-
BMKMANU S3000_Spacial Transcriptome
It-traskriptomika spazjali tinsab minn ta' quddiem fl-innovazzjoni xjentifika, u tagħti s-setgħa lir-riċerkaturi biex jidħlu f'mudelli kkomplikati ta' espressjoni tal-ġeni fi ħdan it-tessuti filwaqt li jippreservaw il-kuntest spazjali tagħhom. Fost diversi pjattaformi, BMKGene żviluppa l-BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, b'riżoluzzjoni mtejba ta '3.5µm, li tilħaq il-firxa subċellulari, u tippermetti settings ta' riżoluzzjoni f'diversi livelli. Iċ-ċippa S3000, li fiha madwar 4 miljun spots, timpjega microwells b'saffi bi żibeġ mgħobbija b'sondi tal-qbid spazjalment barcoded. Librerija cDNA, arrikkita b'barcodes spazjali, hija ppreparata miċ-ċippa S3000 u sussegwentement sekwenzata fuq il-pjattaforma Illumina NovaSeq. Il-kombinazzjoni ta 'kampjuni spazjalment barcoded u UMIs tiżgura l-eżattezza u l-ispeċifiċità tad-dejta ġġenerata. Iċ-ċippa BMKManu S3000 hija estremament versatili, li toffri settings ta 'riżoluzzjoni f'diversi livelli li jistgħu jiġu rfinuti b'mod fin għal tessuti differenti u livelli mixtieqa ta' dettall. Din l-adattabilità tpoġġi ċ-ċippa bħala għażla eċċellenti għal studji tat-traskriptomika spazjali diversi, li tiżgura raggruppament spazjali preċiż b'ħoss minimu. L-użu tat-teknoloġija tas-segmentazzjoni taċ-ċelluli b'BMKManu S3000 jippermetti d-delimitazzjoni tad-dejta tat-traskrizzjoni mal-konfini taċ-ċelloli, li tirriżulta f'analiżi li għandha tifsira bijoloġika diretta. Barra minn hekk, ir-riżoluzzjoni mtejba ta 'S3000 tirriżulta f'numru ogħla ta' ġeni u UMIs misjuba għal kull ċellula, li tippermetti analiżi ħafna aktar preċiża tal-mudelli ta 'traskrizzjoni spazjali u raggruppament ta' ċelloli.
-
Sekwenzar ta' RNA b'nukleu wieħed
L-iżvilupp ta’ tekniki ta’ qbid ta’ ċellula waħda u ta’ kostruzzjoni ta’ librerija apposta, flimkien ma’ sekwenzar ta’ produttività għolja, irrevoluzzjona l-istudji dwar l-espressjoni tal-ġeni fil-livell taċ-ċellula. Dan l-avvanz jippermetti analiżi aktar profonda u komprensiva ta 'popolazzjonijiet ta' ċelluli kumplessi, li jingħelbu l-limitazzjonijiet assoċjati mal-medja tal-espressjoni tal-ġeni fuq iċ-ċelloli kollha u l-preservazzjoni tal-eteroġeneità vera fi ħdan dawn il-popolazzjonijiet. Filwaqt li s-sekwenzjar tal-RNA ta 'ċellula waħda (scRNA-seq) għandu vantaġġi innegabbli, jiltaqa' ma 'sfidi f'ċerti tessuti fejn il-ħolqien ta' sospensjoni ta 'ċellula waħda jirriżulta diffiċli u jeħtieġ kampjuni friski. F'BMKGene, nindirizzaw dan l-ostaklu billi noffru sekwenzar tal-RNA b'nukleu wieħed (snRNA-seq) bl-użu tat-teknoloġija avvanzata 10X Genomics Chromium. Dan l-approċċ iwessa' l-ispettru ta' kampjuni li jistgħu jiġu analizzati tat-traskriptome fil-livell ta' ċellula waħda.
L-iżolament tan-nuklei jitwettaq permezz taċ-ċippa innovattiva 10X Genomics Chromium, li fiha sistema ta 'mikrofluwidi ta' tmien kanali b'qsim doppju. F'din is-sistema, żibeġ tal-ġel li jinkorporaw barcodes, primers, enzimi, u nukleu wieħed huma inkapsulati fi qtar taż-żejt ta 'daqs nanolitru, li jiffurmaw Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Wara l-formazzjoni tal-GEM, il-liżi taċ-ċelluli u r-rilaxx tal-barcode jseħħu f'kull GEM. Sussegwentement, molekuli mRNA jgħaddu minn traskrizzjoni inversa f'cDNAs, li jinkorporaw barcodes 10X u Identifikaturi Molekulari Uniċi (UMIs). Dawn is-cDNAs imbagħad jiġu soġġetti għal kostruzzjoni ta 'librerija ta' sekwenzar standard, li tiffaċilita esplorazzjoni robusta u komprensiva ta 'profili ta' espressjoni tal-ġeni fil-livell ta 'ċellula waħda.
Pjattaforma: 10× Genomics Chromium u Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
It-traskriptomika spazjali hija teknoloġija avvanzata li tippermetti lir-riċerkaturi jinvestigaw il-mudelli tal-espressjoni tal-ġeni fit-tessuti filwaqt li jippreservaw il-kuntest spazjali tagħhom. Pjattaforma waħda b'saħħitha f'dan id-dominju hija 10x Genomics Visium flimkien mas-sekwenzjar Illumina. Il-prinċipju ta '10X Visium jinsab fuq ċippa speċjalizzata b'żona ta' qbid magħżula fejn jitqiegħdu sezzjonijiet tat-tessuti. Din iż-żona tal-qbid fiha spots bil-barcode, kull wieħed jikkorrispondi għal post spazjali uniku fit-tessut. Il-molekuli ta 'RNA maqbuda mit-tessut imbagħad jiġu ttikkettjati b'identifikaturi molekulari uniċi (UMIs) matul il-proċess ta' traskrizzjoni inversa. Dawn il-barcode spots u UMIs jippermettu mappjar spazjali preċiż u kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni f'riżoluzzjoni ta 'ċellula waħda. Il-kombinazzjoni ta 'kampjuni spazjalment barcoded u UMIs tiżgura l-eżattezza u l-ispeċifiċità tad-dejta ġġenerata. Billi jużaw din it-teknoloġija Spatial Transcriptomics, ir-riċerkaturi jistgħu jiksbu fehim aktar profond tal-organizzazzjoni spazjali taċ-ċelloli u l-interazzjonijiet molekulari kumplessi li jseħħu fit-tessuti, li joffru għarfien imprezzabbli dwar il-mekkaniżmi sottostanti proċessi bijoloġiċi f'oqsma multipli, inklużi l-onkoloġija, newroxjenza, bijoloġija tal-iżvilupp, immunoloġija. , u studji botaniċi.
Pjattaforma: 10X Genomics Visium u Illumina NovaSeq
