Bulked Segregant ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
Takagi et al.၊ အပင်ဂျာနယ်၊ 2013
● တိကျသောဒေသခံအဖြစ်သတ်မှတ်ခြင်း- နောက်ခံဆူညံသံကိုလျှော့ချရန် 30+30 မှ 200+200 တစ်ဦးချင်းစီနှင့် အစုအဝေးများကို ရောနှောခြင်း။ non-synonymous mutatants အခြေပြု ကိုယ်စားလှယ်လောင်း ဒေသ ခန့်မှန်းချက်။
● ပြီးပြည့်စုံသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု- NR၊ SwissProt၊ GO၊ KEGG၊ COG၊ KOG စသည်တို့ အပါအဝင် နက်နဲသော ကိုယ်စားလှယ်လောင်း မျိုးရိုးဗီဇလုပ်ဆောင်ချက် မှတ်ချက်။
● ပိုမိုမြန်ဆန်သော လှည့်ပတ်မှုအချိန်- အလုပ်လုပ်ရက် 45 အတွင်း လျင်မြန်သော မျိုးရိုးဗီဇ တည်နေရာပြောင်းလဲခြင်း။
● ကျယ်ပြန့်သောအတွေ့အကြုံ- BMK သည် ကောက်ပဲသီးနှံ၊ ရေထွက်ပစ္စည်း၊ သစ်တော၊ ပန်း၊ သစ်သီးဝလံစသည့် မျိုးစိတ်များကဲ့သို့ ကွဲပြားသောမျိုးစိတ်များကို လွှမ်းခြုံထားသော စရိုက်လက္ခဏာများ ဒေသအလိုက် ပြောင်းလဲခြင်းတွင် ထောင်နှင့်ချီသော အစိတ်အပိုင်းများကို ပံ့ပိုးပေးထားသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
လူဦးရေ-
မိဘများ၏ မျိုးရိုးကို ဆန့်ကျင်သော ဖီနိုအမျိုးအစားများဖြင့် ခွဲခြားထားသည်။
ဥပမာ- F2 မျိုးရိုး၊ နောက်ကြောင်းပြန်ကူးခြင်း (BC)၊ ပြန်လည်ပေါင်းစည်းထားသော မျိုးပွားလိုင်း(RIL)၊
ရေကူးကန်
အရည်အသွေး လက္ခဏာများအတွက်- လူ 30 မှ 50 ဦး (အနည်းဆုံး 20)/အစုလိုက်
အရေအတွက် အချိုးအစားအတွက်- လူဦးရေတစ်ခုလုံးတွင် လွန်ကဲသော ဖီနိုအမျိုးအစား နှစ်မျိုးလုံးရှိ ထိပ်တန်း 5% မှ 10% တစ်ဦးချင်းစီ (အနည်းဆုံး 30+30)။
ဆင့်ကဲအတိမ်အနက်ကို အကြံပြုထားသည်။
အနည်းဆုံး 20X/မိဘနှင့် 1X/သားပေါက်တစ်ဦးချင်းစီ (ဥပမာ- 30+30 တစ်ဦးချင်းစီ၏ အမျိုးအနွယ်များ ရောစပ်ထားသော ရေကူးကန်အတွက်၊ အစုလိုက်အလိုက် အတိမ်အနက်သည် 30X ဖြစ်လိမ့်မည်)
Bioinformatics ပိုင်းခြားစိတ်ဖြာချက်များ
● ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်လည်လုပ်ဆောင်ခြင်း။
● ဒေတာလုပ်ဆောင်ခြင်း။
● SNP/Indel ခေါ်ဆိုမှု
● ကိုယ်စားလှယ်လောင်း တိုင်းဒေသကြီး စိစစ်ခြင်း။
● ကိုယ်စားလှယ်လောင်း ဗီဇလုပ်ဆောင်ချက် မှတ်ချက်
နမူနာလိုအပ်ချက်များနှင့် ပေးပို့ခြင်း။
နမူနာလိုအပ်ချက်များ-
Nucleotides-
| gDNA နမူနာ | တစ်ရှူးနမူနာ |
| အာရုံစူးစိုက်မှု- ≥30 ng/μl | အပင်: 1-2 ဂရမ် |
| ပမာဏ- ≥2 μg (Volumn ≥15 μl) | တိရစ္ဆာန်များ: 0.5-1 ဂရမ် |
| သန့်ရှင်းမှု- OD260/280= 1.6-2.5 | တစ်ခုလုံးသွေး: 1.5 ml |
Service Work Flow
စမ်းသပ်ထားတာ
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
RNA ထုတ်ယူခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) သည် ကိုယ်စားလှယ်လောင်း ဒေသကို ခွဲခြားသတ်မှတ်ရန်။ အောက်ပါပုံ
X-axis- ခရိုမိုဆုန်းနံပါတ်၊ အစက်တစ်ခုစီသည် SNP တစ်ခု၏ ED တန်ဖိုးကို ကိုယ်စားပြုသည်။ အနက်ရောင်လိုင်းသည် တပ်ဆင်ထားသော ED တန်ဖိုးနှင့် ကိုက်ညီသည်။ ပိုမိုမြင့်မားသော ED တန်ဖိုးသည် site နှင့် phenotype အကြားပိုမိုသိသာထင်ရှားသောဆက်စပ်မှုကိုဖော်ပြသည်။ အနီရောင် ဒက်ရှ်မျဉ်းသည် သိသာထင်ရှားသော ပေါင်းစည်းခြင်း၏ အဆင့်ကို ကိုယ်စားပြုသည်။
2.Association analysis ကို အခြေခံ၍ SNP-အညွှန်းမရှိပါ။
X-axis- ခရိုမိုဆုန်းနံပါတ်၊ အစက်တစ်ခုစီသည် SNP-အညွှန်းတန်ဖိုးကို ကိုယ်စားပြုသည်။ အနက်ရောင်မျဉ်းသည် တပ်ဆင်ထားသော SNP-အညွှန်းတန်ဖိုးကို ကိုယ်စားပြုသည်။ တန်ဖိုးပိုကြီးလေ၊ ပေါင်းစည်းမှုက ပိုသိသာလေပါပဲ။
BMK ဖြစ်ရပ်မှန်
အဓိက-အကျိုးသက်ရောက်မှုပမာဏဆိုင်ရာ ဉာဉ် locus Fnl7.1 သည် သခွားသီးရှိ အသီးလည်ပင်းအရှည်နှင့်ဆက်စပ်နေသော နှောင်းပိုင်းသန္ဓေသားလောင်း၏ ပေါများသောပရိုတင်းကို ကုဒ်လုပ်သည်
ထုတ်ဝေသည်- အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ်၊ 2020
ဆင့်ကဲနည်းဗျူဟာ-
မိဘများ (Jin5-508၊ YN)- 34× နှင့် 20× အတွက် ဂျီနိုမ်တစ်ခုလုံးကို ပြန်ဆက်သည်။
DNA ပေါင်းကန်များ (လည်ပင်းရှည် 50 နှင့် လည်ပင်းတို 50 )- 61× နှင့် 52× အတွက် စီစစ်ခြင်း
အဓိကရလဒ်များ
ဤလေ့လာမှုတွင်၊ လည်ပင်းရှည်သခွားသီးမျဉ်း Jin5-508 နှင့် လည်ပင်းတို YN ကိုဖြတ်ကျော်ခြင်းဖြင့် လူဦးရေခွဲခြားခြင်း (F2 နှင့် F2:3) ကို ထုတ်ပေးခဲ့သည်။ DNA ရေကန်နှစ်ခုကို အလွန်အမင်းလည်ပင်းရှည်သူ ၅၀ နှင့် အလွန်အမင်းလည်ပင်းတိုသူ ၅၀ တို့က တည်ဆောက်ခဲ့သည်။ BSA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုနှင့် ရိုးရာ QTL မြေပုံဆွဲခြင်းဖြင့် Chr07 တွင် အဓိကအကျိုးသက်ရောက်မှု QTL ကို တွေ့ရှိခဲ့သည်။ လည်ပင်းအရှည်ကို ထိန်းချုပ်သည့် အဓိက ဗီဇ၊ CsFnl7.1 ကို ဖော်ထုတ်ပေးသော ဗီဇဖော်ပြမှု ပမာဏနှင့် မျိုးရိုးဗီဇ စမ်းသပ်မှုများကြောင့် ကိုယ်စားလှယ်လောင်း ဧရိယာကို ပိုမိုကျဉ်းမြောင်းသွားပါသည်။ ထို့အပြင်၊ CsFnl7.1 မြှင့်တင်သည့်ဒေသရှိ polymorphism သည် သက်ဆိုင်ရာအသုံးအနှုန်းများနှင့် ဆက်စပ်နေကြောင်း တွေ့ရှိခဲ့သည်။ Fnl7.1 locus သည် India မှ ဆင်းသက်လာဖွယ် ရှိကြောင်း နောက်ထပ် ဇီဝကမ္မ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာချက် အရ သိရသည်။
 သခွားသီးလည်ပင်းအရှည်နှင့်ဆက်စပ်သော ကိုယ်စားလှယ်လောင်းဒေသကိုခွဲခြားသတ်မှတ်ရန် BSA ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုတွင် QTL-mapping |  Chr07 တွင် ဖော်ပြထားသော သခွားသီးလည်ပင်းအရှည် QTL ၏ LOD ပရိုဖိုင်များ |
Xu, X., et al. "အဓိက-အကျိုးသက်ရောက်မှုပမာဏဆိုင်ရာ ဉာဉ် locus Fnl7.1 သည် သခွားသီးရှိ အသီးလည်ပင်းအရှည်နှင့်ဆက်စပ်နေသော နှောင်းပိုင်းသန္ဓေသားဖြစ်စဉ်တစ်ခုအား ကုဒ်လုပ်ထားသည်။" အပင်ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ် 18.7(2020)။
