Is-sekwenzar tal-ġenoma sħiħa tal-ġenoma (WGBS)
Is-sekwenzar tal-bisulfite tal-ġenoma sħiħ (WGBS) huwa l-metodoloġija standard tad-deheb għall-esplorazzjoni fil-fond tal-metilazzjoni tad-DNA, speċifikament il-ħames pożizzjoni fiċ-ċitosina (5-MC), regolatur pivotali tal-espressjoni tal-ġene u l-attività ċellulari. Il-prinċipju sottostanti WGBs jinvolvi trattament bisulfite, li jikkaġuna l-konverżjoni ta 'ċitosini mhux metilati għal uracil (C għal U), filwaqt li jħalli ċitosini metilati mhux mibdula. Din it-teknika toffri riżoluzzjoni ta 'bażi waħda, li tippermetti lir-riċerkaturi jinvestigaw b'mod komprensiv il-metilomi u jiskopru xejriet anormali ta' metilazzjoni assoċjati ma 'diversi kundizzjonijiet, l-aktar kanċer. Billi jimpjegaw WGBs, ix-xjentisti jistgħu jiksbu għarfien mingħajr paragun fil-pajsaġġi tal-metilazzjoni kollha tal-ġenoma, li jipprovdu għarfien sfumat tal-mekkaniżmi epigenetiċi li huma l-bażi ta 'proċessi u mard bijoloġiċi differenti.
Karatteristiċi tas-servizz
● Jeħtieġ ġenoma ta 'referenza.
● DNA lambda huwa miżjud biex jimmonitorja l-effiċjenza tal-konverżjoni tal-bisulfit.
● Sekwenzar fuq Illumina Novaseq.
Vantaġġi tas-Servizz
●Standard tad-deheb għar-riċerka tal-metilazzjoni tad-DNA: Din it-teknoloġija tal-ipproċessar tal-konverżjoni tal-metilazzjoni matura għandha eżattezza għolja u riproduċibilità tajba.
●Kopertura wiesgħa u riżoluzzjoni ta 'bażi waħda:Sejbien ta 'siti ta' metilazzjoni fil-livell kollu tal-ġenoma.
●Pjattaforma kompluta:Ipprovdi servizz eċċellenti one-stop mill-ipproċessar tal-kampjun, kostruzzjoni tal-librerija, sekwenzar għal analiżi tal-bijoinformatika.
●Kompetenza estensiva: Bil-proġetti ta 'sekwenzar tal-WGBS tlestew b'suċċess fuq firxa diversa ta' speċi, BMKGene ġġib aktar minn għaxar snin ta 'esperjenza, tim ta' analiżi b'ħiliet għolja, kontenut komprensiv, u appoġġ eċċellenti ta 'wara l-bejgħ.
●Possibbiltà li tissieħeb ma 'analiżi tat-transcriptomics: li tippermetti l-analiżi integrata ta 'WGBS ma' dejta OMICs oħra bħal RNA-seq.
Speċifikazzjonijiet tal-kampjun
| Librerija | Strateġija ta 'sekwenzar | Output tad-dejta rrakkomandat | Kontroll tal-kwalità |
| Bisulfite trattat | Illumina PE150 | 30x fond | Q30 ≥ 85% Konverżjoni Bisulfite> 99% |
Rekwiżiti tal-kampjun
| Konċentrazzjoni (ng / µl) | Ammont totali (µg) | Rekwiżiti addizzjonali | |
| DNA ġenomiku | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradazzjoni limitata jew kontaminazzjoni |
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tad-DNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Kunsinna tad-dejta
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
● Kontroll tal-kwalità tas-sekwenzar mhux maħdum;
● Immappjar għall-ġenoma ta 'referenza;
● Sejbien ta 'bażijiet metilati ta' 5MC;
● Analiżi tad-distribuzzjoni tal-metilazzjoni u l-annotazzjoni;
● Analiżi ta 'reġjuni metilati b'mod differenti (DMRs);
● Annotazzjoni funzjonali tal-ġeni assoċjati mad-DMRs.
Sejbien ta 'metilazzjoni ta' 5mc: Tipi ta 'siti metilati
Mappa tal-metilazzjoni. Distribuzzjoni tal-ġenoma tal-metilazzjoni 5MC madwar
Annotazzjoni ta 'reġjuni metilati ħafna
Reġjuni metilati b'mod differenti: ġeni assoċjati
Reġjuni metilati b'mod differenti: Annotazzjoni ta 'ġeni assoċjati (ontoloġija tal-ġeni)
Esplora l-avvanzi tar-riċerka ffaċilitati mis-servizzi ta 'sekwenzar tal-ġenoma kollha ta' BMKGene permezz ta 'kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet.
Fan, Y. et al. (2020) "Analiżi tal-profili tal-metilazzjoni tad-DNA waqt l-iżvilupp tal-muskolu skeletriku tan-nagħaġ bl-użu ta 'sekwenzar ta' bisulfite tal-ġenoma sħiħa",BMC Genomics, 21 (1), pp. 1-15. doi: 10.1186 / s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) "Perturbazzjonijiet ġodda ta 'aċidu deoxyribonucleic fil-ħaddiema esposti għall-klorur tal-vinil",Tossikoloġija u saħħa industrijali, 38 (7), pp. 377–388. doi: 10.1177 / 07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) "Relazzjonijiet bejn il-metilazzjoni tal-ġenoma, livelli ta 'RNAs li ma jikkodifikawx, mRNAs u metaboliti fil-maturazzjoni tal-frott tat-tadam",Il-Ġurnal tal-Pjanti, 103 (3), pp. 980–994. doi: 10.1111 / tpj.14778.
