De Novo ဘက်တိုတို့သွားကြီးမား
0 စုဝေးမှတ်ကိုအာမခံသောဘက်တီးရီးယားမျိုးရိုးဗီဇစည်းဝေးပွဲ 0 န်ဆောင်မှုကိုကျွန်ုပ်တို့ပေးသည်။ ontly viscings ည့်သည်များအနေဖြင့် untby viscing and rouds us robina နှင့်အတူ illumina နှင့်အတူအန်ကူးနှင့်တိုတောင်းသောအစီအစဉ်များကဲ့သို့သောကြာရှည်စွာဖတ်ရှုခြင်းနှင့် Pacboio ကဲ့သို့သောရှည်လျားသောဖတ်ရှုခြင်းနည်းပညာများပေါင်းစပ်ခြင်းအားဖြင့်ဖြစ်နိုင်သည်။ ကျွန်ုပ်တို့၏ 0 န်ဆောင်မှုသည်သုတေသနရည်မှန်းချက်များပြည့်တန်ဆာများကိုစည်းဝေးခြင်း, ဤ 0 န်ဆောင်မှုသည်မျိုးရိုးဗီဇနှင့်မျိုးရိုးဗီဇလေ့လာမှုများအတွက်တိကျသောကိုးကားစရာမျိုးဆက်များဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်ရေးကိုအထောက်အကူပြုသည်။ ထို့အပြင်၎င်းသည် strain optimization, မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာအင်ဂျင်နီယာအင်ဂျင်နီယာနှင့်ပိုးမွှားနည်းပညာဖွံ့ဖြိုးတိုးတက်မှုကဲ့သို့သောအပလီကေးရှင်းများနှင့်သိပ္ပံဆိုင်ရာထိုးထွင်းသိမြင်မှုနှင့်ဇီဝနည်းပညာဆိုင်ရာဆန်းသစ်တီထွင်မှုအတွက်ယုံကြည်စိတ်ချရသောနှင့် Gap-Genrobial Genrocic အချက်အလက်များအတွက်အရေးပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
●မျိုးရိုးဗီဇမျိုးရိုးဗီဇပြီးပြည့်စုံမှုဘွဲ့ပေါ် မူတည်. ရွေးချယ်ရန်ဖြစ်နိုင်ချေရွေးချယ်စရာနှစ်ခုနှင့်အတူ။
●မျိုးရိုးဗီဇရွေးချယ်မှုမူကြမ်း - DIMBINANQ PE150 နှင့်အတူတိုတောင်းသောဖတ်ပါ။
● 0 Gap မျိုးရိုးဗီဇကိုဖြည့်စွက်ပါ။
●မျိုးဆက်ဆိုင်ရာစုရုံးမှုအတွက် Nanopore မှ Nanopore ၏ Pacboore Revio တွင်ကြာရှည်စွာဖတ်ရှုခြင်း။
● censomet validation နှင့်အမှားပြင်ဆင်ချက် (nanopore) အတွက် illkina novasq ပေါ်တွင် Shortina Novasq ပေါ်တွင်တိုတောင်းသောအစီအစဉ်များကိုဖတ်ရှုခြင်းသို့မဟုတ်မျိုးရိုးဗီဇမူကြမ်းထုတ်လုပ်ရန်သို့မဟုတ်မျိုးရိုးဗီဇကိုထုတ်လုပ်ရန်။
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●သုည - GAP မျိုးရိုးဗီဇအမျိုးအစားဖြေ - ဒီဟာက Ackina sequencing ကိုကြာရှည်စွာဖတ်ရှုခြင်း (nanopore or pacbio) နဲ့ပေါင်းစည်းမှုကြောင့်ဖြစ်တယ်။
●bioinformatics finish ကိုဖြည့်စွက်:၎င်းတွင်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာစုရုံးမှုနှင့်မျိုးရိုးဗီဇမျိုးစုံမျိုးနွယ်စုများ,
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှုဖြေ - BMKGENENGENE သည်ဆယ်စုနှစ်တစ်ခုအတွင်းအတွေ့အကြုံများ, ကျွမ်းကျင်သောခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာအဖွဲ့,
●အရောင်းအ 0 င် Post ပံ့ပိုးမှု -ကျွန်ုပ်တို့၏ကတိက 0 တ်သည်စီမံကိန်းပြီးစီးခြင်းထက် 3 လအကြာရောင်း 0 ယ်သည့် 0 န်ဆောင်မှုကာလနှင့်အတူစီမံကိန်းပြီးဆုံးသည်။ ဤအချိန်အတောအတွင်းရလဒ်များနှင့်သက်ဆိုင်သောမေးမြန်းချက်များကိုဖြေရှင်းရန်စီမံကိန်းနောက်ဆက်တွဲ, မေးခွန်းများနှင့်မေးခွန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများအတွက်စီမံကိန်းများပြုလုပ်ရန်,
●မျိုးစုံ sequencing မဟာဗျူဟာများရရှိနိုင်ပါသည်:ကွဲပြားခြားနားသောသုတေသနရည်မှန်းချက်များနှင့်မျိုးရိုးဗီဇပြည့်စုံ၏လိုအပ်ချက်များသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| ဓမ္မသီချင်း | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် |
| မျိုးရိုးဗီဇမူကြမ်း | illumina pe150 100x |
| 0 Gap Genome | Nanopore 100x + illumina pe150 100X Or Pacbio HiFi 30x + illumina Pe 150 +50x (optional) |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ:
| အာရုံစူးစိုက်မှု (NG / μl) | စုစုပေါင်းပမာဏ (μg) | Volume (μl) | OD260 / 280 | OD260 / 230 | |
| pacboio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| ကိန်းနာ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| လီဂူနီးယား | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
·ဘက်တီးရီးယားပိုးများ: ≥3.5x1010 ဆဲလ်
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
●ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှုကိုအစီအစဉ်ရေးခြင်း
●မျိုးရိုးဗီဇအစည်းအဝေး
●မျိုးရိုးဗီဇအစိတ်အပိုင်းခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း - စီဒီများဟောကိန်းထုတ်ခြင်းနှင့်မျိုးစုံဂရုတစိုက်ဒြပ်စင်များစွာ
●ယေဘုယျဒေတာဘေ့စ်များ (GEGG, Kegg, Kegg, COMBASE) နှင့်အဆင့်မြင့်ဒေတာဘေ့စ်များနှင့်အတူအလုပ်လုပ်သည်။
●မျိုးရိုးဗီဇမြင်ကွင်း
ကျွန်ုပ်တို့သည်မျိုးရိုးဗီဇကိုအလွယ်တကူလက်လှမ်းမီနိုင်သော forma format နှင့်မျိုးရိုးဗီဇမှတ်စုစာအုပ် (GFF) တွင်ပါ 0 င်သည်။
မျိုးရိုးဗီဇ - သွားပါ
မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာမှတ်ချက် - Cazy Carbohydrates
မျိုးရိုးဗီဇအမြင် - circos ကွက်ကွက်ကွင်းကွင်း
BMKGENE ၏ဘက်တီးရီးယားမျိုးရိုးဗီတမရှင်စည်းမျဉ်းစည်းကမ်းစည်းမျဉ်းစည်းကမ်းများမှပံ့ပိုးထားသောစာစောင်များစုဆောင်းခြင်းဖြင့် BMKGEGENESICE Bacome Gentery Assistance Assistance Consult Services မှပံ့ပိုးပေးသောအစီအစဉ်များကိုလေ့လာပါ။
Dai, ဒန် et al ။ (2023) 'Bacactis F18-22 သည်ကျန်းမာသန်စွမ်းသောလူသားအူမှအနာကိုကုသရန်အတွက်လုံခြုံစိတ်ချရသော probiotious ဘက်တီးရီးယားအဖြစ် (2023) ကိုရှာဖွေတွေ့ရှိခြင်း,မော်လီကျူးသိပ္ပံပညာ၏နိုင်ငံတကာဂျာနယ်, 24 (19) စ။ 14669 ။ DOI: 10.3390 / IJMS241914669 / S1 ။
Kang, Q. et al ။ (2021) 'MultidRug - ခံနိုင်ရည်ရှိသောပရိုတိန်း mirabilis သည် Blaoxa-1 နှင့် Blandm-1 ကိုတရုတ်နိုင်ငံရှိတောရိုင်းတိရစ္ဆာန်များတိုးပွားလာသည်။ပေါင်းစပ် ooology1698-809, 16 (6), PP ။ DOI: 10.1111 / 1749-487777.120 ။
ဝမ်, TT et al ။ (2017) 'Endophyte Bacillus Bacillus Flexus KLBMP 4941 ၏' Endophyte Bacillus Flexus KLBMP 4941) သည်၎င်း၏စက်ရုံကြီးထွားမှုမြှင့်တင်ရေးမြှင့်တင်ရေးနှင့်ဆားသည်းခံခြင်းအတွက်မျိုးရိုးဗီဇဆိုင်ရာအခြေခံကိုဖော်ပြသည်။ဇီဝနည်းပညာဂျာနယ်, 260, PP ။ 38-41 ။ DOI: 10.1016 / j.jbiotec.17.09.001 ။
ဝမ်, X. et al ။ (2021) 'Ploticon Plot CBSBiella ၏မျိုးစုံခုခံမှု PLASMIDS သည်ရောဂါကူးစက်မှုကိုကျယ်ကျယ်ပြန့်ပြန့်ဖြန့်ဝေသည်။microbiology အတွက် frotheriers, 12, စ။ 754931 ။ DOI: 10.3389 / fmicb.2021.754931 / Bibtex ။
