-
Sekwenzar Metagenomic -NGS
Metagenoma hija ġabra tal-materjal ġenetiku totali ta 'komunità mħallta ta' organiżmi, bħal metaġenomi ambjentali u umani. Fiha ġenomi kemm ta 'mikro-organiżmi kultivabbli kif ukoll mhux kultivabbli. Is-sekwenzjar metagenomic Shotgun b'NGS jippermetti l-istudju ta 'dawn il-pajsaġġi ġenomiċi kkomplikati inkorporati f'kampjuni ambjentali billi jipprovdu aktar minn profili tassonomiċi, li jagħtu wkoll għarfien granulari dwar id-diversità tal-ispeċi, id-dinamika tal-abbundanza u l-istrutturi kumplessi tal-popolazzjoni. Lil hinn mill-istudji tassonomiċi, il-metagenomics shotgun toffri wkoll perspettiva ta 'ġenomika funzjonali, li tippermetti l-esplorazzjoni ta' ġeni kodifikati u r-rwoli putattivi tagħhom fi proċessi ekoloġiċi. Fl-aħħarnett, l-istabbiliment ta 'netwerks ta' korrelazzjoni bejn elementi ġenetiċi u fatturi ambjentali jikkontribwixxi għal fehim olistiku tal-interazzjoni kkomplikata bejn il-komunitajiet mikrobjali u l-isfond ekoloġiku tagħhom. Bħala konklużjoni, is-sekwenzjar metagenomic stands bħala strument ċentrali biex jinkixfu l-intricacies ġenomiċi ta 'komunitajiet mikrobjali diversi, u jdawwal ir-relazzjonijiet multidimensjonali bejn il-ġenetika u l-ekoloġija fi ħdan dawn l-ekosistemi kumplessi.
Pjattaformi: Illumina NovaSeq u DNBSEQ-T7
-
Sekwenzar Metagenomic-TGS
Metagenoma hija ġabra ta' materjal ġenetiku ta' komunità mħallta ta' organiżmi, bħal metaġenomi ambjentali u umani. Fiha ġenomi kemm ta 'mikro-organiżmi kultivabbli kif ukoll mhux kultivabbli. Is-sekwenzjar metaġenomic jippermetti l-istudju ta 'dawn il-pajsaġġi ġenomiċi kkomplikati inkorporati f'kampjuni ekoloġiċi billi jipprovdi aktar minn profili tassonomiċi. Joffri wkoll perspettiva ġenomika funzjonali billi jesplora l-ġeni kodifikati u r-rwoli putattivi tagħhom fil-proċessi ambjentali. Filwaqt li l-approċċi tradizzjonali ta 'shotgun b'sekwenzjar ta' Illumina intużaw ħafna fi studji metaġenomika, il-miġja ta 'sekwenzjar ta' qari fit-tul Nanopore u PacBio bidlu l-qasam. It-teknoloġija Nanopore u PacBio isaħħu l-analiżi bijoinformatiċi downstream, notevolment l-assemblaġġ tal-metaġenoma, u jiżguraw assemblaġġi aktar kontinwi. Ir-rapporti jindikaw li l-metagenomics ibbażati fuq Nanopore u PacBio ġġeneraw b'suċċess ġenomi batteriċi kompluti u magħluqa minn mikrobijomi kumplessi (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). L-integrazzjoni tal-qari ta 'Nanopore mal-qari ta' Illumina jipprovdi approċċ strateġiku għall-korrezzjoni tal-iżbalji, li ttaffi l-eżattezza baxxa inerenti ta 'Nanopore. Din il-kombinazzjoni sinerġistika tisfrutta s-saħħiet ta 'kull pjattaforma ta' sekwenzar, li toffri soluzzjoni robusta biex tegħleb il-limitazzjonijiet potenzjali u tavvanza l-preċiżjoni u l-affidabbiltà tal-analiżi metaġenomika.
Pjattaforma: Nanopore PromethION 48, Illumia u PacBio Revio
-
Sekwenzar bisulfit tal-ġenoma kollu (WGBS)
Is-Sekwenzar tal-Bisulfite tal-Ġenoma Sħiħ (WGBS) huwa l-metodoloġija standard tad-deheb għall-esplorazzjoni fil-fond tal-metilazzjoni tad-DNA, speċifikament il-ħames pożizzjoni fiċ-ċitosina (5-mC), regolatur ċentrali tal-espressjoni tal-ġeni u l-attività ċellulari. Il-prinċipju sottostanti WGBS jinvolvi trattament bisulfite, li jinduċi l-konverżjoni ta 'ċitosini mhux metilati għal uracil (C sa U), filwaqt li jħalli ċitosini methylated mhux mibdula. Din it-teknika toffri riżoluzzjoni b'bażi waħda, li tippermetti lir-riċerkaturi jinvestigaw b'mod komprensiv il-methylome u jikxfu mudelli anormali ta 'metilazzjoni assoċjati ma' kundizzjonijiet varji, notevolment il-kanċer. Billi jimpjegaw WGBS, ix-xjenzati jistgħu jiksbu għarfien mingħajr paragun dwar il-pajsaġġi tal-metilazzjoni tal-ġenoma kollu, li jipprovdu fehim sfumat tal-mekkaniżmi epiġenetiċi li huma l-bażi ta 'proċessi bijoloġiċi u mard differenti.
-
Assaġġ għall-Kromatin Aċċessibbli għat-Transposase b'Sekwenzar ta' Throughput Għoli (ATAC-seq)
ATAC-seq hija teknika ta' sekwenzar ta' produzzjoni għolja użata għall-analiżi tal-aċċessibbiltà tal-kromatina mal-ġenoma kollu. L-użu jipprovdi fehim aktar profond tal-mekkaniżmi kumplessi tal-kontroll epiġenetiku globali fuq l-espressjoni tal-ġeni. Il-metodu juża transposase Tn5 iperattiv biex simultanjament jifframmenta u jimmarka r-reġjuni tal-kromatina miftuħa billi jdaħħal adapters tas-sekwenzjar. L-amplifikazzjoni sussegwenti tal-PCR tirriżulta fil-ħolqien ta 'librerija ta' sekwenzar, li tippermetti l-identifikazzjoni komprensiva ta 'reġjuni miftuħa tal-kromatin taħt kundizzjonijiet speċifiċi ta' spazju-ħin. ATAC-seq jipprovdi ħarsa ħolistika ta 'pajsaġġi tal-kromatin aċċessibbli, b'differenza mill-metodi li jiffokaw biss fuq siti ta' rbit tal-fattur ta 'traskrizzjoni jew reġjuni speċifiċi modifikati bl-histone. Permezz ta 'sekwenzjar ta' dawn ir-reġjuni tal-kromatina miftuħa, ATAC-seq jiżvela reġjuni aktar probabbli li sekwenzi regolatorji attivi u siti potenzjali ta 'rbit tal-fattur ta' traskrizzjoni, li joffri għarfien siewi dwar il-modulazzjoni dinamika tal-espressjoni tal-ġeni madwar il-ġenoma.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Il-ġeni rRNA 16S u 18S, flimkien mar-reġjun Internal Transcrited Spacer (ITS), iservu bħala markaturi tal-marki tas-swaba' molekulari pivotali minħabba l-kombinazzjoni tagħhom ta 'reġjuni kkonservati ħafna u iper-varjabbli, li jagħmluhom għodod imprezzabbli għall-karatterizzazzjoni ta' organiżmi prokarjotiċi u ewkarjotiċi. L-amplifikazzjoni u s-sekwenzjar ta 'dawn ir-reġjuni joffru approċċ mingħajr iżolament għall-investigazzjoni tal-kompożizzjoni u d-diversità tal-mikrobi f'diversi ekosistemi. Filwaqt li s-sekwenzjar ta 'Illumina tipikament jimmira reġjuni ipervarjabbli qosra bħal V3-V4 ta' 16S u ITS1, intwera li l-annotazzjoni tassonomika superjuri tista 'tinkiseb billi tissekwenza t-tul sħiħ ta' 16S, 18S, u ITS. Dan l-approċċ komprensiv jirriżulta f'perċentwali ogħla ta 'sekwenzi klassifikati b'mod preċiż, li jikseb livell ta' riżoluzzjoni li jestendi għall-identifikazzjoni tal-ispeċi. Il-pjattaforma tas-sekwenzjar Single-Molecule Real-Time (SMRT) ta 'PacBio tispikka billi tipprovdi qari fit-tul preċiżi ħafna (HiFi) li jkopru l-amplicons full-length, rivaling mal-preċiżjoni tas-sekwenzjar Illumina. Din il-kapaċità tippermetti lir-riċerkaturi jiksbu vantaġġ mhux imqabbel - ħarsa panoramika tal-pajsaġġ ġenetiku. Il-kopertura estiża tgħolli b'mod sinifikanti r-riżoluzzjoni fl-annotazzjoni tal-ispeċi, partikolarment fi ħdan komunitajiet batterjali jew fungali, li tippermetti fehim aktar profond tal-kumplessità tal-popolazzjonijiet tal-mikrobi.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Is-sekwenzjar tal-Amplicon bit-teknoloġija Illumina, li jimmira speċifikament lejn il-markaturi ġenetiċi 16S, 18S, u ITS, huwa metodu b'saħħtu biex tiżvela l-filoġenija, it-tassonomija u l-abbundanza tal-ispeċi fi ħdan il-komunitajiet mikrobjali. Dan l-approċċ jinvolvi s-sekwenzjar tar-reġjuni ipervarjabbli tal-markaturi ġenetiċi tad-dar. Oriġinarjament introdott bħala marki tas-swaba' molekulari minnWoeses et alfl-1977, din it-teknika revoluzzjonat il-profil tal-mikrobijoma billi ppermettiet analiżi mingħajr iżolament. Permezz tas-sekwenzjar ta '16S (batterji), 18S (fungi), u Internal Transcrited Spacer (ITS, fungi), ir-riċerkaturi jistgħu jidentifikaw mhux biss speċi abbundanti iżda wkoll dawk rari u mhux identifikati. Addottat b'mod wiesa 'bħala għodda ċentrali, is-sekwenzjar tal-amplicon sar strumentali biex jintgħaraf kompożizzjonijiet mikrobjali differenzjali f'ambjenti diversi, inklużi l-ħalq tal-bniedem, l-imsaren, l-ippurgar, u lil hinn.
-
Sekwenzar mill-ġdid tal-Ġenoma Sħiħ Batterjali u Fungali
Il-proġetti ta' sekwenzar mill-ġdid tal-ġenomu kollu batterjali u fungali huma kruċjali għall-avvanz tal-ġenomika mikrobjali billi jippermettu t-tlestija u t-tqabbil tal-ġenomi mikrobjali. Dan jiffaċilita l-inġinerija tal-fermentazzjoni, l-ottimizzazzjoni tal-proċessi industrijali, u l-esplorazzjoni tal-mogħdijiet sekondarji tal-metaboliżmu. Barra minn hekk, is-sekwenzjar mill-ġdid fungali u batterjali huwa kruċjali għall-fehim tal-adattament ambjentali, l-ottimizzazzjoni tar-razez, u l-iżvelar tad-dinamika tal-evoluzzjoni ġenetika, b'implikazzjonijiet wesgħin fil-mediċina, l-agrikoltura u x-xjenza ambjentali.
-
PacBio-Full-length 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Pjattaforma Amplicon (16S/18S/ITS) hija żviluppata b'snin ta 'esperjenza fl-analiżi tal-proġett tad-diversità tal-mikrobi, li fiha analiżi bażika standardizzata u analiżi personalizzata: analiżi bażika tkopri l-kontenut tal-analiżi mainstream tar-riċerka mikrobjali attwali, il-kontenut tal-analiżi huwa għani u komprensiv, u r-riżultati tal-analiżi huma ppreżentati fil-forma ta’ rapporti ta’ proġetti; Il-kontenut tal-analiżi personalizzata huwa divers. Jistgħu jintgħażlu kampjuni u l-parametri jistgħu jiġu stabbiliti b'mod flessibbli skont ir-rapport bażiku tal-analiżi u l-iskop tar-riċerka, biex jiġu realizzati rekwiżiti personalizzati. Sistema operattiva Windows, sempliċi u veloċi.
-
PacBio-Transcriptome ta' tul sħiħ (Mhux Referenza)
Meta tieħu data tas-sekwenzjar tal-Isoform tal-Pacific Biosciences (PacBio) bħala input, din l-App hija kapaċi tidentifika sekwenzi ta' traskrizzjoni ta' tul sħiħ (mingħajr assemblaġġ). Bl-immappjar ta 'sekwenzi ta' tul sħiħ kontra ġenoma ta 'referenza, traskrizzjonijiet jistgħu jiġu ottimizzati minn ġeni magħrufa, traskrizzjonijiet, reġjuni ta' kodifikazzjoni, eċċ. F'dan il-każ, tista 'tinkiseb identifikazzjoni aktar preċiża ta' strutturi mRNA, bħal splicing alternattiv, eċċ. Analiżi konġunta mad-dejta tas-sekwenzjar tat-traskriptome NGS tippermetti annotazzjoni aktar komprensiva u kwantifikazzjoni aktar preċiża fl-espressjoni fil-livell tat-traskrizzjoni, li ħafna tibbenefika l-espressjoni differenzjali downstream u l-analiżi funzjonali.
-
Sekwenzar tal-Bisulfite b'Rappreżentanza Mnaqqsa (RRBS)
Is-Sekwenzar tal-Bisulfite b'Rappreżentanza Mnaqqsa (RRBS) ħareġ bħala alternattiva kosteffettiva u effiċjenti għas-Sekwenzar tal-Bisulfite tal-Ġenoma Sħiħ (WGBS) fir-riċerka tal-metilazzjoni tad-DNA. Filwaqt li WGBS jipprovdi għarfien komprensiv billi jeżamina l-ġenoma kollu f'riżoluzzjoni bażi waħda, l-ispiża għolja tagħha tista 'tkun fattur li jillimita. L-RRBS itaffu b'mod strateġiku din l-isfida billi janalizza b'mod selettiv porzjon rappreżentattiv tal-ġenoma. Din il-metodoloġija tiddependi fuq l-arrikkiment tar-reġjuni għonja fil-gżejjer CpG minn qsim MspI segwit minn għażla tad-daqs ta 'frammenti ta' 200-500/600 bps. Konsegwentement, reġjuni prossimali biss għall-gżejjer CpG huma sekwenzati, filwaqt li dawk bi gżejjer CpG imbiegħda huma esklużi mill-analiżi. Dan il-proċess, flimkien mas-sekwenzjar tal-bisulfite, jippermetti skoperta b'riżoluzzjoni għolja tal-metilazzjoni tad-DNA, u l-approċċ tas-sekwenzjar, PE150, jiffoka speċifikament fuq it-truf tal-inserzjonijiet aktar milli fin-nofs, u jżid l-effiċjenza tal-profil tal-metilazzjoni. L-RRBS hija għodda imprezzabbli li tippermetti riċerka kost-effettiva dwar il-metilazzjoni tad-DNA u tavvanza l-għarfien tal-mekkaniżmi epiġenetiċi.
-
Sekwenzar ta' RNA prokarjotiku
Is-sekwenzjar tal-RNA jagħti s-setgħa lill-profil komprensiv tat-traskrizzjonijiet tal-RNA kollha fi ħdan iċ-ċelloli taħt kundizzjonijiet speċifiċi. Din it-teknoloġija avvanzata sservi bħala għodda qawwija, li tikxef profili kkomplikati ta 'espressjoni tal-ġeni, strutturi tal-ġeni, u mekkaniżmi molekulari assoċjati ma' proċessi bijoloġiċi diversi. Adottat ħafna fir-riċerka fundamentali, id-dijanjostika klinika, u l-iżvilupp tad-droga, is-sekwenzjar tal-RNA joffri għarfien dwar l-intricacies tad-dinamika ċellulari u r-regolamentazzjoni ġenetika. L-ipproċessar tal-kampjun tal-RNA prokarjotiku tagħna huwa mfassal għal traskriptomi prokarjotiċi, li jinvolvi t-tnaqqis tal-rRNA u l-preparazzjoni tal-librerija direzzjonali.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq
-
Is-Sekwenzar tal-Metatranscriptome
Billi juża t-teknoloġija ta' sekwenzar Illumina, is-servizz ta' sekwenzar tal-metatranscriptome ta 'BMKGENE jiżvela l-espressjoni tal-ġeni dinamika ta' firxa diversa ta 'mikrobi, li jkopru ewkarjoti sa prokarjoti u viruses, f'ambjenti naturali bħall-ħamrija, l-ilma, il-baħar, l-ippurgar u l-imsaren. Is-servizz komprensiv tagħna jagħti s-setgħa lir-riċerkaturi biex jidħlu fil-profili kompluti tal-espressjoni tal-ġeni tal-komunitajiet mikrobjali kumplessi. Lil hinn mill-analiżi tassonomika, is-servizz tagħna ta 'sekwenzjar tal-metatraskriptomi jiffaċilita l-esplorazzjoni fl-arrikkiment funzjonali, u jitfa' dawl fuq il-ġeni espressi b'mod differenzjali u r-rwoli tagħhom. Skopri minjiera ta 'għarfien bijoloġiku hekk kif tinnaviga l-pajsaġġi kumplessi ta' espressjoni tal-ġeni, diversità tassonomika, u dinamika funzjonali fi ħdan dawn in-niċeċ ambjentali diversi.
-
Assemblea De novo tal-Ġenoma Fungali
BMKGENE joffri soluzzjonijiet versatili għall-ġenomi fungali, li jaħseb għall-ħtiġijiet diversi ta 'riċerka u l-kompletezza mixtieqa tal-ġenoma. L-użu ta' sekwenzar tal-Illumina b'qari qasir waħdu jippermetti l-ġenerazzjoni ta' abbozz tal-ġenoma. Qari qosra u sekwenzar qari fit-tul bl-użu ta 'Nanopore jew Pacbio huma kkombinati għal ġenoma fungali aktar raffinat b'kontigs itwal. Barra minn hekk, l-integrazzjoni tas-sekwenzjar Hi-C tkompli ttejjeb il-kapaċitajiet, li tippermetti l-kisba ta 'ġenoma komplet fil-livell tal-kromożomi.
