DNA / RNA အလေ့အလမ်း -pacbio sequencer
အင်္ဂါရပ်များ
PACBIO SEQUENTER ရှိအစီအစဉ် 2 ဆင့် - စဉ်ဆက်မပြတ်ဖတ်ရှုခြင်း (CLR) နှင့်မြို့ပတ်ရထားသဘောတူညီမှုကိုဖတ်ရှုခြင်း (CCS)
| sequencing mode ကို | စာကြည့်တိုက်အရွယ်အစား | သီအိုရီဒေတာအထွက်နှုန်း (ဆဲလ်နှုန်း) | Single-Baseဟုတ်မှန်ရေး | လျှောက်လွှာများ |
| CLR | 20KB, 30KB စသည်တို့ကိုစသည်တို့ | 80 GB မှ 130 GB အထိ | ခန့်။ 85% | de novoSV ခေါ်ဆိုမှုစသည်တို့ |
| ccs | 15-20 KB | 14 မှ 40 GB / Cell (Sequel II) 70 မှ 110 GB / Cell (Revio) နမူနာပေါ်မူတည်သည် | ခန့်။ 99% | de novoSNP / Indel / sv ခေါ်ဆိုမှု, Iso-seq, |
Revio နှင့် Sequel II ၏စွမ်းဆောင်ရည်နှင့်အင်္ဂါရပ်များကိုနှိုင်းယှဉ်ခြင်း
| စည်းကမ်းချက်များ | Sequel II စနစ် | Revio System | တိုးမြှင့်လာသည် |
| မြင့်မားသောသိပ်သည်းဆ | 8 သန်း zmws | 25 သန်း zmws | 3x |
| လွတ်လပ်သောအဆင့် | 1 | 4 | 4x |
| တိုတောင်းပြေးကာလ | နာရီ 30 | 24 နာရီ | 1.25x |
| 30x HiFi လူ့မျိုးရိုးဗီဇ / နှစ် | 88 | 1,300 | 15x ခြုံငုံ |
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●မည်သည့်မျိုးစိတ်အမျိုးမျိုးနှင့်အတူထောင်ပေါင်းများစွာသောပိတ်ထားသောစီမံကိန်းများနှင့်အတူ Pacboio အစီအစဉ်များနှင့်အတူ 8 နှစ်ကျော်အတွေ့အကြုံရှိသည်။
●နောက်ဆုံးပေါ် pacboio အစီအစဉ်များနှင့်အပြည့်အ 0 တပ်ဆင်ထားသည့် Revio တွင်လုံလောက်သောအစီအစဉ်များကိုအာမခံရန်အာမခံထားသည်။
●မြန်မြန်ဆန်ဆန်အလှည့်အပြောင်းအချိန်, ပိုမိုမြင့်မားသောဒေတာအထွက်နှုန်းနှင့်ပိုမိုတိကျသောအချက်အလက်များ။
●ရာနှင့်ချီသောအကျိုးသက်ရောက်မှုရှိသော Pacboio-based publications များ၌လှူဒါန်းခဲ့သည်။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| နမူနာအမျိုးအစား | စုပေါင်း | အာရုံစူးစိုက်မှု (Quition®) | အရွယ်အစား | သန့်ရှင်းြရဲ | အခြားသူများ |
| Genomic DNA | ဒေတာလိုအပ်ချက်ပေါ်မူတည်သည် | ≥50≥50 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.2; OD260 / 230 = 1.8-2.5; 260 NM မှာ Clear Peak ကိုရှင်းရှင်းလင်းလင်းအဘယ်သူမျှမညစ်ညမ်းမှု | အာရုံစူးစိုက်မှုအား quiit / quiit / nanopore = 0.8-2.5 ဖြင့်တိုင်းတာရန်လိုအပ်သည် |
| စုစုပေါင်း RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng / μl | ≥15μl | OD260 / 280 = 1.7-2.5; OD260 / 230 = 0.5-2.5;အဘယ်သူမျှမညစ်ညမ်းမှု | rin တန်ဖိုး≥7.5 5≥28s / 18S≥1 |
ဝန်ဆောင်မှုလုပ်ငန်းခွင်
နမူနာပြင်ဆင်မှု
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
စီမံကိန်းပေးပို့ခြင်း
1.O-House ဒေတာအထွက်နှုန်း
63 CCS ဆဲလ် 63 ခုမှထုတ်လုပ်သောအချက်အလက်များ (မျိုးစိတ် 26 ခုမှ)
| အချက်များ-pacboio-ccs-15 kb | ပျမ်းမှျမှု | မက်စငွေ | မိနစ် | ပျမ်းမျှ |
| အထွက်နှုန်း - subreads (GB) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yilled - CCS (GB) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polymerase N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| n50s subreads | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| ပျမ်းမျှအရှည် - polymerase | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| ပျမ်းမျှအရှည် - subreads | 15.866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| ပျမ်းမျှအရှည် - CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
(76 မျိုးစိတ် 76 ခုမှ) CLR ဆဲလ်များမှထုတ်ပေးသောအချက်အလက်များ
| ဒေတာ - Pacbio-Clr-30kb | ပျမ်းမှျမှု | မက်စငွေ | မိနစ် | ပျမ်းမျှ |
| အထွက်နှုန်း - subreads (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polymerase N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| n50s subreads | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| ပျမ်းမျှအရှည် - polymerase | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| ပျမ်းမျှအရှည် - subreads | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - သရုပ်ပြဒေတာအထွက်နှုန်းအပေါ်စာရင်းဇယား
| နမူနာ | ccs num ဖတ်တယ် | စုစုပေါင်း CCS အခြေစိုက်စခန်းများ (BP) | CCS သည် N50 (BP) ကိုဖတ်သည်။ | CCS သည်အရှည်ကိုဆိုလိုသည် (BP) | CCS အရှည်ဆုံးဖတ်ရန် (BP) | Subreads အခြေစိုက်စခန်းများ (BP) | CCS နှုန်း (%) |
| PB_BMKXXX | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15.726 | 36,110 | 863,326,330,,,465 | 6.27 |
