Pacbio Traskriptome full-length

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, jippermetti identifikazzjoni preċiża ta 'isoformi tat-traskrizzjoni, jitfa' dawl fuq polyadenylation u splicing alternattivi, u jwassal għal analiżi tal-espressjoni tal-ġeni aktar preċiża. Il-pipeline BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome huwa ddisinjat biex janalizza libreriji cDNA sekwenzati fil-modalità Circular Consensus Sequencing (CCS) u jidentifika sekwenzi Full-Length Non-Chimeric (FLNC), li mbagħad jiġu miġbura fi traskrizzjonijiet mhux żejda. Analiżi BUSCO sussegwenti tivvaluta l-kompletezza tal-assemblaġġ tat-traskriptome. Mit-traskriptome immuntat, isiru analiżi multipli: splicing alternattiv, ripetizzjoni ta 'sekwenza sempliċi (SSR), tbassir ta' lncRNA u ġeni fil-mira korrispondenti, tbassir ta 'ġeni ġodda, analiżi tal-familja tal-ġeni, analiżi tal-fattur ta' traskrizzjoni, u annotazzjoni funzjonali tat-traskrizzjonijiet.