEGs များ၏ လုပ်ဆောင်ချက် ကြွယ်ဝမှု
BMKGene ၏ eukaryotic NGS mRNA စီစစ်ခြင်းဝန်ဆောင်မှုများမှ ပံ့ပိုးပေးထားသော တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းလေ့လာပါ။
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan နှင့် triclocarban တို့သည် အနံ့ထွက်ခြင်းကို အသိအမှတ်ပြုခြင်း၊ အနံ့ထွက်ခြင်းဆိုင်ရာ အချက်ပြထုတ်လွှင့်ခြင်းကို နှောင့်ယှက်ခြင်းနှင့် နှောင့်ယှက်သော အနံ့ထွက်ခြင်းဆိုင်ရာ အချက်အလက်များ လုပ်ဆောင်ခြင်းတို့ကြောင့် ရွှေငါး၏ အနံ့ခံနိုင်စွမ်းကို အားနည်းစေသည်'၊ Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736။
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus သည် လူ့ p11 ကို မှိုပါရှိသော phagosomes များကို မပျက်စီးစေသောလမ်းကြောင်းသို့ ပြန်ညွှန်းရန် လူသား p11 ကို ခိုးယူသည်'၊ Cell Host & Microbe၊ 31(3)၊ စ. 373-388.e10။ doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002။
Jin, K. et al. (2022) 'မဝါးဝါး (Dendrocalamus latiflorus Munro)'၊ အပင်သိပ္ပံမှ Frontiers၊ 13၊ စ. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX။
Wen, X. et al. (2022) 'ဂန္ဓမာလဗန်ဒူလီဖိုလီယမ် ဂျီနိုမ်နှင့် မတူကွဲပြားသော capitulum အမျိုးအစားများ နောက်ခံရှိ မော်လီကျူးယန္တရား'၊ ပန်းမာန်သုတေသန၊ 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022။
Zhang, Yujie et al ။ (2023) 'ပေါင်းစပ် ROS တိုးမြှင့်ခြင်းနှင့် autophagy ပိတ်ဆို့ခြင်းမှတစ်ဆင့် အူမကြီးကင်ဆာအတွက် ဆိုနိုဒိုင်းနမစ်ကုထုံးကို မြှင့်တင်ရန်အတွက် ကက်စ်ကိတ် နာနိုရီအက်ဆာတစ်ခု'၊ Nano Today၊ 49၊ p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798။
