●ပလပ်ဖောင်းများ-Illumina NovaSeq 6000 နှင့် NovaSeq X Plus
●ဆက်တိုက်မုဒ်များ-PE150 နှင့် PE250
●အတွဲလိုက်မလုပ်မီ စာကြည့်တိုက်များ၏ အရည်အသွေးကို ထိန်းချုပ်ပါ။
●ဒေတာ QC နှင့် ပေးပို့ခြင်းတို့ကို စီစစ်ခြင်း-QC အစီရင်ခံစာနှင့် ကုန်ကြမ်းဒေတာကို demultiplexing နှင့် filtering Q30 ဖတ်ပြီးနောက် fastq ဖော်မတ်ဖြင့် ပေးပို့ခြင်း။
●Sequencing ဝန်ဆောင်မှုများ၏ ဘက်စုံသုံးနိုင်မှု-ဖောက်သည်သည် လမ်းကြောအလိုက်၊ စီးဆင်းမှုဆဲလ် သို့မဟုတ် လိုအပ်သော ဒေတာပမာဏအလိုက် (တစ်စိတ်တစ်ပိုင်းလမ်းကြော စီစစ်ခြင်း) ကို ရွေးချယ်နိုင်သည်။
●Illumina sequencing platform တွင် ကျယ်ပြန့်သော အတွေ့အကြုံ။မျိုးစိတ်အမျိုးမျိုးဖြင့် ပိတ်ထားသော ပရောဂျက်ပေါင်း ထောင်နှင့်ချီ၍
●ဆက်တိုက် QC အစီရင်ခံစာပေးပို့ခြင်း-အရည်အသွေးတိုင်းတာမှုများ၊ ဒေတာတိကျမှုနှင့် စီစစ်ခြင်းပရောဂျက်၏ အလုံးစုံစွမ်းဆောင်ရည်တို့နှင့်အတူ။
●အရွယ်ရောက်ပြီးသော စီတန်းခြင်းလုပ်ငန်းစဉ်-အလှည့်ကျအချိန်တိုဖြင့်။
●တင်းကျပ်သောအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု: ကျွန်ုပ်တို့သည် အရည်အသွေးမြင့်မားသောရလဒ်များကို တစ်သမတ်တည်းပေးဆောင်ရန် အာမခံရန် တင်းကျပ်သော QC လိုအပ်ချက်များကို အကောင်အထည်ဖော်ပါသည်။
ပလပ်ဖောင်း | Flow Cell | Sequencing မုဒ် | ယူနစ် | ခန့်မှန်းထွက်ရှိမှု |
NovaSeq X | 10B (၈လမ်းသွား)၊ | PE150 | တစ်ကြောင်းလမ်း တပိုင်းတစ လမ်းသွယ် | 375Gb/လမ်းသွယ် |
25B (၈လမ်းသွား)၊ | PE150 | တစ်ကြောင်းလမ်း တပိုင်းတစ လမ်းသွယ် | 1000 Gb/လမ်းသွား | |
NovaSeq 6000 | SP Flow cell (2 လမ်းသွား) | PE250 | Flow Cell တစ်ကြောင်းလမ်း တပိုင်းတစ လမ်းသွယ် | 325-400 M reads/လမ်းသွယ် |
S4 Flow cell (4 လမ်းသွား) | PE150 | Flow Cell တစ်ကြောင်းလမ်း တပိုင်းတစ လမ်းသွယ် | ~800 Gb/လမ်းသွယ် |
ဒေတာပမာဏ (X) | အာရုံစူးစိုက်မှု (qPCR/nM) | အတွဲ | |
Partial Lane Sequencing
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
10 Gb < X ≤ 50 Gb | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
50 Gb < X ≤ 100 Gb | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
X > 100 Gb | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
လမ်းကြောကို စီစစ်ခြင်း။ | လမ်းသွယ်အလိုက် | ≥ 1.5 nM / Library pool | ≥ 25 μl / စာကြည့်တိုက်ရေကန် |
အာရုံစူးစိုက်မှုနှင့် စုစုပေါင်းပမာဏအပြင် သင့်လျော်သော အမြင့်ဆုံးပုံစံတစ်ခုလည်း လိုအပ်ပါသည်။
မှတ်ချက်- ကွဲပြားမှုနည်းပါးသော ဒစ်ဂျစ်တိုက်များ၏ လမ်းကြောများကို စီစစ်ခြင်းသည် ခိုင်မာသောအခြေခံခေါ်ဆိုမှုကိုသေချာစေရန် PhiX spike-in လိုအပ်သည်။
နမူနာများအဖြစ် စုစည်းထားသော စာကြည့်တိုက်များကို နမူနာအဖြစ် တင်ပြရန် အကြံပြုအပ်ပါသည်။ စာကြည့်တိုက်ပေါင်းကူးခြင်းလုပ်ဆောင်ရန် BMKGENE လိုအပ်ပါက၊ ကျေးဇူးပြု၍ ကိုးကားပါ။
partial lane sequence အတွက် စာကြည့်တိုက်လိုအပ်ချက်များ။
ပင်မအထွတ်အထိပ်သည် 300-450 bp အတွင်းဖြစ်သင့်သည်။
စာကြည့်တိုက်များသည် ပင်မအထွတ်အထိပ်တစ်ခုသာ ရှိသင့်သည်၊ အဒက်တာ ညစ်ညမ်းမှုမရှိစေဘဲ primer dimers မရှိသင့်ပါ။
အတွဲလိုက်၊ စာကြည့်တိုက် ပမာဏကို အကဲဖြတ်ခြင်းနှင့် အပိုင်းပိုင်းခွဲခြင်းမပြုမီ စာကြည့်တိုက်၏ အရည်အသွေးဆိုင်ရာ အစီရင်ခံစာကို ပံ့ပိုးပေးပါသည်။
ဇယား 1. ကိန်းဂဏာန်းများ စီစစ်ခြင်းဆိုင်ရာ ကိန်းဂဏန်းများ။
နမူနာ ID | BMKID | အကြမ်းဖတ်တယ်။ | ဒေတာအကြမ်း (bp) | သန့်ရှင်းသောဖတ်ခြင်း (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC(%) |
C_01 | BMK_01 | ၂၂,၈၇၀,၁၂၀ | ၆,၈၆၁,၀၃၆,၀၀၀ | ၉၆.၄၈ | ၉၉.၁၄ | ၉၄.၈၅ | ၃၆.၆၇ |
C_02 | BMK_02 | ၁၄၊၇၁၇၊၈၆၇ | ၄၊၄၁၅၊၃၆၀၊၁၀၀ | ၉၆.၀၀ | ၉၈.၉၅ | ၉၃.၈၉ | ၃၇.၀၈ |
ပုံ 1။ နမူနာတစ်ခုစီတွင် ဖတ်ရှုထားသော အရည်အသွေးများ ဖြန့်ဝေခြင်း။
ပုံ 2။ အခြေခံအကြောင်းအရာ ဖြန့်ဖြူးခြင်း။
ပုံ 3။ အချက်အလက် စီတန်းခြင်းတွင် ဖတ်ထားသော အကြောင်းအရာများကို ဖြန့်ဝေခြင်း။