Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud log in

Prodotti

Sekwenzar ta 'RNA ta' nuklei singoli

L-iżvilupp ta 'tekniki ta' qbid ta 'ċelloli singoli u ta' kostruzzjoni ta 'librerija tad-dwana, flimkien ma' sekwenzar ta 'throughput għoli, irrivoluzzjonaw studji ta' espressjoni tal-ġeni fil-livell taċ-ċellula. Dan l-avvanz jippermetti analiżi aktar profonda u aktar komprensiva ta 'popolazzjonijiet ta' ċelloli kumplessi, u jingħelbu l-limitazzjonijiet assoċjati mal-medja ta 'espressjoni tal-ġene fuq iċ-ċelloli kollha u jippreservaw l-eteroġeneità vera f'dawn il-popolazzjonijiet. Filwaqt li s-sekwenzar tal-RNA b'ċellula waħda (SCRNA-seq) għandu vantaġġi innegabbli, jiltaqa 'ma' sfidi f'ċerti tessuti fejn il-ħolqien ta 'sospensjoni ta' ċellula waħda tidher diffiċli u teħtieġ kampjuni friski. Fil-BMKGene, nindirizzaw dan l-ostaklu billi noffru sekwenzar ta 'RNA ta' nukleu wieħed (snRNA-seq) bl-użu tat-teknoloġija tal-kromju tal-ġenomika 10x state-of-the-art. Dan l-approċċ iwessa 'l-ispettru ta' kampjuni li jista 'jkun għall-analiżi tat-traskrizzjoni fil-livell ta' ċellula waħda.

L-iżolament tan-nuklei jitwettaq permezz taċ-ċippa tal-kromju innovattiva 10x ġenomika, li tinkludi sistema ta 'mikrofluwidi ta' tmien kanali bi qsim doppju. Fi ħdan din is-sistema, żibeġ tal-ġel li jinkorporaw kodiċi tal-bar, primer, enzimi, u nukleu wieħed huma inkapsulati fi qtar taż-żejt tad-daqs nanoliter, li jiffurmaw żibeġ tal-ġel fl-emulsjoni (GEM). Wara l-formazzjoni tal-ġawhra, il-lisi taċ-ċellula u r-rilaxx tal-barcode jseħħu f'kull ġawhra. Sussegwentement, molekuli ta 'mRNA jgħaddu minn traskrizzjoni inversa f'CDNAs, li jinkorporaw 10x barcodes u identifikaturi molekulari uniċi (UMIS). Dawn is-cDNAs huma mbagħad soġġetti għal kostruzzjoni standard ta 'librerija ta' sekwenzar, li tiffaċilita esplorazzjoni robusta u komprensiva ta 'profili ta' espressjoni tal-ġeni fil-livell ta 'ċellula waħda.

Pjattaforma: 10 × ġenomika tal-kromju u l-pjattaforma Illumina Novaseq

Ikkuntattjana

Dettalji tas-Servizz

Bijoinformatika

Riżultati demo

Pubblikazzjonijiet dehru

Skema Teknika

L-iżolament tan-nuklei jinkiseb b'10 × Genomics Chromium ™, li jikkonsisti sistema mikrofluwdika bi tmien kanali bi qsim doppju. F’din is-sistema, żibeġ tal-ġel b’kodiċi tal-bar u primer, enzimi u nukleu wieħed huma inkapsulati fil-waqgħa taż-żejt tad-daqs nanoliter, li tiġġenera żibeġ tal-ġel fl-emulsjoni (GEM). Ladarba l-GEM jiġu ffurmati, il-lisi taċ-ċellula u r-rilaxx ta 'kodiċi tal-bar jitwettqu f'kull ġawhra. L-mRNA huma traskritti bil-maqlub fil-molekuli ta 'cDNA b'10 × barcodes u UMI, li huma aktar soġġetti għal kostruzzjoni standard tas-sekwenzar tal-librerija.

Karatteristiċi

● Preparazzjoni ta 'sospensjoni ta' nuklei singoli minn tessuti ffriżati

● Formazzjoni ta 'xoffa tal-ġel fl-emulsjoni (GEM) segwita minn sintesi ta' cDNA

● Kull żibeġ fil-ġawhra huwa mgħobbi bi primer magħmul minn 4 taqsimiet:

denb poly (dt) għall-priming mRNA u sinteżi ta 'cDNA,

Identifikatur molekulari uniku (UMI) biex jikkoreġi l-preġudizzju għall-amplifikazzjoni

10x barcode

Sekwenza li torbot ta 'primer tas-sekwenzar ta' qari parzjali 1

Vantaġġi

Is-sekwenzar ta 'RNA ta' nukleu wieħed jevita l-limitazzjonijiet ta 'sekwenzar ta' RNA b'ċellula waħda, li jippermetti:

● L-użu ta 'kampjuni ffriżati u mhux biss limitat għal kampjuni friski

● Stress baxx ta 'ċelloli ffriżati meta mqabbel ma' trattament enżimatiku ta 'ċelloli friski, rifless fid-dejta tat-traskrizzjoni fil-forma ta' ġeni inqas indotti mill-istress

● M’hemmx bżonn ta ’tneħħija minn qabel taċ-ċelloli ħomor tad-demm

● dijametru taċ-ċellula illimitat

● Firxa kbira ta 'kampjuni li huma eliġibbli għall-analiżi, inklużi tipi ta' tessuti kumplessi u fraġli li huma suxxettibbli għal ġbir ta 'ċelloli jew qerda waqt id-dissoċjazzjoni tat-tessuti

Kampjuni li ma jistgħux jiġu analizzati permezz ta 'sekwenzar ta' RNA b'ċellula waħda u huma eliġibbli għal sekwenzar ta 'RNA nuklei singoli:

Ċellula / tessut	Raġuni
Tessut iffriżat mhux mhux iffriżat	Ma jistgħux jiksbu organizzazzjonijiet friski jew iffrankati fit-tul
Ċellula tal-muskoli, megakaryocyte, xaħam ...	Id-dijametru taċ-ċellula huwa kbir wisq biex jidħol fl-istrument
Fwied ...	Wisq fraġli biex tkisser, ma tistax tiddistingwi ċelloli singoli
Ċellula tan-newroni, moħħ ...	Aktar sensittiv, faċli għall-istress, se jibdel ir-riżultati tas-sekwenzar
Frixa, tirojde ...	Rich fl-enzimi endoġeni, li jaffettwaw il-produzzjoni ta 'sospensjoni taċ-ċellula waħda

Nukleu wieħed vs b'ċellula waħda

Nukleu wieħed	Ċellula waħda
Dijametru taċ-ċellula illimitat	Dijametru taċ-ċellula: 10-40 μm
Il-materjal jista 'jkun tessut iffriżat	Il-materjal għandu jkun tessut frisk
Stress baxx ta 'ċelloli ffriżati	It-trattament tal-enżimi jista 'jikkawża reazzjoni għall-istress taċ-ċellula
L-ebda ċelloli ħomor tad-demm m'għandhom jitneħħew	Iċ-ċelloli ħomor tad-demm għandhom jitneħħew
Nukleari jesprimi l-bijoinformazzjoni	Iċ-ċellula kollha tesprimi bijoinformazzjoni

Speċifikazzjonijiet

Rekwiżiti tal-kampjun

Librerija

Strateġija ta 'sekwenzar

Dejta rakkomandata

Kontroll tal-kwalità

Tessut tal-annimali ≥ 200 mg

Tessut tal-pjanti ≥ 400 mg

10x Genomics Sn CDNA Library

Illumina PE150

100k PE jaqra għal kull ċellola

(100-200 GB)

700-1200 nuklei / μl u integrità tan-nuklei osservati taħt il-mikroskopju

Għal aktar dettalji dwar gwida għall-preparazzjoni tal-kampjun u fluss tax-xogħol tas-servizz, jekk jogħġbok tħossok liberu li tkellem lilBMKGENE Espert

Fluss tax-xogħol tas-servizz

Preċedenti: Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ tal-Pjanti / Annimali

Li jmiss: Analiżi tal-assoċjazzjoni mal-ġenoma kollha

Tinkludi l-analiżi li ġejja:

● Kontroll tal-kwalità: Numru ta 'ċelloli, skoperta tal-ġeni, identifikazzjoni preċiża ta' ċelloli, molekuli ta 'RNA u kwantifikazzjoni ta' espressjoni

● Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa:

Raggruppament taċ-ċelluli u annotazzjoni ta 'raggruppament

Analiżi tal-espressjoni differenzjali: Identifikazzjoni ta 'DEGs fi raggruppamenti

Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment ta 'DEGs ta' raggruppament

● Analiżi bejn il-gruppi:

Kombinazzjoni ta 'dejta

Analiżi tal-espressjoni differenzjali: identifikazzjoni ta 'DEGs fi gruppi

Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment ta 'DEGs tal-grupp

● Analiżi avvanzata:

Analiżi taċ-ċiklu taċ-ċellula

Analiżi tal-psewdotime

Analiżi tal-Komunikazzjoni taċ-Ċelluli (CellPhonedB)

Analiżi tal-Arrikkiment tas-Sett tal-Ġeni (GSEA)

Analiżi tal-kampjun ta 'ġewwa

Raggruppament taċ-ċelloli:

Analiżi tal-espressjoni differenzjali: DEGs tal-cluster

Analiżi bejn il-gruppi

Analiżi tal-espressjoni differenzjali: DEGs tal-grupp

Analiżi Avvanzata:

Analiżi tal-psewdotime:

Analiżi taċ-Ċiklu taċ-Ċellula:

Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'sekwenzar ta' RNA ta 'nukleu wieħed ta' BMKGene permezz ta 'kromju 10x f'dawn il-pubblikazzjonijiet dehru:

Wang, L. et al. (2021) "Analiżi transcriptomic b'ċellula waħda tiżvela l-pajsaġġ immuni tal-pulmun fl-aggravar tal-ażma reżistenti għall-isterojdi",Proċedimenti ta 'l-Akkademja Nazzjonali tax-Xjenzi ta' l-Istati Uniti ta 'l-Amerika, 118 (2), p. E2005590118. doi: 10.1073 / pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) "Netwerk regolatorju globali għall-espressjoni tal-ġene dregregata u sinjalazzjoni metabolika anormali fiċ-ċelloli immuni fil-mikroambjent tal-marda ta 'Graves u t-tirojde ta' Hashimoto",Fruntieri fl-Immunoloġija, 13, p. 879824. Doi: 10.3389 / fimmu.2022.879824 / bibtex.

Tian, H. et al. (2023) "It-traskrizzjoni b'ċellula waħda tiskopri l-eteroġeneità u r-risponsi immuni ta 'lewkoċiti wara t-tilqima ma' Edwardsiella Tarda inattivata fil-barbun (Paralichthys Olivaceus)",Akkwakultura, 566, p. 739238. Doi: 10.1016 / j.aquaculture.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) "It-terapija fotodinamika ttejjeb ir-riżultat ta 'inibituri tal-punt ta' kontroll immuni permezz ta 'rimodellar ta' immunità kontra t-tumur f'pazjenti b'kanċer gastriku",Kanċer gastriku, 26 (5), pp. 798–813. doi: 10.1007 / s10120-023-01409-x / metriċi.