
Mappa tas-sħana
L-għodda Heatmap taċċetta fajl tad-dejta tal-matriċi bħala input u tippermetti lill-utenti jiffiltraw, jinnormalizzaw u jiġbru d-dejta. Il-każ ta' użu primarju għall-heatmaps huwa l-analiżi tal-clusters tal-livell tal-espressjoni tal-ġeni bejn kampjuni differenti.

Annotazzjoni tal-Ġene
L-għodda tal-Annotazzjoni tal-Ġeni twettaq annotazzjoni tal-ġeni bbażata fuq l-allinjament tas-sekwenza tal-fajls FASTA tal-input kontra databases varji.

Għodda Bażika ta' Tiftix ta' Allinjament Lokali (BLAST)
L-għodda BLAST hija verżjoni integrata ta' BMKCloud ta' NCBI BLAST u tista' tintuża biex twettaq l-istess funzjonijiet billi tuża dejta mtella' fil-kont BMKCloud.

CDS_UTR Tbassir
L-għodda ta’ Tbassir CDS_UTR hija mfassla biex tbassar reġjuni ta’ kodifikazzjoni (CDS) u reġjuni mhux ta’ kodifikazzjoni (UTR) f’sekwenzi ta’ traskrizzjoni partikolari bbażati fuq riżultati BLAST kontra databases ta’ proteini magħrufa u riżultati ta’ tbassir ORF.

Manhattan Plot
L-għodda Manhattan Plot tippermetti l-wiri ta 'esperimenti ta' kampjuni għolja u hija komunement użata fi studji ta 'assoċjazzjoni mal-ġenoma kollu (GWAS).

Dijagramma Circos
L-għodda tad-Djagramma CIRCOS tipprovdi viżwalizzazzjoni effiċjenti ta 'kif il-karatteristika ġenomika huma mqassma madwar il-ġenoma. Karatteristiċi komuni jinkludu loci kwantitattivi, SNPs, InDels, varjanti strutturali u numru ta 'kopja.

Arrikkiment tal-Ontoloġija tal-Ġene (GO).
L-għodda ta' Arrikkiment GO tipprovdi analiżi ta' arrikkiment funzjonali. Is-softwer primarju f'din l-għodda huwa l-pakkett TopGO-Bioconductor, li jinkludi analiżi ta 'espressjoni differenzjali, analiżi ta' arrikkiment GO u viżwalizzazzjoni tar-riżultati.

Analiżi tan-Netwerk tal-Ko-espressjoni tal-Ġene Peżata (WGCNA)
WGCNA huwa metodu ta 'tħaffir tad-dejta użat ħafna biex jiskopru moduli ta' ko-espressjoni tal-ġeni. Huwa applikabbli għal diversi dataset tal-espressjoni inkluż microarray u data tal-espressjoni tal-ġene NGS.

InterProScan
L-għodda InterProScan tipprovdi analiżi u klassifikazzjoni tas-sekwenza tal-proteini InterPro.

GO KEGG Arrikkiment
L-għodda ta' arrikkiment GO KEGG hija mfassla biex tiġġenera istogramma ta' arrikkiment GO, istogramma ta' arrikkiment KEGG u mogħdija ta' arrikkiment KEGG ibbażata fuq sett ta' ġeni pprovdut u annotazzjoni korrispondenti.