16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
ဝန်ဆောင်မှုအင်္ဂါရပ်များ
● Sequencing platform- Illumina NovaSeq။
● အခြားချဲ့ထွင်မှုပစ်မှတ်များအကြား 16S၊ 18S နှင့် ITS ၏တိုတောင်းသောဒေသများကို ချဲ့ထွင်ခြင်း။
● amplicon ၏ ပြောင်းလွယ်ပြင်လွယ် ရွေးချယ်မှုများ။
● ချဲ့ထွင်မှုပစ်မှတ်များစွာဖြင့် ယခင်ပရောဂျက်အတွေ့အကြုံ။
ဝန်ဆောင်မှု အားသာချက်များ
●အထီးကျန်ခြင်းကင်းသော-ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် အဏုဇီဝဖွဲ့စည်းမှုကို အမြန်ဖော်ထုတ်ခြင်း။
●မြင့်မားသော Resolution: ပတ်ဝန်းကျင်နမူနာများတွင် ပေါများသော အစိတ်အပိုင်းများ နည်းပါးသည်။
●တွင်တွင်ကျယ်ကျယ် အသုံးပြုနိုင်သည်။: မတူကွဲပြားသော အဏုဇီဝအသိုင်းအဝိုင်းလေ့လာမှုများ။
●ပြည့်စုံသော Bioinformatic Analysisဒေတာဘေ့စ်၊ မှတ်စာ၊ OTU/ASV ၏ သတ်မှတ်ချက်များတွင် ကွဲပြားသော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုများဖြင့် နောက်ဆုံးပေါ် QIIME2 ပက်ကေ့ဂျ် (အဏုဇီဝဗေဒဆိုင်ရာ ထိုးထွင်းသိမြင်မှု)။
●ကျယ်ပြန့်သောကျွမ်းကျင်မှု: နှစ်စဉ်ဆောင်ရွက်သော amplicon sequencing ပရောဂျက်ပေါင်း 150,000 ဖြင့် BMKGENE သည် ဆယ်စုနှစ်တစ်ခုကျော် အတွေ့အကြုံ၊ ကျွမ်းကျင်သော ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှုအဖွဲ့၊ ပြည့်စုံသော အကြောင်းအရာနှင့် အလွန်ကောင်းမွန်သော အရောင်းအပြီး ပံ့ပိုးမှုတို့ကို ယူဆောင်လာပါသည်။
ဝန်ဆောင်မှုသတ်မှတ်ချက်များ
| စာကြည့်တိုက် | Sequencing ဗျူဟာ | ဒေတာအကြံပြုထားသည်။ |
| အမ်ပလီကွန် | Illumina PE250 | 50/100/300K တဂ်များ (အတွဲများဖတ်ရန်) |
ဝန်ဆောင်မှုလိုအပ်ချက်များ
| အာရုံစူးစိုက်မှု (ng/µL) | စုစုပေါင်းပမာဏ (ng) | ပမာဏ (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● မြေဆီလွှာ/အညစ်အကြေး: 1-2g
● အူလမ်းကြောင်း-တိရစ္ဆာန် : 0.5-2g
● အူလမ်းကြောင်း-အင်းဆက်- 0.1-0.25g
● အပင်မျက်နှာပြင် (ကြွယ်ဝသော အနည်): 0.1-0.5g
● အချဉ်ဖောက်ထားသောဟင်းရည် ကြွယ်ဝသော အနည်များ): 0.1-0.5g
● Faces (အကောင်ကြီး): 0.5-2g
● Faeces (မောက်စ်): 3-5grains
● Pulmonary alveolar lavage fluid- စစ်ထုတ်စက္ကူ
● Vaginal swab: 5-6 swabs
● အရေပြား/လိင်အင်္ဂါ/တံတွေး/ပါးစပ်အပျော့စားတစ်ရှူး/ pharyngeal swab/ rectal swab- 2-3 swab
● မျက်နှာပြင် သေးငယ်သောဇီဝသက်ရှိများ- စစ်ထုတ်စက္ကူ
● Waterbody/air/biofilm- စစ်ထုတ်စက္ကူ
● Endophytes: 1-2g
● သွားနှင့်ခံတွင်းကျောက်ပြား: 0.5-1g
Service Work Flow
နမူနာပေးပို့ခြင်း။
စာကြည့်တိုက်တည်ဆောက်ရေး
Sequencing
ဒေတာခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာ
ရောင်းချပြီးနောက်ဝန်ဆောင်မှုများ
အောက်ပါ ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု ပါဝင်သည်-
- ကုန်ကြမ်းဒေတာအရည်အသွေးထိန်းချုပ်မှု
- OTU အစုလိုက်အပြုံလိုက်/ဆူညံသံ (ASV)
- OTU မှတ်ချက်
- Alpha ကွဲပြားမှုခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- Shannon၊ Simpson နှင့် ACE အပါအဝင် အညွှန်းများစွာ။
- ဘီတာ ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
- အုပ်စုအချင်းချင်း ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း။
- ဆက်စပ်ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု- ပတ်ဝန်းကျင်ဆိုင်ရာအချက်များနှင့် OUT ဖွဲ့စည်းမှုနှင့် ကွဲပြားမှုကြား
- 16S ၏ လုပ်ဆောင်နိုင်သော မျိုးဗီဇ ခန့်မှန်းချက်
အခွန်ဆိုင်ရာ ဖြန့်ဖြူးမှု၏ ဟစ်စတိုဂရမ်
အစုလိုက်အပြုံလိုက် များပြားသော အပူမြေပုံ
Alpha ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု- ရှားပါးသော ကွဲလွဲမှုမျဉ်းကွေး
ဘီတာ ကွဲပြားမှု ခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာမှု- NMDS
အုပ်စုခွဲခွဲခြမ်းစိတ်ဖြာခြင်း- LEFSE biomarker ရှာဖွေတွေ့ရှိမှု
BMKGene ၏ amplicon sequencing ဝန်ဆောင်မှုများသည် Illumina နှင့် စုစည်းထားသော ပုံနှိပ်ထုတ်ဝေမှုများမှတဆင့် ပံ့ပိုးပေးထားသည့် တိုးတက်မှုများကို စူးစမ်းပါ။
Dong, C. et al. (2022) 'Assembly, Core Microbiota, and Function of the Rhizosphere Soil and Bark Microbiota in Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL။
Li, Y. et al. (2023) 'ကြွက်များတွင် Gardnerella vaginalis-induced bacterial vaginosis ကုသမှုအတွက် ပေါင်းစပ်ဘက်တီးရီးယား ပေါင်းစပ်အစားထိုးခြင်း'၊ Microbiome၊ 11(1)၊ စ. 1-14။ doi- 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) 'မြေပြင်အခြေစိုက် ပိတ်ထားသော ဇီဝမျိုးဆက်သစ်ဘဝ အထောက်အပံ့ စမ်းသပ်မှု “Lunar Palace 365”၊ Environmental Microbiomes, 17(1), pp. ၁–၂၀။ doi- 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8။
Yin, S. et al. (2022) 'မြေဆွေးတွင် နိုက်ထရိုဂျင် ဆုံးရှုံးမှု ထိန်းချုပ်ထားသော နိုက်ထရိုဂျင် အသွင်ပြောင်းခြင်းနှင့် ဆက်စပ်သော လုပ်ငန်းဆောင်တာ မျိုးဗီဇ အများအပြားကို ရိဒ်တွင် မှီခိုနေရသည်'၊ Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678။
