Sekwenzar tal-mRNA-NGS mhux ibbażat fuq Referenza
Karatteristiċi
● Qbid ta 'mRNA poly qabel il-preparazzjoni tal-librerija
● Indipendenti minn kwalunkwe ġenoma ta' referenza: ibbażat fuq assemblaġġ de novo ta' traskrizzjonijiet, li tiġġenera lista ta' unigenes li huma annotati b'diversi databases (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Analiżi bijoinformatika komprensiva tal-espressjoni tal-ġeni u l-istruttura tat-traskrizzjoni
Vantaġġi tas-Servizz
●Kompetenza estensiva: b'rekord ta 'proċessar ta' aktar minn 600,000 kampjun f'BMKGENE, li jkopru diversi tipi ta 'kampjuni bħal kulturi ta' ċelluli, tessuti, u fluwidi tal-ġisem, it-tim tagħna jġib rikkezza ta 'esperjenza għal kull proġett. Aħna għalaqna b'suċċess aktar minn 100,000 proġett mRNA-Seq f'diversi oqsma ta 'riċerka.
●Kontroll Riguż tal-Kwalità: nimplimentaw punti ta' kontroll ewlenin fl-istadji kollha, mill-preparazzjoni tal-kampjuni u tal-libreriji sas-sekwenzjar u l-bijoinformatika. Dan il-monitoraġġ metikoluż jiżgura l-kunsinna ta' riżultati ta' kwalità għolja b'mod konsistenti.
● Annotazzjoni Komprensiva: nużaw databases multipli biex jannotaw funzjonalment il-Ġeni Espressi b'mod Differenzjali (DEGs) u nwettqu l-analiżi ta 'arrikkiment korrispondenti, billi nipprovdu għarfien dwar il-proċessi ċellulari u molekulari li huma sottostanti r-rispons tat-traskriptome.
●Appoġġ ta' wara l-bejgħ: l-impenn tagħna jestendi lil hinn mit-tlestija tal-proġett b'perjodu ta 'servizz ta' wara l-bejgħ ta '3 xhur. Matul dan iż-żmien, noffru segwitu tal-proġett, assistenza għas-soluzzjoni tal-problemi, u sessjonijiet ta’ Q&A biex nindirizzaw kwalunkwe mistoqsija relatata mar-riżultati.
Rekwiżiti tal-Kampjun u Kunsinna
| Librerija | Strateġija ta' sekwenzar | Data rakkomandata | Kontroll tal-Kwalità |
| Poly A arrikkit | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Rekwiżiti tal-Kampjun:
Nukleotidi:
| Konċ.(ng/μl) | Ammont (μg) | Purità | Integrità |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminazzjoni limitata jew l-ebda proteina jew DNA murija fuq il-ġel. | Għall-pjanti: RIN≥4.0; Għall-annimali: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevazzjoni tal-linja bażi limitata jew l-ebda |
● Pjanti:
Għeruq, Zokk jew Petali: 450 mg
Weraq jew Żerriegħa: 300 mg
Frott: 1.2 g
● Annimali:
Qalb jew Imsaren: 300 mg
Vixxri jew Moħħ: 240 mg
Muskolu: 450 mg
Għadam, Xagħar jew Ġilda: 1g
● Artropodi:
Insetti: 6g
Krustaċji: 300 mg
● Demm sħiħ: 1 tubu
● Ċelloli: 106 ċelluli
Kunsinna tal-Kampjun Rakkomandata
Kontenitur: 2 ml tubu taċ-ċentrifuga (Fojl tal-landa mhux rakkomandat)
Tikkettjar tal-kampjun: Grupp+replika eż. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Konsenja:
1. Is-silġ niexef: Il-kampjuni jeħtieġ li jiġu ppakkjati f'boroż u midfuna fis-silġ niexef.
2. Tubi RNAstable: kampjuni RNA jistgħu jitnixxfu f'tubu ta 'stabbilizzazzjoni RNA (eż. RNAstable®) u jintbagħtu f'temperatura tal-kamra.
Fluss tax-Xogħol tas-Servizz
Disinn tal-esperimenti
Kunsinna tal-kampjun
Estrazzjoni tal-RNA
Kostruzzjoni ta' librerija
Sekwenzar
Analiżi tad-dejta
Servizzi ta’ wara l-bejgħ
Bijoinformatika
Assemblaġġ ta 'transcriptome u għażla unigene
Annotazzjoni Unigene
Korrelazzjoni tal-kampjun u valutazzjoni tar-repliki bijoloġiċi
Ġeni Espressi b'mod Differenzjali (DEGs)
Annotazzjoni Funzjonali tad-DEGs
Arrikkiment Funzjonali tad-DEGs
Esplora l-avvanzi ffaċilitati mis-servizzi ta’ sekwenzar ta’ mRNA NGS ewkarjotiċi ta’ BMKGene permezz ta’ ġabra ta’ pubblikazzjonijiet ikkurata.
Shen, F. et al. (2020) 'Assembly de novo transcriptome u espressjoni tal-ġeni preġudikata bis-sess fil-gonadi tal-catfish Amur (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Analiżi tat-traskriptome tal-metaboliżmu tas-sukrożju waqt nefħa tal-bozza u żvilupp fil-basla (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (Settembru), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'Assembly de novo, karatterizzazzjoni u annotazzjoni għat-traskriptoma ta' Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Analiżi tat-traskriptome de novo tipprovdi għarfien dwar it-tolleranza tal-melħ ta' Podocarpus macrophyllus taħt stress tas-salinità', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURI/9.
