-
Settijiet ta' għodda
BMKCloud hija pjattaforma bijoinformatika ewlenija li tipprovdi soluzzjoni one-stop għal programmi ġenomiċi, li hija fdata ħafna minn riċerkaturi f'arena varji inklużi mediċi, agrikoli, ambjentali, eċċ. BMKCloud hija impenjata li tipprovdi servizzi integrati, affidabbli u effiċjenti inklużi pjattaformi u għodod ta' analiżi bijoinformatika , riżorsi tal-kompjuter, database pubblika, korsijiet bijoinformatiċi onlajn, eċċ. BMKCloud għandu diversi għodod bijoinformatiċi użati ta' spiss li tinkludi annotazzjoni tal-ġeni, għodod ġenetiċi evoluzzjonarji, ncRNA, kontroll tal-kwalità tad-dejta, assemblaġġ, allinjament, estrazzjoni tad-dejta, mutazzjonijiet, statistika, ġeneratur tal-figura, analiżi tas-sekwenza, eċċ.
-
Assemblaġġ tal-Ġenoma Batterjali De novo
Aħna nipprovdu servizz komplut ta 'assemblaġġ tal-ġenoma batterjali, li jiggarantixxu 0 lakuni. Dan huwa possibbli billi jiġu integrati teknoloġiji ta 'sekwenzjar ta' qari fit-tul, bħal Nanopore u PacBio għall-assemblaġġ u sekwenzar ta 'qari qasir ma' Illumina għall-validazzjoni tal-assemblaġġ u l-korrezzjoni tal-iżbalji tal-qari ONT. Is-servizz tagħna jipprovdi l-fluss tax-xogħol bijoinformatiku sħiħ mill-assemblaġġ, annotazzjoni funzjonali, u analiżi bijoinformatika avvanzata, li jissodisfaw miri speċifiċi ta 'riċerka. Dan is-servizz jippermetti l-iżvilupp ta’ ġenomi ta’ referenza preċiżi għal diversi studji ġenetiċi u ġenomiċi. Barra minn hekk, tifforma l-bażi għal applikazzjonijiet bħall-ottimizzazzjoni tar-razza, l-inġinerija ġenetika u l-iżvilupp tat-teknoloġija mikrobjali, li tiżgura dejta ġenomika affidabbli u mingħajr vojt kruċjali għall-avvanz tal-għarfien xjentifiku u l-innovazzjoni bijoteknoloġika.
-
RNA żgħir
RNAs żgħar huma tip ta 'RNA qasir li ma jikkodifikax b'tul medju ta' 18-30 nt, inklużi miRNA, siRNA u piRNA. Dawn l-RNAs żgħar ġew irrappurtati b'mod massiv li huma involuti f'diversi proċessi bijoloġiċi bħal degradazzjoni tal-mRNA, inibizzjoni tat-traduzzjoni, formazzjoni ta' eterokromatina, eċċ. L-analiżi ta' sekwenzar ta' SmallRNA ġiet applikata b'mod wiesa' fi studji dwar l-iżvilupp tal-annimali/pjanti, mard, virus, eċċ. RNA żgħir pjattaforma analiżi sekwenzar tikkonsisti analiżi standard u data mining avvanzati. Fuq il-bażi tad-dejta RNA-seq, analiżi standard tista 'tikseb identifikazzjoni u tbassir ta' miRNA, tbassir tal-ġeni fil-mira tal-miRNA, annotazzjoni u analiżi tal-espressjoni. Analiżi avvanzata tippermetti tfittxija u estrazzjoni miRNA personalizzati, ġenerazzjoni ta 'dijagramma Venn, miRNA u bini ta' netwerk tal-ġeni fil-mira.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS hija pjattaforma sħiħa ta 'analiżi ta' sekwenzar mill-ġdid tal-ġenoma, li hija żviluppata fuq il-bażi ta 'esperjenza rikka fit-Teknoloġiji tal-Bijomarker. Din il-pjattaforma faċli biex tużah tippermetti s-sottomissjoni ta 'malajr ta' fluss tax-xogħol ta 'analiżi integrata billi sempliċement tissettja ftit parametru bażiku, li joqgħod għad-dejta tas-sekwenzjar tad-DNA ġġenerata kemm mill-pjattaforma Illumina kif ukoll mill-pjattaforma tas-sekwenzjar BGI. Din il-pjattaforma hija skjerata fuq server tal-kompjuters ta 'prestazzjoni għolja, li jagħti s-setgħa analiżi tad-dejta effiċjenti ħafna fi żmien limitat ħafna. It-tħaffir tad-dejta personalizzat huwa disponibbli fuq il-bażi ta 'analiżi standard, inkluża mistoqsija tal-ġene mutat, disinn tal-primer tal-PCR, eċċ.
-
mRNA(Referenza)
Transcriptome huwa r-rabta bejn l-informazzjoni ġenetika ġenomika u l-proteome tal-funzjoni bijoloġika. Ir-regolamentazzjoni tal-livell ta 'traskrizzjoni hija l-aktar mod ta' regolazzjoni importanti u l-aktar studjat b'mod wiesa 'ta' organiżmi. Is-sekwenzjar tat-traskriptome jista 'sekwenzja t-traskrizzjoni fi kwalunkwe punt fil-ħin jew taħt kwalunkwe kundizzjoni, b'riżoluzzjoni preċiża għal nukleotide wieħed. Jista' jirrifletti b'mod dinamiku l-livell ta 'traskrizzjoni tal-ġeni, fl-istess ħin jidentifika u jikkwantifika traskrizzjonijiet rari u normali, u jipprovdi l-informazzjoni strutturali ta' kampjun ta' traskrizzjonijiet speċifiċi.
Fil-preżent, it-teknoloġija tas-sekwenzjar tat-transcriptome intużat ħafna fl-agronomija, il-mediċina u oqsma oħra ta 'riċerka, inkluż ir-regolamentazzjoni tal-iżvilupp tal-annimali u tal-pjanti, adattament ambjentali, interazzjoni immuni, lokalizzazzjoni tal-ġeni, evoluzzjoni ġenetika tal-ispeċi u sejbien ta' mard ġenetiku u tumuri.
-
Metaġenomika (NGS)
Din il-pjattaforma ta 'analiżi hija mfassla għall-analiżi tad-dejta metaġenomika ta' shotgun fuq bażi ta 'snin ta' esperjenza. Tikkonsisti fluss tax-xogħol integrat li fih diversi analiżi ta' metaġenomika meħtieġa b'mod komuni inkluż ipproċessar tad-dejta, studji fil-livell tal-ispeċi, studji fil-livell tal-funzjoni tal-ġeni, binning tal-metaġenomi, eċċ. , l-issettjar tal-parametri, il-ġenerazzjoni ta 'figura personalizzata, eċċ.
-
LncRNA
RNAs twal mhux kodifikanti (lncRNA) huma tip ta 'traskrizzjonijiet b'tul itwal minn 200 nt, li ma jistgħux jikkodifikaw il-proteini. L-evidenza akkumulattiva tissuġġerixxi li ħafna mill-lncRNAs huma probabbli ħafna li jkunu funzjonali. Teknoloġiji ta 'sekwenzjar ta' prestazzjoni għolja u għodod ta 'analiżi bijoinformatika jagħtuna s-setgħa li niżvelaw sekwenzi lncRNA u informazzjoni ta' pożizzjonament b'mod aktar effiċjenti u jwassluna biex niskopru lncRNAs b'funzjonijiet regolatorji kruċjali. BMKCloud huwa kburi li jipprovdi lill-klijenti tagħna pjattaforma ta 'analiżi ta' sekwenzar tal-lncRNA biex tinkiseb analiżi tal-lncRNA mgħaġġla, affidabbli u flessibbli.
-
GWAS
Studju ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu (GWAS) għandu l-għan li jidentifika varjanti ġenetiċi (ġenotip) li assoċjati ma' karatteristiċi speċifiċi (fenotip). Studji tal-GWA jinvestigaw markaturi ġenetiċi jaqsmu l-ġenoma kollu ta 'numru kbir ta' individwi u jbassru assoċjazzjonijiet ġenotip-fenotip permezz ta 'analiżi statistika fil-livell tal-popolazzjoni. Ir-risekwenzjar tal-ġenoma kollu jista' potenzjalment jiskopri l-varjanti ġenetiċi kollha. Flimkien ma 'dejta fenotipika, GWAS jista' jiġi pproċessat biex jidentifika SNPs, QTLs u ġeni kandidati relatati mal-fenotip, li jappoġġa bil-qawwa t-tnissil modern ta 'annimali/pjanti. SLAF hija strateġija ta' sekwenzar tal-ġenoma simplifikata żviluppata minnha nnifisha, li tiskopri markaturi distribwiti mal-ġenoma kollu, SNP. Dawn l-SNPs, bħala markaturi ġenetiċi molekulari, jistgħu jiġu pproċessati għal studji ta 'assoċjazzjoni b'karatteristiċi mmirati. Hija strateġija kost-effettiva fl-identifikazzjoni ta 'karatteristiċi kumplessi assoċjati varjazzjonijiet ġenetiċi.
-
Nanopore Traskriptomika ta' tul sħiħ
Iżoformi alternattivi kumplessi u varjabbli fl-organiżmi huma mekkaniżmi ġenetiċi importanti biex jirregolaw l-espressjoni tal-ġeni u d-diversità tal-proteini. L-identifikazzjoni preċiża tal-istrutturi tat-traskrizzjoni hija l-bażi għal studju fil-fond tal-mudelli tar-regolamentazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni. Il-pjattaforma tas-sekwenzjar ta 'Nanopore ġabet b'suċċess l-istudju traskritomiku għal-livell ta' isoform. Din il-pjattaforma ta 'analiżi hija mfassla biex tanalizza d-dejta RNA-Seq ġġenerata fuq il-pjattaforma Nanopore fuq il-bażi tal-ġenoma ta' referenza, li tikseb analiżi kwalitattiva u kwantitattiva kemm fil-livell tal-ġeni kif ukoll fil-livell tat-traskrizzjonijiet.
-
ċirku-RNA
L-RNA ċirkolari (circRNA) huwa tip ta' RNA li ma jikkodifikax, li reċentement instabu li għandhom rwol vitali f'netwerks regolatorji involuti fl-iżvilupp, reżistenza ambjentali, eċċ. Distinti minn molekuli RNA lineari, eż. mRNA, lncRNA, 3′ u 5′ truf ta 'circRNA huma magħquda flimkien biex jiffurmaw struttura ċirkolari, li jsalvahom mid-diġestjoni ta' exonuclease u huma aktar stabbli mill-biċċa l-kbira ta 'RNA lineari. CircRNA instabu li għandhom funzjonijiet varji fir-regolazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni. CircRNA jista 'jwettaq bħala ceRNA, li jorbot il-miRNA b'mod kompetittiv, magħruf bħala sponża miRNA. Il-pjattaforma ta' analiżi tas-sekwenzjar CircRNA tagħti s-setgħa lill-istruttura u l-analiżi tal-espressjoni taċ-ċirRNA, tbassir tal-mira u analiżi konġunta ma 'tipi oħra ta' molekuli RNA
-
BSA
Il-pjattaforma tal-Bulked Segregant Analysis tikkonsisti f'analiżi standard f'pass wieħed u analiżi avvanzata b'issettjar ta 'parametri apposta. BSA hija teknika użata biex tidentifika malajr markaturi ġenetiċi assoċjati mal-fenotip. Il-fluss tax-xogħol ewlieni tal-BSA fih: 1. għażla ta' żewġ gruppi ta' individwi b'fenotipi estremament opposti; 2. il-ġbir flimkien tad-DNA, RNA jew SLAF-seq (Żviluppat minn Biomarker) ta 'l-individwi kollha biex jiffurmaw żewġ biċċa l-kbira tad-DNA; 3. identifikazzjoni ta' sekwenzi differenzjali kontra ġenoma ta' referenza jew bejniethom, 4. tbassir ta' reġjuni konnessi kandidati permezz ta' algoritmu ta' ED u SNP-index; 5. Analiżi funzjonali u arrikkiment fuq ġeni f'reġjuni kandidati, eċċ. Minjieri aktar avvanzati fid-dejta inkluż screening tal-marker ġenetiku u disinn tal-primer huma wkoll disponibbli.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Pjattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) hija żviluppata b'snin ta 'esperjenza fl-analiżi tal-proġett tad-diversità tal-mikrobi, li fiha analiżi bażika standardizzata u analiżi personalizzata: analiżi bażika tkopri l-kontenut tal-analiżi mainstream tar-riċerka mikrobjali attwali, il-kontenut tal-analiżi huwa għani u komprensiv, u r-riżultati tal-analiżi huma ppreżentati fil-forma ta’ rapporti ta’ proġetti; Il-kontenut tal-analiżi personalizzata huwa divers. Jistgħu jintgħażlu kampjuni u l-parametri jistgħu jiġu stabbiliti b'mod flessibbli skont ir-rapport bażiku tal-analiżi u l-iskop tar-riċerka, biex jiġu realizzati rekwiżiti personalizzati. Sistema operattiva Windows, sempliċi u veloċi.
-
Ġenetika Evoluttiva
Evolutionary Genetics huwa servizz ta' sekwenzar komprensiv iddisinjat biex joffri interpretazzjoni insightful tal-evoluzzjoni fi ħdan grupp kbir ta' individwi, ibbażata fuq varjazzjonijiet ġenetiċi, inklużi SNPs, InDels, SVs, u CNVs. Dan is-servizz jiġbor fih l-analiżi essenzjali kollha meħtieġa biex jiġu spjegati l-bidliet evoluzzjonarji u l-karatteristiċi ġenetiċi tal-popolazzjonijiet, inklużi valutazzjonijiet tal-istruttura tal-popolazzjoni, id-diversità ġenetika u r-relazzjonijiet filoġenetiċi. Barra minn hekk, jidħol fi studji dwar il-fluss tal-ġeni, li jippermetti stimi tad-daqs effettiv tal-popolazzjoni u l-ħin tad-diverġenza. Studji tal-ġenetika evoluzzjonarja jagħtu għarfien siewi dwar l-oriġini u l-adattamenti tal-ispeċi.
F'BMKGENE, noffru żewġ toroq għat-twettiq ta 'studji tal-ġenetika evoluzzjonarja fuq popolazzjonijiet kbar: l-użu ta' sekwenzar tal-ġenoma sħiħ (WGS) jew l-għażla ta 'metodu ta' sekwenzar tal-ġenoma ta 'rappreżentazzjoni mnaqqsa, il-Framment Ammplifikat tal-Locus Speċifiku (SLAF) żviluppat internament. Filwaqt li WGS jaqbel ma 'ġenomi iżgħar, SLAF joħroġ bħala alternattiva kosteffettiva għall-istudju ta' popolazzjonijiet akbar b'ġenomi itwal, li jimminimizzaw b'mod effettiv l-ispejjeż tas-sekwenzjar.
