Sekwenzar ta 'RNA prokarijot
Karatteristiċi
● L-ipproċessar tal-kampjun RNA kien jinvolvi t-tnaqqis tal-rRNA segwit minn preparazzjoni direzzjonali tal-librerija RNA.
● Analiżi bijoinformatika bbażata fuq allinjament ma 'ġenoma ta' referenza
● L-analiżi tinkludi espressjoni tal-ġeni u DEGs iżda wkoll struttura tat-traskrizzjoni u analiżi ta 'sRNA
Vantaġġi tas-Servizz
●Kontroll tal-kwalità rigoruż: Aħna nimplimentaw punti ta 'kontroll tal-qalba fl-istadji kollha, mill-preparazzjoni tal-kampjun u l-librerija għal sekwenzar u bijoinformatika. Dan il-monitoraġġ metikoluż jiżgura t-twassil ta 'riżultati ta' kwalità għolja b'mod konsistenti.
●Dejta ta 'sekwenzar speċifika għall-linja: Minħabba li l-preparazzjoni tal-librerija RNA tkun direzzjonali, li tippermetti l-identifikazzjoni ta 'traskrizzjonijiet kontra s-sens.
●Analiżi kompluta mfassla għal traskriptomi prokarijotiċi: Il-pipeline bijoinformatiku jinkludi mhux biss analiżi tal-espressjoni tal-ġene iżda wkoll analiżi tal-istruttura tat-traskrizzjoni, inkluża l-identifikazzjoni ta 'operons, UTRs u promoturi. Jinkludi wkoll analiżi ta 'SRNAs, jiġifieri annotazzjoni u tbassir ta' struttura sekondarja u miri.
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ: L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti tal-kampjun u kunsinna
| Librerija | Strateġija ta 'sekwenzar | Dejta rakkomandata | Kontroll tal-kwalità |
| RRNA Librerija Direzzjonali mdgħajfa | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
| Conc. (Ng / μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260 / 280 = 1.8-2.0 OD260 / 230 = 1.0-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq ġel. | Rin≥6.5 |
Twassil tal-kampjun rakkomandat
Kontenitur: 2 ml centrifuge tubu (fojl tal-landa mhux irrakkomandat)
Tikkettar tal-kampjun: Grupp + replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Ġarr:
1. Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna f'iklejka niexfa.
2. Tubi Rnastable: Kampjuni ta 'l-RNA jistgħu jitnixxfu fit-tubu ta' stabbilizzazzjoni ta 'RNA (eż. RNastable®) u mibgħuta fit-temperatura tal-kamra.
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Kunsinna tal-kampjun
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
Fluss tax-xogħol ta 'analiżi bijoinformatika
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
● Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessat
● Allinjament mal-ġenoma ta 'referenza
● Valutazzjoni tal-Kwalità tal-Librerija: RANDNESS TA 'FRAZZJONI RNA, Daqs u SEKENZJAR
● Annotazzjoni funzjonali tal-ġeni tal-kodifikazzjoni previsti
● Analiżi tal-espressjoni: korrelazzjoni u analiżi tal-komponenti prinċipali (PCA)
● Espressjoni tal-ġene differenzjali (DEGs)
● Annotazzjoni funzjonali u arrikkiment ta 'DEGs
● Analiżi tas-sRNA: tbassir, annotazzjoni, mira, u tbassir tal-istruttura sekondarja
● Analiżi tal-istruttura tat-traskrizzjoni: operoni, pożizzjonijiet tal-bidu u tat-tmiem, reġjun mhux tradott (UTS), promotur, u analiżi SNP / indel
Saturazzjoni tas-sekwenzar
Annotazzjoni funzjonali tal-ġeni tal-kodifikazzjoni
Korrelazzjoni bejn kampjuni
Analiżi tal-ġeni espressi differenzjali (DEGs)
Analiżi tal-arrikkiment funzjonali
SRNA Annotazzjoni
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'sekwenzar ta' mRNA tan-nanopore ta 'BMKGene f'din il-pubblikazzjoni dehru.
Guan, CP et al. (2018) "Bidliet ta 'traskriżomi globali ta' staphylococcus epidermidis li jiffurmaw bijofilm li jirrispondu għall-alkalojdi totali ta 'sophorea alopecuroides",Ġurnal Pollakk tal-Mikrobijoloġija, 67 (2), p. 223. DOI: 10.21307 / PJM-2018-024.
