Sekwenzar tal-Bisulfite b'Rappreżentanza Mnaqqsa (RRBS)
Is-Sekwenzar tal-Bisulfite b'Rappreżentanza Mnaqqsa (RRBS) ħareġ bħala alternattiva kosteffettiva u effiċjenti għas-Sekwenzar tal-Bisulfite tal-Ġenoma Sħiħ (WGBS) fir-riċerka tal-metilazzjoni tad-DNA. Filwaqt li WGBS jipprovdi għarfien komprensiv billi jeżamina l-ġenoma kollu f'riżoluzzjoni bażi waħda, l-ispiża għolja tagħha tista 'tkun fattur li jillimita. L-RRBS itaffu b'mod strateġiku din l-isfida billi janalizza b'mod selettiv porzjon rappreżentattiv tal-ġenoma. Din il-metodoloġija tiddependi fuq l-arrikkiment tar-reġjuni għonja fil-gżejjer CpG minn qsim MspI segwit minn għażla tad-daqs ta 'frammenti ta' 200-500/600 bps. Konsegwentement, reġjuni prossimali biss għall-gżejjer CpG huma sekwenzati, filwaqt li dawk bi gżejjer CpG imbiegħda huma esklużi mill-analiżi. Dan il-proċess, flimkien mas-sekwenzjar tal-bisulfite, jippermetti skoperta b'riżoluzzjoni għolja tal-metilazzjoni tad-DNA, u l-approċċ tas-sekwenzjar, PE150, jiffoka speċifikament fuq it-truf tal-inserzjonijiet aktar milli fin-nofs, u jżid l-effiċjenza tal-profil tal-metilazzjoni. L-RRBS hija għodda imprezzabbli li tippermetti riċerka kost-effettiva dwar il-metilazzjoni tad-DNA u tavvanza l-għarfien tal-mekkaniżmi epiġenetiċi.
Karatteristiċi tas-Servizz
● Jeħtieġ ġenoma ta' referenza.
● Lambda DNA jintuża biex jimmonitorja l-effiċjenza tal-konverżjoni tal-bisulfite.
● L-effiċjenza tad-diġestjoni MspI hija mmonitorjata wkoll.
● Diġestjoni ta 'enżimi doppji għall-kampjuni tal-pjanti.
● Sekwenzar fuq Illumina NovaSeq.
Vantaġġi tas-Servizz
●Alternattiva kost-effettiva u Effiċjenti għal WGBS: li tippermetti li l-analiżi titwettaq bi spiża aktar baxxa u b'rekwiżiti ta' kampjuni aktar baxxi.
●Pjattaforma kompluta:jipprovdu servizz eċċellenti one-stop mill-ipproċessar tal-kampjuni, kostruzzjoni tal-libreriji, u sekwenzar għall-analiżi bijoinformatika.
●Kompetenza estensiva: bi proġetti ta' sekwenzar RRBS mitmuma b'suċċess fuq firxa diversa ta 'speċi, BMKGENE ġġib aktar minn għaxar snin ta' esperjenza, tim ta 'analiżi b'ħiliet kbar, kontenut komprensiv, u appoġġ eċċellenti wara l-bejgħ.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Librerija | Strateġija ta' Sekwenzar | Output tad-data rakkomandat | Kontroll tal-kwalità |
| Librerija mspI diġerita u ttrattata bisulfite | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfite konverżjoni > 99% Effiċjenza tat-tqattigħ MspI > 95% |
Rekwiżiti tal-Kampjun
| Konċentrazzjoni (ng/µL) | Ammont totali (µg) |
| |
| DNA ġenomika | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradazzjoni jew kontaminazzjoni limitata |
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta’ wara l-bejgħ
Jinkludi l-analiżi li ġejja:
● Kontroll tal-kwalità tas-sekwenzjar mhux ipproċessat;
● Immappjar għall-ġenoma ta' referenza;
● Sejbien ta 'bażijiet metilati 5mC u identifikazzjoni tal-motif;
● Analiżi tad-distribuzzjoni tal-metilazzjoni u t-tqabbil tal-kampjuni;
● Analiżi ta' Reġjuni Methylated Differenzjali (DMRs);
● Annotazzjoni funzjonali tal-ġeni assoċjati mad-DMRs.
Kontroll tal-kwalità: effiċjenza tad-diġestjoni (fl-immappjar tal-ġenoma)
Kontroll tal-kwalità: konverżjoni tal-bisulfite (fl-estrazzjoni tal-informazzjoni dwar il-metilazzjoni)
Mappa tal-metilazzjoni: distribuzzjoni tal-ġenoma tal-metilazzjoni ta '5mC
Tqabbil tal-kampjun: Analiżi tal-Komponent Prinċipali
Analiżi tar-Reġjuni Differenzjali Methylated (DMRs): heatmap
Esplora l-avvanzi tar-riċerka ffaċilitati mis-servizzi ta’ sekwenzar tal-bisulfite tal-ġenoma kollu ta’ BMKGene permezz ta’ kollezzjoni kkurata ta’ pubblikazzjonijiet.
Li, Z. et al. (2022) 'Riprogrammazzjoni ta' fedeltà għolja f'ċelluli bħal Leydig permezz ta' attivazzjoni CRISPR u fatturi parakrini',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Analiżi tal-metilazzjoni tad-DNA mal-ġenoma kollu tal-kompożizzjoni tal-ġisem f'tewmin monozigotiċi Ċiniżi',Ġurnal Ewropew ta 'Investigazzjoni Klinika, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Methylation tad-DNA u proporzjon tal-qadd għall-ġenbejn: studju ta' assoċjazzjoni mal-epiġenomu kollu fi tewmin monozigotiċi Ċiniżi',Ġurnal ta 'Investigazzjoni Endokrinoloġika, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
