Sekwenzar tal-Ġenoma tal-Pjanti / Annimali De Novo
De novoIs-sekwenzar jirreferi għall-kostruzzjoni ta 'ġenoma sħiħa ta' speċi bl-użu ta 'teknoloġiji ta' sekwenzar fin-nuqqas ta 'ġenoma ta' referenza. L-introduzzjoni u l-adozzjoni mifruxa ta 'sekwenzar tat-tielet ġenerazzjoni, li jinkludu qari itwal, tejbu b'mod sinifikanti l-assemblaġġ tal-ġenoma billi żiedu l-koinċidenza bejn il-qari. Dan it-tisħiħ huwa partikolarment pertinenti meta jiġu ttrattati ġenomi ta 'sfida, bħal dawk li juru heterozygosity għolja, proporzjon għoli ta' reġjuni ripetittivi, poliploidi, u reġjuni b'elementi ripetittivi, kontenut anormali tal-GC, jew kumplessità għolja li huma tipikament immuntati ħażin bl-użu ta 'sekwenzar ta' qosra ħażin waħdu.
Is-soluzzjoni one-stop tagħna tipprovdi servizzi ta 'sekwenzar integrati u analiżi bijoinformatika li jagħtu ġenoma ta' kwalità għolja de novo. Stħarriġ inizjali tal-ġenoma ma 'Illumina jipprovdi stimi tad-daqs u l-kumplessità tal-ġenoma, u din l-informazzjoni tintuża biex tiggwida l-pass li jmiss ta' sekwenzar li jinqara fit-tul ma 'Pacbio Hifi, segwit minnde novoAssemblea tal-kontigs. L-użu sussegwenti ta 'assemblaġġ HIC jippermetti l-ankraġġ tal-contigs mal-ġenoma, li jikseb assemblaġġ fil-livell tal-kromożomi. Fl-aħħarnett, il-ġenoma hija annotata mill-previżjoni tal-ġene u permezz tas-sekwenzar tal-ġeni espressi, li tirrikorri għal transcriptomes bi qari qasir u twil.
Karatteristiċi tas-servizz
● Integrazzjoni ta 'sekwenzar multipli u servizzi bijoinformatiċi f'soluzzjoni ta' waqfien wieħed:
Stħarriġ tal-ġenoma b'Illumina biex jistma d-daqs tal-ġenoma u jiggwida l-passi sussegwenti;
Sekwenzar ta 'Aqra Twil għalde novoassemblaġġ ta 'contigs;
Sekwenzar Hi-C għall-ankraġġ tal-kromożomi;
sekwenzar ta 'mRNA għall-annotazzjoni tal-ġeni;
Validazzjoni tal-assemblaġġ.
● Servizz adattat għall-kostruzzjoni ta 'ġenomi ġodda jew titjib ta' ġenomi ta 'referenza eżistenti għal speċi ta' interess.
Vantaġġi tas-Servizz
Żvilupp ta 'pjattaformi ta' sekwenzar u bijoinformatika fide novoassemblaġġ tal-ġenoma
(Amarasinghe SL et al.,Bijoloġija tal-ġenoma, 2020)
●Kompetenza estensiva u rekord tal-pubblikazzjoni: BMKGene akkumula esperjenza massiva fl-assemblaġġ tal-ġenoma ta 'kwalità għolja ta' speċi differenti, inklużi ġenomi diploidi u ġenomi kumplessi ħafna ta 'speċi poliploid u allopolyploid. Mill-2018, ikkontribwixxew għal300 pubblikazzjoni b'impatt għoli, u 20+ minnhom huma ppubblikati fin-natura ġenetika-
● One-stop soluzzjoni: L-approċċ integrat tagħna jgħaqqad teknoloġiji ta 'sekwenzar multipli u analiżi bijoinformatiċi fi fluss tax-xogħol koeżiv, li jagħti ġenoma ta' kwalità għolja.
●Imfassal għall-bżonnijiet tiegħek: Il-fluss tax-xogħol tas-servizz tagħna huwa customizable, li jippermetti adattament għal ġenomi b'karatteristiċi varji u ħtiġijiet ta 'riċerka speċifiċi. Dan jinkludi akkomodazzjoni ta 'ġenomi ġganti, ġenomi poliploidi, ġenomi eterożigoti ħafna, u aktar.
●Bioinformatika u Tim tal-Laboratorju b'ħiliet għolja: b'esperjenza kbira kemm fil-faċċata sperimentali kif ukoll fil-bijoinformatika ta 'assemblaġġi tal-ġenoma kumplessi u serje ta' privattivi u drittijiet tal-awtur tas-software.
●Appoġġ ta 'wara l-bejgħ:L-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' 3 xhur wara l-bejgħ. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza ta 'soluzzjoni ta' problemi, u sessjonijiet ta 'Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Speċifikazzjonijiet tas-Servizz
| Stħarriġ tal-Ġenoma | Assemblaġġ tal-ġenoma | Livell tal-kromożomi | Annotazzjoni tal-ġenoma |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x pacbio ccs hifi jaqra | 100x Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (mhux obbligatorju) RNA-seq Sħiħ sħiħ Pacbio 40 GB jew Nanopore 12 GB |
Rekwiżiti tas-Servizz
Għal stħarriġ tal-ġenoma, assemblaġġ tal-ġenoma u assemblaġġ Hi-C:
| Tessut jew aċidi nuklejiċi estratti | Stħarriġ tal-Ġenoma | Assemblaġġ tal-ġenoma ma 'pacbio | Assemblea Hi-C |
| Viscera tal-Annimali | 0.5-1 g
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Muskolu tal-annimali | ≥ 5 g | ||
| Demm mammiferu | 1.5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Demm tat-Tjur / Ħut | ≥ 0.5 ml | ||
| Pjanti- werqa friska | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Ċelloli kkultivati |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insett | 0.5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA estratt | Konċentrazzjoni: ≥1 ng / µL Ammont ≥ 30 ng Limitat jew l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni | Konċentrazzjoni: ≥ 50 ng / µL Ammont: 10 µg / ċellola tal-fluss / kampjun OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Limitat jew l-ebda degradazzjoni jew kontaminazzjoni |
-
|
Għal annotazzjoni tal-ġenoma bi transcriptomics:
| Tessut jew aċidi nuklejiċi estratti | It-traskrizzjoni Illumina | Traskrizzjoni Pacbio | Traskrizzjoni tan-Nanopore |
| Pjanti- Għerq / zokk / petal | 450 mg | 600 mg | |
| Pjanti - weraq / żerriegħa | 300 mg | 300 mg | |
| Pjanti - Frott | 1.2 g | 1.2 g | |
| Qalb / musrana tal-annimali | 300 mg | 300 mg | |
| Viscera tal-annimali / moħħ | 240 mg | 240 mg | |
| Muskolu tal-annimali | 450 mg | 450 mg | |
| Għadam tal-annimali / xagħar / ġilda | 1 g | 1 g | |
| Artropodi - Insett | 6 | 6 | |
| Artropodi -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Demm sħiħ | 1 tubu | 1 tubu | |
| RNA estratt | Konċentrazzjoni: ≥ 20 ng / µL Ammont ≥ 0.3 µg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 6 5≥28s / 18S≥1 | Konċentrazzjoni: ≥ 100 ng / µL Ammont ≥ 0.75 µg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 8 5≥28s / 18S≥1 | Konċentrazzjoni: ≥ 100 ng / µL Ammont ≥ 0.75 µg OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Rin≥ 7.5 5≥28s / 18S≥1 |
Twassil tal-kampjun rakkomandat
Kontenitur: 2 ml centrifuge tubu (fojl tal-landa mhux irrakkomandat)
(Għal ħafna mill-kampjuni, nirrakkomandaw li ma nippreservawx fl-etanol.)
Tikkettar tal-kampjun: Il-kampjuni għandhom ikunu ttikkettjati b'mod ċar u identiċi għall-formola ta 'informazzjoni tal-kampjun sottomessa.
Ġarr: Silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż l-ewwel u midfuna f'iklejka niexfa.
Fluss tax-xogħol
Fluss tax-xogħol tas-servizz
Disinn ta 'Esperiment
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tad-DNA
Kostruzzjoni tal-librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-Dejta
Servizzi ta 'wara l-bejgħ
Analiżi bijoinformatika kompluta, separata f'4 passi:
1) Stħarriġ tal-Ġenoma, ibbażat fuq analiżi K-Mer b'NGS jaqra:
Stima tad-daqs tal-ġenoma
Stima ta 'heterozygosity
Stima ta 'reġjuni ripetittivi
2) Assemblea tal-ġenoma b'Pacbio Hifi:
De novoassemblaġġ
Valutazzjoni tal-Assemblea: inkluża analiżi Busco għall-kompletezza tal-ġenoma u l-immappjar lura ta 'NGS u Pacbio Hifi Reads
3) Assemblea Hi-C:
Librerija Hi-C QC: Stima ta 'Interazzjonijiet Hi-C validi
Assemblea Hi-C: Raggruppament ta 'Contigs fi Gruppi, segwit minn Ordni tal-Kontig f'kull grupp u Assenjazzjoni ta' Orjentazzjoni tal-Kontig
Evalwazzjoni Hi-C
4) Annotazzjoni tal-ġenoma:
Tbassir tal-RNA li ma jikkodifikax
Identifikazzjoni ta 'sekwenzi ripetittivi (transposons u repetizzjonijiet tandem)
Tbassir tal-Ġene
§De novo: algoritmi ab initio
§ Ibbażat fuq l-omoloġija
§ Ibbażat fuq traskrizzjoni, bi qari twil u qasir: il-qari humade novoimmuntat jew immappjat mal-abbozz tal-ġenoma
§ Annotazzjoni ta 'ġeni mbassra b'diversi bażijiet tad-dejta
1) Stħarriġ tal-Ġenoma- K-Mer Analiżi
2) assemblaġġ tal-ġenoma
2) Assemblea tal-Ġenoma - Pacbio Hifi jaqra l-immappjar għall-Abbozz tal-Assemblea
2) Assemblea Hi-C - Stima ta 'pari ta' interazzjoni valida hi-C
3) Evalwazzjoni Hi-C wara l-Assemblea
4) Annotazzjoni tal-Ġenoma - Integrazzjoni tal-Ġeni Mbassra
4) Annotazzjoni tal-Ġenoma - Annotazzjoni tal-ġeni mbassra
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta 'assemblaġġ tal-ġenoma de novo ta' BMKGene permezz ta 'kollezzjoni kkurata ta' pubblikazzjonijiet:
Li, C. et al. (2021) "Is-sekwenzi tal-ġenoma jiżvelaw rotot ta 'tixrid globali u jissuġġerixxu adattamenti ġenetiċi konverġenti fl-evoluzzjoni tal-baħar", Natura Communications, 12 (1). doi: 10.1038 / s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) "Bidliet kromożomiċi fuq skala kbira jwasslu għal alterazzjonijiet ta 'espressjoni fil-livell tal-ġenoma, adattament ambjentali, u speċifikazzjoni fil-gayal (BOS frontalis)", bijoloġija u evoluzzjoni molekulari, 40 (1). doi: 10.1093 / molbev / mSAD006.
Tian, T. et al. (2023) "Assemblea tal-ġenoma u dissezzjoni ġenetika ta 'ġermoplasma ta' qamħirrum reżistenti għan-nixfa", Ġenetika tan-Natura 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496-506. doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) "L-evoluzzjoni li tiżvela tal-bijosintesi ta 'alkaloid tat-tropan billi tanalizza żewġ ġenomi fil-familja Solanaceae", Nature Communications 2023 14: 1, 1, 14 (1), pp. 1-18. doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
Studji ta 'każijiet ta' sfida:
Assemblea Telomere-to-Telomere:Fu, A. et al. (2023) "Telomere-to-telomere Assemblea tal-ġenoma ta 'bettieħa morra (Momordica Charantia L. var. Abbreviata Ser.) Tiżvela l-iżvilupp tal-frott, il-kompożizzjoni u l-karatteristiċi ġenetiċi tal-maturazzjoni", riċerka tal-ortikultura, 10 (1). doi: 10.1093 / hr / uhac228.
Assemblea tal-haplotip:Hu, W. et al. (2021) "Ġenoma definita bl-allele tiżvela differenzjazzjoni biallelic waqt l-evoluzzjoni tal-kassava", impjant molekulari, 14 (6), pp. 851–854. doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
Assemblea tal-ġenoma ġgant:Yuan, J. et al. (2022) "Bażi ġenomika tal-giga-kromożomi u giga-ġenoma ta 'siġar peony paeonia ostii", Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp. 1-16. doi: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
Assemblea tal-ġenoma tal-polyploid:Zhang, Q. et al. (2022) "Interessi ġenomiċi dwar it-tnaqqis reċenti tal-kromożomi ta 'autopolyploid taz-zokkor Saccharum spontaneum", Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp. 885–896. doi: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
