-
Analiżi tal-Assoċjazzjoni tal-ġenoma kollu
L-għan tal-Istudji tal-Assoċjazzjoni tal-Ġenoma Wiesgħa (GWAS) huwa li jiġu identifikati varjanti ġenetiċi (ġenotipi) marbuta ma' karatteristiċi speċifiċi (fenotipi). Billi jiskrutinizza markaturi ġenetiċi madwar il-ġenoma kollu f'numru kbir ta 'individwi, GWAS testrapola assoċjazzjonijiet tal-ġenotip-fenotip permezz ta' analiżi statistiċi fil-livell tal-popolazzjoni. Din il-metodoloġija ssib applikazzjonijiet estensivi fir-riċerka tal-mard tal-bniedem u l-esplorazzjoni ta 'ġeni funzjonali relatati ma' karatteristiċi kumplessi f'annimali jew pjanti.
F'BMKGENE, noffru żewġ toroq għat-twettiq tal-GWAS fuq popolazzjonijiet kbar: l-użu ta 'Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ (WGS) jew l-għażla ta' metodu ta 'sekwenzjar tal-ġenoma ta' rappreżentazzjoni mnaqqsa, il-Framment Ammplifikat tal-Locus Speċifiku (SLAF) żviluppat internament. Filwaqt li WGS suits ġenomi iżgħar, SLAF joħroġ bħala alternattiva kost-effettiva għall-istudju ta 'popolazzjonijiet akbar b'ġenomi itwal, jimminimizzaw b'mod effettiv l-ispejjeż ta' sekwenzar, filwaqt li jiggarantixxu effiċjenza għolja ta 'skoperta ta' markatur ġenetiku.
-
Sekwenzar ta' RNA b'nukleu wieħed
L-iżvilupp ta’ tekniki ta’ qbid ta’ ċellula waħda u ta’ kostruzzjoni ta’ librerija apposta, flimkien ma’ sekwenzar ta’ produttività għolja, irrevoluzzjona l-istudji dwar l-espressjoni tal-ġeni fil-livell taċ-ċellula. Dan l-avvanz jippermetti analiżi aktar profonda u komprensiva ta 'popolazzjonijiet ta' ċelluli kumplessi, li jingħelbu l-limitazzjonijiet assoċjati mal-medja tal-espressjoni tal-ġeni fuq iċ-ċelloli kollha u l-preservazzjoni tal-eteroġeneità vera fi ħdan dawn il-popolazzjonijiet. Filwaqt li s-sekwenzjar tal-RNA ta 'ċellula waħda (scRNA-seq) għandu vantaġġi innegabbli, jiltaqa' ma 'sfidi f'ċerti tessuti fejn il-ħolqien ta' sospensjoni ta 'ċellula waħda jirriżulta diffiċli u jeħtieġ kampjuni friski. F'BMKGene, nindirizzaw dan l-ostaklu billi noffru sekwenzar tal-RNA b'nukleu wieħed (snRNA-seq) bl-użu tat-teknoloġija avvanzata 10X Genomics Chromium. Dan l-approċċ iwessa' l-ispettru ta' kampjuni li jistgħu jiġu analizzati tat-traskriptome fil-livell ta' ċellula waħda.
L-iżolament tan-nuklei jitwettaq permezz taċ-ċippa innovattiva 10X Genomics Chromium, li fiha sistema ta 'mikrofluwidi ta' tmien kanali b'qsim doppju. F'din is-sistema, żibeġ tal-ġel li jinkorporaw barcodes, primers, enzimi, u nukleu wieħed huma inkapsulati fi qtar taż-żejt ta 'daqs nanolitru, li jiffurmaw Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Wara l-formazzjoni tal-GEM, il-liżi taċ-ċelluli u r-rilaxx tal-barcode jseħħu f'kull GEM. Sussegwentement, molekuli mRNA jgħaddu minn traskrizzjoni inversa f'cDNAs, li jinkorporaw barcodes 10X u Identifikaturi Molekulari Uniċi (UMIs). Dawn is-cDNAs imbagħad jiġu soġġetti għal kostruzzjoni ta 'librerija ta' sekwenzar standard, li tiffaċilita esplorazzjoni robusta u komprensiva ta 'profili ta' espressjoni tal-ġeni fil-livell ta 'ċellula waħda.
Pjattaforma: 10× Genomics Chromium u Illumina NovaSeq Platform
-
Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ tal-Pjanti/Annimali
Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ (WGS), magħruf ukoll bħala resequencing, jirreferi għas-sekwenzar tal-ġenoma kollu ta 'individwi differenti ta' speċi b'ġenomi ta 'referenza magħrufa. Fuq din il-bażi, id-differenzi ġenomiċi ta 'individwi jew popolazzjonijiet jistgħu jiġu identifikati aktar. WGS jippermetti l-identifikazzjoni ta 'Polimorfiżmu Nukleotidu Uniku (SNP), Tħassir ta' Inserzjoni (InDel), Varjazzjoni ta 'Struttura (SV), u Varjazzjoni tan-Numru tal-Kopja (CNV). L-SVs jinkludu porzjon akbar tal-bażi tal-varjazzjoni mill-SNPs u għandhom impatt akbar fuq il-ġenoma, li jaffettwaw sostanzjalment l-organiżmi ħajjin. Filwaqt li s-sekwenzar tal-qari qasir huwa effettiv fl-identifikazzjoni ta 'SNPs u InDels, is-sekwenzar ta' qari fit-tul jippermetti identifikazzjoni aktar preċiża ta 'frammenti kbar u varjazzjonijiet ikkumplikati.
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
It-traskriptomika spazjali hija teknoloġija avvanzata li tippermetti lir-riċerkaturi jinvestigaw il-mudelli tal-espressjoni tal-ġeni fit-tessuti filwaqt li jippreservaw il-kuntest spazjali tagħhom. Pjattaforma waħda b'saħħitha f'dan id-dominju hija 10x Genomics Visium flimkien mas-sekwenzjar Illumina. Il-prinċipju ta '10X Visium jinsab fuq ċippa speċjalizzata b'żona ta' qbid magħżula fejn jitqiegħdu sezzjonijiet tat-tessuti. Din iż-żona tal-qbid fiha spots bil-barcode, kull wieħed jikkorrispondi għal post spazjali uniku fit-tessut. Il-molekuli ta 'RNA maqbuda mit-tessut imbagħad jiġu ttikkettjati b'identifikaturi molekulari uniċi (UMIs) matul il-proċess ta' traskrizzjoni inversa. Dawn il-barcode spots u UMIs jippermettu mappjar spazjali preċiż u kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni f'riżoluzzjoni ta 'ċellula waħda. Il-kombinazzjoni ta 'kampjuni spazjalment barcoded u UMIs tiżgura l-eżattezza u l-ispeċifiċità tad-dejta ġġenerata. Billi jużaw din it-teknoloġija Spatial Transcriptomics, ir-riċerkaturi jistgħu jiksbu fehim aktar profond tal-organizzazzjoni spazjali taċ-ċelloli u l-interazzjonijiet molekulari kumplessi li jseħħu fit-tessuti, li joffru għarfien imprezzabbli dwar il-mekkaniżmi sottostanti proċessi bijoloġiċi f'oqsma multipli, inklużi l-onkoloġija, newroxjenza, bijoloġija tal-iżvilupp, immunoloġija. , u studji botaniċi.
Pjattaforma: 10X Genomics Visium u Illumina NovaSeq
-
Sekwenzar ta' mRNA ta' tul sħiħ-Nanopore
Filwaqt li s-sekwenzjar tal-mRNA bbażat fuq l-NGS huwa għodda versatili għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni, id-dipendenza tiegħu fuq qari qosra tirrestrinġi l-effikaċja tagħha f'analiżi transcriptomic kumplessa. Min-naħa l-oħra, is-sekwenzjar tan-nanopori juża teknoloġija ta 'qari fit-tul, li jippermetti s-sekwenzjar ta' traskrizzjonijiet tal-mRNA full-length. Dan l-approċċ jiffaċilita esplorazzjoni komprensiva ta 'splicing alternattiv, fużjonijiet tal-ġeni, poly-adenylation, u l-kwantifikazzjoni ta' isoforms ta 'mRNA.
Is-sekwenzjar tan-nanopori, metodu li jiddependi fuq sinjali elettriċi f'ħin reali b'molekula waħda tan-nanopori, jipprovdi riżultati f'ħin reali. Iggwidat minn proteini tal-muturi, DNA bi stranded doppju jeħel ma 'proteini nanopori inkorporati f'bijofilm, jinħall hekk kif jgħaddi mill-kanal tan-nanopori taħt differenza ta' vultaġġ. Is-sinjali elettriċi distintivi ġġenerati minn bażijiet differenti fuq il-linja tad-DNA huma skoperti u kklassifikati f'ħin reali, u jiffaċilitaw is-sekwenzjar tan-nukleotidi preċiż u kontinwu. Dan l-approċċ innovattiv jegħleb il-limitazzjonijiet tal-qari fil-qosor u jipprovdi pjattaforma dinamika għal analiżi ġenomika kkomplikata, inklużi studji traskrittomiċi kumplessi, b'riżultati immedjati.
Pjattaforma: Nanopore PromethION 48
-
Sekwenzar ta 'mRNA ta' tul sħiħ -PacBio
Filwaqt li s-sekwenzjar tal-mRNA bbażat fuq l-NGS huwa għodda versatili għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni, id-dipendenza tiegħu fuq qari qosra tirrestrinġi l-użu tiegħu f'analiżi transcriptomic kumplessi. Min-naħa l-oħra, is-sekwenzjar PacBio (Iso-Seq) juża teknoloġija ta 'qari fit-tul, li jippermetti s-sekwenzjar ta' traskrizzjonijiet tal-mRNA full-length. Dan l-approċċ jiffaċilita esplorazzjoni komprensiva ta 'splicing alternattiv, fużjonijiet tal-ġeni, u poly-adenylation. Madankollu, hemm għażliet oħra għall-kwantifikazzjoni tal-espressjoni tal-ġeni minħabba l-ammont għoli ta 'dejta meħtieġa. It-teknoloġija tas-sekwenzjar PacBio tiddependi fuq sekwenzar ta 'molekula waħda, f'ħin reali (SMRT), li tipprovdi vantaġġ distint fil-qbid ta' traskrizzjonijiet tal-mRNA full-length. Dan l-approċċ innovattiv jinvolvi l-użu ta’ gwidi tal-mewġ tal-modalità żero (ZMWs) u bjar mikrofabbrikati li jippermettu l-osservazzjoni f’ħin reali tal-attività tal-polimerażi tad-DNA waqt is-sekwenzjar. F'dawn iż-ZMWs, id-DNA polymerase ta' PacBio tisintetizza linja komplementari ta' DNA, li tiġġenera qari twal li jkopru t-traskrizzjonijiet tal-mRNA kollha. It-tħaddim ta' PacBio fil-modalità ta' sekwenzar ta' Kunsens Ċirkolari (CCS) ittejjeb il-preċiżjoni billi tissekwenza ripetutament l-istess molekula. Il-qari HiFi iġġenerat għandhom preċiżjoni komparabbli ma 'NGS, li jikkontribwixxu aktar għal analiżi komprensiva u affidabbli ta' karatteristiċi traskrittomiċi kumplessi.
Pjattaforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Sekwenzar tal-mRNA Ewkarjotiku-NGS
Is-sekwenzjar tal-mRNA, teknoloġija versatili, jagħti s-setgħa lill-profil komprensiv tat-traskrizzjonijiet kollha tal-mRNA fi ħdan iċ-ċelloli taħt kundizzjonijiet speċifiċi. Bl-applikazzjonijiet wiesgħa tagħha, din l-għodda avvanzata tiżvela profili kkomplikati tal-espressjoni tal-ġeni, strutturi tal-ġeni u mekkaniżmi molekulari assoċjati ma 'proċessi bijoloġiċi diversi. Adottat ħafna fir-riċerka fundamentali, id-dijanjostika klinika u l-iżvilupp tad-droga, is-sekwenzjar tal-mRNA joffri għarfien dwar l-intricacies tad-dinamika ċellulari u r-regolamentazzjoni ġenetika, u jqanqal kurżità dwar il-potenzjal tiegħu f'diversi oqsma.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekwenzar tal-mRNA-NGS mhux ibbażat fuq Referenza
Is-sekwenzjar tal-mRNA jagħti s-setgħa lill-profiling komprensiv tat-traskrizzjonijiet tal-mRNA kollha fi ħdan iċ-ċelloli taħt kundizzjonijiet speċifiċi. Din it-teknoloġija avvanzata sservi bħala għodda qawwija, li tikxef profili kkomplikati ta 'espressjoni tal-ġeni, strutturi tal-ġeni, u mekkaniżmi molekulari assoċjati ma' proċessi bijoloġiċi diversi. Adottat ħafna fir-riċerka fundamentali, id-dijanjostika klinika, u l-iżvilupp tad-droga, is-sekwenzjar tal-mRNA joffri għarfien dwar l-intricacies tad-dinamika ċellulari u r-regolamentazzjoni ġenetika.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekwenzar-Illumina twila mhux kodifika
RNAs twal mhux kodifikanti (lncRNAs) huma itwal minn 200 nukleotide li jippossjedu potenzjal minimu ta 'kodifikazzjoni u huma elementi ċentrali fi ħdan RNA mhux kodifikanti. Misjuba fin-nukleu u ċ-ċitoplasma, dawn l-RNAs għandhom rwoli kruċjali fir-regolamentazzjoni epiġenetika, traskrizzjoni u post-traskrizzjoni, u jenfasizzaw is-sinifikat tagħhom fit-tiswir tal-proċessi ċellulari u molekulari. Is-sekwenzjar tal-LncRNA huwa għodda qawwija fid-divrenzjar taċ-ċelluli, l-ontoġenesi u l-mard tal-Bniedem.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq
-
Żgħir RNA Sequencing-Illumina
Molekuli żgħar RNA (sRNA), jinkludu microRNAs (miRNAs), RNAs żgħar li jinterferixxu (siRNAs), u RNAs li jinteraġixxu piwi (piRNAs). Fost dawn, il-miRNAs, twal madwar 18-25 nukleotide, huma partikolarment notevoli għar-rwoli regolatorji ċentrali tagħhom f'diversi proċessi ċellulari. B'mudelli ta 'espressjoni speċifiċi għat-tessuti u speċifiċi għall-istadju, il-miRNAs juru konservazzjoni għolja fost speċi differenti.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sekwenzar-Illumina
Is-sekwenzjar ta 'RNA ċirkolari (circRNA-seq) huwa li tipprofila u janalizza RNAs ċirkolari, klassi ta' molekuli RNA li jiffurmaw ċikli magħluqa minħabba avvenimenti ta 'splicing mhux kanoniċi, li jipprovdu dan l-RNA b'stabbiltà akbar. Filwaqt li xi circRNAs intwerew li jaġixxu bħala sponoż tal-mikroRNA, jissekwestraw microRNAs u jipprevjenuhom milli jirregolaw l-mRNAs fil-mira tagħhom, circRNAs oħra jistgħu jinteraġixxu ma 'proteini, jimmodulaw l-espressjoni tal-ġeni, jew ikollhom rwoli fi proċessi ċellulari. L-analiżi tal-espressjoni circRNA tipprovdi għarfien dwar ir-rwoli regolatorji ta 'dawn il-molekuli u s-sinifikat tagħhom f'diversi proċessi ċellulari, stadji ta' żvilupp, u kundizzjonijiet tal-mard, li jikkontribwixxu għal fehim aktar profond tal-kumplessità tar-regolament tal-RNA fil-kuntest tal-espressjoni tal-ġeni.
-
Sekwenzar tat-Traskriptome Sħiħ - Illumina
Is-sekwenzjar tat-traskriptome sħiħ joffri approċċ komprensiv għall-profiling ta' molekuli RNA diversi, li jinkludi kodifikazzjoni (mRNA) u RNAs mhux kodifikanti (lncRNA, circRNA, u miRNA). Din it-teknika taqbad it-traskriptome kollu ta 'ċelluli speċifiċi f'mument partikolari, li tippermetti fehim olistiku tal-proċessi ċellulari. Magħruf ukoll bħala "sekwenzjar tal-RNA totali", għandu l-għan li jiżvela netwerks regolatorji kkomplikati fil-livell tat-traskriptome, li jippermettu analiżi fil-fond bħal RNA endoġenu kompetitur (ceRNA) u analiżi konġunta tal-RNA. Dan jimmarka l-pass inizjali lejn karatterizzazzjoni funzjonali, b'mod partikolari fit-tqaxxir tan-netwerks regolatorji li jinvolvu interazzjonijiet ceRNA bbażati fuq circRNA-miRNA-mRNA.
-
Sekwenzar tal-Immunopreċipitazzjoni tal-Kromatina (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) hija teknika li tisfrutta l-antikorpi biex tarrikkixxi b'mod selettiv il-proteini li jorbtu mad-DNA u l-miri ġenomika korrispondenti tagħhom. L-integrazzjoni tagħha ma 'NGS tippermetti l-profiling tal-ġenoma kollu ta' miri tad-DNA assoċjati ma 'modifika tal-histone, fatturi ta' traskrizzjoni, u proteini oħra li jorbtu mad-DNA. Dan l-approċċ dinamiku jippermetti paraguni ta 'siti ta' rbit f'diversi tipi ta 'ċelluli, tessuti, jew kundizzjonijiet. L-applikazzjonijiet ta 'ChIP-Seq ikopru mill-istudju tar-regolamentazzjoni tat-traskrizzjoni u l-mogħdijiet ta' żvilupp sa l-eluċidazzjoni tal-mekkaniżmi tal-mard, li jagħmilha għodda indispensabbli għall-fehim tal-pajsaġġi tar-regolamentazzjoni ġenomika u l-avvanz tal-għarfien terapewtiku.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq
