PacBio 2+3 Soluzzjoni tal-mRNA Full-Length
Karatteristiċi
● Disinn ta 'studju:
Kampjun miġbur sekwenzat b'PacBio biex jidentifika l-isoformi tat-traskrizzjoni
Kampjuni separati (repliki u kundizzjonijiet li jridu jiġu ttestjati) sekwenzati magħhomNGS biex tikkwantifika l-espressjoni tat-traskrizzjoni
● Sekwenzar PacBio fil-modalità CCS, li jiġġenera jaqra HiFi
● Sekwenzar tat-traskrizzjonijiet full-length
● L-analiżi ma teħtieġx ġenoma ta' referenza; madankollu, jista' jiġi impjegat
● Analiżi bijoinformatika tinkludi mhux biss espressjoni fil-livell tal-ġene u tal-isoforma iżda wkoll analiżi tal-lncRNA, fużjonijiet tal-ġeni, poli-adenilazzjoni, u struttura tal-ġeni
Vantaġġi
● Preċiżjoni Għolja: HiFi jaqra bi preċiżjoni> 99.9% (Q30), komparabbli ma 'NGS
● Analiżi ta' Splicing Alternattiva: is-sekwenzjar tat-traskrizzjonijiet kollha jippermetti l-identifikazzjoni u l-karatterizzazzjoni tal-isoforma.
● Kombinazzjoni ta 'PacBio u NGS Strengths: li tippermetti l-kwantifikazzjoni tal-espressjoni fil-livell tal-isoforma, li tikxef bidla li tista’ tiġi moħbija meta tiġi analizzata l-espressjoni tal-ġeni kollha
● Kompetenza estensiva: b'rekord ta 'tlestija ta' aktar minn 1100 proġett ta 'traskriptome full-length PacBio u pproċessar ta' aktar minn 2300 kampjun, it-tim tagħna jġib rikkezza ta 'esperjenza għal kull proġett.
● Appoġġ ta 'wara l-bejgħ: l-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' wara l-bejgħ ta '3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta’ Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
| Librerija | Strateġija ta' sekwenzar | Data rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
| Librerija mRNA CCS arrikkita PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A arrikkit | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidi
|
| Konċ.(ng/μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| Librerija Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel. | Għall-pjanti: RIN≥4.0; Għall-annimali: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda |
| Librerija PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel. | Pjanti: RIN≥7.5 Annimali: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda |
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Konsenja:
1. Is-silġ niexef:Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: kampjuni RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta 'stabbilizzazzjoni RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.
Jinkludi l-analiżi li ġejja:
Kontroll tal-kwalità tad-dejta mhux ipproċessata
Analiżi Alternattiva tal-Polyadenylation (APA)
Analiżi tat-traskrizzjoni tal-fużjoni
Analiżi ta' Splicing Alternattiva
Benchmarking Universali Single-Copy Orthologs (BUSCO) analiżi
Analiżi ta 'traskrizzjoni ġdida: tbassir ta' sekwenzi ta 'kodifikazzjoni (CDS) u annotazzjoni funzjonali
Analiżi lncRNA: tbassir ta 'lncRNA u miri
Identifikazzjoni MikroSatellita (SSR)
Analiżi Differentially Expressed Transcripts (DETs).
Analiżi tal-Ġeni Espressi b'mod Differenzjali (DEGs).
Annotazzjoni funzjonali ta' DEGs u DETs
Analiżi BUSCO
Analiżi ta' Splicing Alternattiva
Analiżi Alternattiva tal-Polyadenylation (APA)
Ġeni Espressi b'mod Differenzjali (DEGs) u Traskrizzjonijiet (DETs9 analiżi
Netwerks ta' interazzjoni Proteina-Proteina ta' DETs u DEGs
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-sekwenzjar tal-mRNA ta’ PacBio 2+3 full-length ta’ BMKGene permezz ta’ kollezzjoni kkurata ta’ pubblikazzjonijiet.
Chao, Q. et al. (2019) 'Id-dinamika ta' l-iżvilupp tat-transcriptome ta' zokk Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Bidliet Dinatiċi fil-Kontenut ta' Aċidu Ascorbic matul l-Iżvilupp u l-Majran tal-Frott ta' Actinidia latifolia (Uċuħ tar-raba 'Frott Ascorbate-Rich) u l-Mekkaniżmi Molekulari Assoċjati', Ġurnal Internazzjonali tax-Xjenzi Molekulari, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Tbassir effettiv tal-ġeni tal-mogħdija bijosintetika involuti f'polifillini bijoattivi f'Pariġi polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Analiżi Magħquda ta' PacBio Iso-Seq u Illumina RNA-Seq tat-Traskriptome Tuta absoluta (Meyrick) u Ċitokromju P450 Ġeni', Insetti, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Stħarriġ tal-kumplessità tat-traskriptome bl-użu ta' analiżi f'ħin reali ta' molekula waħda PacBio flimkien ma' sekwenzar tal-RNA Illumina għal fehim aħjar tal-bijosintesi tal-aċidu ricinoleic f'Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURI/7.
