Sekwenzar tal-Ġenoma Sħiħ tal-Pjanti / Annimali
Karatteristiċi tas-servizz
● Il-preparazzjoni tal-librerija tista 'tkun standard jew mingħajr PCR
● Disponibbli f'4 pjattaformi ta 'sekwenzar: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, jew Pacbio Revio.
● Analiżi bijoinformatika ffokata fuq l-iskoperta ta 'varjanti: SNP, Indel, SV u CNV
Vantaġġi tas-Servizz
●Kompetenza estensiva u rekords ta 'pubblikazzjoni: Esperjenza akkumulata fis-sekwenzar tal-ġenoma għal aktar minn 1000 speċi rriżultat f'aktar minn 1000 każ ippubblikat b'fattur ta 'impatt kumulattiv ta' aktar minn 5000.
●Analiżi komprensiva tal-bijoinformatika: Inkluża s-sejħa tal-varjazzjoni u l-annotazzjoni tal-funzjoni.
● Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
●Annotazzjoni komprensiva: Aħna nużaw databases multipli biex jannotaw funzjonalment il-ġeni b'varjazzjonijiet identifikati u nwettqu l-analiżi ta 'arrikkiment korrispondenti, li nipprovdu għarfien dwar proġetti ta' riċerka multipli.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Varjanti li għandhom jiġu identifikati | Strateġija ta 'sekwenzar | Fond rakkomandat |
| SNP u Indel | Illumina Novaseq PE150 jew MGI T7 | 10x |
| SV u CNV (inqas preċiż) | 30x | |
| SV u CNV (aktar preċiż) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV u CNV | Pacbio revio | 10x |
Rekwiżiti tal-kampjun
| Tessut jew aċidi nuklejiċi estratti | Illumina / MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Viscera tal-Annimali | 0.5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Muskolu tal-annimali | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Demm mammiferu | 1.5 ml | ≥ 0.5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Demm tat-Tjur / Ħut | ≥ 0.1 ml
| ≥ 0.5 ml
| |||
| Pjanti- werqa friska | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Ċelloli kkultivati |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tessut artab / individwu tal-insetti | 0.5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA estratt
| Konċentrazzjoni: ≥ 1 ng / µl Ammont: ≥ 30 ng Limitat jew l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni
| Konċentrazzjoni Ammont
OD260 / 280
OD260 / 230
Limitat jew l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni
| ≥ 40 ng / µl 4 µg / ċellola tal-fluss / kampjun
1.7-2.2
≥1.5 | Konċentrazzjoni Ammont
OD260 / 280
OD260 / 230
Limitat jew l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni | ≥ 50 ng / µl 10 µg / ċellola tal-fluss / kampjun
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparazzjoni tal-librerija ħielsa mill-PCR: Konċentrazzjoni≥ 40 ng / µl Ammont≥ 500 ng | |||||
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tad-DNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Kunsinna tad-dejta
Tinkludi l-analiżi li ġejja:
- Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux maħdum
- Statistika tal-allinjament mal-ġenoma ta ’referenza
- Identifikazzjoni tal-varjant: SNP, Indel, SV u CNV
- Annotazzjoni funzjonali tal-varjanti
Statistika tal-Allinjament mal-Ġenoma ta ’Referenza - Distribuzzjoni tal-Fond tas-Sekwenzar
SNP li ssejjaħ fost kampjuni multipli
Identifikazzjoni Indel - Statistika tat-tul indel fir-reġjun tas-CDS u fir-reġjun tal-ġenoma kollha
Distribuzzjoni tal-varjanti fil-plott tal-ġenoma - circos
Annotazzjoni funzjonali tal-ġeni b'varjanti identifikati - ontoloġija tal-ġeni
Chai, Q. et al. (2023) "A glutathione S-transferase GHTT19 jiddetermina pigmentazzjoni tal-petali tal-fjuri permezz tar-regolazzjoni tal-akkumulazzjoni ta 'l-antokianina fil-qoton", Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111 / pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) "Ġenoma ta 'Hevea Brasiliensis fil-livell tal-kromożomi tipprovdi għodod ġodda għat-tgħammir assistit ġenomiku u loci ta' valur biex jgħollu r-rendiment tal-gomma", Ġurnal tal-Bijoteknoloġija tal-Pjanti, 21 (5), pp. 1058-1072. doi: 10.1111 / pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) "Ġenoma ta 'l-Oyster ta' l-Estuarine tipprovdi għarfien dwar l-impatt klimatiku u l-plastiċità adattiva", Bijoloġija tal-Komunikazzjonijiet 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038 / s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) "Analiżi tal-bidliet tal-ġenoma u tal-metilazzjoni fit-tiġieġ Indiġeni Ċiniżi maż-żmien tipprovdi għarfien dwar il-konservazzjoni tal-ispeċi", Bijoloġija tal-Komunikazzjonijiet, 5 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038 / s42003-022-03907-7.
