Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud log in

Prodotti

Sekwenzar ta 'framment amplifikat speċifiku-lokus (SLAF-Seq)

Ġenotipar ta 'throughput għoli, partikolarment fuq popolazzjonijiet fuq skala kbira, huwa pass fundamentali fi studji ta' assoċjazzjoni ġenetika u jipprovdi bażi ġenetika għal skoperta funzjonali tal-ġeni, analiżi evoluzzjonarja, eċċ. Minflok il-ġenoma sħiħa profonda mill-ġdid sekwenzar,Sekwenzar tal-ġenoma ta 'rappreżentazzjoni mnaqqsa (RRGs)Ħafna drabi huwa użat f'dawn l-istudji biex jimminimizza l-ispiża tas-sekwenzar għal kull kampjun filwaqt li jinżamm effiċjenza raġonevoli fl-iskoperta tal-markatur ġenetiku. L-RRGS jikseb dan billi jiddiġerixxi d-DNA b'enżimi ta 'restrizzjoni u jiffoka fuq firxa speċifika ta' daqs ta 'framment, u b'hekk is-sekwenzar biss frazzjoni tal-ġenoma. Fost il-metodoloġiji varji RRGS, is-sekwenzar ta 'framment amplifikat speċifiku-lokus (SLAF) huwa approċċ customizable u ta' kwalità għolja. Dan il-metodu, żviluppat b'mod indipendenti minn BMKGene, jottimizza l-enzima ta 'restrizzjoni stabbilita għal kull proġett. Dan jiżgura l-ġenerazzjoni ta 'numru sostanzjali ta' tikketti SLAF (reġjuni 400-500 bps tal-ġenoma li huma sekwenzjati) li huma mqassma b'mod uniformi mal-ġenoma filwaqt li jiġu evitati b'mod effettiv ir-reġjuni ripetittivi, u b'hekk jiżguraw l-aħjar skoperta ġenetika tal-markatur.

Ikkuntattjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati demo

Pubblikazzjonijiet dehru

Fluss tax-xogħol

Skema Teknika

Karatteristiċi tas-servizz

● Sekwenzar fuq Novaseq ma 'PE150.

● Preparazzjoni tal-librerija b'kodifika doppja, li tippermetti ġabra ta 'aktar minn 1000 kampjun.

● Din it-teknika tista 'tintuża bi jew mingħajr ġenoma ta' referenza, b'papi bijoinformatiċi differenti għal kull każ:

Bil-ġenoma ta 'referenza: SNP u indel Discovery

Mingħajr Ġenoma ta 'Referenza: Kampjun ta' raggruppament u skoperta ta 'SNP

● Fil-fis-silicoStadju ta 'qabel id-disinn ta' kombinazzjonijiet ta 'enzimi ta' restrizzjoni multipla huma skrinjati biex isibu dawk li jiġġeneraw distribuzzjoni uniformi ta 'tikketti SLAF tul il-ġenoma.

● Matul l-esperiment ta 'qabel, tliet kombinazzjonijiet ta' enzimi huma ttestjati fi 3 kampjuni biex jiġġeneraw 9 libreriji SLAF, u din l-informazzjoni hija użata biex tagħżel l-aħjar kombinazzjoni ta 'enzimi ta' restrizzjoni għall-proġett.

Vantaġġi tas-Servizz

●Skoperta ta 'markatur ġenetiku għoli: L-integrazzjoni ta 'sistema ta' barcode doppja b'rendiment għoli tippermetti s-sekwenzar simultanju ta 'popolazzjonijiet kbar, u amplifikazzjoni speċifika għal locus ittejjeb l-effiċjenza, u tiżgura li n-numri tat-tikketta jissodisfaw ir-rekwiżiti varji ta' diversi mistoqsijiet ta 'riċerka.

● Dipendenza baxxa fuq il-ġenoma: Jista 'jiġi applikat għal speċi bi jew mingħajr ġenoma ta' referenza.

●Disinn ta 'skema flessibbli: Enzima waħda, enzima doppja, diġestjoni multi-enzima, u tipi varji ta 'enzimi kollha jistgħu jintgħażlu biex jilqgħu għal għanijiet jew speċi ta' riċerka differenti. Ilfis-silicoId-disinn minn qabel jitwettaq biex jiżgura disinn ta 'enzima ottimali.

● Effiċjenza għolja fid-diġestjoni enżimatika: Il-konduzzjoni ta 'fis-silicoDisinn minn qabel u disinn ta 'qabel l-esperiment assigurati b'disistribuzzjoni uniformi ta' tikketti SLAF fuq il-kromożoma (1 tag SLAF / 4KB) u sekwenza ripetittiva mnaqqsa (<5%).

●Kompetenza estensiva: It-tim tagħna jġib ħafna esperjenza għal kull proġett, b'rekord ta 'għeluq ta' aktar minn 5000 proġett SLAF-Seq fuq mijiet ta 'speċi, inklużi pjanti, mammiferi, għasafar, insetti, u organiżmi akwatiċi.

● Fluss tax-xogħol bijoinformatiku żviluppat minnu nnifsu: BMKGene żviluppa fluss ta 'xogħol bijoinformatiku integrat għal SLAF-Seq biex jiżgura l-affidabbiltà u l-eżattezza tal-produzzjoni finali.

Speċifikazzjonijiet tas-Servizz

Tip ta 'analiżi	Skala tal-Popolazzjoni Rakkomandata	Strateġija ta 'sekwenzar
Tip ta 'analiżi	Skala tal-Popolazzjoni Rakkomandata	Fond tas-sekwenzar tat-tikketti	Numru tat-tikketta
Mapep ġenetiċi	2 ġenituri u> 150 frieħ	Ġenituri: 20x WGS Offsping: 10x	Daqs tal-ġenoma: <400 MB: WGS huwa rrakkomandat <1GB: 100K Tags 1-2GB :: 200K tags > 2GB: 300K Tags Tags Max 500K
Studji ta 'Assoċjazzjoni Madwar il-Ġenoma (GWAS)	≥200 kampjun	10x
Evoluzzjoni ġenetika	≥30 kampjun, b '> 10 kampjuni minn kull sottogrupp	10x

Rekwiżiti tas-Servizz

Konċentrazzjoni ≥ 5 ng / µl

Ammont totali ≥ 80 ng

Nanodrop OD260 / 280 = 1.6-2.5

Agarose Gel: NO jew degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata

Twassil tal-kampjun rakkomandat

Kontenitur: 2 ml centrifuge tubu

(Għal ħafna mill-kampjuni, nirrakkomandaw li ma nippreservawx fl-etanol)

Tikkettar tal-Kampjun: Il-kampjuni jeħtieġ li jkunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta 'informazzjoni tal-kampjun sottomessa.

Ġarr: Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż l-ewwel u midfuna f'iklejka niexfa.

Fluss tax-xogħol tas-servizz

Kampjun QC

Esperiment pilota

Slaf-Experiment

Preparazzjoni tal-librerija

Sekwenzar

Analiżi tad-Dejta

Servizzi ta 'wara l-bejgħ

Preċedenti: Sekwenzar tad-DNA / RNA - Sequencer Nanopore

Li jmiss: Sekwenzar ta 'eżomi sħaħ umani

Tinkludi l-analiżi li ġejja:

Dejta tas-sekwenzar QC
Żvilupp tat-tikketta SLAF

Immappjar għall-ġenoma ta 'referenza

Mingħajr ġenoma ta 'referenza: raggruppament

Analiżi tat-Tags SLAF.: Statistika, distribuzzjoni madwar il-ġenoma
Skoperta tal-markatur: SNP, Indel, SNV, CV Sejħa u Annotazzjoni

Distribuzzjoni ta 'tikketti SLAF fuq kromożomi:

Distribuzzjoni ta 'SNPs fuq kromożomi:

Annotazzjoni SNP

Sena	Ġurnal	IF	Titlu	Applikazzjonijiet
2022	Komunikazzjonijiet tan-Natura	17.694	Bażi Ġenomika tal-Giga-Kromosomi u Giga-Ġenoma ta 'Siġra Peony Paeonia ostii	Slaf-Gwas
2015	Phytologist ġdid	7.433	Impronti domestikazzjoni ankra reġjuni ġenomiċi ta 'importanza agronomika fi Sojja	Slaf-Gwas
2022	Il-Ġurnal ta ’Riċerka Avvanzata	12.822	Introgressjonijiet artifiċjali tal-ġenoma kollha ta 'Gossypium Barbadense f'G. Hirsutum jiżvelaw loci superjuri għal titjib simultanju tal-kwalità u r-rendiment tal-fibra tal-qoton karatteristiċi	Ġenetika Evoluzzjonarja Slaf
2019	Impjant molekulari	10.81	Analiżi ġenomika tal-popolazzjoni u assemblaġġ de novo jiżvelaw l-oriġini tal-ħaxix Ross bħala logħba evoluzzjonarja	Ġenetika Evoluzzjonarja Slaf
2019	Ġenetika tan-Natura	31.616	Sekwenza tal-ġenoma u diversità ġenetika tal-karpjun komuni, Cyprinus carpio	Mappa tal-Linkage Slaf
2014	Ġenetika tan-Natura	25.455	Il-ġenoma tal-karawett ikkultivat tipprovdi ħarsa lejn il-karyotipi tal-legumi, poliploid Evoluzzjoni u domestikazzjoni tal-għelejjel.	Mappa tal-Linkage Slaf
2022	Ġurnal tal-bijoteknoloġija tal-pjanti	9.803	L-identifikazzjoni ta 'ST1 tiżvela għażla li tinvolvi l-hitchhiking tal-morfoloġija taż-żerriegħa u kontenut taż-żejt waqt id-domestikazzjoni tas-sojja	Żvilupp tal-markatur tal-slaf
2022	Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari	6.208	Identifikazzjoni u Żvilupp tal-Marker tad-DNA għal Wheat-Leymus Mollis 2NS (2D) Sostituzzjoni disomika tal-kromożomi	Żvilupp tal-markatur tal-slaf

Sena	Ġurnal	IF	Titlu	Applikazzjonijiet
2023	Frontiers fix-Xjenza tal-Pjanti	6.735	Immappjar QTL u analiżi tat-traskrizzjoni tal-kontenut taz-zokkor waqt il-maturazzjoni tal-frott ta 'pirus pyrifolia	Mappa ġenetika
2022	Ġurnal tal-bijoteknoloġija tal-pjanti	8.154	L-identifikazzjoni ta 'ST1 tiżvela għażla li tinvolvi l-hitchhiking tal-morfoloġija taż-żerriegħa u l-kontenut taż-żejt waqt id-domestikazzjoni tas-sojja	SNP Sejħa
2022	Frontiers fix-Xjenza tal-Pjanti	6.623	Immappjar ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma ta' hulless bilkemm fenotipi f'ambjent ta 'nixfa.	Gwas