16s / 18s / 4 င်း၏ Amplicon sequencing-pacboio
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
●အစီအစဉ် sequencing ပလက်ဖောင်း: Pacbio Revio
●အစီအစဉ် sequencing mode: CCS (HIFI ဖတ်)
●နောက်ဆက်တွဲပစ်မှတ်ထားသည့်ဒေသ၏ amplification သည် HiFi Smrt Bell စာကြည့်တိုက်ကြိုတင်ပြင်ဆင်မှုမတိုင်မီအမြှေးပါးများနှင့်ကိုက်ညီမှုရှိသည်
ဝန်ဆောင်မှုအားသာချက်များ
●ပိုမိုမြင့်မားသော taxonomic resolution: tHAN တိုတိုအမ်ပိုလန်အစီအစဉ်များ,မျိုးစိတ်အဆင့်တွင် OTU အမျိုးအစားခွဲခြားနှုန်းကိုဖွင့်ခြင်း။
●မြင့်မားသောတိကျသောအခြေစိုက်စခန်းခေါ်ဆိုမှုPACBIO CCS Mode sequencing (HIFI ဖတ်) ။
●အထီးကျန် - အခမဲ့: သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင်ပိုးမွှားများဖွဲ့စည်းမှုကိုလျင်မြန်စွာဖော်ထုတ်ခြင်း။
●ကျယ်ပြန့်သက်ဆိုင်: မတူကွဲပြားသောအဏုဇီဝဗေဒဆိုင်ရာအသိုင်းအဝိုင်းလေ့လာမှုများ။
●ပြည့်စုံသောဇီဝဗေဒဆိုင်ရာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ: Database, Annotation, OTU / ASV ၏စည်းကမ်းချက်များအရနောက်ဆုံးပေါ် Qiime2 package (အရေအတွက်ထိုးထွင်းသိမြင်မှု) ။
●ကျယ်ပြန့်ကျွမ်းကျင်မှုဖြေ - ထောင်နှင့်ချီသောအမ်ထသိုသာယာသောအစီအစဉ်များနှင့်အတူ BMKGENENE သည်ဆယ်စုနှစ်တစ်ခုကြာအတွေ့အကြုံတစ်ခုဖြစ်ပြီးကျွမ်းကျင်စွာဆန်းစစ်လေ့လာခြင်းအဖွဲ့,
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| စာကြည့်တိုက် | မဟာဗျူဟာအစီအစဉ် | အကြံပြုဒေတာအကြံပြုချက် |
| လှျို့ဝှက်ချက် | PACBIO Revio | 10/30/50 k tags (ccs) |
နမူနာလိုအပ်ချက်များ
| အာရုံစူးစိုက်မှု (NG / μl) | စုစုပေါင်းပမာဏ (μg) | Volume (μl) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥20 |
အကြံပြုနမူနာပေးပို့
နမူနာများကို Nitrogen အရည်ကို 3-4 နာရီခန့်ကြာအောင်အေးခဲစေပြီးနိုက်ထရိုဂျင်သို့မဟုတ်ရေရှည်ကြိုတင်မှာကြားထားရန်နိုက်ထရိုဂျင်သို့မဟုတ် -80 ဒီဂရီတွင်သိုလှောင်ထားပါ။ ခြောက်သွေ့သောရေခဲနှင့်နမူနာသယ်ယူပို့ဆောင်ရေးလိုအပ်သည်။
ဝန်ဆောင်မှုအလုပ်စီးဆင်းမှု
နမူနာပေးပို့
စာကြည့်တိုက်ဆောက်လုပ်ရေး
အစီအစဉ်
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းပြီးနောက် 0 န်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါသုံးသပ်ချက်ပါဝင်သည်:
●ဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
● Otu Clustering / De-Noise (ASV)
● OTU annotation
● alpha မတူကွဲပြားမှုဆန်းစစ်ခြင်း - Shannon, Simpson နှင့် Ace အပါအ 0 င်အညွှန်းကိန်းမျိုးစုံ။
● beta မတူကွဲပြားမှုဆန်းစစ်ခြင်း
●အုပ်စုလိုက်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း
●ဆက်နွယ်မှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု - သဘာဝပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့်ဖွဲ့စည်းမှုနှင့်မတူကွဲပြားမှုအကြား
● 16s အလုပ်လုပ်တဲ့မျိုးရိုးဗီဇခန့်မှန်းချက်
taxonomic ဖြန့်ဖြူး၏ histogram
အသိုင်းအဝိုင်းဖြန့်ဖြူး phylogenetic သစ်ပင်
Alpha Diversity Analysis: Ace
ညွှန်ပြသောအရာ
Beta Diversity Analysis: PCOA
Intergroup ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ: Anova
BMKGENE's Emplicon Sequencing 0 န်ဆောင်မှုများကိုဆေးကြောသန့်စင်ခြင်းဖြင့်ပစိဖိတ်စာပေများဖြင့် Pacboio နှင့်ပံ့ပိုးပေးသည့်အစီအစဉ်များကိုလေ့လာပါ။
Gao, X. Wang, H.2 (2023) ၏နှိုင်းယှဉ်ခြင်းဆိုင်ရာဆန်းစစ်ခြင်း, 1) p ။ 16 ။ DOI: 10.3390 / fermentation9010016 / S1 ။
လီ, အက်စ်အက်စ်အယ်လ်။ (2023) 'ပိုးမွှားအခြေခံသည့် Metagenomics နှင့် high-resolution analysis', npj biofilms နှင့် microbiomes ', NPJ BIOFILMS နှင့် MUCKIOMES ", NPJ BIOFILMS နှင့် MUCKIOMES 2023 9: 1, 9 (1), စစ။ DOI: 10.1038 / s415222222-023-8 ။
Mu, L. et al ။ (2022) 'အချဉ်ဖောက်ခြင်းဆိုင်ရာဝိသေသလက္ခဏာများ, အချဉ်ကောက်သောစတုရန်း, ကောက်ရိုးနှင့်ဂျုံဘရန်းတို့နှင့်အတူပြင်ဆင်ထားသည့်အချဉ်ဓာတ်များ, စပါးမတူကွဲပြားမှု, 1487 ။ DOI: 10.1002 / jsfa.11482 ။
ယန်, ဂျေ et al ။ (2023) 'အောက်ဆီဂျင်စိတ်ဖိစီးမှုဇီဝလောင်ဇီဝကမ္မငှက်တန်းများနှင့်အူဇီပုဒ်မှထုတ်ယူခြင်း၏ထုတ်ယူခြင်း၏အကျိုးသက်ရောက်မှုများအကြားအပြန်အလှန်ဆက်သွယ်မှု။ အရွယ်ရောက်ပြီးသူ zebrafish အတွက် oxazolone-untestinal oxidinative စိတ်ဖိစီးမှု '', antioxidants 2023, Vol ။ စာမျက်နှာ 192, 12 (1), စ။ 192 ။ DOI: 10.3390 / Antiox12010192 ။
