-
Interazzjoni tal-Kromatina bbażata fuq Hi-C
Hi-C huwa metodu ddisinjat biex jaqbad il-konfigurazzjoni ġenomika billi jgħaqqad interazzjonijiet ibbażati fuq il-prossimità tal-probing u sekwenzar b'rendiment għoli. Il-metodu huwa bbażat fuq crosslinking tal-kromatin mal-formaldehyde, segwit minn diġestjoni u ri-ligazzjoni b'mod li frammenti biss li huma marbuta b'mod kovalenti jiffurmaw prodotti ta 'ligazzjoni. Permezz ta 'sekwenzjar ta' dawn il-prodotti tal-ligazzjoni, huwa possibbli li tiġi studjata l-organizzazzjoni 3D tal-ġenoma. Hi-C jippermetti li tistudja d-distribuzzjoni tal-porzjonijiet tal-ġenoma li huma ppakkjati ħafif (kompartimenti A, ewkromatina) u aktar probabbli li jkunu attivi b'mod traskrizzjoni, u r-reġjuni li huma ppakkjati aktar sewwa (kompartimenti B, Heterochromatin). Hi-C jista 'jintuża wkoll biex jidentifika Domini Assoċjati Topoloġikament (TADs), reġjuni tal-ġenoma li għandhom strutturi mitwija u li x'aktarx ikollhom mudelli ta' espressjoni simili, u biex jidentifikaw linji tal-kromatin, reġjuni tad-DNA li huma ankrati flimkien minn proteini u li huma spiss arrikkit f'elementi regolatorji. Is-servizz ta 'sekwenzjar Hi-C ta' BMKGene jagħti s-setgħa lir-riċerkaturi biex jesploraw id-dimensjonijiet spazjali tal-ġenomika, u jiftaħ toroq ġodda biex jifhmu r-regolamentazzjoni tal-ġenoma u l-implikazzjonijiet tagħha fis-saħħa u l-mard.
-
Sekwenzar tal-Immunopreċipitazzjoni tal-Kromatina (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) hija teknika li tisfrutta l-antikorpi biex tarrikkixxi b'mod selettiv il-proteini li jorbtu mad-DNA u l-miri ġenomika korrispondenti tagħhom. L-integrazzjoni tagħha ma 'NGS tippermetti l-profiling tal-ġenoma kollu ta' miri tad-DNA assoċjati ma 'modifika tal-histone, fatturi ta' traskrizzjoni, u proteini oħra li jorbtu mad-DNA. Dan l-approċċ dinamiku jippermetti paraguni ta 'siti ta' rbit f'diversi tipi ta 'ċelluli, tessuti, jew kundizzjonijiet. L-applikazzjonijiet ta 'ChIP-Seq ikopru mill-istudju tar-regolamentazzjoni tat-traskrizzjoni u l-mogħdijiet ta' żvilupp sa l-eluċidazzjoni tal-mekkaniżmi tal-mard, li jagħmilha għodda indispensabbli għall-fehim tal-pajsaġġi tar-regolamentazzjoni ġenomika u l-avvanz tal-għarfien terapewtiku.
Pjattaforma: Illumina NovaSeq
-
Sekwenzar bisulfit tal-ġenoma kollu (WGBS)
Is-Sekwenzar tal-Bisulfite tal-Ġenoma Sħiħ (WGBS) huwa l-metodoloġija standard tad-deheb għall-esplorazzjoni fil-fond tal-metilazzjoni tad-DNA, speċifikament il-ħames pożizzjoni fiċ-ċitosina (5-mC), regolatur ċentrali tal-espressjoni tal-ġeni u l-attività ċellulari. Il-prinċipju sottostanti WGBS jinvolvi trattament bisulfite, li jinduċi l-konverżjoni ta 'ċitosini mhux metilati għal uracil (C sa U), filwaqt li jħalli ċitosini methylated mhux mibdula. Din it-teknika toffri riżoluzzjoni b'bażi waħda, li tippermetti lir-riċerkaturi jinvestigaw b'mod komprensiv il-methylome u jikxfu mudelli anormali ta 'metilazzjoni assoċjati ma' kundizzjonijiet varji, notevolment il-kanċer. Billi jimpjegaw WGBS, ix-xjenzati jistgħu jiksbu għarfien mingħajr paragun dwar il-pajsaġġi tal-metilazzjoni tal-ġenoma kollu, li jipprovdu fehim sfumat tal-mekkaniżmi epiġenetiċi li huma l-bażi ta 'proċessi bijoloġiċi u mard differenti.
-
Assaġġ għall-Kromatin Aċċessibbli għat-Transposase b'Sekwenzar ta' Throughput Għoli (ATAC-seq)
ATAC-seq hija teknika ta' sekwenzar ta' produzzjoni għolja użata għall-analiżi tal-aċċessibbiltà tal-kromatina mal-ġenoma kollu. L-użu jipprovdi fehim aktar profond tal-mekkaniżmi kumplessi tal-kontroll epiġenetiku globali fuq l-espressjoni tal-ġeni. Il-metodu juża transposase Tn5 iperattiv biex simultanjament jifframmenta u jimmarka r-reġjuni tal-kromatina miftuħa billi jdaħħal adapters tas-sekwenzjar. L-amplifikazzjoni sussegwenti tal-PCR tirriżulta fil-ħolqien ta 'librerija ta' sekwenzar, li tippermetti l-identifikazzjoni komprensiva ta 'reġjuni miftuħa tal-kromatin taħt kundizzjonijiet speċifiċi ta' spazju-ħin. ATAC-seq jipprovdi ħarsa ħolistika ta 'pajsaġġi tal-kromatin aċċessibbli, b'differenza mill-metodi li jiffokaw biss fuq siti ta' rbit tal-fattur ta 'traskrizzjoni jew reġjuni speċifiċi modifikati bl-histone. Permezz ta 'sekwenzjar ta' dawn ir-reġjuni tal-kromatina miftuħa, ATAC-seq jiżvela reġjuni aktar probabbli li sekwenzi regolatorji attivi u siti potenzjali ta 'rbit tal-fattur ta' traskrizzjoni, li joffri għarfien siewi dwar il-modulazzjoni dinamika tal-espressjoni tal-ġeni madwar il-ġenoma.
-
Sekwenzar tal-Bisulfite b'Rappreżentanza Mnaqqsa (RRBS)
Is-Sekwenzar tal-Bisulfite b'Rappreżentanza Mnaqqsa (RRBS) ħareġ bħala alternattiva kosteffettiva u effiċjenti għas-Sekwenzar tal-Bisulfite tal-Ġenoma Sħiħ (WGBS) fir-riċerka tal-metilazzjoni tad-DNA. Filwaqt li WGBS jipprovdi għarfien komprensiv billi jeżamina l-ġenoma kollu f'riżoluzzjoni bażi waħda, l-ispiża għolja tagħha tista 'tkun fattur li jillimita. L-RRBS itaffu b'mod strateġiku din l-isfida billi janalizza b'mod selettiv porzjon rappreżentattiv tal-ġenoma. Din il-metodoloġija tiddependi fuq l-arrikkiment tar-reġjuni għonja fil-gżejjer CpG minn qsim MspI segwit minn għażla tad-daqs ta 'frammenti ta' 200-500/600 bps. Konsegwentement, reġjuni prossimali biss għall-gżejjer CpG huma sekwenzati, filwaqt li dawk bi gżejjer CpG imbiegħda huma esklużi mill-analiżi. Dan il-proċess, flimkien mas-sekwenzjar tal-bisulfite, jippermetti skoperta b'riżoluzzjoni għolja tal-metilazzjoni tad-DNA, u l-approċċ tas-sekwenzjar, PE150, jiffoka speċifikament fuq it-truf tal-inserzjonijiet aktar milli fin-nofs, u jżid l-effiċjenza tal-profil tal-metilazzjoni. L-RRBS hija għodda imprezzabbli li tippermetti riċerka kost-effettiva dwar il-metilazzjoni tad-DNA u tavvanza l-għarfien tal-mekkaniżmi epiġenetiċi.
